Бібліотека, що комплектувалась протягом двох століть, являла собою унікальне зібрання світового значення, на якому вигострювали свій розум вихованці Академії. Вона відіграла важливу роль не тільки У формуванні знань і світогляду багатьох поколінь викладачів і студентів, а й мала вплив на розвиток української культури взагалі Її скарби були відкриті для всіх охочих. За академічними правилами "... бібліотекою вчителям у всі дні й години користуватися не забороняється, а учням і іншим бажаючим - у визначені дні й години".
З фондів бібліотеки Академії розпочали своє існування книгозбірні Переяславського та Чернігівського колегіумів.
А численні вихованці Академії, яким було прищеплено любов до книги, стали невтомними збирачами власних бібліотек, які, у свою чергу, заповітами їх власників поклали початок численним бібліотекам навчальних закладів України й Росії. На жаль, бібліотека Академії не збереглася до нашого часу. Значно постраждала вона від пожеж. Тільки 1780 р. згоріло близько 9 тис томів, 1811 р. - близько 1000, а з ними - ті цінні відомості, які, можливо, пролили б більше світла на нашу історію. У 1920-х рр. із закриттям Духовної академії бібліотека була розформована. Її книги потрапили до різних книгосховищ.
Частина їх знаходиться нині в Національній бібліотеці України ім.В. Вернадського.
На деяких з них можна побачити автографи власників - професорів, ректорів Академії, її покровителів, меценатів.
Про долю кожної бібліотеки "розповідають" її фонди. Історія фондів наукової бібліотеки відродженого Національного університету "Києво-Могилянська Академія" - це історія сучасного меценатського руху численних державних та громадських наукових організацій і установ, приватних осіб з України, США, Канади, Франції та інших країн. Серед майже 200 тис. прим. сучасного бібліотечного фонду більше половини становлять подаровані книжки. Гордістю бібліотеки є книжкові колекції. Традиція передачі приватних бібліотек до Академії бере початок ще з Петра Могили, який заповів їй все своє зібрання, що нараховувало понад 2 тис. вітчизняних та зарубіжних видань. Свого часу отримала Академія і книжкові колекції її першого ректора Йова Борецького та відомого письменника Тарасія Земки. Так народилася традиція, яка була підтримана багатьма видатними діячами України, випускниками Академії, її професорами і просто пересічними громадянами. Серед них - Варлаам Ясинський, Теофан Прокопович, Данило Туптало, Кирило Флоринський та ін. Багато книжок подарував бібліотеці історик М. Бантиш-Каменський.
Разом із відродженням Академії відродилася й ця традиція. Сьогодні наукова бібліотека має 14 бібліотечних колекцій. Це книжкові зібрання відомих українських вчених, літературознавців В'ячеслава Брюховецького та Йосипа Кисельова, мовознавця Віри Рінберг, географа Валерія Заїки-Новацького, письменника Дмитра Павличка, книгознавця Федора Сарани, інженера-будівельника Миколи Богданова; наших співвітчизників: канадців - лісівника Ярослава Головача, літературознавців Романа Струця та Олега Зуєвського, лікаря Володимира Чубатого - сина відомого правознавця; колекцій, короткі відомості про їх власників.
Засновник НаУКМА, перший її ректор В'ячеслав Степанович Брюховецький перші 1168 книжок із своєї домашньої книгозбірні передав ще у 1992 році. На сьогодні книжкова колекція В. Брюховецького нараховує понад 4000 одиниць зберігання (книжок, статей, брошур тощо). На формуванні колекції відбилася особистість її власника, відомого українського літературознавця, незаангажованого дослідника, шістдесятника. Книжкове зібрання науковця дає можливість визначити спрямованість його наукових пошуків у різні періоди творчості, особисті контакти з діячами культури та мистецтва. Основа колекції - літературознавча література та художні твори (понад 2500 прим), серед яких видання відомих українських класиків та сучасних письменників, зокрема Б. Грінченка, М. Коцюбинського, М. Вінграновського, Є. Гуцала, Л. Костенко, Г. Тютюнника, й літературознавців - Л. Білецького, О. Брика, Є. Кирилюка та ін. Більшість книжок сучасних письменників мають дарчі написи.
Книжкова колекція Віри Львівни Рінберг (1909-1995) - авторки близько 100 наукових публікацій із старослов'янської мови, історії давньоруської, української та російської мов, сучасної російської мови, методики викладання лінгвістичних курсів у вищій та середній школах, нараховує понад 300 книжок. Це наукові праці, присвячені проблемам мовознавства. Серед них цінні видання XIX - початку XX ст., які вже є раритетами, а також книжки, що можуть зацікавити не тільки мовознавців та істориків.
18 грудня 1996 року відбулась урочиста презентація-передача науковій бібліотеці НаУКМА книжкового зібрання із власної бібліотеки відомого українського бібліографа, книгознавця, літературознавця Федора Кузьмовича Сарани, який почав працювати у галузі бібліографії та літературознавства ще у 1945 році. З того часу науковець виступив як автор окремих праць, упорядник і редактор книг, присвячених творчості Т. Шевченка, А. Тесленка, І. Франка, Лесі Українки, П. Грабовського, В. Чередниченка, М. Некрасова, О. Герцена, О. Форш, О. Андрієвського, В. Ігнатієнка та ін.
