Бібліотеки поповнювалися також за рахунок закупок, надходжень з видавництв України, Росії, Білорусі, Амстердама, Гамбурга, Галле, Берліна, Братислави, Данцига, Варшави, Лондона, Парижа, Рима, Болоньї та інших міст. Крім друкованих книг, в академічній бібліотеці зберігалися численні рукописи: невидані твори, хроніки, хронографи й хронічки, літописи, діаріуші, щоденники, а також лекції професорів конспекти студентів, документи минулих віків, дарчі, грамоти, привілеї і поточна документація. Значне місце у бібліотеці займали періодичні видання.
Справжнім святом для Академії і її студентів були щорічні Контрактові ярмарки в Києві. На ярмарки приїздили купці з книгами:різних країн. Особливо добрі контакти мала Академія з купцями:Ломбардії, які неодмінно розташовувалися зі своїми книгами, естампами, картами, навчальними приладами біля самої академічної брами.
У 60-80-х рр. XVIII ст. Академія придбала Французьку енциклопедійпід редакцією Дідро, «Всеобщую историю» в 125 томах, історичні твори відомих зарубіжних учених Г. Роллена, Л. Гольберга, Г. Курас «Краткий российский леходисец» М. Ломоносова, праці професорМосковського університету І. Третякова «О происшествии й учреждений университетов в Европе», «О государственном правлений й разных родах оного из французской Знциклопедии» Ф. Туманського, Вихованця Києво-Могилянської академії, «Статьи о философии й частиее из Знциклопедии» також києвомогилянця Я. Козельського, популярну на той час книгу «Жизнь й приключения Робинзона Крузо» Д. Дефо й ін. В останні десятиліття XVIII ст. був укладений каталог книжок бібліотеки за окремими блоками: Святе Писання, грецька та латинська патристика, історія Церкви, книги на теологічні теми, книги з історії, географії, поетики, риторики, граматики, філософії, гомілетики, юриспруденції, медицини, геометрії, арифметики, астрономії, психології, нумізматики, художньої літератури і т. п. В окремих випадках зазначена мова, якою або з якої видані книги, кількість примірників тощо.
Наставники навчали студентів, як треба поводитися з книгою: не класти її на коліна, не слинити, перегортаючи сторінки, а бережно, двома пальцями брати їх за верхній край, не загинати аркушів тощо.
Любов до книги, прищеплену ще під час навчання в Академії, зворушливо висловив один із найвідоміших її вихованців Стефан Яворський. Працюючи в Росії й не маючи змоги повернутися в Україну, задумав відкрити в його рідному Ніжині духовний центр — Колегію, яка готувала б високоосвічених, високоморальних священнослужителів. З цією метою він на власні кошти зводить осередок задуманого центру — Благовіщенський собор при Спасо-Преображенському монастирі. Основою цього закладу повинна була стати бібліотека його власних 609 книг, яку збирав він упродовж життя. Відправляючи свою бібліотеку до Ніжина, Яворський склав власноручно їх реєстр і «Тестамент», в якому навчав, як зберегти книги від «огненого випадку, вологості, шашелів, крадіжок» і т. ін.
Розстаючись із книгами, він написав свою знамениту елегію «Прощання з книгами», в якій зізнавався, що книги були його «любов'ю і скарбом, паче злата й срібла дорожчі...»
Книги, прощайте! Пора.
Я гортав вас, леліяв і пестив,
Світло і гордість й утіхо моя!
Іншим тепер прислужітесь
достойнішим людям.
Спрагу блаженних сердець
ваш погамує нектар.
Горе мені! Очі мої розлучаються з вами навіки.
І остигаючу душу вже не зігріє ваш жар.
«Прощальна елегія» полонила серця читачів, її переписували віршами й прозою, перекладали різними мовами в різних країнах аж до Англії.
Бібліотека, що комплектувалась протягом двох століть, являла собою унікальне зібрання світового значення, на якому вигострювали свій розум вихованці Академії. Вона відіграла важливу роль не тільки у формуванні знань і світогляду багатьох поколінь викладачів і студентів,а й мала вплив на розвиток української культури взагалі, її скарби були відкриті для всіх охочих. За академічними правилами «...бібліотекок вчителям у всі дні й години користуватися не забороняється, а учням іншим бажаючим — у визначені дні й години». З фондів бібліотек» Академії розпочали своє існування книгозбірні Переяславського Чернігівського колегіумів. А численні вихованці Академії, яким було прищеплено любов до книги, стали невтомними збирачами власних: бібліотек, які, у свою чергу, заповітами їх власників поклали почате численним бібліотекам навчальних закладів України й Росії. На жаль бібліотека Академії не збереглася до нашого часу. Значно постраждала вона від пожеж. Тільки 1780 р. згоріло близько 9 тис. томів, 1811 р.т близько 1000, а з ними — ті цінні відомості, які, можливо, пролили б більше світла на нашу історію. У 1920-х рр. із закриттям Духовна академії бібліотека була розформована, її книги потрапили до різних книгосховищ. Частина їх знаходиться нині в Національній бібліотеці України ім. В. Вернадського. На деяких з них можна побачити автографи власників — професорів, ректорів Акадамії, її покровителів, меценатів.
