Козацьке військо мало свої окремі уряди. Старший або гетьман проводив усім військом і підчас війни мав необмежену владу над козаками; але після походу в усьому відповідав перед радою. Писар вів канцелярію й рахунки війська. Осавули заступали гетьмана і служили йому за ад’ютантів. Обозний кермував табором і артилерією. Судді судили козаків. Хоч запорозьке військо зростало під впливом литовського й польського воєнного устрою, то вся його організація, побут і звичаї прийняли зовсім окремий самобутній характер.
Реєстрові козаки
Боротьба козаків із татарами, хоч і розмірами невелика, була дуже завзята і принесла Україні поважні користі. Татарські напади почали рідшати. Татарам тяжче було пробиратися крізь козацькі засідки на шляхах, менші загони боялися запускатися в ті небезпечні місця, більші йшли дуже обережно. Литовський уряд — Наддніпрянщина до 1569 р. належала до Литовського великого князівства, — бачив користі з цих походів пограничного населення й почав задумуватись над тим, щоб козаків зорганізувати у правильне військо.
1524 р. з наказу князя Жигмонта, два пограничні урядовці, Сенько Полозович і Криштоф Кмитич, що самі брали участь у степових походах, почали збирати в Києві більший козацький відділ козаки мали діставати плату грішми й сукном. Але гроші на час не прийшли і козаки порозходились. У 1533 р. той сам плаи відновив. Остафій Дашкович, славний черкаський намісник, теж учасник боротьби з татарами; він радив тримати на Дніпрі дві тисячі людей,, щоб на човнах боронили перевозів від татар, — а на Дніпрових, островах побудувати замки й обсадити при них місто. В 1541 р. знову литовський уряд приготовляв організацію козаків, наказав, по містечках списати в реєстр усіх тих, що ходять у степи, — але і з цього не вийшло нічого. Всі відчували, що козаків треба ввести у правильний військовий лад, але не було досить енергії, щоб цю думку перевести в життя.
Дальша спроба організації козаків належиться великому князеві; литовському й королеві польському Жигмонтові Августові. В 1568 р. він вислав універсал до козаків, »тих, що з замків і міст України з'їхавши, на Низу мешкають« і завізвав їх, щоб перестали своєвільно нападати на татар, повернулися з Низу до замків і тут ввійшли до військової служби за грошевою платнею. Організація: цього війська велася під проводом коронного гетьмана Юрія Язловецького. Зібрався »почот« козаків числом 300 людей; — їх називали урядово »низовими козаками«. Платня їх або »юргелт« (з німецького Лаіігдеіс— річна плата) була по 2 злотих за »квартал«, (чверть року), себто 10 зл. Щорічно; крім цього, вони діставали сукно. В 1572 р. Язловецький вилучив козаків від влади і присуду всяких урядів і поставив над ними »старшого й суддю«, шляхтича Івана Бадовського; він мав судити козацькі справи, коли козаки повернуться з Низу до замків і міст. Цей відділ козаків був на службі 1568-1576 р.
Новий король, Стефан Баторій, прийняв знову 1578 р. на службу відділ 500 козаків. Через те, що козаки мали йти зараз на війну з Московщиною, їм визначили більшу платню — по 6 литовських кіп (себто 15 злотих) річно і сукно на »ґермак« — кафтан; — по війні мали діставати меншу плату. Найвищим начальником козаків мав бути черкаський ,і канівський староста Михайло Вишневецький. Старшим над козацьким відділом став шляхтич Іван Оришевський; він називав себе »поручником«, цебто заступником головного начальника, деколи його називали ще й »гетьманом«; він мав платню 400 зл. річно. Далі був уряд писаря, що укладав реєстр козаків, вів касу й займався інтендантурою. Козацький відділ або полк ділився на десятки; на чолі 9 людей стояв отаман. При особі самого гетьмана був відділ із 30 людей. На знак того, що це військо королівське, козаки дістали велику королівську корогву, шовкову, з польським орлом. Уся організація козацького відділу вказує на те, що він був утворений на зразок інших тодішніх польських та чужоземних рот та найбільш нагадує угорську піхоту. І навіть першим писарем цього козацького полісу був мадяр Янча Беґер; це він, мабуть, познайомив козаків з організацією угорських відділів.
Козаки,#що належали до королівського відділу, мали свої окремі права або »вольності«. Вони не підлягали судові звичайних урядовців, їх судив власний старший; тільки у випадках убивства й насилля міг перебрати справу звичайний суд. Далі вони, як військові люди, були звільнені від усяких податків і оплат. Також було застережено, що майно по вмершому козакові або т. зв. »відумерщина«, має перейти до того, кому її козак подарує, уряди не мали права її забирати. На шпиталь для ранених козаків король призначив містечко Терехтемирів над Дніпром тут, здається, був теж козацький арсенал і головний осідок козацького старшого.
У пізнішій традиції ці »реформи« Баторія дуже перебільшували. Говорили, що король був першим засновником козацького війська, що він дав козакам Терехтемирів не на шпиталь, а на столицю, що зрівняв їх у правах зі шляхтою та заповідав, що козаки колись утворять вільну республіку.
