В июле 1998 ЛДП потерпела тяжелое поражение на выборах в верхнюю палату парламента, после чего решила сменить лидера. Новым председателем ЛДП и премьер-министром стал Кэйдзо Обути, прежде занимавший пост министра иностранных дел. Он дал обещание освободить политическую жизнь от засилья бюрократии, оживить экономику страны и довести до конца переговоры о заключении мирного договора с Россией. В октябре 1998 парламент одобрил закон и поправки к бюджету, которые предусматривали возможность закрытия или временной национализации банков, находящихся на грани банкротства, и выделение 60 млрд. иен на санацию кредитной отрасли. Осенью 1998 Обути огласил беспрецедентный по объему (24 трлн. иен) пакет мер по активизации экономической деятельности в стране. Он включал налоговые льготы для предпринимателей и нуждающихся семей. Семьи с детьми до 16 лет и стариками получали купоны на приобретение товаров на сумму в 20 тыс. иен. Для финансирования программы предполагались новые государственные займы. Однако критики объявили программу малоэффективной.
В январе 1999 Обути привлек к участию в правительстве неоконсервативную Либеральную партию, а в октябре того же года – буддийскую Новую партию Комэйто. Его кабинет заявил о готовности японских вооруженных сил самообороны при определенных условиях участвовать в миротворческих операциях ООН, но без в боевых действиях.
В области внешней политики правительство Обути укрепило отношения с Южной Кореей после успешного визита в Японию южнокорейского президента Ким Тэчжуна в октябре 1998. Япония поддержала США в попытках уговорить Северную Корею отказаться от разработки ядерного оружия. Несмотря на то, что в ходе испытаний в августе 1998 северокорейские ракеты пролетели над Японским островами, Токио продолжало участие в проекте, призванном гарантировать Северной Корее возможности мирного развития ядерной энергетики в обмен на замораживание ядерной военной программы. Однако отношения оставались холодными, и лишь в апреле 2000 стороны возобновили переговоры об их нормализации. В ноябре 1998 Японию впервые посетил председатель КНР Цзян Цзэминь, однако стороны не смогли договориться по вопросу о Тайване. Ответный визит японского премьера в Китай был нанесен в июле 1999.
В ноябре 1999 японское правительство принято новую программу оживления конъюнктуры в размере 18 млрд. иен. Она предполагала выделение средств на улучшение социальной инфраструктуры, помощь мелким и средним предпринимателям и увеличение пособий по безработице. Властям удалось остановить падение ВВП, но рост оставался незначительным.
В начале 2000 обострились разногласия между ЛДП и Либеральной партией, и Обути объявил 2 апреля о расторжении коалиции. Однако день спустя он пережил инсульт и впал в кому (умер 14 мая 2000). Новым председателем ЛДП был избран Йосиро Мори. Он сформировал правительство из представителей ЛДП, Новой Комэйто и Новой консервативной партии (откололась от Либеральной партии).
Мори представлял национал-консервативное крыло ЛДП. В мае 2000, выступая перед депутатами парламента, исповедующими синтоизм, он заявил, что Япония является «богоизбранной страной, в центре которой стоит император». Оппоненты внутри страны и критики за рубежом обвинили его в намерении пересмотреть послевоенную конституцию. Столкнувшись с критикой, премьер-министр распустил парламент и назначил проведение досрочных выборов.
В июне 2000 правящая коалиция выиграла выборы в нижнюю палату парламента: ЛДП получила 238 из 480 мест, Новая Комэйто – 31, а Новая консервативная партия – 7 мест. Крупнейшей оппозиционной партией стала ДП (127 мест), 20 мандатов досталось коммунистам, 19 – социал-демократам.
Вопреки требованиям японских и иностранных экономических и финансовых кругов, Мори отказывался от осуществления далеко идущей либерализации экономики страны. В условиях роста безработицы, достигшей почти 5%, кабинет принял в мае 2000 чрезвычайную программу обеспечения занятости: предполагалось создать 350 тыс. новых рабочих мест.
Столкнувшись с растущей непопулярностью, Мори вынужден был согласиться на проведение досрочных выборов председателя ЛДП, на которых неожиданно победил Дзюнъитиро Коидзуми, обещавший провести экономические и политические реформы. 26 апреля 2001 Коидзуми занял пост премьер-министра Японии, возглавив правительство трехпартийной коалиции.
Коидзуми родился 8 января 1942 в Йокосуке в семье генерального директора Агентства обороны. Учился в высшей школе родного города, изучал экономику в университете Кеио, затем обучался в Лондонской школе экономики и университетском колледже в британской столице, а в 1969, после смерти отца, вернулся в Японию. В декабре 1972 Коидзуми был избран депутатом нижней палаты парламента от правящей ЛДП и с тех пор переизбирался 10 раз. В 1979 он стал парламентским вице-министром по вопросам финансов, в 1988–1989 занимал пост министра здравоохранения и по социальным вопросам, в 1992 – министра почты и телекоммуникаций, в 1996–1998 – вновь министра здравоохранения и по социальным вопросам. В 1995 и 1999 безуспешно баллотировался на пост председателя ЛДП.
