Таким образом, власть на Дону высочайшими распоряжениями превращалась в наследственную и бесконтрольную. Пользуясь этим, атаман и верхушка стали расхищать войсковую землю.
Придя к власти, Екатерина II постаралась навести порядок на Дону и ограничить власть атамана Ефремова. В 1764 г. она потребовала от атамана сведения, «по каким указам захватили чиновники земли? Сколько доходу войскового и как и куда он употреблялся?». 19 марта 1766 г. был издан указ Екатерины II о размежевании земли Войска Донского от всех соседних земель. Тем же указом было велено отнять земли, захваченные самим атаманом Ефремовым. У всех других старшин и казаков, незаконно владеющих землями, земли изъять и «употребить на пользу общую». Для межевания земли Войска Донского в 1766 г. была послана Межевая комиссия. Так же была назначена комиссия для проверки экономического положения на Дону. Взаимоотношения между верхушкой казачества и центральной властью снова стали обостряться. Опыт войн России XVIII в., особенно опыт Семилетней войны показали сильные и слабые стороны русской армии. Современники отметили малое количество регулярной легкой кавалерии, которая вербовалась русским правительством из сербов и венгров. Сербские и венгерские гусары были профессиональными воинами, но не были так надежны, как русские солдаты, не испытывали к России особых патриотических чувств.
Падение роли Войскового круга на Дону сопровождалось неуклонным ростом власти войскового атамана и старшин. Усилилась борьба между отдельными группировками старшин за власть, которая принимала все более острые формы. 60-е гг. XVIII в. были временем почти безраздельного господства старшинской группы, возглавляемой войсковым атаманом С. Ефремовым. Многие представители этой группы заслужили особую милость правительства за участие в 1762 г. в дворцовом перевороте Екатерины II. Они были щедро вознаграждены «за поход в Петергоф». Атаман и группа старшин стремились использовать благоволение правительства для обогащения, приобретения чинов и усиления власти, и долгое время правительство не вмешивалось в дела С. Ефремова. Однако после получения ряда доносов в 1764 г. на Дон была направлена следственная комиссия, которая установила, что атаман и близкие ему старшины не только пользовались своей властью для обогащения, но и препятствовали строительству Ростовской крепости. Атаман обвинялся в стремлении вести самостоятельные сношения с кубанскими народами и татарами. Когда донесение комиссии было рассмотрено в Военной коллегии, то в приведенных в нем фактах увидели стремление войскового атамана вести самостоятельную политику. Большое недовольство царской власти вызывало стремление донской казачьей верхушки оставить на Дону и закрепостить бежавших на юг из России и Малороссии крестьян и бывших реестровых и слободских казаков. Правительство непосредственно требовало возвращения беглых прежним владельцам или на прежнее место жительства. С. Ефремов в своей переписке с правительством предлагал еще больше усилить власть атамана на Дону, что вызывало новые подозрения.
Правительство попыталось устранить Ефремова, опираясь на группу казачьих старшин, враждебно настроенных к атаману. Тогда Ефремов обратился за поддержкой к Кругу, который давно уже потерял свое значение. Войсковой круг арестовал царского представителя генерала Черепова и «выдал его Ефремову головой», как «умышляющего» на жизнь атамана. Однако С. Ефремов отпустил генерала и написал в Санкт-Петербург, что Дон готов восстать, и только он удерживает казаков от выступления.
Такая двуличная политика атаману не помогла. В 1772 г. он был арестован при поддержке группы донских старшин. Рядовое казачество в массе своей Ефремова не поддержало, так как было недовольно его самовластием и присвоением себе общих казачьих угодий.
