В то время как промышленность набирала обороты для более широкого серийного производства самолетов новых марок, НКО усиленно пытался обучить требуемые кадры для управления этими самолетами и руководить растущим числом требуемых соединений и частей. С 1939 по лето 1941 года общее число военнослужащих ВВС возросло втрое, дойдя до 476 000 человек. За тот же период число летных училищ увеличилось с 32 до 111, включая более 60 летных школ. 25 февраля 1941 года постановлением Центрального Комитета «О реорганизации военно-воздушных сил Красной Армии» было решено сформировать к лету 1942 года 106 новых авиаполков вдобавок к 242 уже существующим.
К июню 1941 года стали очевидны трудности введения этой новой программы, поэтому было сформировано лишь 19 новых авиаполков. Одновременно советское командование стремилось увеличить сеть аэродромов для размещения запланированных новых авиасоединений. Каждому новому полку из 63 самолетов требовались для нормальных операций три аэродрома. Учитывая число запланированных полков, это означало, что к 1 мая 1941 года одним только западным военным округам требовалось 592 новых аэродрома. Поэтому для ускорения строительства новых аэродромов и переоборудования старых в более современные авиабазы, Советы сформировали 100 новых строительных батальонов численностью в 25 ООО бойцов.
К 31 декабря 1941 года эти новые строительные войска соорудили в западных военных округах 480 новых аэродромов. Это, в свою очередь, потребовало массового перемещения самолетов на временные аэродромы, пока шло строительство новых и реконструкция старых. В итоге это привело к сильному скоплению самолетов на небольшом количестве аэродромов и увеличило их уязвимость для вражеского нападения. В итоге новая программа строительства также не достигла своих целей, лишь увеличив хаос с развертыванием ВВС накануне войны.
Накануне войны из-за спешки с этой программой перебазирования и ее частичного осуществления два полка во многих случаях делили один аэродром, создавая плотность до 150 самолетов на один аэродром и громадную уязвимость для вражеской атаки. Многие полки базировались на аэродромах, расположенных слишком близко к границе — даже в пределах досягаемости вражеской артиллерии. Например, 9-я смешанная авиадивизия Западного фронта с 358 самолетами (из них 233 новых) была развернута на аэродромах в 12-40 километрах от границы. Зачастую из-за неурядиц в руководстве не использовались все наличные аэродромы — так, командующий Западным особым военным округом задействовал лишь малую долю из своих 382 аэродромов.
Увеличение ВВС и сети аэродромов требовало также переформирования и увеличения структуры тылов ВВС. Существующая структура подходила для поддержания требований мирного времени ВВС 1940 года. В этой структуре у каждой авиачасти был свой собственный орган службы тыла — авиапарк. Когда бы ни перебазировали полк, его авиапарк тоже должен был переезжать с ним. Пока полк и его авиапарк совершали этот отнимающий немалое временя переезд, часть оказывалась небоеспособной."
В апреле 1941 года ВВС ввели новую «автономную» систему тылов, создав «районы авиационного базирования» (РАБ), каждый из которых был связан с определенной авиационной частью или соединением. Каждый РАБ состоял из двух-трех авиабаз, на которых, в свою очередь, находилось четыре-пять батальонов аэродромного обслуживания. Предполагалось, что каждый РАБ способен обслужить свою собственную плюс две-три дополнительных авиадивизии в своем районе ответственности, а каждый батальон аэродромного обслуживания мог обслужить один авиаполк. Вся эта система создавалась в преддверии массового увеличения авиационных соединений и частей. Однако к 22 июня 1941 года было создано только 8 из 54 запланированных РАБ, да и эти новые структуры оказались сформированы лишь частично — у них имелся лишь 28,1 процент требуемой техники.
Не стоит говорить, что система управления ВВС оставалась неэффективной. Не была создана единая система командных постов, а штабы для связи друг с другом полагались в основном на проводную сеть. Эта система была лишена мобильности и гибкости и могла быть приведена в расстройство диверсионными акциями противника, как и доказали первые же дни войны. Как и во всей структуре войск, авиации не хватало подготовленных связистов и техники связи, особенно раций. Радиосвязь была редкой и ненадежной, а там, где радиостанции все же имелись, зачастую ими не умели правильно пользоваться.
Подготовка и тактика кадров и частей
Резкое расширение структуры ВВС, добавление к арсеналу вооружений сложных новых самолетов и рост вспомогательной инфраструктуры вызвали необходимость в подготовке тысяч новых летчиков, штабных офицеров и техников. То обстоятельство, что развертывание баз подготовки кадров отставало от других программ развертывания ВВС, вызвало временное снижение боеготовности существующих частей, многим опытным кадрам из которых поручили помогать формировать новые части. Вдобавок выставленное на летное поле новое вооружение требовало создания новых программ подготовки и переподготовки существующих офицеров и техников для новых самолетов.
