После смерти Петра 1 Священный Синод был подразделён на два департамента: первый состоял из иерархов и занимался духовными делами, второй включал лиц светского звания. В отношении религиозных сект политика была сложной; государство рассматривало церковь как часть себя самого и вплоть до 19 в. Религиозная оппозиция воспринималась, прежде всего, как политическая и соответственно преследовалась.
Святейший правительствующий Синод управлял непосредственно церковными делами. Его членов – церковных иерархов и обер – прокурора, фактически возглавлявшего Синод, назначал император. Синод представлял собой фактически орган отраслевого государственного управления, своего рода министерство по делам Русской православной церкви. В основных законах, утвержденных еще Павлом 1, говорилось, что «Христианская православная вера есть первенствующая и господствующая», а «Император, яко христианский государь, есть верховный защитник и хранитель догматов господствующей веры, и блюститель правоверия и всякого в церкви святого благочиния. На церковь возлагалось ведение актов гражданского состояния, брак был религиозным и заключался, и регистрировался в церкви. Дела семейные (конфликты между супругами, родителями и детьми, дела о расторжении брака) рассматривались в церковных судах (епархиальных консисториях) по церковному (каноническому) праву. Преступления против веры стояли на первом месте в Уложении о наказаниях уголовных и исправительных и рассматривались как тяжелые государственные преступления. [13]
Если в XVIII в. Синод пользовался определенной автономией и роль обер-прокурора не была велика, то с конца XVIII - начала XIX в. процесс сближения церковного управления с государственными структурами привел к лишению Синода ряда функций публичной власти. С 1802-1803 гг. все его сношения с государственными учреждениями и императором велись только через обер-прокурора, получившего наравне с министрами право всеподданнейшего доклада царю. В 1817 г. статус Синода был понижен включением его в состав Министерства духовных дел и народного просвещения князя А.Н.Голицына на правах отделения департамента. Этот опыт вызвал оппозицию со стороны православного духовенства и ведомственную рознь чиновников. В 1824 г. статус Синода был восстановлен.[14]
Реформы, проведенные обер-прокурорами С.Д.Нечаевым и Н.А.Протасовым в 30-50-е гг. XIX в., в целом завершили перестройку высшего церковного управления на ведомственный лад. При обер-прокуроре С. Д. Нечаеве (1833 – 1836 гг.) Синод лишился права ревизии финансов церкви. Но самые значительные изменения произошли при графе Н. А. Протасове, занимавшем эту должность последующие почти два десятилетия. Преобразования Протасова явились логическим завершением реформы Петра Великого. Для начала Протасов учредил собственную канцелярию по образцу министерств, а синодальную, тоже подвластную ему, значительно расширил. Синод превратился в большое и сложное «министерство» по делам православия. В его составе возникли новые учреждения. В 1836 г. был создан Хозяйственный комитет, через 3 года преобразованный в Хозяйственное управление, в 1839 г. - Духовно-учебное управление и канцелярия обер-прокурора Синода. Директора и управляющие всех учреждений Синода подчинялись непосредственно обер-прокурору. Канцелярия Синода в 1839 г. также была подчинена обер-прокурору учреждением должности управляющего. В случае обсуждения предметов особой важности по назначению обер-прокурора собирался своего рода совет министра - Консультация из начальников структурных подразделений Синода. Компетенция синодального присутствия все больше уменьшалась из-за изъятия части дел обер-прокурорским надзором.[15] Образовалась сеть особых отраслей управления с большим числом светских чиновников, контролируемая обер-прокурором. Теперь Синод не мог вынести никакого определения по хозяйственным, учебным и личным другим, даже чисто конфессиональным делам без предварительной подготовки их в соответствующих столах (отделах) канцелярии.
благодаря энергии Протасова были приведены в исполнение многие распоряжения, которые без него многие годы пылились бы в архивах Присутствия:
1.воссоединение униатов с Православной Церковью;
2.обеспечение приходского духовенства;
3.учреждение новых епархий на западе России;
4.издание устава духовных консисторий;
5.преобразование духовных училищ в духе тогдашнего режима.[16]
В деле церковного управления граф Н. А. Протасов ввел некоторые улучшения. Прежде всего, он обратил внимание на епархиальное управление, в котором до тех пор, так же как и в XVIII в., царили произвол и бесправие, а низшее духовенство страдало от деспотизма епископов. Введенный Протасовым Устав духовных консисторий (1841) внес в этом отношении значительные улучшения. «Протасов, будучи сам деспотом, сокрушал всякое самовластие со стороны епархиальных архиереев, руководившихся в управлении произволом и не терпевших никаких против себя протестов. У него на суде равны были и дьячок и архиерей. С его эпохи узнали, что и архиереев можно судить, что и для них писан закон, что и на них можно жаловаться в Синод».
Все эти преобразования преследовали только одну, высшую цель охранение основ самодержавия, что полностью соответствовали желанию императора Николая I выстроить некую систему, не допускавшую в Россию опасных для монархии новомодных философских учений, обеспечивавшую его личный контроль во всех сферах жизни.
Таким образом, передача в ведение обер- прокурора сфер деятельности Синода путем подчинения ему старых учреждений и создания новых привела к усилению института обер-прокуратуры. Из органа надзора он постепенно превратился в орган власти, что явилось итогом реформ. С 1835 г. Обер-прокурор Синода приглашался на заседания Государственного совета и Комитета министров для объяснений по делам своего ведомства. Поэтому, можно говорить о том, что в середине XIX в. обер-прокурор Синода играл в церковном управлении центральную роль. Подавляющее большинство исследователей считало и продолжает считать его должность равной министерской. Однако, с точки зрения законодательства положение обер-прокурора Синода оставалось неопределенным, что отмечалось уже некоторыми дореволюционными историками государственного права (Ивановский 1895: 275; Лазаревский 1910: 174-175; Захаров 1912: 269, 308-309). Так, обер-прокурор Синода не являлся, как министры, присутствующим по первому департаменту Сената (Свод 1857: Ст. 8, 65) и не был членом Государственного Совета и Комитета министров по должности. Фактически, имея чин IV класса. [17]
Рассмотрев взаимоотношения церкви и государства с начала XVII по сер. XIX вв., можно сделать следующие выводы: Русская Православная Церковь только с первого взгляда казалась стройной, единой и сильной организацией, на самом деле она находилось в усугубленном положении, которое определялось законодательными актами, принятыми еще при Петре Великом. Введение синодальной системы с подчинением Церкви государственному аппарату лишили её самостоятельного голоса в обществе, права печалования перед государём за гонимых, уподобили приходского священника полицейскому чиновнику, который присягал служить властям, сообщая о политических настроениях своей паствы даже в нарушении тайны исповеди (что по церковным канонам должно вести к извержению такого священника из сана). Видно, что Святейший Синод как высшая инстанция управления Русской Православной Церковью со временем попадал во все большую зависимость от государства, что явилось причиной усиления власти обер-прокурора. Административный аппарат Церкви, после преобразований Протасова, был так сильно централизован, что в руках обер-прокурора оказались все его нити. Многочисленные управленческие инстанции сильно ограничивали деятельность Присутствия Святейшего Синода.