За місцем свого проживання, на низинах Дніпра, за порогами, вільне козацтво називалось низовим, або запорозьким військом. Ті козаки, що жили вище дніпровських порогів, дістали назву міських, або українських козаків. До реєстрових належали козаки, які знаходились на службі у польського короля. Вони вносились в реєстр, тобто список. Звідси і назва — реєстрові козаки.
Проте, незважаючи на неоднорідність, козацтво вже мало свою соціальну нішу, власне місце у становій ієрархії Речі Посполитої.
Отже, протягом XV- XVIст. у суспільстві формується нова соціальна верства — козацтво, яка виникла як опозиція, як виклик існуючій системі, як нова еліта, що небезпідставно претендувала на роль політичного лідера і на владу.
Ґрунтом для формування козацтва стали існування великого масиву вільних земель, накопичений у попередній період досвід їхнього освоєння, природне прагнення людей до самозбереження, самоствердження і самореалізації. Каталізаторами цього процесу були широкомасштабна колонізація нових земель, що розгорнулася в XV ст.; посилення соціально-економічних протиріч та релігійного і національного гніту; зростання зовнішньої загрози з боку турків і татар.
Вибір місця для створення військово-політичного центру козацтва обумовлювався як природними умовами, необхідністю його успішної оборони, так і прив'язкою до Дніпра — головної артерії морських походів проти Туреччини й Кримського ханства.
Перша писемна згадка про Запорозьку Січ з'являється в 1551 р. у польського історика Мартина Бєльського (1495 - 1575 рр.). У своїй "Всесвітній хроніці" він повідомляв, що в першій половині XVIст. на Хортиці збиралися козаки для нагляду за переправами, промислом і для боротьби з татарами. Того часу дванадцять порогів {Козацький, Сурський, Лоханський, Ненаситецький та Ін.) перетинали Дніпро від берега до берега і тяглися вздовж течії майже на 100 км. Після цього ріка розливалася в широку заплаву — Великий Луг, де було багато проток та островів {понад 250).
У 1552 - 1556 рр. український князь Дмитро Вишневецький (Байда) зібрав розрізнені козацькі ватаги й збудував на віддаленому стратегічно розташованому за дніпровськими порогами острові Мала Хортиця (площею близько 500 га) фортецю, що мала стати заслоном від татар. На валах укріплення встановили гармати. До фортеці вів лише один прохід з баштами по боках і звідним мостом. Попід вагами розташувалися курені— дерев'яні, криті очеретом або кінськими шкурами будівлі. Посередині фортеці був майдан, де відбувалися козацькі ради. Укріплення на Хортиці Вишневський збудував усупереч волі польського короля Сигізмунда ІІ Августа, який не бажав псувати відносини з Кримським ханством. Так Д. Вишневецький заснував Запорозьку Січ. Це вже було військово-політичне об'єднання з єдиним центром, добре навченим і озброєним військом. Настав новий етап в історії козацтва, один із періодів розвитку своєрідної української державності.
Д. Вишневецький здійснив ряд успішних походів на Кримське ханство і турецькі фортеці. Однак влітку 1557 р. козаки під натиском турків і татар змушені були залишити Хортицю. Д. Вишневецький з загоном козаків перейшов на службу до російського царя. Але після того, як І. Грозний не надав йому допомоги під час походу на Кафу, Д. Вишневецький повернувся в Україну. В 1563 р. під час невдалого походу в Молдавію Д. Вишневецький потрапив у полон до турків і був страчений у Стамбулі. Пам'ять про подвиги Байди зберегли численні українські народні пісні, багато з яких співають і нині.
Після смерті Д. Вишневецького Запорозька Січ продовжувала існувати. Кожний християнин чоловічої статі незалежно від свого соціального стану міг прийти на Січ і приєднатися до козацького братства. При бажанні він міг покинути Січ. Під страхом смертної кари на Січ заборонялося приводити жінку. В Січі постійно знаходилось від 15 до 20 тис. козаків. Переважна ж більшість проживала за її межами, на зимївках. Одружені козаки жили окремо і займалися сільським господарством.
Січовики сформували нову українську (козацьку) державність. Головними ознаками держави є існування особливої системи органів та установ, що виконують функції державної влади; право, що закріплює певну систему норм, санкціонованих державою; певна територія, на яку поширюється юрисдикція даної держави. Для Запорозької Січі були притаманні усі ці ознаки. Специфічні Історичні умови та обставини самого життя запорожців помітно вплинули на процес самоорганізації козацтва, зумовивши неповторний, оригінальний імідж козацької державності. Вищим законодавчим, адміністративним і судовим органом Січі була січова рада, ії рішення були обов'язковими для виконання. Як правило, рада розглядала найважливіші питання внутрішньої та зовнішньої політики, проводила поділ земель та угідь, судила злочинців, що вчиняли найтяжчі злочини та ін. Важливою функцією ради було обрання уряду Січі — військової старшини, а також органів місцевої влади — паланкової або полкової старшини. У різні часи чисельність козацької старшини була не однаковою й інколи становила понад 150 чоловік. До цієї групи козацтва входили: військова старшина — кошовий отаман, військовий суддя, військовий осавул, військовий писар та курінні отамани; військові служителі: хорунжий, бунчужний, довбиш, канцеляристи та Ін.; похідні та паланкові начальники — полковник, писар, осавул та ін. Старшина зосереджувала в своїх руках адміністративну владу та судочинство, керувала військом, розпоряджалася фінансами, представляла Січ на міжнародній арені.
