Інформацію про смерть гетьмана Б. Хмельницького 27 липня 1657 р. у Москві сприйняли як сигнал до початку рішучих дій по закріпленню своїх позицій в Україні. Розраховуючи активно втрутитись у вибори гетьмана та митрополита й нав'язати старшині свою волю в цьому питанні, царський престол уже в серпні 1657 р. послав в Україну двох послів – В.П.Кікіна та А.С. Матвєєва, а також кн. Г.Г. Ромодановського з військом. Вони мали забезпечити бажаний Росії сценарій виборів гетьмана та підготувати населення до введення воєвод. Офіційна Москва робила все можливе, щоб використати паузу міжгетьманства й змусити український уряд приймати важливі політичні рішення лише під контролем її представників.
Державницьки налаштована частина старшини розуміла, що затягування періоду міжгетьманства сприяє посиленню позицій Росії в Україні. Тому вона провела вибори гетьмана на старшинській, а не на загальній раді, оскільки старшинська рада краще відповідала розв'язанню головного на той час політичного завдання – обрати гетьмана на власній, а не організованій російським урядом раді і без участі в ній спеціального царського посланця кн. О.М. Трубецького. 26 серпня гетьманом Війська Запорозького був обраний І. Виговський.
Царський престол для досягнення своїх цілей вирішив здійснити дипломатичний тиск на гетьманський уряд. Він проігнорував обрання І. Виговського гетьманом, паралельно, через свого посланця А.С. Матвєєва запропонувавши Чигирину «статті» («пункти») з викладом основних положень нового бачення російським престолом українсько-російських відносин: 1) у найбільших українських містах мають стояти царські воєводи з військом, утримуватись вони повинні за рахунок місцевого населення; 2) податки з оренди, доходів і млинів мають надходити до царської скарбниці; 3) кількість реєстрових козаків має бути скорочена до 10–40 тис. чол.; 4) надалі кандидатуру гетьмана узгоджувати з царем; 5) обраного Київського митрополита обов'язково посилати на посвячення до Московського Патріарха тощо.
Ігнорування Росією рішень Чигиринської ради мало дестабілізуючий вплив на ситуацію в Україні. «Пункти» зачіпали інтереси всіх верств населення України, а тому в цілому були сприйняті з обуренням і розцінені як спроба наступу Росії на соціальні завоювання мас.
Лише після одностайної підтримки і схвалення учасниками Корсунської ради (жовтень 1657 р.) політичного курсу гетьмана щодо Росії, спрямованого на захист української державності й оборону козацьких вольностей (на раді було вирішено: «царській величності воль своїх не уступим і воєвод його ц.в. не хочемо»), та посилення антимосковських настроїв серед найзаможнішої частини козацтва і старшини, царський престол визнає нові реалії, які склалися в Україні. У цілому гетьманській партії до середини осені 1657 р. вдалося втримати стосунки з Московською державою на тому рівні, який існував за життя Б. Хмельницького, відстояти самостійність та не піти на поступки з ключових питань державного життя.
Антигетьманський заколот, який наприкінці жовтня спалахнув на Запоріжжі, створив сприятливу ситуацію для продовження царським престолом боротьби за ліквідацію самостійності козацької держави. Критикуючи новозаведені в Україні порядки та відмовляючись погодитись на зміни в гетьманському уряді, зроблені без їх участі, запорожці не пропонували альтернатив у межах ідеї незалежності України. Фактично у цей час вони починають виступати деструктивною, руйнівною по відношенню до української державності силою.
У своїй боротьбі з гетьманським урядом запорожці звернулись за підтримкою до царя, засвідчивши готовність Запоріжжя іти на всілякі поступки політичним планам російського уряду. Приїзд запорозьких послів у Москву дозволив останній включити один із головних механізмів реалізації нового політичного курсу щодо України – безпосередні стосунки з впливовою, опозиційною центральній українській владі політичною силою. Перед царським престолом відкрились широкі можливості щодо проведення політики політичного шантажу стосовно гетьманського уряду. Позиція судді-миротворця, який стоїть над обома партіями, давала царю додаткові важелі впливу на ситуацію.
Наприкінці грудня 1657 р., обнадіяний обіцянками російських прикордонних воєвод «в усіх потребах посилкувати», проти гетьмана повстав Полтавський полк на чолі з М. Пушкарем. Повстання, яке при таємній підтримці московських можновладців розросталось в Україні, створило зручне тло для висунення Росією нових вимог до українського уряду, що й було зроблено Б.М. Хитрово на раді в Переяславі в лютому 1658 р.
Маючи певні ілюзії щодо можливості і бажання царського престолу приборкати повстання в Україні, гетьман І. Виговський під тиском Москви погодився на її основні вимоги: виведення козацьких військ з Бихова та введення царських воєвод в українські міста. Проте приїзд Хитрово не вніс заспокоєння у ситуацію в Україні. Навпаки, неофіційно підтримавши М. Пушкаря, він спровокував подальше розростання конфлікту. Наказ царя обом сторонам конфлікту примиритись і розпустити війська означав, що Москва хотіла зберегти сили повстанців у недоторканності як противагу Виговському і розраховувала, спираючись на них, поступово обмежити владні повноваження козацької адміністрації.