Фактически общая боеспособность ВВС страдала до тех пор, пока к лету 1942 года не была сформирована новая структура подготовки кадров. И все это накладывалось на системные проблемы, начавшиеся в 1937 году после чистки командиров высшего и среднего звена и продолжавшиеся до самого начала войны. Как и в сухопутных войсках, это ускорило повышение в чинах менее квалифицированных офицеров, занимающих должности, которым они пока не соответствовали — а их самих заменяли еще менее опытные офицеры.
Резкая текучесть кадров на самом верху структуры ВВС была характерной для всего периода после чисток в Красной Армии и в целом мало способствовала командной и кадровой стабильности на нижних уровнях. В результате соединениями и частями ВВС командовали офицеры, не имевшие достаточного опыта. За четыре предшествующих войне года в ВВС сменилось четверо командующих. Все четверо — командарм первого ранга Я. И. Алкснис, генерал-полковник А. Д. Локтионов и генерал-лейтенанты Я. В. Смушкевич и П. В. Рычагов — погибли в лагерях НКВД как враги народа. В апреле 1941 года командующим ВВС был назначен генерал-лейтенант авиации П. Ф. Жигарев, он уцелел только для того, чтобы пережить катастрофу 22 июня.
В еще более губительной степени тот же ослабляющий эффект неопытности ощущался в нижних эшелонах ВВС:
«Большинство летных экипажей не имело боевого опыта. Стремительный рост ВС привел к выдвижению большого числа молодых командиров на всех уровнях организационной структуры ВС. К июню 1941 года более 43 процента командиров авиасоединений командовали ими меньше шести месяцев, 65 процентов командиров на всех уровнях занимали свои посты меньше года, а 91 процента—меньше полутора лет. Прибывшим в линейные части молодым летным экипажам, особенно поступившим в результате ускоренного выпуска из авиаучилищ, все еще требовалась серьезная подготовка».
Все это отрицательно сказывалось на боеготовности ВВС. Например, зимой 1940/1941 года доклад НКО констатировал: «Боевая подготовка военно-воздушных сил Красной Армии неудовлетворительна. Летно-технический состав плохо освоил новую технику». Проведенная в марте-апреле Главным управлением ВВС проверка боевой подготовки в западных военных округах эхом отражала эти предыдущие наблюдения. Проверяющие отметили, что вдобавок к плохой летной подготовке летчики даже не умели выполнять маневры, ведя пулеметный огонь по наземным целям. Боеготовность частей была низкой, а техника содержалась просто ужасающе. Например, в зимний период среднее число летных часов пилота находилось в диапазоне от 18 часов для пилотов в Прибалтийском особом военном округе до 6 часов в Киевском особом военном округе.' Зимой в военных округах не происходило практически никаких совместных учений сухопутных войск и ВВС, а Главный штаб ВВС практически не проводил никаких учений — ни по отработке связи с аэродромом, ни командно-штабных.
Впоследствии 8 мая 1941 года Главный военный совет заслушал доклад заместителя наркома Мерецкова и начальника Главного управления ВВС Красной Армии Жигарева, который подытожил недостатки подготовки в зимний период. Итоговое постановление отмечало:
«В целом боевая подготовка, хотя и улучшилась по сравнению с 1940 годом, по-прежнему не отвечает современным оперативным и боевым требованиям и характеризуется неспособностью выполнять задачи, поставленные приказом наркома обороны за № 30».
Отражая абсолютную точность этих и других последующих докладов, 919 (12,9 процентов) самолетов в западных приграничных военных округах находились на 22 июня 1941 года в неисправном состоянии. При общем числе в 7133 самолетов обученные экипажи имелись только для 5 937 из них. Что еще хуже — хотя новые самолеты составляли 14 процентов от общего количества, имелось лишь 208 экипажей, способных летать на этих новых машинах.
Таким образом, в июне 1941 года большинство офицеров и техников ВВС Красной Армии были лишь частично обученными и не имели опыта. К июню 1941 года более 91 процента командиров соединений находились на своих постах менее шести месяцев. 65 процентов всех офицеров служили на своих постах менее года и 43 процента прослужили менее полутора лет. Особенно резко это сказалось на летчиках, выпуск которых из летных училищ часто бывал ускоренным.
Трудности в подготовке летчиков усложнялись и наличием большого числа устаревших самолетов, препятствующих развитию современной воздушной тактики. Устаревшие самолеты летали медленно и неповоротливо, и даже более новый деревянный ЛаГГ-3, хотя и выделявшийся прочностью, отличался тихоходностью и плохой маневренностью. По словам одного аналитика, «низкое качество ЛаГГ-3 быстро стяжало ему в представлении многих советских летчиков-истребителей репутацию гарантированной гибели. Его полированная оболочка (дерево, пропитанное особой полимерной смолой) дала повод расшифровывать сокращение ЛаГГ-3 как „лакированный гарантированный гроб". Аналог ЛаГГ-3, немецкий истребитель «Мессершмитт» Mf 109G, во всех отношениях превосходил его.