Никон, осознавая, что ему не удается покончить дела без восточных патриархов, послал своего родственника, жившего в Воскресенском монастыре, пробраться в Турцию и доставить письмо константинопольскому патриарху. В этом письме он изложил всю свою распрю с царем и боярами, порицал Уложение (как приведено выше), осуждал поступки царя, замечал, что Алексей Михайлович «весь род христианский отягчил данями сугубо и трегубо». Но больше всего жаловался на Паисия Лигарида, указывая на то, что он верует по-римски, а также принял от папы рукоположение, в Польше служил в костеле римско-католическую обедню, но несмотря на эти обстоятельства царь его приблизил к себе, слушается его и сделал председателем на соборе. Однако это письмо не дошло к Дионисию. За Никоном и всеми его поступками зорко следили его противники, послание Никона было доставлено государю и окончательно вооружило Алексея Михайловича против него.
Чувствовалась и сознавалась потребность скорейшего прекращения смут в церкви. Удаление патриарха и долгое отсутствие верховной церковной власти активизировали деятельность противников преобразования, начатого Никоном. У них неожиданно появилось общее с сильными земли: царем, боярами, со всеми, кто ненавидел патриарха, главным виновником изменений церковной буквы и обряда.
3.4 Разрешение спора двух государей
2 Ноября 1666 года для рассмотрения дела Никона в Москву приехали александрийский патриарх Паисий и антиохийский Макарий. После первых церемоний и угощений они предварительно занялись исследованием дела, которое им предстояло решить. В помощь им были назначены два архиерея, Павел Крутицкий и Иларион рязанский и Паисий Лигарид, который стал докладчиком по делу Никона перед вселенскими патриархами. Он составил обвинительную записку против московского патриарха, которая заранее настроила судей против обвиняемого. Следует отметить, что Паисий в своей записке старался настроить Паисия и Макария против Никона, утверждал, что будто московский патриарх посягал на право и власть вселенских патриархов, и в доказательство приводил весьма сомнительные факты, указывая, главным образом, на то, что Никон из высокомерия вымышлял себе разные титулы.
29 Ноября псковский архиепископ Арсений, ярославский архимандрит Сергий и суздальский Павел отправились звать Никона на собор. Московский патриарх сначала отказывался и всячески упирался. Однако, на другой день, 30 ноября, Никон отслужил заутреню, затем — литургию, в архиерейском облачении, поучал братию о терпении, а к вечеру выехал в санях. Но посланные за ним духовные лица успели дать знать в Москву, что Никон принял их нечестно, «не идет и не сказал, когда поедет». Тогда в столовой избе, в присутствии государя и бояр, собравшиеся вселенские патриархи и русские духовные лица послали другой вызов Никону, с упреком за непослушание и приказанием прибыть в Москву 2 декабря, во втором или третьем часу ночи и остановиться в Кремле на Архангельском подворье. Никон был уже в дороге, когда его встретило второе посольство. Он остановился в селе Чернове, так как ему было приказано ждать до ночи 2 декабря, а 1 декабря к нему послали третье приглашение, но оно было уже излишним, так как Никон ехал туда, куда его звали, очевидно, враги хотели усугубить его вину и дать делу такой ход, будто Никон не слушался соборного призыва. Следует отметить, что по древнему обычаю, если призываемый на собор после третьего приглашения ослушивается, то его считали виновным.
В город московский патриарх въехал около полуночи, его поместили в дом, который находился у самых Никольских ворот, в углу Кремля и был окружён стражей, Никольские ворота не открывались, даже мост у этих ворот разобрали.
В 9 часов утра начался собор, Никон вошел в столовую избу торжественно, как патриарх, прочитал молитву, поклонился царю, патриархам и всем присутствующим. Все, кроме царя приветствовали Никона стоя. Первым сои обвинения зачитал государь. Дело получало такой вид, как будто собор должен рассудить двух государей. Царь прежде всего жаловался, что Никон оставил церковь на девятилетнее вдовство, из-за чего восстали раскольники и мятежники. Московский патриарх, в свою очередь, вспомнил дело об обиде, нанесённой окольничим Хитрово патриаршему боярину. Но собор не счёл это оскорблением, направленным на Никона. Тогда государь велел прочесть перехваченное письмо Никона к константинопольскому патриарху Дионисию. Оно послужило нитью для целого допроса. Это послание перебрали пункт за пунктом, особенно тщательно разобрали ту часть, в которой Никон обвиняет Паисия Лигарида. Патриарх прямо обвинял Паисия в латинстве перед Дионисием, находил незаконным собор, на котором Лигарид был председателем, и писал так: «С этого беззаконного собора прекратилось соединение святой восточной церкви, и мы от благословения вашего отлучились, а начаток волями своими приняли от римских костелов». За это место собор особенно уцепился, потому что оно подавало повод обвинить Никона в самой тяжелой вине: в хуле на православную церковь. Затем его старались уличить во лжи и найти противоречие в том, что он отказывался от патриаршества, а потом называл себя патриархом.
