Не витримавши тиску противника, Шереметєв відступив до Чуднова, туди поспішив і Юрій Хмельницький, де знову став табором. У цей момент переслідування військо Речі Посполитої повторило план Богдана Хмельницького, котрий він блискуче реалізував під Зборовом 1649 року. Частина війська на чолі з Потоцьким залишилася під Чудновим, а друга, більша, на чолі з Ю. Любомирським, була кинута напереріз Юрію Хмельницькому і раптово вдарила на українські війська під Слободищами. Саме тут Юрій Хмельницький мав отримати справжнє бойове хрещення... Потужний удар польсько-кримських військ приголомшив його, до того ж усі подумали, що Шереметєва уже розбито... І в розпал тяжкої битви, коли вороги нібито вже брали гору, деморалізований Юрій Хмельницький замість організації оборони став молитися і навіть дав обітницю піти постригтися в ченці, якщо йому вдасться вийти живим з кривавої січі. Лісницький мусив перервати молитву гетьмана, сказавши: "Відклади своє набоженство на потім, а тепер подумай про нас". Сам Лісницький був раніше одним з найвпливовіших прибічників Виговського і тепер займав непримиренну позицію до царського уряду. Бачучи програну битву, він став схиляти гетьмана до зміни зовнішньополітичного курсу. Відіграло очевидно свою роль і послання Виговського, який з польського табору запевняв у необхідності розриву Переяславського договору 1659 року, й те, що Шереметєв дозволяв собі раніше насміхатися над Ю. Хмельницьким. Як там було, але деморалізований і слабосилий юнак віддав наказ розпочати мирні переговори. До табору військ Речі Посполитої послали Петра Дорошенка і той швидко досяг згоди про умови перемир'я. Потім 17-18 жовтня 1660 року Юрій Хмельницький з деякими представниками українського уряду уклав і підписав Чуднівську угоду. Пізніше козаки присягли королю Яну-Казимиру. Звичайно, після поразки розтанули сподівання на корисні для України умови договору. І справді, представники Речі Посполитої не погодилися відновити Гадяцький договір, а відклали цю справу до переговорів у Варшаві. Там Гадяцький трактат формально поновили, але фактично він мав увійти а життя в обтятому вигляді. Тепер уже Україна ставала автономною одиницею в складі Речі Посполитої...
Про поразку під Слободищами та кардинальну зміну зовнішньополітичного курсу гетьмана було повідомлено Т. Цицюру та підлеглі йому війська. Зачувши про таку новину, козаки стали масово полишати табір, і врешті й сам Цецюра перейшов на бік Польщі. Шереметєв мусив капітулювати... У цій битві пропало потужне російське військо, через що цар знову почав готуватися до евакуації з Москви на Волгу, а сам Шереметєв опинився у кримській неволі. Найголовнішим пунктом умов капітуляції була відмова царського уряду від претензій на Україну, чого цар не міг пробачити Шереметєву.
Чуднівський договір не приніс і не міг принести в Україну ані миру, ані гідного становища в Європі. Переяславський полковник Яким Сомко, дядько Юрія Хмельницького по матері, мав повну рацію, коли писав племіннику з приводу чуднівських порозумінь (28/18/.Х. 1661 р.): "Таких волностей Войску Запорожскому добыли й таковыми ж то привилеями ваши цілости его кр. мст. обваровал, же ваша Украйна (Правобережжя — Ю.М.) пуста й нам так пришлисте на нашу, а не знаеме о далшом вашом и остатнем, ховай Боже, упадку". Особливо погіршало становище народних мас, бо на Україну знову посунула хмара вигнаних раніше польських шляхтичів, претендуючи на свої колишні володіння; знову почали ставати по Україні війська Речі Посполитої, чинячи насильства населенню, про що гірко писав видатний український хроніст Ф. Софонович: "Ляхи чинили мордерства не только людям прости, але й козакам", але гетьман Ю. Хмельницький "не дбал о тое". Зрозуміло, що знову почала напружуватися хвиля протесту, переростаючи в збройні виступи проти колонізаторів. І без того незначний особистий авторитет гетьмана танув на очах. Чи не вперше Хмельницький зрозумів у глибині душі свою нездатність до державних справ і почав шукати шляхів відставки та піти, як він дав обітницю, в монастир. Але виявилося, що зробити це нелегко, бо частина старшини не хотіла викликати нового посилення міжусобної боротьби і вважала, що гучна слава Богдана ще є символом консолідації українського народу в боротьбі за волю. Юрій Хмельницький видавався їм у ролі гетьмана меншим злом, ніж ті, котрі б захопили булаву після його відставки. До того ж серед претендентів на булаву був лише один визнаний лідер — Іван Виговський, але його повернення до влади в Україні дуже не хотіла Річ Посполита, вбачаючи в ньому досвідченого й до часу прихованого ворога. Ось чому представник уряду Речі Посполитої К. Бенєвський так сильно наполягав на тому, щоб Юрій Хмельницький залишився гетьманом. Не допомагали й посилання Юрія Хмельницького на хворобу (епілепсію). Отже, на козацькій раді (9.ХІ.1661 р.) відбулося переобрання Юрія Хмельницького гетьманом. Результати ради, незважаючи на волю українського уряду, не припинили ворожнечі. Як і в 1657—1658 роках, виникла чергова опозиція проти гетьмана, яку активно підтримав царський уряд. На чолі опозиції став Я. Сомко, котрий оголосив себе наказним гетьманом. Йому допомагали сини М. Пушкаря, брат Василь Титаренко, котрий був, до речі, братом мачухи Юрія Хмельницького. Переяслав, як свого часу Полтава, став столицею опозиції. Сомко був явно досвідченіший та мудріший від Юрія Хмельницького, і спираючись на підтримку лівобережної старшини та російського уряду, незабаром здобув найбільшого авторитету в Лівобережній Україні. Спроби Юрія Хмельницького придушити опозицію закінчилися невдачею. Він не зміг взяти ні Переяслава, ні Ніжина й мусив вертатися до Чигирина.
