Діяльність братських шкіл - перший досвід організації роботи школи на основі класно-урочної системи. Учнів ділили на три групи, з якими проводили різну за змістом роботу: одні вчилися розпізнавати букви і склади, інші - читати і вчити напам'ять різні уроки, треті - пояснювати прочитане, міркувати.
При братських школах існували так звані "братства младенческие", завданням яких було моральне виховання юнацтва. До складу таких молодіжних братств входили всі учні братської школи.
Діяльність братських шкіл проходила в умовах посилення національно-релігійного гніту. У 20-х роках 17 століття занепала Львівська братська школа, не витримавши врешті-решт нерівної боротьби з єпископом Балабаном і католицьким духовенством. В 1627 р. студенти єзуїтської колегії напали на Луцьку братську школу, побили її учнів, знищили частину книг. Нападів і розорення зазнавали також братські школи в Берестеї, інших містах.
Наступ католицизму, що посилювався з року в рік, розорення і занепад ряду православних культурних центрів змусили просвітників України шукати захисту й підтримки в надійному місці. Таким місцем виявився Київ. Економічне становище, духовні традиції Києва, старі зв'язки з різними землями та містами України відіграли важливу роль в його відродженні як всеукраїнського центру.
Значний вплив на політичний статус Києва справило Запорізьке козацтво. Під його впливом перебувала велика територія Наддніпрянщини, в тому числі й Київ.
У 1620 р. з ініціативи гетьмана П. Сагайдачного була відновлена Київська митрополія. Митрополитом став однодумець гетьмана Іов Борецький, якого висвятив Єрусалимський патріарх Феофан. Були також висвячені єпископи на всі єпархії. Ця подія значно зміцнила авторитет Києва в боротьбі проти католицької експансії. До Києва потяглися культурно-освітні діячі з різних земель України.
Основними культурно-освітніми центрами Києва на початку 17 ст. стають Київське братство та осередок учених при Києво-Печерській лаврі на чолі з архімандритом лаври Єлисеєм Плетенецьким,
У 1615 році братство заснувало школу, що стала родоначальницею майбутньої Києво-Могилянської академії. Завдяки підтримці освітніх діячів, більшість з яких мала досвід наукової та педагогічної роботи, вона швидко досягла високого рівня.
Велике значення для становлення школи мала її матеріальна підтримка з боку заможних громадян. 15 жовтня 1615 р. шляхтянка Галшка (Єлизавета) Гулевичивна подарувала свій двір на Подолі для влаштування монастиря, школи і притулку для прочан.
Особливо велику підтримку Київська братська школа отримала від гетьмана Петра Сагайдачного. Очолюване ним Запорозьке військо вступило до братства, засвідчивши цим самим свою солідарність з програмою братства і взявши його і школу під свій захист. Усе своє майно П. Сагайдачний перед смертю заповідав Київському та Львівському братствам і школам при них.
При створенні Київської братської школи був врахований досвід уже існуючих шкіл. В основу навчання покладалися слов'янська, грецька, латинська, польська мови, а також "сім вільних наук".
Першим ректором Київської братської школи був Іван Борецький (1615-1618 рр.). В основу діяльності школи він поклав статут Львівської братської школи.
Позитивну роль у розвитку Київської братської школи відіграло те, що в 1620 році в Україні була відновлена вища православна ієрархія, а Київське братство здобуло право ставропігії, тобто автономії щодо вищих церковних властей.
Після І. Борецького ректорами Київської братської школи були Мелетій Смотрицький, Касіян Саиович, Тарасій Земка.
У навчально-виховному процесі школи утверджувалися демократичні принципи організації життя вихованців. Так, у статуті школи були чітко визначені права й обов'язки учнів, учителів і батьків, що сприяло об'єднанню зусиль школи і сім'ї, опікунів у вихованні дітей. Учні повинні були систематично відвідувати уроки, добре вчитися, слухатися старших і вчителів, бути скромними і стриманими; вчителі - ставитися до всіх учнів однаково вимогливо і з повагою, добре знати свій предмет, бути прикладом у всьому. Батьки мусили стежити за навчанням учнів, їхньою поведінкою, не порушувати встановлених у школі вимог до вихованців.
Щосуботи з учнями проводилися релігійно-етичні бесіди, які іноді мали гостро полемічний соціальний характер .Багато уваги приділяли національному вихованню учнів.
Про зв'язки виховання з життям народу, подіями, що відбувалися в країні та в житті братства і школи, свідчать твори, написані вчителями й учнями школи. До них належать,
наприклад, гостро сатиричне "Послання" Ісайі Копинського відступникові від православ'я князю Ієремії Вишневенькому, який прийняв католицьку віру. Цими ж ідеями пройняті "Протестація" Іова Борецького на захист відновленої православної ієрархії й "Вършь на жалостный погреб зацного рыцера Петра Конашевича Сагайдачного..." К. Саковича прочитані в день похорон гетьмана.