Коидзуми вступил на пост главы правительства, пользуясь широкой популярностью в обществе. Его называли «Львиное сердце». В июле 2001 руководимая им коалиция выиграла 78 из 121 подлежащего переизбранию места в верхней палате парламента. Коидзуми выдвинул план реформ: оздоровление экономики и финансов, приватизация почтово-сберегательной системы и реорганизации внутрипартийной структуры ЛДП. Он призывал население пережить шоковую терапию во имя лучшего будущего. Реформу банковского сектора глава кабинета поручил экономисту Хэйдзо Такенака. Правительству удалось резко сократить задолженность японских банков, добиться возобновления экономического роста и восстановления курса акций. «Старая гвардия» ЛДП и государственный аппарат оказывали сильное сопротивление проведению реформ.
Внешняя политика Японии при правительстве Коидзуми не претерпели кардинальных изменений, но соседние государства в целом считают ее более жесткой. Недовольство в Китае и Корее вызвал визит японского премьера 13 августа 2001 в храм Ясукуни, который считается символом японского милитаризма (в нем поклоняются, в частности, памяти японских военнослужащих, погибших в годы Второй мировой войны и военных и государственных лидеров, казненных в 1948 как военные преступники). Премьер-министр пошел на увеличение японской армии – Сил самообороны, а в октябре 2001 была одобрена возможность более широкого использования их за рубежами Японии. Более позитивно развивались отношения с Южной Кореей, чему способствовало и удачное выступление обеих команд на чемпионате мира по футболу в 2002. В 2003 правительство Коидзуми одобрило вторжение в Ирак, организованное США и их союзниками. Японский контингент вошел в состав оккупационных сил.
Япония стала более активно интересоваться событиями, происходящими в других регионах планеты. Она расширила связи с Ближним и Средним Востоком, откуда получает большую часть необходимой ей нефти. Страна оказывает значительную помощь проектам развития в Африке и Латинской Америке.
В сентябре 2003 Коидзуми был переизбран председателем ЛДП, а затем распустил нижнюю палату парламента и назначил на ноябрь проведение досрочных выборов. В центре избирательной кампании оказались вопросы экономического развития, правительственные планы реформы пенсионной системы, поддержка действий США в Ираке, отношения с Северной Кореей и намерения приватизировать почтовые услуги и шоссейные дороги в районе Токио. Демократическая партия критиковала реформы, предложенные Коидзуми, медлительность правительства в проведении необходимых преобразований и позицию кабинета по иракской проблеме.
Либерал-демократы смогли опереться на традиционную поддержку среди пожилых избирателей и жителей сельских районов, в немалой степени, вследствие выплачиваемых правительством сельскохозяйственных субсидий. Оппозиционной ДП симпатизировали, в первую очередь, более молодые избиратели и городские жители. В целом, демократы получили больше голосов, чем ЛДП (соответственно, 37% и 35%), но из-за особенностей избирательной системы правящая партия заручилась 237 местами из 480 в нижней палате, а ДП – 177 местами. Большинство ЛДП обеспечили ее союзники: Новая Комэйто (15% голосов и 34 мандата) и Новая консервативная партия (4 мандата), которая вскоре влилась в состав ЛДП. Неудачно выступили на выборах левые партии: коммунисты собрали 8% голосов и завоевали всего 9 мест. Социал-демократов поддержали 5% проголосовавших избирателей. Они довольствовались 6 местами в нижней палате.
Консервативные критики Коидзуми из рядов его собственной партии приписали неудачные для нее результаты выборов ширящемуся разочарованию среди традиционных избирателей и зависимости либерал-демократов от их партнеров по коалиции. Они опасаются, что после выборов эта зависимость еще больше возрастет.
После выборов кабинет Коидзуми остался у власти и продолжал прежнюю политику, добившись в 2004 значительного роста ВВП. Премьер-министр назначил Такенака министром по проведению почтовой реформы, поручив ему осуществление приватизации почтово-сберегательной системы. Предложения правительства по проведению налоговой реформы, включающей сокращение пенсионных выплат, резко снизили популярность Коидзуми. На выборах в верхнюю палату парламента в июле 2004 правящая ЛДП потерпела поражение, собрав лишь 30% голосов, в то время как оппозиционную Демократическую партию поддержали почти 38% избирателей. В настоящее время правительственная коалиция обладает в Палате советников 138 местами из 247 (ЛДП – 114, Новая Комэйто – 24), ДП – 79, коммунисты – 9 и социал-демократы – 8 мандатами.
1 января 2004 Коидзуми совершил свой четвертый визит в храм Ясукуни, что немедленно вызвало протесты со стороны соседей Японии, прежде всего, Китая, Северной и Южной Кореи и Филиппин, которые воспринимают этот жест как прославление японского милитаризма. По той же причине подверглась критике отправка японских вооруженных сил в Ирак. Правительство страны настаивает, однако, на том, что силы Японии в Ираке должны будут лишь оказывать помощь в его восстановлении и оказании гуманитарной помощи.