Водночас різко погіршується становище гетьмана й на Правобережній Україні, де опозиційні сили зосереджувалися навколо Ю. Хмельницького. Провідну роль в їхній організації відіграли І. Богун, П. Дорошенко, І. Сірко та інші противники союзу з Польщею.
Наприкінці вересня 1659 р. зібралася Козацька рада в Білій Церкві, яка обрала новим гетьманом Ю. Хмельницького. У цій ситуації І. Виговський, відчуваючи втрату підтримки, не звернувся за допомогою до турків і татар, як йому дехто пропонував, скорився постанові й добровільно віддав гетьманські клейноди, а сам подався до Польщі. Спочатку дістав від польського уряду Київське воєводство, та в 1664 р. був страчений поляками за доносом тодішнього гетьмана Тетері. Трагедія Івана Виговського – цієї, безперечно, розумної людини, щирого українського патріота – полягала в тому, що пін, за словами І. Крип'якевича, знехтував здобутками Національної революції й намагався створити шляхетську Україну на зразок шляхетської Польщі [31, 97–98].
Остаточні політичні підсумки війни, які разюче дисонували з безпосередніми воєнними результатами, були закріплені у Переяславських статтях 17 жовтня 1659 р. Росія добилась більшості із поставлених нею на початку війни цілей: увівши війська в головні міста України, вона встановила реальний військово-політичний контроль над Лівобережжям, отримавши прямий доступ до його матеріальних, фінансових та людських ресурсів; дістала можливість безпосередньо впливати на призначення гетьмана та іншої старшини, суттєво урізавши владні повноваження гетьмана і козацької ради у кадрових та інших питаннях; домоглась формальної згоди козацької старшини не проводити самостійної, а тим більше відмінної від московської зовнішньої та внутрішньої політики; витіснила козацьку адміністрацію з Білорусії, позбавившись у цьому регіоні небезпечного конкурента.
Отримана в ході битви під Конотопом в середині літа 1659 р. блискуча перемога над російськими військами воєвод О. Трубецького, С. Пожарського та М. Хованського стала найбільшим тріумфом антимосковської політики гетьмана І. Виговського. Втім, перемога ця не вберегла гетьмана від політичного фіаско, що очікувало на Виговського вже у вересні 1659 р. і в причинах якого ще варто розібратися історикам.
Обравши на гетьманство Юрія Хмельницького (не стільки за його власні заслуги, скільки за одне лише прізвище), оточення нового регіментаря намагається неконфронтаційно вибудувати власну політику в стосунках з російським і польським монархами. Тогочасний польський експерт української політики С. Потоцький, тривалий час перебуваючи в козацькій Україні, в донесенні королю робить висновок, що оточення Юрія Хмельницького прагне досягти власних політичних цілей,»… обманюючи і лякаючи Вашу Королівську Милість царем, а царя Вашою Королівською Милістю…» [37, 156]. Так, дійсно, гетьманський уряд, декларуючи свою вірність гадяцькому курсу І. Виговського, разом з тим прагне поновити союзницькі стосунки з російським царем.
Реанімація союзу Війська Запорозького та російської правлячої династії в Чигирині планується на основі українського проекту від 17/27 лютого 1654 p., тобто без врахування доповнень російської сторони щодо обмеження суверенітету гетьманського уряду у сфері зовнішньої політики та фінансів. Концептуальний виклад нового бачення союзу подається в так званих Жердівських статтях – проекті української сторони, ухваленому у вересні 1659 р. на козацькій раді в Жердовій Долині. Відмінності проекту 1659 p., обумовлені тривалими стосунками Війська Запорозького з російським царем, виразно вказують на бажання старшини уникнути прикрих непорозумінь, що траплялися в попередні роки. Так, зокрема, Жердівські статті, поряд з вимогами про надання Війську Запорозькому гарантій непорушності його вільностей і прав, зафіксованих угодою 1654 p., у пункті другому наголошують на тому, що присутність царських воєвод має локалізовуватися лише Києвом. У разі, коли виникне потреба у введенні ратних людей царя до інших українських міст, вони повинні перебувати в підпорядкуванні українського гетьмана. Четвертий та п'ятий пункти акцентують увагу на праві Війська Запорозького на вільну, ніким не обмежену гетьманську елекцію. Шостий пункт вказує на гарантії владних повноважень полкової старшини у ввірених їй полках, причому в Києві, де мав розміщуватися російський гарнізон, і в Старому Бихові, з приводу підпорядкування якого точилися гострі суперечки з Москвою за гетьманства Б. Хмельницького та І. Виговського. Сьомий пункт застерігав право Війська Запорозького на ведення зовнішньополітичної діяльності. На увагу заслуговує також положення, що конституювало васальний принцип взаємин Війська Запорозького з царем. Відповідно до цього (положення) будь-яка кореспонденція, надіслана з України в російські державні структури, обов'язково мала бути завізована гетьманським урядом.