Але насправді Баторієва організація була не міцніша, як за його попередників. Оришевський із козацьким відділом ходив у московський похід, потім засів на Низу й улаштовував походи на татар. Але незабаром його козаки порозбрідалися. В 1583 р. на королівську службу затягли знову 600 людей — вони брали вже вищу плату, по 20 злотих річно і по 5 ліктів сукна. В 1588 р. на державній службі було 988 козаків. Та організації козацького війська ніколи не доводили до кінця, головно через те, що у польському скарбі не було грошей на заплату.
Державна організація козаччини, хоч і не була дуже тривка, мала проте велике значіння для організації козацького війська. Частина козаків була списана в реєстр, творила реєстрове військо, тобто справжні, правильні відділи. Організація відбувалася під наглядом найвищої військової влади в державі, гетьмана: полководцями козаків ставали визначні воїни, обізнані з військовою справою. Це підносило військове значіння козаків, що до того часу творили тільки нерегулярні ватаги. Реєстрові козаки діставали плату, не потребували журитися прожиттям, могли геть-чисто віддавати себе військовій службі. Вони мали однаковий одяг, однакову зброю,. може й відбували які вправи, — почувалися правильним військом. Права чи вольності, якими вони користувалися, підносили їх вагу; в них самих виробляли почуття солідарносте і спільносте інтересів. На зразок реєстрових козаків почала перетворюватися й решта козацького війська.
Козацькі охотники. Регулярні відділи, що їх організував уряд, не могли вмістити в собі всієї української козаччини. У королівському війську було місце ледве на кількасот людей, найбільш на дві-три тисячі; тимчасом усіх »козакуючих« нарахували кільканадцять тисяч і число їх безнастанно зростало. А ці й не думали кидати воєнних промислів і, коли не вдалося проскочити в регулярні частини, шукали собі інших шляхів для військового прожитку. Безнастанні війни, що йшли на границях України, давали до цього добру нагоду.
І так багато козаків-охотників, поруч із реєстровим полком брало участь у московській війні. Поважніші відділи ходили на Молдову й на Волощину." У цих краях раз-по-раз приходило до революцій та до зміни володарів, що звалися господарями або воєводами. Тамошні різні партії й одиниці потребували для себе помічного війська і користувалися людським матеріалом із України. Так 1574 р. на Молдову ходило кілька шляхетських відділів із околиць Бару і Браслава, під проводом Івана Сверчовського. Зараз після цього претендент до молдавського господарства Іван Підкова наняв собі відділ козаків під проводом якогось Шаха й ходив із ним двічі походом на Молдову 1577 і 1578 р. перший раз відділ мав 330 вояків »людей правдиво відбірних«, удруге 600 людей. Підкову зловили поляки і покарали у Львові на горло. Сверчовського й Підкову згодом козацькі історики зачислили до перших запорозьких гетьманів, — насправді вони не були навіть козаками, а тільки користувалися козацькими відділами.
На самій Україні раз-у-раз появлялися нові козацькі ватаги під різними старшими. В 1575—1576 р. »гетьманом низових козаків« звали кн. Богдана Ружинського. Він був родом із Волині, але кинув свої маєтки й за прикладом Дмитра Вишневецького. кинувся на боротьбу з татарами. При ньому було яких 3000 козаків знад Дніпра, з Брацлава і Винниці. В 1576 р. він ходив під татарський замок на Низу Дніпра, Асяан - городок, добував укріплення, але нещасливо помер від підкладеної міни.
В 1581. р. на Запорожжі »гетьманував« короткий час шляхтич Самійло Зборовський. При ньому зібралося було коло 2500 козаків та мав він ще коло себе трохи шляхти і своїх гайдуків. Король Степан Баторій покарав його потім смертю. В 1585 р. »гетьманом запорозьких козаків« звав себе. князь Михайло Ружинський в 1586 р. ту саму назву мав Богдан Микошинський 1587 р. на море під Козлів на Криму водив козаків Кулага.
У цих охотничих відділах знаходили для себе захист усякі безпритульні люди, часто й фахові вояки, що не могли знайти собі місця в королівських військах. Хто не мав з чого жити, шукав собі хліба як вільний козак. Ці охотники брали собі за зразок реєстрових козаків і домагалися для себе всяких військових »вольностей«, — звільнення від податків, безплатного проживку в королівських і шляхетських землях та всяких інших пільг, які діставало регулярне військо. Коли ж влада не хотіла признати цих їх претензій, цей воєнний народ кинувся до боротьби, потягаючи за собою й реєстрових козаків.
Перші війни з козаками
Перший козацький старший, що мав відвагу стати проти польських військ, був Криштоф Косинський. З роду він був шляхтич, служив на Запорожжі й в нагороду за військові заслуги дістав від короля маєток. Але один із князів Острозьких, білоцерківський староста, не допустив Косинського до цієї землі. Тоді Косинський зірвав боротьбу проти Острозьких, проти польської влади і взагалі проти панів. Військо його числили на 5000. У склад його входили реєстрові козаки, що повстали через те, що не діставали плати, утікачі з панських маєтків і всяка шляхетська челядь. Косинський поздобував із різних замків і міст доволі пушок, дрібної огнистої зброї й амуніції та укріпився у Трипіллі над Дніпром. Але потім подався проти польських військ, але під П’яткою на Волині шляхта його сили в лютім 1593. р. розбила; Косинський мусів віддати всі пушки й іншу зброю та добич, розпустити свої ватаги і зректися гетьманства. Він поліг у новому поході під Черкасами у травні 1593 р.