Кошового отамана обирали на один рік простою більшістю голосів відкритим голосуванням (часто шляхом кидання шапок у купи: за кого більша купа, той і переміг). Лише Іван Сірко кошовим був протягом 15 років, а Петро Калнишевський — 10 років.
На період походу чи війни кошовий призначав собі заступника з числа полковників— наказного гетьмана. Кошовий отаман одночасно був головою війська і держави.
Генеральна старшина, якщо говорити сучасною термінологією, виконувала роль кабінету міністрів. До неї входили обозні, осавули, хорунжий, бунчужний, писар, судді і підскарбій — усі з титулом "генеральний".
Обозний фактично мав обов'язки заступника кошового отамана (гетьмана), начальника штабу, тилу і артилерії. Осавули — гетьманські старшини для особливих доручень. Під час війни вони командували окремими підрозділами, в мирний час служили ад'ютантами. Хорунжий і бунчужний ■— церемоніймейстери — відповідали за військові корогви (прапори) і символи гетьманської влади. Писар — начальник канцелярії —
велику роль відігравав у зовнішніх відносинах. Генеральні судді очолювали верховний суд. Цю роль виконувала вся військова старшина, включаючи кошового отамана. Підскарбій завідував фінансами.
Кіш поділявся на курені, очолювані курінними отаманами. Курені складалися з сотень. Великі землі Запорозької Січі (за межами Хортиці) поділялися на округи — "паланки". На кінець існування Січі налічувалось 10 паланок, їх очолювали полковники. Козаки паланок мали сім'ї. Вони були прописані до певних куренів, що були на острові Хортиця.
На той час налічувалось 38 куренів. Назви їх походили від імені отаманів, що їх заснували, або від назви місцевості, звідки прийшли перші козаки.
Військо Запорозьке мало свою печатку — герб із зображенням козака з рушницею на плечі, з шаблею та списом, застромленим у землю поруч з постаттю козака. Січова корогва (прапор) була червоного (малинового) кольору.
Основну частину Війська Запорозького становила піхота, кіннота ж була нечисленною. Військо мало гармати. Рядовий козак був озброєний рушницею або мушкетом (важка рушниця на сошках), пістолем, шаблею, ножем, списом. Січ мала свій флот з великих човнів — "чайок". Довжина їх— 20 м, ширина — 4 м. Швидкість до 15 км на годину. Чайки були оснащені трьома щоглами з вітрилами і веслами. На борту знаходилось 4-6 гармат. Бойовий екіпаж складався з 50 - 70 козаків, озброєних рушницями та мушкетами.
Запоріжжя мало свою територію, яка називалася "землями Війська Запорозького". Розташовуючись на території Дніпропетровської, Запорізької, частково Херсонської, Кіровоградської, Донецької, Луганської та Харківській областей, Запорозька Січ у XVIII ст. за розмірами площі була близькою острівній Англії.
За несприятливих умов козаки кілька разів переносили Січ в інші місця. Були випадки, коли татари руйнували Січ. Так, наприкінці 1560-х років козаки перенесли Січ на острів Томаківка, розташований за 60 км на південь від Хортиці. На період існування Томаківської Січі (60-ті - початок 90-х років XVI ст.) припадають походи запоріжців на турецькі й татарські фортеці Причорномор'я. Спускаючись на своїх славетних човнах-чайках по Дніпру, козаки виходили в Чорне море й трощили, турецькі галери.
Особливого розголосу набув похід запорозького кошового Івана Підкови в 1557 р, на Молдавію. Він розгромив війська турецького ставленика Петра Мірчі, здобув Ясси і став господарем Молдавії. Наступного року, зазнавши поразки від турків, Підкова відступив в Галичину, де був заарештований і страчений у Львові. В ці ж роки запорожці ходили в Крим, у 1589 р. вони здійснили великий похід на Очаків, Аккерман. Томасівська Січ стяпп Ь;і:юю першого великого козацько-селянського повстання проти Речі Посполитої наприкінці XVIст. під проводом К. Косинського.
З середини XVIIст. лідером Запорозької Січі стає І. Д. Сірко, який народився в Мерефі (в ЗО ш від Харкова). Будучи полковником, кошовим шаманом Запорозької Січі, він протягом 26 років, з 1654 по 1680 рр.. не сходив з історичної арени. Ведучи боротьбу з татарами, турками, молдаванами, поляками, росіянами, Сірко за весь час свого життя брав участь в 55-ти битвах і кожного разу, за винятком одного випадку, перемагав. Татари називали Сірка Урус-шайтаном, руським чортом. А татарки-матері лякали його ім'ям своїх дітей.