5 декабря собор вновь был созван. У Никона на этот раз отняли крест, который раньше носили перед ним. Никона допрашивали вперебивку о разных происшествиях, но больше всего его старались уличить в том, что он будто бы сказал: «Будь я анафема, если захочу патриаршества!» В этом свидетельствовали новгородский митрополит Питирим, тверской архиепископ Иоасаф и Родион Стрешнев. Никон по-прежнему уверял, что не произносил таких слов. Собор длился довольно долго, московский патриарх отрицал свою вину по всем пунктам обвинений. В конечном итоге александрийский патриарх задал вопрос греческим духовным лицам: «Чего достоин Никон?». Ему отвечали, что московский патриарх заслуживает отречения от церкви и лишения священнодействия. Александрийский патриарх в звании судьи вселенной, произнес приговор, в котором было сказано, что, по изволению Святого Духа и по власти, данной патриархам, с согласия других патриархов, постановляют, что «отселе Никон, за свои преступления, более не патриарх и не имеет права священнодействовать, но именуется простым иноком, старцем Никоном».
12 декабря собрались вселенские патриархи и все духовные члены собора в небольшой церкви Благовещения, в Чудовом монастыре. Привели Никона. Приговор был произнесён повторно, в нём обвиняли бывшего московского патриарха главным образом за то, что он произносил хулы: на государя, называя его латиномудренником, мучителем, обидчиком; на всех бояр; на всю русскую церковь, говоря, будто она впала в латинские догматы; а в особенности обвинения, направленные на газского митрополита Паисия, к которому питал злобу за то, что он говорил всесветлейшему синклиту о некоторых гражданских делах Никона. Ему поставили в вину низвержение коломенского епископа Павла, обвиняли в жестокости над подчиненными, которых он наказывал кнутом, палками, а иногда и пытал огнем. «Призванный на собор Никон, — говорилось в приговоре, — явился не смиренным образом, как мы ему братски предписали, но осуждал нас; говорил, будто у нас нет древних престолов, и наши патриаршие рассуждения называл блудословиями и баснями». С Никона сняли клобук и панагию.
На другой день утром царь прислал к Никону Родиона Стрешнева сзапасом денег, мехов и одежд. Однако Никон ничего не принял. Стрешнев сказал, что царь просит прощения и благословения. На что бывший патриарх ответил: «Будем ждать суда Божия!» 13 декабря толпы народа стали собираться, чтобы поглазеть, как повезут низвержённого патриарха. Его провожало 200 стрельцов. На пути одна вдова поднесла Никону теплую одежду и двадцать рублей денег. Он принял это, как милостыню, при этом, отказавшись взять подачки от царя.
В Ферапонтовом монастыре (находившемся недалеко от Кирилло-Белозерского монастыря) Никон содержался под надзором присланного архимандрита Новоспасского монастыря. Ему запрещено было писать и получать письма. Он долго не хотел принимать никаких государских запасов. Однако влияние Никона его было так велико, что и ферапонтовский игумен и архимандрит, приставленные к нему, и, наконец, сам царский пристав Наумов величали его патриархом и принимали от него благословения. Царь по прошествии некоторого времени через пристава заговорил со своим прежним другом о примирении. Никон написал царю: «Ты боишься греха, просишь у меня благословения, примирения, но я тебя прощу только тогда, когда возвратишь меня из заточения».
В сентябре 1667 года царь повторил свою просьбу, и Никон отвечал, что благословляет царя и все его семейство, но если царь возвратит его из заточения, то он простит и разрешит его окончательно. Но царь не возвращал Никона. Приставленный к бывшему патриарху архимандрит Иосиф в 1668 году сделал донос, что к нему приходили воровские донские казаки и намеревались освободить его из заточения. Никона стали содержать строже. Перед его кельей всегда стояло двадцать стрельцов с дубинами, много людей было схвачено и подвергнуто пыткам по подозрению в сношениях с опальным патриархом.
Вскоре царь опять сжалился над Никоном: умерла царица Марья Ильинишна, и государь отправил к нему Стрешнева с деньгами, но Никон ничего не принял. Но долгие страдания стали подламывать волю Никона. В конце 1671 года он написал царю примирительное письмо и просил прощения за все, в чем был виноват перед царем. «Я болен, наг и бос, — писал Никон, — сижу в келье затворен четвертый год. От нужды цынга напала, руки больны, ноги пухнут, из зубов кровь идет, глаза болят от чада и дыму. Приставы не дают ничего ни продать, ни купить. Никто ко мне не ходит и милостыни не у кого просить. Ослабь меня хоть немного!»