Являясь главой государства, Президент РФ занимает в системе федеральных государственных органов особое положение. Согласно ч. 2 ст. 80 Конституции Президент принимает меры по охране суверенитета РФ, ее независимости и государственной целостности, обеспечивает согласованное функционирование и взаимодействие органов государственной власти. В соответствии с Конституцией, никакой государственный орган не может претендовать на суверенное осуществление всей полноты государственной власти в стране. Сама государственная власть не делится между органами - она едина. Именно Президент обеспечивает согласованное функционирование и взаимодействие органов государственной власти, хотя сам он непосредственно не принадлежит ни к одной из трех ветвей власти. В случае разногласий между ними Президент РФ имеет возможность инициировать согласительные процедуры и даже передать решение спора на рассмотрение соответствующего суда (ст. 85 Конституции), однако в процессе согласования он не представляет интересы какой-либо стороны. Обеспечение взаимодействия и согласованного функционирования всех государственных органов является, как обоснованно считает специалист конституционного права Л.А. Окуньков, одной из главных конституционных обязанностей Президента[9].
Вместе с тем наличие у главы государства упомянутой функции не означает, что он должен принимать решения или нести ответственность вместо названных органов. Усилия Президента по координации, объединению действий законодательной, исполнительной и судебной власти нельзя рассматривать как прямое директивное руководство или ограничение самостоятельности соответствующих органов. Глава государства не подменяет законодательные и исполнительные органы власти, а действует вместе с ними и через них, создавая необходимые условия для их слаженной работы. Интегрирующая роль большинства конституционных функций Президента применительно ко всем ветвям власти проявляется без привилегированного отношения к одной из них. Обеспечивая и направляя деятельность всех государственных органов РФ, и выполняя функцию по их координации, Президент действует только в пределах, установленных Конституцией РФ, точно так же, как и все остальные федеральные органы государственной власти: Федеральное Собрание, Правительство, суды. Они самостоятельно осуществляют свои конституционные функции.[10]
В Российской Федерации органами федеральной исполнительной власти являются Правительство РФ, министерства, государственные комитеты и иные органы исполнительной власти. Правительство РФ – самостоятельный институт, существующий наряду с институтом Президента. Такая конституционная конструкция разделения властей отличает российскую форму правления от ''классической'' модели полной президентской республики, которая принята в США, и в ряде других стран, где министры (главы департаментов) назначаются Президентом и осуществляют свою деятельность под его непосредственным руководством, образуя во главе с ним так называемый кабинет. Согласно ст. 110 Конституции исполнительная власть осуществляется Правительством РФ, и Председатель Правительства, а не Президент определяет основные направления деятельности Правительства и организует его работу (ст.113). Хотя, по Конституции, Президент РФ не является главой исполнительной власти, он связан с нею наиболее тесно. Так, Президент оказывает решающее влияние на формирование и отставку Правительства. Президент с согласия Госдумы назначает Председателя Правительства РФ (п. "а" ст. 83 Конституции) и принимает решение об отставке Правительства РФ (п. "в" ст. 83). Характерно, что если при назначении Председателя необходимо согласие Госдумы, то решение об отставке Правительства в целом принимается Президентом самостоятельно. Это объясняется тем, что Президент фактически персонально несет ответственность за деятельность Правительства, в которой он лично может участвовать: на основании п. "б" ст. 83 Конституции он "имеет право председательствовать на заседаниях Правительства РФ". Это правило как бы "связывает" Президента и Правительство. Тесная связь Президента и Правительства РФ подтверждается также тем, что Президент в силу п. "д" ст. 83 назначает на должность и освобождает от должности заместителей Председателя Правительства и федеральных министров. Своими указами Президент устанавливает структуру федеральных органов исполнительной власти. В соответствии с Указом Президента РФ "О структуре федеральных органов исполнительной власти" от 10 января 1994 г.[11] непосредственно Президенту подведомственны МИД России, МЧС России, МВД России, Министерство обороны, Минюст и ряд других федеральных силовых ведомств. Президент утверждает по представлению Председателя Правительства РФ положения о них и назначает их руководителей, а также осуществляет иные полномочия как Верховный Главнокомандующий Вооруженными Силами РФ и Председатель Совета Безопасности РФ. Правительство РФ только координирует деятельность перечисленных государственных органов.