4. Козацькі літописці – вихованці Києво-Могилянської академії
Виділення історії в самостійний предмет відбувалося в Академії поступово, одночасно зі становленням самої історичної науки, відокремленням її від історичної повісті й літописання.
Певний час історичні знання студенти набували в класах поетики й риторики, де їм рекомендувалися окремі історичні праці для перекладу або як взірець художнього стилю, красномовства тощо. Таким чином відбувалося знайомство з історією народів світу, їх суспільними відносинами, культурою, міфологією і т. ін. З часом в Академії зростає інтерес до власної, української історії. Цьому значною мірою слугували ті політичні й культурні зрушення, які відбувалися в Україні на початку XVIIст.— боротьба за національну незалежність, пошуки власного місця серед європейських держав.
До історичних фактів звертаються автори полемічних творів. Широкого розголосу набули «Протестація» (1621) Йова Борецького, Копинського та Ієзекіїля Курцевича, «Палінодія» (1622) Захарії Копистенського, «Вірші на жалосннй погреб... Петра Конашевича Сагайдачного» (1622) Касіяна Саковича, Сильвестра Косова, «Тератургіма» Афанасія Кальнофойського, низка творів Стефана Зизанія, Мелетія Смотрицького, членів Лаврського гуртка Єлисея Плетенецького, Петра Могили та ін.
Автори цих праць проводили ідею безперервності історичного поступу від Київської Руси до сучасної їм України, оспівували такі поняття, як Вітчизна, народ, його земля й віра, славили їх захисників — від руських князів до козацтва і його гетьманів. Такі праці пробуджували свідомість українців, спонукали до роздумів і до дії.
У другій половині XVIIст. зростає значення Академії як осередку історичної й суспільно-політичної думки. Історичні праці пишуть Інокентій Ґізель, Йоаникій Ґалятовський, Теодосій Софонович, Данило Туптало (Димитрій Ростовський). Визвольна війна українського народу під проводом Богдана Хмельницького, творення власної незалежної держави, участь у цих історичних звершеннях усіх, кому була небайдужа доля вітчизни, викликали потребу розповісти про побачене, почуте, пережите своїм дітям, нащадкам, історії. З'являється безліч різних творів на історичну тематику — переказів, повістей, легенд, історичних пісень, дум, щоденників, хронік, хронічок та літописів. Вони були найбільш правдивими. На жаль, більшість їх втрачена. Деякі увійшли до складу Густинського, Львівського, Київського, Острозького, Межигірського літописів.
Почесне місце серед них посідає Теодосій Софонович (р. н. невід.— 1677). Вихованець Академії, її професор, пізніше, за сприяння Богдана Хмельницького, ігумен Михайлівського Золотоверхого монастиря. 1672—1673 рр. він пише свою «Кройніку з літописців стародавніх». Автор викладає в ній події в Україні з давніх часів до 1673 р. в контексті історії Литви й Польщі. Як зазначав сам Софонович, написав він свою «Кройніку» «руським синам, бо кожному потрібна річ про свою вітчизну знати, звідкіля Панство руське, з початку ставши, де цього часу йде, й іншим, питаючим, розказати, бо людей, що свого роду не знають, за дурних вважають».
Цілу епоху в становленні історичної науки в Україні складають так звані Козацькі літописи, авторами яких були вихованці Академії.
Роман Ракушка-Романовський, або Самовидець (бл. 1622—1703). Брав участь у Визвольній війні Богдана Хмельницького. Обіймав різні: військові посади від сотника до генерального підскарбія (за гетьманг І. Брюховецького), виконував дипломатичні доручення в уряді гетьмана Петра Дорошенка. 1676—1702 рр. жив у Стародубі, де мав парафію. Саме тут написав свій «Літопис Самовидця» — одну з найвидатніших історіографічних і найдостовірніших пам'яток XVII ст., яка лягла в основу багатьох пізніших літописів аж до «Історії Русів».