Як державний діяч доклав багато зусиль до об'єднання українських земель в одній державі, створення регулярного війська, стабілізації суспільного життя після часів Руїни. Дбав про піднесення освіти, науки, мистецтва. Особливо опікувався Києво-Могилянською академією, в якій вбачав потужний інтелектуальний арсенал для України, її незалежного майбуття
Студентам Академії гетьман надавав щороку 1000 золотих на стипендії, утримання бурс, бібліотеки, поповнення її книгами. Сам часто відвідував лекції й диспути, спілкувався з викладачами й студентами латиною, дарував книги, а церквам Академії - ікони й інше дорогоцінне начиння. На місці старої дерев'яної Богоявленської церкви збудував чудовий, у стилі козацького бароко, мурований собор, що став окрасою не лише Братського монастиря, Подолу, а й усього Києва (висаджений у повітря за наказом радянської влади у 1935 р). При Мазепі, якого професори та студенти назвали "прамислителем і благодітелем Академії", кількість студентів сягнула 2000 осіб. На його честь Академія була названа Могило-Мазепинською. Після поразки повстання проти імперської політики російського царя Мазепа змушений був полишити Україну.
Унікальною була бібліотека Києво-Могилянської академії. Закладена вона була, вірогідно, ще в Братській школі. Свою бібліотеку, до якої входили й книги Йова Борецького і Тарасія Земки, - 2131 книгу вітчизняних і зарубіжних видань ~ заповів Колегіуму митрополит Петро Могила. Так було започатковано традицію дарувати Академії книги. Значні книжкові зібрання передали до академічної бібліотеки Єпіфаній Славинецький, Симеон Полоцький, митрополит Димитрій Ростовський, ректори Йоасаф Кроковський, Варлаам Ясинський, Давид Нащинський (129 книг), митрополити-покровителі Рафаїл Заборовський (137 книг), Тимофій Щербацький (144 книги), Гавриїл Кременецький (понад 70 книг), історики Микола Бантиш-Каменський (150 книг) й Василь Рубан (154 книги), професори Іван Самойлович (1147 книг), Амвросій Юшкевич. Щедрим дарителем книг був гетьман Іван Мазепа.1768 р. була заснована бібліотека при бурсі її вихованцем істориком М. Бантишем-Каменським. Урочисто звертався до бурсаків колишній вихованець Академії, відомий громадський діяч, письменник Семен Гамалія, надсилаючи книги до бурсацької бібліотеки: "Милостиві панове! Люб'язні християни-брати! Жителі великих київських бурс! Прошу милостиво прийняти до вашої бібліотеки додані до цього книги: Готшедової німецької граматики - 3, історії імператора Феодосія Великого - 4. Ониє присвячує на вашу користь той, що проживав колись у вашому товаристві. Ваш покірний слуга N. N. Petropoli"
На кінець ХVII ст. бібліотека мала близько 3500 книжок, у тому числі видань XVI і першої пол. ХVII ст. - 1813, а з другої пол. ХVII ст. - 857. За каталогом складеним професором Іренеєм Фальбовським, було: богословських - 525 томів, історичних - 253, філософських - 90, з риторики, поетики і граматики - 236, різних лексиконів - 69, з медицини, математики та астрономії - 76. Певне, тут переважали підручники та посібники різними мовами, передусім латиною.
У 1768 р. була створена окрема бурсацька бібліотека для незаможніх студентів. ЇЇ заснував історик Н. Бантиш-Каменський. В 1780 р. бурсацька та академічна бібліотеки об'єднали свій фонд, який становив 12 тисяч книжок, але пожежа того ж року знищила більше 10 тисяч книг. В бібліотеці зберігалася велика кількість рукописів, хронік, літописів, лекцій професорів, один примірник яких повинен був обов'язково знаходитися в бібліотеці, конспекти студентів та їх наукові праці. Більшість книжок у фонді була латинською мовою. Крім друкованих видань - багато рукописів, зокрема з природознавства, як наприклад „Трактат про основи першої і найблагороднішої науки загальну математику або про арифметику", написаний у Львові у XVII ст. рукописні курси лекцій з математики Ф. Прокоповича; багато книжок XVII ст., серед них книга „Арістотелівські проблеми або питання про природу людини" Касіяна Саковича, що була видана в 1620 р. в Кракові та „Трактат про душу", надрукований тут же в 1625 р. - обидві є перекладом з латинської на польську мову Звичайно, зберігались і книги, видані в Москві та Петербурзі, такі як "Арифметика" Л. Магницького (1703 р), „Геометрія, Славенски Землемерие" (1708 р), підручники з арифметики М. Курганова, з алгебри - Д. Анічкова, з геометрії - Л. Ейлера та інші. Наприкінці XVIII ст. використовували посібник І. Фальковського „Всеобщая математическая хронология, гномоника и церковная Пасхалия"
В Академії цікавилися питаннями природознавства, і рукописні переклади часто робилися професорами. Так, Є. Славинецький у 1658 р. переклав на слов'янську мову основну працю вченого-гуманіста А. Везалія по анатомії людини. В бібліотеці був також його переклад І. Блеу „Зерцало всея вселенная или Атлас новый", зроблений у 1657 р. в Москві. Більшість рукописів була з філософії. До нашого часу виявлено понад 200 рукописів, які зберігаються в ЦНБ ім. В.І. Вернадського НАН України. Всі вони написані латинською мовою. Наприклад, в рукописному трактаті С. Яворського "Психологія", в основу якого було покладено лекції, прочитані в Києво-Могилянській колегії у 1691-1693 рр., с відомості з біології та фізіології. Підручники з філософії, які використовувалися з Академії в першій половині ХVIII ст., були написані в цьому ж навчальному закладі латинською мовоюі викладали предмет в руслі філософії Арістотеля і схоластики. Серед них прані С. Кулябки, М. Козачинського та ін.
