В мае — июне 1941 года Верховное командование вермахта в дополнение к директиве от 13 марта 1942 года издало три приказа, определявшие различные террористические задачи частей вермахта: приказ от 13 марта 1941 года о военной юрисдикции в зоне осуществления плана "Барбаросса", 19 мая 1941 года был издан приказ о принятии на территориях СССР "строгих и решительных мер против большевистских агитаторов, партизан и евреев", приказ от 6 июня 1941 года об уничтожении комиссаров. Директивы Верховного главнокомандования вермахта от 13 марта 1941 года предоставили органам СС полную свободу действий на оккупированных территориях. Германская армия стала соучастницей чудовищных преступлений нацизма.
В развитие указанных директив 2 июля 1941 года Гейдрих разослал директиву, адресованную высшим начальникам СС и полиции, в которой говорилось о том, что экзекуции (т. е. расстрелам) подлежат партийные и государственные активисты, комиссары и евреи.
Военная обстановка первых месяцев войны, характеризовавшаяся быстрым продвижением немецких войск на Восток, исключала возможность организованной эвакуации населения. Более того, население, как правило, не извещалось о предстоящем оставлении войсками того или иного города, местности. Подобная практика имела место не только в ходе отступления 1941 года, но и 1942 года. Если позволяла обстановка, проводилась лишь плановая эвакуация оборудования предприятий и обслуживающего персонала с семьями. Здесь следует отметить и следующее. Евреев, бежавших от немецкого нашествия, было бы, несомненно, больше, если бы они, были осведомлены о судьбе евреев в оккупированных немцами странах, в частности, в Польше. Однако информация о гонениях на евреев в этих странах после начала Второй мировой войны в прессе не появлялось. Некоторые публикации об этом появились лишь вскоре после 22 июня 1941 года. Каких-либо обращений к еврейскому населению прифронтовых районов о грозящей ему опасности не было. Следует отметить и то, что евреи старшего и среднего возраста, пережившие немецкую оккупацию Белоруссии в 1918 году помнили о сравнительно цивилизованном поведении оккупантов. И в последующие месяцы информация в печати о преследованиях евреев на оккупированных территориях была отрывочной, скудной, не дававшая представления о тотальном характере уничтожения евреев. Это было одной из причин того, что в ходе немецкого наступления в 1942 году большая часть евреев осталось на оккупированной территории и была уничтожена.
Уничтожение евреев Белоруссии, как об этом свидетельствуют оперативные сообщения, сводки полиции безопасности и СД, буквально в первый день войны и не прекращалось до освобождения Белоруссии в июле 1944 года.
Привлечения белорусов к массовым акциям, в том числе к погромам, немцы избегали. В связи с этим они вынуждены были привлекать привезённых в Белоруссию украинские и литовские полицейские батальоны.
"Очищение" оккупированных советских территорий от евреев шло с Востока на Запад, в силу того, что восточные районы Белоруссии составляли прифронтовой тыл вермахта. Его безопасность достигалась путём истребления "нежелательных элементов". До конца 1942 года на оккупированной территории были уничтожены почти все евреи. В Могилёве- 10 тысяч, Витебске и Бобруйске – по 20 тысяч, Борисове – 8 тысяч, Полоцке—7 тысяч… На запад от прифронтового тыла шла изоляция евреев от местного населения. Их сгоняли в крупные местечки, районные центры и города. Часть расстреливали сразу, другую загоняли в специально выделенные места – гетто. Более ста населённых пунктов республики были связаны с трагедией еврейского населения.
Двенадцать довоенных областей Беларуси были поделены между гитлеровской гражданской и военной администрациями. Гитлеровское руководство (Гиммер, Гейдрих, Эйхман) давало указания об уничтожении евреев, организовывало их транспортировку в лагеря смерти, требовало полного использования душегубок и расстрелов еврейского населения на местах. Однако известно, что каждый фашистский окружной комиссар проводил свою политику по отношению к еврейскому населению, стараясь либо ускорить уничтожение евреев, либо сохранить рабочий контингент узников гетто.В литературе о геноциде на территории бывшего СССР, принято различать три периода проведения акции уничтожения. Без каких-либо исключений они полностью характерны и для Белоруссии.
1. Период с 22 июня 1941 года до начала зимы 1941/1942 годов, когда большинство евреев Белоруссии и её границ до 17 сентября 1939 года было уничтожено. Затем, как об этом свидетельствуют немецкие архивные документы, массовые акции были прекращены поскольку наступившие холода и замерзание почвы затрудняло рытьё ям, траншей для захоронения расстрелянных евреев.
2. Второй период – с весны 1942 года до конца 1942 года. В этот период было уничтожено большинство евреев в Западной Белоруссии.
3.Третий период – с начала 1943 года до отступления немцев в июне—июле 1944года. Были уничтожены все оставшиеся в живых евреи.