В столице Ефремова приговорили к смертной казни, но Екатерина II помнила об участии атамана в «Петергофском походе» и заменила казнь ссылкой в Перновск. Пугачевщина. Еще более глубокими оказались противоречия между царским правительством и яицкими казаками. В 1771–1772 гг. были волнения в Яицком войске, связанные с наступлением царской власти на казачьи права и привилегии. Но настоящий бунт начался, когда на Яике появился штрафованный и беглый донской казак Емельян Иванович Пугачев, выдававший себя за чудом спасшегося императора Петра III. 15 сентября 1773 г. вспыхнуло восстание, к которому присоединились башкиры. Пообещав яицким казакам наградить их «рекой и жалованием», Пугачев повел их на главный опорный пункт власти в регионе – город Оренбург. Яицкое казачье войско почти в полном составе примкнуло к Пугачеву. Оренбургские казаки местами оказали ему сопротивление. Оренбурга Пугачев не взял и вынужден был отступить от крепости, но двинулся вглубь России. Крепостные крестьяне, рабочие уральских заводов, народы Поволжья присоединились к повстанцам, так как самозваный «император» призывал истреблять дворян, грабить их имущество, жаловал всех «вольностью», обещал сделать всех «вечно казаками». Таким образом, казачье восстание вновь превратилось в крестьянскую войну. Пугачев взял Казань и еще несколько городов в Поволжье, но в сражениях с регулярными войсками был разбит и стал отступать вниз по Волге, надеясь, что донские казаки присоединятся к нему. Однако, вступив на донскую землю, передовые отряды Пугачева, состоявшие из беглых, бродяг и разного рода разбойников, стали грабить донские станицы. Донские казаки в большинстве своем были на войне с Турцией, а оставшиеся на Дону были подняты своими старшинами «гонять самозванца Пугача». Донские старшины Луковкин и Иловайский выбили пугачевцев из донских станиц и вместе с регулярными войсками преследовали их.
Разбитый Пугачев бежал за Волгу, но был схвачен верхушкой яицких казаков из числа своих недавних сподвижников и выдан царскому правительству. В Москве он был казнен. Правительство жестоко расправилось с наиболее активными участниками восстания, а чтобы придать забвению память о восстании, начавшемся на Яике, указом от 15 января 1775 г. река Яик была переименована в Урал, а яицкое казачество в уральское. Разгром Запорожской Сечи. После подавления Пугачевского движения правительство вынуждено было обратить внимание на еще один очаг неповиновения – Запорожскую Сечь. По мирному договору 1774 г. с Турцией к России отходили устья Днепра и Южного Буга. Земля запорожских казаков, таким образом, из пограничной территории, прикрывавшей южные рубежи от татарских набегов, превращалась в своеобразное «гнездо своеволия и дерзости» в глубине земель Российской империи. Верность вернувшихся с турецкой территории запорожцев и их потомков вызывала сомнения в Санкт-Петербурге. Всем были памятны события 1767 г., когда запорожцы вместе с гайдамаками с правого берега Днепра погромили несколько российских пограничных городов и вырезали население Умани. 4 июня 1775 г. русские войска под командованием генерал-порутчика П. Текелия окружили Сечь. Запорожцы, немало отличившиеся в недавней войне, не ждали репрессий и, как доносил Текелий, были «заняты упражнением сна». Когда они опомнились, было поздно. Верхушка запорожцев уговаривала казаков не проливать братской христианской крови. Начались переговоры, во время которых кошевой атаман Петр Колнышевский, писарь Глоба и судья Касап были арестованы и впоследствии сосланы на Соловки. Обезглавленное войско было распущено, укрепления Сечи заняты русскими войсками. Опомнившись, многие запорожцы под предлогом ловли рыбы стали уходить в море и бежать в турецкие владения. Вскоре из 13 тыс. боеспособных запорожских казаков на российской территории осталось менее тысячи. Из 38 куреней за короткое время к туркам ушли 35. Они на Дунае основали Новую Сечь. Несколько позже правительство ликвидировало остатки автономного управления Левобережной Украины. В 1780 г. было уничтожено существовавшее до этого территориальное деление на полки и сотни, а земли вошли в состав Полтавской, Харьковской и Черниговской губерний. Таким образом, новый конфликт между казачеством и царской властью был разрешен с огромными потерями для казачества. Большой урон понесли яицкие (уральские) казаки. Был ликвидирован очаг казачьей вольности на Днепре.