Тривалий час Ф. Сарана підтримував плідні стосунки з відомими українськими книгознавцями Ю. Меженком, М. Ясинським, І. Корнєйчиком, Ф. Максименком, Н. Королевич тощо. Федір Кузьмович - учень Юра Меженка, зробив надзвичайно важливу і почесну справу - зберіг і передав до Інституту літератури ім. Т. Шевченка НАН України архів свого вчителя. Завдяки його плеканням було підготовлено і видано біобібліографію "Юрій Олексійович Меженко (1892-1969): Матеріали до біографії" (К., 1994). Серед багатьох праць Ф. Сарани почесне місце займає шевченківська тематика. Перу науковця належить багато праць про Т. Шевченка. Він був фактичним організатором, редактором двотомного "Шевченківського словника" (1978); автором статей у цьому виданні, за що одержав Державну премію УРСР ім.Т. Шевченка. Наукова спадщина Ф. Сарани становить понад 260 назв книг, брошур, статей, покажчиків, оглядів, рецензій. Найбільшою життєвою пристрастю Федора Кузьмовича було бібліофільство. Головним чином його цікавили українські видання 20-х років XX сі., вони і стали основою Його бібліотеки. Кілька сотень книг з цієї колекції мають автографи видатних людей України.
Федір Кузьмович заповідав своє зібрання трьом установам: рукописному відділу Інституту літератури ім. Т. Шевченка НАН України, Музею книги і друкарства України та науковій бібліотеці НаУКМА; Книжкове зібрання з власної колекції Ф. Сарани, подароване нашій бібліотеці, нараховує 1000 книжок: твори українських Класиків, праці вітчизняних літературознавців, різноманітні довідкові та бібліографічні видання.
Колекція Миколи Івановича Богданові, будівельника за фахом, нараховує понад 900 книжок, серед яких цінна наукова література з археології, історії, релігієзнавства, мистецтва, філософії, філології 70-90-х років видання. Зібрання розкриває духовний світ власника, бажання пізнати славне минуле свого народу, його духовні традиції, етнокультурну та історію на терені світового історико-культурного процесу.
Значну частину колекції складають книжки з мистецтва, зокрема "Византийское и древнерусское искусство" В. Лазарєва, "Художественные проблеми искусства Древней Греции" М. Алпатова, "Искусство Греции" В. По-левого, "Українське мистецтво" Д. Степовика, "Українське мистецтво другої половини ХVІІ-ХVIII ст." П. Білецького. Є і раритетні видання: "Изборник Святослава", "Житие Михайла Черниговского", "Житие Александра Невского" (репринтні видання пам'яток Х1-ХШ ст), "История византийской живописи" (у 2 т), "Український середньовічний живопис" тощо. Чільне місце у зібранні посідають праці з філософії та історії О. Блаватської, Д. Яворницького, О. Субтельного, Б. Крупинського, М. Губатого, М. Грушевського, І. Огієніна, а також книжки Ю. Асєєва, С. Кілієвича, М. Сагайдака, Я. Боровського, С. Висоцького, М. Берлінського з історії, культури та архітектури Києва, життя та побуту киян.
Особливу частину бібліотечних колекцій наукової бібліотеки НаУКМА становлять книгозбірні наших співвітчизників, які мешкають поза межами України. Кожне із зібрань відбиває культурні та наукові інтереси власника та його родини, коло спілкувань збирача.
У бібліотеці зберігається книжкова колекція Володимира Миколайовича Чубатого, який довгий час працював у Міністерстві здоров'я при Федеральному уряді Канади в Оттаві. До зібрання входить література англійською" німецькою, французькою, польською мовами. Певна його частина - книжки історичного змісту, зокрема періоду Другої світової війни, та меморіального характеру.
У бібліотечній колекції Юрія Паславського (США) поряд з науковими виданнями, актуальними політичними брошурами є звичайні дитячі часописи, книжки для читання та підручники, видані за океаном Це зібрання являє особливий інтерес як приклад бібліотеки, що збиралася трьома поколіннями родини Ю. Паславського протягом усього XX століття - спочатку в Україні, а потім в Європі та Північній Америці. І ось тепер колекція знов повернулася на батьківщину її власників. Література, зібрана в ній, дає чудову можливість дослідити наукові, культурно-освітні інтереси членів родини Ю. Паславського. Хронологічні межі колекції символічні - кінець XIX ст. - 1991 рік. Зібрання універсальне за змістом і складає понад тисячу видань. Основу становлять книжки українських класиків: Т. Шевченка, Лесі Українки, І. Франка, П. Мирного, І. Нечуя-Левицького, видані як в Україні, так і за кордоном. Зокрема, шевченкіана представлена такими раритетами, як видання 1918 року (Вінніпег), ювілейне 1960 року (Вінніпег-Нью-Йорк) та 14-томне 1961 року (Чикаго).