14 июня Народный Комиссариат Обороны (НКО) опубликовал приказ № 96, датированный 12 июня, который адресовался всем военнослужащим РККА и объявлял, что с 1 по 4 июня проходил военный совет в присутствии НКО и членов правительства. Участники заседания заслушали и обсудили доклад народного комиссара обороны К. Е. Ворошилова о раскрытой НКВД «изменнической контрреволюционной военной фашистской организации». Организация эта была «строго законспирированной и существовала долгое время и вела подлую подрывную деятельность и шпионскую работу в Красной Армии».Донесение военного атташе США в Москве от 17 июня вкратце подытожило потенциальное воздействие этой новой чистки. В предисловии к новому донесению атташе писал: «Недавняя казнь восьми бывших высокопоставленных командиров Красной Армии и самоубийство девятого свидетельствуют о кризисе в вооруженных силах Советского Союза, который вероятно серьезней любых беспорядков в Красной Армии со времен революции»?
Последовавшая затем чистка не закончилась в июне 1937 года. Она постепенно разрасталась вширь, охватывая всех, кто принадлежал к прежнему окружению первоначально приговоренных. На армию это подействовало катастрофически — особенно ввиду общего увеличения вооруженных сил, которое происходило одновременно с чистками. Потери были столь серьезными и стремительными, что в 1937 году для заполнения командных и штабных вакансий пришлось пойти на ранний выпуск учащихся Академии Генерального штаба имени Ворошилова. Из выпуска в 188 учащихся 68 были назначены на ключевые командные и штабные посты; еще 60 сами угодили под чистку и оказались расстреляны.
Была сделана попытка компенсировать потери ускоренным повышением в чинах младших офицеров. С 1 марта 1937 года по 1 марта 1938 года Красная Армия повысила в чине 39 090 офицеров, в том числе 12 — до командующих военными округами, 35 — до командующих корпусами, 116 — до командующих дивизиями и бригадами и 490 — до командующих полками и эскадрильями. После этого оптового перехода к новым командирам средний возраст полковых командиров стал от 29 до 33 лет, командиров дивизий — от 35 до 38 лет и командующих корпусами и армиями от 40 до 43 лет. Одновременно примечательно возросла быстрота выдвижения на более высокие командные посты. С 1 марта 1937 года по 1 марта 1938 года 1 офицера повысили до командарма 1-го ранга, 5 — до командармов 2-го ранга, 30 — до комкора, 71 — до комдива, 257 — до комбрига, 1346 — до полковника и 5220 — до майора. С другой стороны, с 9 февраля 1939 года по 4 апреля 1940 года 20 комкоров произвели в командармы 2-го ранга (правда, уже во время Финской войны). 7 мая 1940 года НКО присвоил С. К Тимошенко, Г. И. Кулику и Б. М. Шапошникову звание маршалов Советского Союза. Не считая этих новых маршалов, мало кто из новых командиров обладал хоть каким-то боевым опытом.
Чистки также создали огромную текучесть в среде командного состава, что неизбежно оказало негативное действие на военное планирование и боеготовность войск. Например, в ВВС командарм 2-го ранга Я. И. Алкснис был в 1937 году казнен, а сменивший его генерал-полковник А. Д. Локтионов арестован в 1939 году. Сменивший его генерал-лейтенант П. В. Рычагов тоже был арестован; оба они были расстреляны без суда в октябре 1941 года. В самый канун войны была арестована (и расстреляна в октябре) группа выдающихся старших офицеров.
Вдобавок к Локтионову, командующему Прибалтийским особым военным округом, и Рычагову в эту группу также входили генерал-лейтенант Я. В. Смушкевич — заместитель начальника Генерального Штаба Красной Армии, генерал-полковник Г. М. Штерн, начальник Управления Противовоздушной Обороны Красной Армии, генерал-майор Г. К. Савченко — заместитель начальника Артиллерийского Управления Красной Армии, генерал-лейтенант Ф. К. Арженухин, начальник Академии ВВС, генерал-майор И. Ф. Сакриер — заместитель начальника главного управления ВВС по вооружениям, а также генерал-майор И. И. Проскуров — бывший начальник Главного разведывательного управления Красной Армии (ГРУ).
В список подвергшихся чистке командиров входили два заместителя народных комиссаров обороны (Тухачевский и Егоров) начальники подготовки Красной Армии, противовоздушной обороны, разведки, артиллерии, войск связи, мобилизационного, образовательного и медицинского управлений; все 16 командующих военными округами; 90 процентов заместителей командующих военными округами помощников командиров, начальники штабов и командующие родов войск; 80 процентов командующих корпусами и командующих дивизиями; 91 процент командиров полков, их заместителей и начальников штабов. Эти ужасные потери унесли 3 из 5 маршалов Советского Союза, 2 из 4 командармов 1-го ранга, 12 из 12 командармов 2-го ранга, 60 из 67 командиров корпусов, 136 из 199 командиров дивизий и 221 из 397 командующих дивизиями. Даже НКВД не избежал сталинского гнева — более 20 000 сотрудников этого ведомства попали под чистку, в том числе 10 000 человек из внутренних и пограничных войск.