Президент РФ как глава государства совместно с Правительством РФ обеспечивает в соответствии с Конституцией РФ осуществление полномочий федеральной государственной власти на всей территории РФ (ч. 4 ст. 78). В реализации данной функции Президента РФ особую роль играют Государственный Совет РФ, а также институт полномочных представителей РФ в федеральных округах. Указом Президента от 1 сентября 2000 г. было утверждено Положение о Госсовете РФ. По своему статусу этот орган является совещательным, содействующим реализации полномочий Президента РФ по вопросам обеспечения согласованного функционирования и взаимодействия органов государственной власти. На его заседаниях, где председателем является Президент РФ, обычно обсуждаются проблемы, касающиеся взаимоотношений РФ и её субъектов, важнейших аспектов государственного строительства, укрепления основ федерализма и т.п.
Согласно ст. 83 Конституции РФ Президент формирует свою Администрацию. Это орган, являющийся собственно рабочим аппаратом Президента в исполнении возложенных на него Конституцией и федеральными законами функций. Администрация Президента имеет аналитические и экспертные подразделения и не располагает собственными властными полномочиями. Президент в установленном Конституцией порядке принимает меры по охране суверенитета, независимости и государственной целостности РФ (ст. 80). В этом ему помогает Совет Безопасности, который он на основании п. "ж" ст. 83 формирует и возглавляет. Аппарат Совета Безопасности РФ является самостоятельным структурным подразделением Администрации Президента и имеет статус главного управления Президента РФ. Являясь совещательным органом, Совет Безопасности осуществляет подготовку решений по вопросам государственной безопасности, которые оформляются указами Президента. В состав Совета Безопасности входят министры обороны, МИД, МВД, директор СВР, директор ФСБ и другие лица.
Президент имеет определенные рычаги воздействия и на законодательную власть. Как глава государства, он назначает выборы нижней палаты Парламента- Государственной Думы Федерального Собрания РФ. Президент обладает сильным «оружием» для давления на Думу при назначении Председателя Правительства РФ: после трехкратного отклонения представленных кандидатур он вправе распустить палату и назначить новые выборы, а Председателя Правительства назначить самостоятельно. Президент имеет возможность ограждать Правительство от необоснованного, по его мнению, ограничения законодательной властью свободы действий власти исполнительной. Так, Президент может не согласиться с выраженным Думой недоверием Правительству и в предусмотренных Конституцией случаях и порядке распустить Госдуму (ст. 84,109,111,117). Президент наделен правом, обращаться с посланиями к федеральному законодательному органу, правом законодательной инициативы (ст.104), и отлагательного вето. Президент в случае несогласия с законом может его отклонить и направить на новое рассмотрение в палаты Федерального Собрания (ст.107). По Конституции законы принимаются Госдумой, одобряются Советом Федерации, направляются на подпись к Президенту; однако, законодательный процесс, имеет массу недостатков: если вето Совета Федерации Госдума может реально преодолеть, то вето Президента преодолеть очень сложно, так т.к. закон не действует, пока он не подписан президентом и не опубликован. Законы, с которыми Президент принципиально не согласен, могут быть им не подписаны неограниченное количество времени (не действовать), поскольку за неисполнение обязанности подписать закон в течение семи дней (после преодоления президентского вето) не предусмотрено никаких санкции со стороны других государственных органов. Как отмечает Сумбатян Ю.Г, - «..за подобные действия Президента единственно возможными санкциями являются реакция средств массовой информации, уменьшение шансов на победу на следующих выборах Президента и т.д., но это все не всегда способно заставить Президента соблюдать Конституцию».[12] Стоит отметить, что право отклонения законов неприменимо к федеральным конституционным законам, которые принимаются квалифицированным большинством голосов в обеих палатах Парламента, а также к тем федеральным законам, которые повторно одобрены в ранее принятой редакции ⅔ голосов от общего числа членов Совета Федерации и депутатов Госдумы.