Після обрання гетьманом Тетері Юрій Хмельницький зразу ж одійшов на другий план. Незабаром він постригся в ченці й під іменем Гедеона знайшов притулок в Ірдинському монастирі в Корсуні, де невдовзі досяг навіть звання архімандрита. Ставши ченцем, він, однак, не розірвав зв'язків із зовнішнім світом і політичною боротьбою. Це виявилося особливо під час виборів нового київського митрополита по смерті Д. Балабана, коли знову завирували політичні пристрасті. Частина духовенства та старшини підтримувала Й. Нелюбовича-Тукальського, а частина, в тому числі й Тетеря, Антонія Вінницького. Незадовго до виборів чимало козацької старшини (Тетеря, Гоголь, Богун, Гуляницький та ін.), духовенства (Тукальський, Вінницький) прибули до Білої Церкви. Вирушаючи в похід на Лівобережну Україну, приїхав туди й сам Ян-Казимир. Тут же був і Ю. Хмельницький, "вже як архімандрит", саме він вітав короля спеціально написаною промовою. Похід Яна-Казимира й Тетері на Сіверщину провалився. На Правобережній Україні спалахнули нові повстання, найпотужніше серед них — під проводом Сулимки. Тетеря жорстоко придушив повстання, одночасно розправившись із реальними чи потенційними конкурентами в боротьбі за гетьманську булаву. Зокрема, розстріляно Івана Богуна та Івана Виговського, заарештовано Юрія Хмельницького та Й. Нелюбовича-Тукальського. Юрія Хмельницького взяли, коли той повертався до монастиря від своєї сестри в Городищі. Прямих доказів вини Ю. Хмельницького та Тукальського не було, але це не завадило Тетері відіслати їх до Львова, а звідти на основі королівського наказу — до фортеці Мальборк у Прусії. Тут вони провели кілька літ аж до заключення Андрусівського перемир'я в 1667 році. Після цього перемир'я уряд Речі Посполитої мусив особливо дбати про поширення соціальної бази свого панування і дещо пом'якшив свою лінію в українському питанні. Ю. Хмельницького та Нелюбовича-Тукальського перевели до королівського двору в Варшаві, але звідти вони невдовзі поодинці втекли. Вже наприкінці 1667 року бачимо Юрія Хмельницького знову в рідному Чигирині, де гетьманував уже Петро Дорошенко.
Андрусівське перемир'я, укладене між Росією та Річчю Посполитою мало ряд позитивних моментів (об'єднання зусиль для боротьби проти агресії Османської імперії), але водночас воно узаконило й закріпило розчленування України, що викликало обурення й широке невдоволення на місцях. У цей період гетьман Правобережної України виступив виразником загальнонаціональних інтересів, прагнучи об'єднати Україну і відновити союз з Росією, як рівноправний, у дусі договору 1654 року. Юрій Хмельницький підтримав ці дії і навіть пообіцяв відкопати батьківські скарби для підтримки Дорошенка. Але він би не був сам собою, якби чітко й принципово повів якусь політичну лінію. Ще не визначився остаточно результат походу Дорошенка на Лівобережну Україну, а Юрій опинився в таборі його конкурента Петра Суховія, до речі, родича І. Брюховецького. Він навіть скинув чернечий клобук, аби активно поринути в політичну боротьбу.
Головні сили опозиції проти Дорошенка зібралися в Умані, де в дні нарад про нового гетьмана деякі представники козацької старшини висували кандидатуру Богданового сина. Але коли до Умані прибув полковник Михайло Ханенко, то більшість схилилася на його бік. Ханенко, діючи в союзі з Кримським ханством, виступив проти Дорошенка, обложив того в Стеблеві. Однак гетьмана виручили козаки Івана Сірка та білгородська орда. Зазнавши поразки, сили опозиції мусили тікати, але під Уманню на них вдарила білгородська орда. Суховій зумів втекти, а Юрія Хмельницького полонили й повезли до Білгорода (Акермана). Дорошенко домагався його видачі, але дістав відмову. Тоді він доклав усіх зусиль, щоб руками турецького султана нейтралізувати свого політичного противника, подавши Юрія як небезпечного авантюриста, що було небезпідставно. На вимогу султана Мухаммеда IV Юрія привезли у Стамбул і посадили у фортецю — в'язницю Сдикуле. Ув'язнення тривало майже десять років, що негативно позначилося на здоров'ї та психіці молодшого Богданового сина. В Україні, Росії, Польщі знали про цю трагічну долю й здогадувалися, що Османська імперія використала Юрія в політичній боротьбі в Україні. Не випадково, чутки про Юрія Хмельницького періодично поширювалися по Східній Європі, привертаючи неабиякий інтерес і західно-європейський, про що свідчить тогочасна преса.