Саме небажання капітулювати перед інтеграційними планами російського престолу привело український уряд до перегляду свого зовнішньополітичного курсу: взимку 1658 р. він підписує договір з татарами та йде на зближення з Польщею. Російський уряд тим часом з квітня 1658 р. почав практично готуватись до введення воєвод в українські міста, поставивши їм завдання розвідати фінансові і податкові можливості Війська Запорозького. Царський уряд прагнув усіляко обмежити козацький вплив на міське життя, передавши адміністративний апарат у руки міщанства, дії якого безпосередньо мали контролювати воєводи. Активно проводити курс на «примирення» гетьманського уряду і повстанців, а фактично сприяти «замороженню» конфлікту, в Україну навесні 1658 р. прибули царські посли І. Опухтін, І.А. Алфімов, Н.Х. Волков та П.Д. Скуратов. Але паралельно з цими «миротворчими» заходами Росія активно готувалась до воєнних дій, для чого концентрувала та доукомплектовувала Бєлгородський полк.
Подальше зволікання з прийняттям адекватних ситуації політичних рішень загрожувало повною втратою гетьманським урядом контролю не лише над розвитком подій, але й над стратегічно важливими територіями на лівому березі Дніпра та півдні Білорусії. Окрім того, перед старшиною почала вимальовуватись реальна перспектива втратити виборені в тяжкій війні з поляками «волі» та владу і перетворитись у справжніх царських холопів – позбавлених усяких політичних прав і залежних виключно від ласки самодержавного монарха.
Розгром гетьманом Виговським у союзі з татарами основних сил повстанців під Полтавою та загибель М. Пушкаря зруйнували всі плани царського уряду, основою яких була гра на протиріччях між гетьманською та опозиційною партіями, та перешкодили відправці царських воєвод в українські міста. Це була політична поразка Москви та її прихильників в Україні, яка послабила вплив російського престолу на українські справи.
Героїчна оборона Конотопа дозволила гетьману Виговському мобілізувати сили й вирушити на допомогу місту. В його розпорядженні була символічна підтримка від короля Речі Посполитої – близько 5 тис. жовнірів під командою коронного обозного Анджея Потоцького, а також козацькі полки та наймані загони молдаван, німців, поляків – загалом понад 55 тис. війська. Крім того, на допомогу прибула кримська орда на чолі з ханом, чисельністю близько 40 тис. вояків.
При наближенні до Конотопа вірні гетьману війська та татари 24 червня 1659 р. розбили передовий російський загін поблизу с. Шаповалівка й форсували р. Соснівка. На світанку 28 червня у бій проти військ Трубецького Виговський кинув частину сил, а решту козацьких полків і татар залишив у засідці за рікою. Зав’язавши бій по всій лінії фронту, гетьман віддав наказ про відведення своїх полків на вихідні позиції, імітуючи при цьому панічну втечу. Молодий російський воєвода князь Семен Пожарський, поставлений на чолі російської кінноти, гарячково кинувся переслідувати супротивника і, форсувавши Соснівку, потрапив у заздалегідь підготовлену пастку. Тим часом козаки за наказом старшин зруйнували міст, а перед тим загатили річку. Внаслідок цього вода почала заливати луки, унеможливлючи вдале маневрування важкої російської кінноти. Фланговий удар татарської орди та українських полків спричинив майже суцільне винищення корпусу Пожарського. Сам родовитий воєвода, а з ним ще й князі С. Львов, двоє Бутурліних та інші потрапили в полон. За образливу лайку на адресу кримського царя (як називали татари ханів) було страчено князя Пожарського, а після нього й велику кількість російських військовополонених, мотиви чого досі не до кінця з’ясовані істориками, адже людський товар кримська знать воліла за ліпше продати, а не знищувати.
Наступного дня український гетьман і кримський хан повели свої війська до Конотопа. Після жорстокої поразки напередодні Трубецький не наважився прийняти бій, а почав табором відходити до російського кордону. Помітивши цей маневр ворога, після заходу сонця Г. Гуляницький здійснив сміливу його атаку, в результаті якої до рук козаків потрапили багаті трофеї, 7 гармат, інша зброя та боєприпаси. Трохи згодом, під покровом ночі ворожий табір атакувала й кіннота Виговського та татарська орда. Їм вдалося розірвати оборону царського війська та завдати йому чималих втрат. Лише та обставина, що за маневром кінноти не встигла розгорнути свій наступ козацька піхота, порятувала Трубецького від цілковитої поразки. Проявивши мужність і самовладання російським ратникам вдалося витіснити козаків і татар зі свого табору та знову зімкнути оборонний рубіж.