Отже, із запропонованого урядом Ю. Хмельницького проекту договору з царем напрошується висновок, що козацька еліта воліла й надалі перебувати під протекцією династії Романових, однак умови цієї протекції не мали виходити за межі середньовічної васальної залежності, причому – доволі м'якої форми, фактично номінального васалітету.
Однак офіційна Москва з цього приводу мала принципово інші міркування. Під час попередньої зустрічі представника гетьманського уряду Петра Дорошенка з царським представником князем Олексієм Трубецьким останній відмовився навіть обговорювати Жердівський проект, мотивуючи своє рішення тим, що в ньому»… многое написано вновь сверх прежних статей, которьіе даньї пре-жнему гетману (мався на увазі гетьман Б. Хмельницький.)», запропонувавши натомість перенести обговорення умов майбутнього союзу на загальну козацьку раду, де були б присутніми і гетьман, і старшина, і козаки [45, 166].
Зрозуміло, що апелювання до волі всього козацького товариства вповні влаштовувало російську сторону. Доречно пригадати, що саме О. Трубецькой восени 1657 р. брав активну участь у плануванні російським урядом провести загальну козацьку раду в Києві та винести на неї питання ревізії реального стану взаємин Війська Запорозького з російським монархом.
Утім, восени 1659 р. питання щодо місця проведення Генеральної ради викликало жорсткі дебати сторін. Усі добре розуміли, що приїзд Трубецького на Правобережжя, у давню козацьку столицю Трахтемирів (на чому наполягав гетьманський уряд, зважаючи на пануючі в цьому регіоні суспільні настрої та нечисленність симпатиків царя), змусить російську сторону бути більш поступливою на переговорах. Натомість, проведення Генеральної ради в Переяславі, оточеному царськими полками та в присутності промосковськи налаштованої старшини (зокрема, уряд переяславського полковника обіймав один із лідерів антигетьманського та промосковського повстання на Лівобережжі Тиміш Цицюра), робитиме більш уразливою позицію Ю. Хмельницького.
Усвідомлення важливості перемоги в цій «географічній» полеміці провокує ситуацію, за якої напруга в ході дебатів зростає настільки, що Трубецькой навіть змушений був вдатися до погроз гетьманському урядові: в разі відмови дослухатися його побажань застосувати наявну в нього воєнну силу. А оточення новообраного гетьмана, пішовши на поступку в цьому питанні, випустило ініціативу зі своїх рук під час самих переговорів, на яких уряд Хмельницького не лише не відстояв положення Жердівського проекту, а й був змушений прийняти цілу низку нововведень, що суттєво обмежували повновладдя гетьманського проводу навіть у порівнянні з договором 1654 р. Власне, на раді було підтверджено відновлення правомочності так званих «Прежних статей Богдана Хмельницкого», тобто формально – договору Війська Запорозького з царем 1654 р. Але, зачитана на Переяславській раді 1659 р. редакція договору 1654 р. була свідомо сфальсифікована російським урядом. Так, незважаючи на визнання царем і боярською думою права Війська Запорозького «…самим меж себя гетмана обират…», до процедури виборів було внесено принципової ваги доповнення [45, 167]. На відміну від редакції 1654 p., якою передбачалося лише надсилати до Москви відповідну інформацію про результати елекції – «…а кого гетманом обирут, и о том писать к нам…», відтепер необхідною передумовою визнання правомочності гетьманського обрання ставала поїздка претендента до Москви та отримання там царського затвердження – «…по обранню гетману ездить к великому государю […] и великий государь […] пожалует гетмана по чину: булаву и знамя и на гетманство свою государеву жаловальную грамоту дати ему ве-лит…» [45, 168]. Пам'ятаючи розвиток взаємин козацької еліти з царем у другій половині 1657 – на початку 1658 pp. та наполегливі заклики дипломатів Олексія Михайловича до Виговського прибути до білокамінної, аби там узгодити нові принципи взаємовідносин, неважко зрозуміти, коли московське керівництво усвідомило необхідність правового закріплення візиту до царської столиці новоприбулого регіментаря Війська Запорозького і які наміри при цьому переслідувались.