Османська імперія готувала велику війну на українських землях, намагаючись у такий спосіб сягти гетьманства у Східній Європі. Гетьман Петро Дорошенко, хоч і був союзником султана, однак не збирався потрапляти в його васали, тим більше маріонетки. За таких умов турецький султан усе частіше подумував про використання в своїх інтересах Юрія Хмельницького. А тому 1670 року Юрія знову перевозять до Білгорода, дозволивши йому спілкуватися з Україною. В своїх листах, зокрема в листі на Січ, імовірно до Сірка, турецький бранець вітає своїх приятелів Суховія, Богаченка, Носа й закликає січовиків до боротьби проти Дорошенка та підтримки своєї кандидатури. Однак ці політичні інтриги провалилися, зміна ситуації на Правобережжі (наступ польсько-шляхетських військ) змусила султана віддати наказ про повернення Ю. Хмельницького до стамбульської в'язниці Єдикуле. Лише після складення Дорошенком гетьманських повноважень турецький уряд звільнив свого бранця, проголосив його гетьманом (!) і наказав виступити з турецькими військами на Україну. Повернення Юрія Хмельницького з політичного небуття викликало широкий розголос, що зафіксувала тогочасна преса, зокрема газети в Бремені, Цюріху, Лейпцігу, Гданську: "Хмельниченко отримав свою колишню булаву й діє при турецькій армії, що стоїть на Дунаї. Передбачають, що таким чином він знову повернеться на батьківщину". Цікаво, що свої документи Юрій Хмельницький підписував так: "Юрій Гедеон Венжик Хмельницький, князь України", з чого видно, що він намагався пов'язати свій рід із далеким славетним козацьким гетьманом. Титулувався Юрій Хмельницький з волі султана також "князем Молдавії і гетьманом Війська Запорозького", а потім і "руським монархом".
Спустошливі хвилі турецько-татарсько-ногайської навали накочувалися на Наддніпрянську Україну в 1677 — 1678 роках, та єдиним успіхом Османської імперії внаслідок кривавих битв, було оволодіння Чигирином. У цей період Юрій проявив себе звичайною маріонеткою турецького султана, робив усе, щоб привернути під свою владу, а водночас і Османської імперії населення України. Однак його бік взяла лише незначна група козаків, серед яких можна вирізнити хіба що сина колишнього київського полковника Павла Яненка, родича Хмельницького. Влада Юрія Хмельницького при підтримці турецької армії поширювалася головним чином на сучасну Київщину й частину Поділля, насамперед, на міста Черкаси, Корсунь, Канів, Бар, Жаботин, пізніше — Немирів, Меджибіж, Кальник. Закріпитися на Правобережній Україні йому не вдалося, хоч загони Яненка сягли земель, на яких поширювалася влада Богданового нащадка. Ці землі, надзвичайно спустошені внаслідок безперервних війн упродовж трьох десятків літ, не робили реальною надію на густе заселення. Юрій Хмельницький заходився насильно переганяти людей із лівого берега Дніпра на правий, але зустрів таку ж дію Самойловича в зворотному напрямку. Коли ж його старий учитель Іоаннікій Галятовський спробував відвернути його від розорення рідної землі й повернутися до монастиря, то Юрій зверхньо відповів тому на листа, порадивши "не дратувати шершня".
Своїм головним містом "сарматський князь" обрав Немирів, поселившись у передмісті (Вискидки), побіля невеликого замку, бо Чигирин був зруйнований дощенту. Тут при ньому було з кілька сот найманців (татари, волохи...), а також нечисленні українські загони. З допомогою цих військ Юрій збирав податки з того невеликого клаптя землі, на який поширювалася його влада, чинив суд і розправу. його не приймали серйозно навіть турки, й невдовзі він був змушений слухатися наказів не лише султана чи хоч би головного візира, а й кам'янецького паші. Повний честолюбних намірів, але без реальної влади, недолугий нащадок великого гетьмана зустрів усе зростаючу ненависть подільського населення, що врешті-решт призвело його до тяжкої депресії. Юрій усе частіше почав шукати забуття у вині та розгульному житті, став хворобливо підозрілий і жорстокий, почав розправлятися навіть зі своїми найближчими сподвижниками. Так, наказав стратити свого наказного гетьмана Астаматія, кальницького полковника Варяницю. А брацлавського полковника Коваленка (Ковалевського) вбив за те, що той погано постачав провіант у Немирів. Рятуючись од нього, втік до Львова найближчий дорадник Яненко.
Жорстокі розправи не допомагали. Становище "сарматського князя" невпинно погіршувалося. Брак грошей та провіанту відчувався усе гостріше. Тоді Юрій знайшов "оригінальний" спосіб добування грошей. У Немирові зробили яму-тюрму, в неї кидали заможних купців, орендарів та ін. Якщо потерпілі не сплачували призначеної суми, чинилося насилля. На Хмельницького посипалися скарги, то занепокоїло турецьку адміністрацію в Україні, котра зовсім не бажала спалаху нового повстання. Приводом для усунення "сарматського князя" з політичної арени стала історія з єврейським купцем Оруном, який вів брудні справи: скуповував українських дівчат для гаремів султана та пашів і вигідно потім продавав їх. Коли Юрій Хмельницький дізнався, що син Оруна одружився, не сплативши умовленого перед тим податку, то послав яничар для розправи. Орун устиг втекти, але яничарам вдалося схопити його дружину, її Юрій Хмельницький і наказав закатувати. Внаслідок скарги Оруна до кам'янецького паші, а потім і до самого султана Юрія заарештували (1681 р.) і привезли до Кам'янця-Подільського. Тут після короткого розслідування винесли вирок: шибениця. Вислухавши присуд, Юрій Хмельницький став "білим як хустка, і не сказав ні слова". Де і як було виконано вирок, невідомо. За одними даними, його задушили на Турецькому мості в Кам'янець-Подільському, за іншими — стратили в Стамбулі. Але на тому закінчилося нещасливе для України гетьманування молодшого сина великого Богдана...