Восени 1631 року в Києві виникла ще одна школа - Лаврська . Її засновником був архімандрит Києво-Печерської лаври Петро Могила. Ректором став Ісайя Трохимович. Навколо шкіл почали гуртуватися різні верстви населення Києва. Зокрема, братська школа об'єднувала вчених і письменників, які відстоювали передусім інтереси ремісників, а лаврська - духівництва й багатої шляхти.
Однак лаврська школа не користувалася популярністю у киян через переважання в її плані латинської мови. Відкриття школи такого типу при Києво-Печерській лаврі суперечило також заповіту Іова Борецького про те, щоб "фундувати" школи лише при братстві.
Члени Київського братства разом із Запорозьким військом вимагали об'єднання братської і лаврської шкіл. Це відбулося 1632 р. і було узаконено актом, підписаним Київським митрополитом Ісайєю Копинським, єпископом Луцьким і Острозьким Ісаакієм Борисковичем, єпископом Авраамієм.
Новоутворена школа функціонувати на Подолі у приміщенні братської школи. У зв'язку з цим братство визнало Петра Могилу старшим братчиком і фундатором школи. Останнє дало привід називати новоутворений навчальний заклад "Києво - Могилянським колегіумом". У 1633 р. Київська колегія була визнана польським урядом.
Діяльність новоутвореного навчального закладу розвивалася на вищому рівні порівняно з попереднім періодом. У колегіумі зосередилися кращі науково-педагогічні сили України, які намагалися піднести рівень навчання і виховання учнів.
Навчальний план колегіуму передбачав, як і раніше, вивчення слов'янської, грецької, латинської і польської мов. Значна увага приділялася "семи вільним наукам" - граматиці, риториці, діалектиці, арифметиці, геометрії, астрономії та музиці.
Навчання здійснювалось слов'янською мовою. Згодом частину навчальних курсів, зокрема філософію та її складові почали викладати латинською. Навчальний рік розпочинався 1 вересня і тривав до початку липня.
Викладачі колегіуму, взявши за основу групову систему навчання, якої дотримувалися в братських школах України, внесли багато нового не лише в зміст, айв організацію навчального процесу. Так, навчання загалом тривало дванадцять років, хоча класів було вісім. У чотирьох молодших (фара, інфіма, граматика і синтагма) навчання тривало по одному року. Учні навчалися читати й писати слов'янською, грецькою й латинською мовами, вивчали граматику, переклади тощо. У програми цих же класів входило вивчення катехізису, арифметики, нотного співу. У двох середніх класах (піїтика і риторика) багато уваги приділялося теорії і практиці складання віршів, промов, поглиблювалося знання мов. У двох старших класах студенти вивчали діалектику, геометрію, логіку, астрономію, частково філософію і богослов'я, а також гомілетику.
У класах учнів розміщували у певному порядку відповідно до їхньої успішності: ті хто навчався добре, сідали за першими столами. Хто погано - за останніми. Кращі учні називалися аудиторами. До приходу вчителя в клас вони перевіряли виконання домашніх завдань у решти учнів, виставляли у "нотати" оцінки. Після приходу вчителя аудитори доповідали йому про успіхи учнів. Оцінки вчитель перевіряв, опитуючи декого з учнів.
Для нагляду за порядком у церкві обиралися "цензори". Вони суворо стежили за тим, щоб поведінка учнів була пристойною, "відповідною священному місцю".
У час дозвілля молодші учні влаштовували ігри, старші - співали у хорі, малювали, займалися самостійною роботою, вивчали праці філософів, писали творчі роботи -вірші, промови тощо.
Київський колегіум. Як і братські школи, мав бурсу, де мешкали іногородні та сироти. В учбовому процесі вчителі застосовували спеціальні прийоми заохочення та покарання. Відомо, наприклад, що в граматичному класі під час вивчення латинської мови, використовували так звані калькули - довгі аркуші, які зберігалися у дерев'яних футлярах. Учневі, що припускався в класі підчас відповіді найбільшої кількості помилок, вручали калькулу із зазначеними помилками. Калькула переходила до учня, який допустив ще більше помилок. Учня, в якого вона залишалася до наступного дня, соромили й ганьбили передусім класом за несумлінне ставлення до навчання. Це сприймалось як серйозне покарання. І кожний намагався не потрапити в таку ситуацію, що свідчило про вміле застосування моральних стимулів до навчання.
Активізації навчальної діяльності учнів у колегіумі сприяли також своєрідні змагання у написанні кращих творів, віршів, промов, а також у їх виголошенні. Кожен учень прагнув показати свої вміння й майстерність.
Оцінюючи творчі роботи, враховували не тільки зміст;а й старанність учня під час виконання завдання, оформлення роботи.
Важливу роль у вихованні учнів відігравало "младенческое братство", яке після реорганізації школи в колегіум стало називатися конгрегацією. Прийняття в конгрегацію супроводжувалось певним церемоніалом: в урочистій обстановці учень виголошував присягу, обіцяючи дотримувати загальноприйнятих норм життя та поведінки, любити свою школу, поважати вчителів і старших і навіть після школи подавати їй посильну допомогу.