Навесні 1662 року Юрій здійснив останню значну спробу придушити опозицію, але його війська, посилені польськими й татарськими загонами, зазнали поразки від Сомка, підтриманого військами князя Ромодановського. Загинуло до двадцяти тисяч війська Юрія Хмельницького, дніпрові хвилі понесли за пороги масу трупів. Один з літописців, редагуючи твір Софоновича, додав од себе звістку, що ілюструє запеклість міжусобної боротьби. Полонених козаків Юрія Хмельницького роздягали догола й кидали голими в очерети, де їх насмерть заїдали одуди й комарі. Єдиним і значним успіхом Юрія Хмельницького як воєначальника була перемога над переслідувачами, котрі зробили спробу розбити його і на правому березі Дніпра.
Сподіваючись на допомогу Речі Посполитої, Хмельницький відправив до Варшави ряд посольств, але вони не досягли якихось результатів. Уряд Речі Посполитої розумів тяжке становище України і тому зайняв вичікувальну позицію, чекаючи остаточного упадку Української держави. Таємні спроби налагодити стосунки з царським урядом виявилися також невтішними. Політика царського уряду по відношенню до України суттєво не відрізнялася від політики уряду Речі Посполитої, а до того ж цар мав до вибору аж трьох претендентів на гетьманську булаву (Я. Сомко, В. Золотаренко, І. Брюховецький), котрі заявляли про свою прихильність щодо царського уряду. Не було надії і на допомогу Кримського ханства, яке вимагало за це великих грошей. Коли ж орда стала домагатися грошей за допомогу в кампанії 1662 року, то Ю. Хмельницький не знайшов нічого кращого, як дозволити ординцям брати ясир у Каневі та його околицях (усього до 120 тис. душ!), чим зганьбив своє ім'я навіки. На зміну ж політики, яка поступово вела до посилення козацької старшини та посилення соціальних суперечностей на Україні, Юрій Хмельницький та його уряд не спромоглися.
Тим часом на Правобережній Україні посилюється визвольний та антифеодальний рух, вибухають повстання проти польсько-шляхетських військ у Білій Церкві, Трипіллі, Ржищеві. Соціальна база гетьманату Юрія Хмельницького катастрофічнo міліла... Він, власне, сам усвідомив, що йому вже не гетьманувати.
Восени 1662 року Юрій Хмельницький скликав старшинську раду в Корсуні. Пославшися на заслуги Богдана Хмельницького, він сказав, що не може йти його шляхом через молодість та недосвідченість, через брак фортуни, яка рідко покидала батька. Він заявив також про бажання скласти гетьманські повноваження, а самому піти в ченці. У відповідь на запитання: "Що робити?", він порекомендував шукати щастя з допомогою турецького султана.
До генеральної ради справа дійшла лише на самому початку 1663 року. Польський дипломат-агент у Чигирині Я. Свідерський писав до Варшави 26 грудня 1662 року про страшні усобиці, які розгорілися знову на Україні і прогнозував жорстоку боротьбу між чотирма кандидатами, з яких троє (Гуляницький, Ханенко і Дорошенко) — "всі добрі", всі, на його гадку, будуть прихильні до Речі Посполитої. Але гетьманом став Павло Тетеря, який з підтримкою кримської дипломатії переміг на виборах свого головного суперника — Г. Гуляницького. Щоправда, дехто на раді пропонував Ю, Хмельницькому залишитися гетьманом, але більшість недвозначно висловилася проти цього: "Хай іде до чорта, як з нами не хоче жити, а злякавшися, клобуком покриває голову. Ми знайдемо такого, що сам буде держати наші вольності".