Изменение системы управления. Подавив очередное выступление части казачества, царское правительство, тем не менее, не помышляло о ликвидации казачества в целом, так как оно являлось мощным оружием в политике России на юге и востоке. Налицо была тенденция правительства сохранить казачество, но изменить существующие в казачьих войсках порядки и систему власти. Эта задача была возложена на известного политического и военного деятеля России времен царствования Екатерины II – Г.А. Потемкина, который был назначен начальником всей легкой кавалерии и иррегулярных войск. Основная масса российских казаков была сосредоточена на Дону. С Дона и началась преобразовательная деятельность Потемкина. 14 февраля 1775 г. он представил Екатерине II подробный доклад с предложениями о коренных реформах в Войске Донском. Атаманом по указу был назначен А.И. Иловайский, доказавший свою верность престолу участием в поимке Пугачева. Гражданское управление Войском было отделено от военного. Для ведения всех гражданских дел учреждалось Войсковое гражданское правительство. Правительство состояло из атамана и 6 старшин, из которых четверо избирались Войском, а двое назначались самим Потемкиным. Членам правительства назначалось регулярное жалованье. Войсковой атаман оставался во главе управления военными делами. И атаман, и Восковое гражданское правительство подчинялись лично Потемкину. В день создания Войскового гражданского правительства Екатерина II подписала указ об учреждении Азовской губернии, в которую наряду с другими территориями были включены город Черкасск, столица донского казачества, и другие казачьи поселения. Таким образом, мероприятия были направлены на сокращение прав и привилегий казачества. Войско Донское было превращено в административную единицу Российской империи, вроде губернии или наместничества, с сохранением некоторых особенностей. Войсковой круг потерял всякое значение. Власть сосредоточилась в руках атамана и верхушки, представители которой составили Войсковое гражданское правительство. Но и атаман, и правительство в своих действиях должны были руководствоваться общероссийскими законодательными решениями. В 1792 г. после произведенного размежевания донских земель и определения их границ была издана грамота об укреплении на вечное владение за Войском занятых им земель и утверждена соответствующая карта. Войско Донское являло собой некий образец, ориентируясь на который правительство хотело организовать управление другими казачьими войсками. Но в реальности соседям донцов – запорожским и малороссийским казакам повезло гораздо меньше. Создание новых казачьих войск и частей. Раздвигая границы империи, правительство перемалывало остающееся в тылу казачье население: или превращало его в регулярные кавалерийские части, или вытесняло на окраины страны, где нуждалось в надежной пограничной охране. Заселение пустующих приграничных земель вольными людьми, не требующими постоянного жалованья и содержания, было гораздо выгоднее и дешевле, чем содержание регулярной пограничной стражи или регулярных кавалерийских полков. Известно, что один гусар наемник, серб или венгр, стоил казне в пять или десять раз дороже, чем рядовой казак. После подавления Пугачевского движения и разгрома Запорожской Сечи в «регулярство» стало обращаться все малороссийское казачество. В 1776 г. «компанейские» полки, набранные еще гетманом Д. Многогрешным, переформировали в регулярные легкоконные. В 1783 г. было упразднено все Малороссийское казачье войско. На его основе были созданы регулярные кавалерийские полки Екатеринославской конницы и Малороссийской конницы, легкоконные и карабинерские. В то же время на реках Буг и Ингул в 1774 и 1775 гг. расселили два полка из молдаван, валахов и других задунайских христиан, которые приняли участие в войне с Турцией на стороне России. Поселенцев объявили бугскими и ингульскими поселенными казаками. В 1785 г. из этих казаков и из купленных у бугских помещиков крепостных крестьян был сформирован Бугский конный казачий полк, разделенный в 1786 г. на два полка. В преддверии новой войны с Турцией по инициативе Г.А. Потемкина было создано еще одно казачье войско. В казачье звание были обращены однодворцы Екатеринославской губернии, которые составили особый казачий корпус по образцу Войска Донского. 500 донских казаков были присланы в корпус в качестве инструкторов. В 1787 г. корпус был назван Екатеринославским казачьим войском. В его состав включались Бугские полки и Чугуевский полк, переименованный в Екатеринославский, а также старообрядцы, мещане и цеховые рабочие Екатеринославской, Вознесенской и Харьковской губерний. Все войско получило наименование «Екатеринославские регулярные казаки», оно делилось на четыре полка по тысяче всадников. Екатеринославское казачье войско являлось неким промежуточным органом между обычным казачьим войском и регулярной кавалерийской дивизией.