Свсі наукові праці і рукописи курсів лекцій з філософії залишилитакі видатні діячі, як І. Поповський, Х. Чарнуцький, Ф. Прокопович, А. Дубкевич, Г. Миткевич, Г. Кониський та ін. В середині XVIII ст. фонд бібліотеки Києво-Могилянської академії налічував біля 7 тисяч книжок. Але вилинь, що висвітлювали б нові досягнення західноєвропейської думки, 6уло недостатньо, бо не було коштів на їх придбання. Цікаво, що однією з причин приїзду М. Ломоносона до Київської Академії у 1733р. було бажання ознайомитися з різними літописами і прочитати нові природничонаукові книги. Але Ломоносов не задовольнив повністю своєї потреби, так як окрім подарованих книг Академія на свої кошти у першій Половині XVIII ст. майже нічого не придбала. У Другій половині XVIII ст. фонд бібліотеки почав поповнюватися не тільки за рахунок пожертвувань та подарунків видатних діячів, але й через закупівлю. При Академії був спеціальний комісіонер, через якого можна було замовити потрібні книги. У Бреславі також друкувалися книжки на замовлення Академії.
Бібліотеки поповнювалися також за рахунок закупок, надходжень з видавництв України, Росії, Білорусі, Амстердама, Гамбурга, Галле, Берліна, Братислави, Данцига, Варшави, Лондона, Парижа, Рима, Болоньї та інших міст. Крім друкованих книг, в академічній бібліотеці зберігалися численні рукописи: невидані твори, хроніки, хронографи й хронічки, літописи, діаріуші, щоденники, а також лекції професорів, конспекти студентів, документи минулих віків, дарчі, грамоти, привілеї і поточна документація. Значне місце у бібліотеці займали періодичні видання. Так, у другій половині XVIII ст. Академія виписувала "Московские ведомости", "Санкт-петербургские ведомости", "Moskowische-Deutsche", "Litteratur Zeitung. Iena, Leipzig und Wein", низку літературних альманахів.
Зачну кількість книг привозили до Києва італійські купці З Ломбардії. Але мав місце і зворотний зв'язок. Деякі професори при переїзді на нове місце праці забирали книжки з собою. Так, книги були вивезені до Смоленської та Чернігівської семінарій. Такий жвавий рух книг в Україні задовольняв широкий попит різних верств населення в різноманітній літературі, в тому числі і з природознавства та техніки.
Справжнім святом для Академії і її студентів були щорічні Контрактові ярмарки в Києві. На ярмарки приїздили купці з книгами з різних країн. Особливо добрі контакти мала Академія з купцями з Ломбардії, які неодмінно розташовувалися зі своїми книгами, естампами, картами, навчальними приладами біля самої академічної брами. У 60-80-х рр. XVIII ст. Академія придбала Французьку енциклопедію під редакцією Дідро, "Всеобщую историю" в 125 томах, історичні твори відомих зарубіжних учених Г. Роллена, Л. Гольберга, Г. Кураса, "Краткий российский летописец" М. Ломоносова, праці професора Московського університету І. Третякова "О происшествии и учреждении университетов в Европе", "О государственном правлений и разных родах оного из французской Энциклопедии" Ф. Туманського, вихованця Києво-Могилянської академії, "Статьи о философии и частях ее из Энциклопедии" також києво-могилянця Я. Козельського, популярну на той час книгу "Жизнь и приключения Робинзона Крузо" Д Дефо й ін. В останні десятиліття XVIII ст. був укладений каталог книжок бібліотеки за окремими блоками: Святе Писання, грецька та латинська патристика, історія Церкви, книги на теологічні теми, книги з історії, географії, поетики, риторики, граматики, філософії, гомілетики, юриспруденції, медицини, геометрії, арифметики, астрономії, психології, нумізматики, художньої літератури і т.п. В окремих випадках зазначена мова, якою або з якої видані книги, кількість примірників тощо. Хоча каталог далеко не досконалий, але красномовний. Надрукований в "Актах и документах, относящихся к истории Киевской академии", він займав 150 сторінок тексту. Відвідавши 1792 р. Академію, російський освітній діяч В.В. Ізмайлов писав: "Я пришел взглянуть на библиотеку академии. В ней было много редких манускриптов, множество творений древности и творений новейших, где вкус, ученость и философия положили печать свою". Наставники навчали студентів, як треба поводитися з книгою: не класти її на коліна, не слинити, перегортаючи сторінки, а бережно, двома пальцями брати їх за верхній край, не загинати аркушів тощо.