Некоторые командующие чудом спаслись только для того, чтобы сразу оказаться в горниле советско-германской войны. 17 августа 1937 года был арестован командующий Ленинградским военным округом К. К. Рокоссовский — предположительно за связь с подвергшимся чистке маршалом Блюхером, первоначально обвиненный в саботаже и ослаблении боеготовности. Позже Рокоссовского обвинили в работе на польскую и японскую разведку, но нелепость данных обвинений была на его процессе настолько очевидной, что он избежал смерти. Тем не менее Рокоссовский почти три года просидел в тюрьме НКВД и был освобожден только 22 марта 1940 года. Затем НКО, сделав поразительный, но характерный поворот, назначил Рокоссовского командующим 5-м кавалерийским корпусом, а в 1941 году — новообразованным 9-м механизированным корпусом. Везение Рокоссовского разделили будущий генерал армии А. В. Горбатов, комкор Л. Г. Петровский и еще несколько командиров, избежавших мрачной сталинской косилки.
Когда в 1941 году началась война, чистки все еще продолжались. Это хорошо иллюстрирует причудливое и ныне хорошо известное дело генерала Мерецкова. К. А. Мерецков, ветеран гражданской войны в Испании, начальник штаба многих военных округов, осенью 1940 года занимавший пост начальника Генерального штаба Красной Армии, был арестован в июле 1941 года за былую дружбу с дискредитированным и расстрелянным командующим Западным фронтом генералом Д. Г. Павловым. Мерецкову повезло больше, чем подавляющему большинству других. Хотя в тюрьме НКВД с ним обращались весьма жестоко, Мерецкову, как и Рокоссовскому, улыбнулась судьба, и он избежал расстрела. Более того, в сентябре 1941 года он был реабилитирован и вернулся на фронт. Мерецков пережил и Сталина, и войну, в 1945 году закончив войну командующим фронтом в звании маршала Советского Союза.
Продолжающаяся чистка поглощала также офицеров из аннексированных Советским Союзом государств (например, Латвии, Литвы и Эстонии). После захвата Советами этих прибалтийских государств местные офицеры получили офицерские звания Красной Армии. В их число входили генерал-майор А. Н. Крустыньш, командующий 183-й стрелковой дивизии 24-го территориального стрелкового корпуса, генерал-майор И. К. Черниус еще один командир дивизии, и генерал-лейтенант Р. И. Клявиньш, командующий корпусом. Многих командиров из других прибалтийских государств чистка поглотила уже во время войны.
Окончательная цифра той дани, которую взяли чистки с офицерского корпуса Красной Армии, все еще неизвестна. На заседании НКО 29 ноября 1938 года протокол зафиксировал слова Ворошилова: «В ходе очищения Красной Армии в 1937-1938 годах мы подвергли чистке более 40 ООО человек».Эта цифра конечно включала в себя все виды наказания — от расстрела до устного порицания. Более свежий анализ основанный на архивах Верховного Суда СССР и связанных с ним военных трибуналов дает общее число репрессированных с 1937 по 1941 год в 54 41716.
Чистки сокрушительно подействовали на боевой дух и боеготовность Красной Армии. Относительно беспристрастные иностранные наблюдатели были откровенны в своих суждениях и, как показали последующие события, не ошибались в оценках. Файмонвиль, военный атташе США в Москве, сообщал:
«Казнь выдающихся военных руководителей Красной Армии и самоубийство Гамарника вызвали в Красной Армии чувство удивления, доходящее чуть ли не до остолбенения. Боевой дух получил серьезный удар... Вероятно, Красной Армии потребуется целиком обучить вновь призванных новобранцев, прежде чем она вновь обретет тот высокий уровень боевого духа, которого она достигла до этого процесса».
Военный атташе США в Риге цитировал из аналитического доклада латвийской разведки, что «боевая эффективность советской армии настолько сильно пострадала от недавних расследований и казней, что советский режим и сам сознает, что ему нельзя оказаться втянутым в войну, и будет делать в данное время неограниченные уступки, лишь бы предотвратить большую войну». Латыши были правы в своем суждении, что Советы будут любой ценой избегать войны с великой державой (вроде Германии), но чистки не удержали Советский Союз от действий против малых держав вроде Польши или Финляндии или от ограниченных боевых действий против Японии. К ужасу латышей, чистки не удержали Советы и от действий в 1940 году против них. Однако, как они и считали, и как продемонстрировала Финская война, боеспособность Красной Армии серьезно снизилась.
Чистки также явно побудили немцев к военным действиям против Советского Союза. Согласно одному ретроспективному советскому анализу, «гитлеровская военщина пришла в экстаз. Начальник Германского Генерального штаба, генерал фон Бек, анализируя военное положение летом 1938 года, сказал, что Красную Армию нельзя считать вооруженной силой, так как кровавые репрессии подорвали ее боевой дух и превратили ее в инертную военную машину».Последующее выступление Красной Армии в Польше и Финляндии никак не развеяло данного впечатления.