Таким образом в основе Холокоста лежала фашистская расовая теория о превосходстве германцев над другими народами. Трагедия еврейского народа явилась результатом неосведомлённости о судьбе евреев в оккупированных немцами странах. Это было одной из причин того, что в ходе немецкого наступления в 1942 году, большая часть евреев осталась на оккупированной территории и была уничтожена.
Теперь уже не надо никому доказывать, что самое активное участие в Холокосте в первые месяцы войны приняли части вермахта. Анализ сохранившихся дневников военных действий частей вермахта свидетельствует о том, они были хорошо информированы об уничтожении евреев айнзатцгруппой "В", и во многих местах сами приняли непосредственное участие в массовых убийствах белорусских евреев. В Акте Белорусской республиканской комиссии содействия работе Чрезвычайной Государственной комиссии по расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и учета причиненного ими ущерба по Видзовскому району, составленный в м.Видзы 18 апреля 1945 г., отмечено: "...В июне 1941 года немецкие войска в районе Видзовского озера расстреляли около 50 евреев, в том числе детей, стариков и женщин. Перед расстрелом их предварительно зверски пытали, женщин и девушек раздевали догола, насиловали, избивали, а потом всех, подлежащих расстрелу, загнали в озеро. Часть евреев утонула, остальные были расстреляны на берегу озера. Названия воинских частей и карательных отрядов, а также фамилии немецких офицеров и солдат, принимавших непосредственное участие в уничтожении советских граждан, не установлены".
Очевидец преступлений вермахта в Витебске Г.П.Оберемко свидетельствовал: "Через две недели после оккупации города немецкий комендант издал приказ, согласно которому все лица еврейской национальности должны были переселиться на правый берег Западной Двины и расположиться прямо на берегу реки. Переправа евреев, проживающих на противоположной стороне реки, производилась на лодках. когда перегруженные людьми лодки достигали середины реки, то немцы опрокидывали лодки, а люди, среди которых были в большинстве дети, старики и женщины, тонули. Пытавшихся спастись вплавь немцы расстреливали или добивали прикладами..."
В литературе эта помощь вермахта по уничтожению восточно-европейских евреев - на фоне стремительно развивающихся событий первых недель войны и начавшейся позже организованной резни, проводимой карательными отрядами, ставшими к тому времени стационарными,- в большинстве случаев замалчивается. Если и встречаются короткие – в одно-два предложения – упоминания о ней, то они касаются организованного аспекта этой помощи. И если частичное сотрудничество вермахта и СД довольно основательно освещёно, то другая сторона участия вермахта в проведении прямых акций осталась в тени. Речь идёт о деятельности, которая упоминается в отчёте окружного комиссара Эррена как "очистка территории".
"Очистка территории" не была произвольным актом вермахта, а осуществлялась, по всей видимости, по согласованию с гражданской администрацией.
В конце ноября вермахт прервал данную программу. Катастрофическое военное положение на фронте потребовало, чтобы вермахт занялся своими основными, военными задачами. Вместо уничтожения евреев на местах, вермахт должен был осуществлять перевозку евреев из сельской местности в близлежащие гетто в более крупных населённых пунктах. Когда комендант Слонима сообщил окружному комиссару о новой ситуации, комиссар ответил по почте. Обмен письмами очень чётко выявляет активную роль вермахта при осуществлении холокоста. Как раз в то время, когда гражданская администрация и местные службы СД находились на стадии формирования, вермахт выступил гарантом реализации этой программы. Окружной комиссар Эррен писал подчинённому коменданту Глюку 4 декабря 1941 года: "Я благодарю Вас за поддержку, которую Вы оказали мне в решении моей политической, направленной на благо народа задачи. Один бы я со своими слабыми силами полиции решить её не смог, и поэтому я вынужден просить Вас обратиться к Вашему командованию с ходатайством о том, чтобы Вам и впредь предоставили возможность использовать Ваши силы для решения германских задач на Востоке". Жертвами решения германских задач на Востоке, выполнявшимися воинскими частями "командира в Белорутении", к этому времени стали примерно 20000 евреев.
Следует также выделить формулировку еврей-партизан. Как утверждало немецкое командование партизаны представляли огромную опасность и часть этой взрывчатой смеси составляют евреи и те, кто им симпатизирует. Даже критически настроенные военные историки рассматривают такие формулировки, в которых евреи и партизаны представлены естественными союзниками, как в пресловутых приказах генералов фон Райхенау и фон Манштейна, как тактический маневр командиров воинских частей, которые использовали такие псевдовоенные обоснования якобы для того, чтобы избежать возможного сопротивления своих солдат против геноцида или, как утверждают, что таким путём они не хотели ставить под угрозу сотрудничество с командами убийц из СД и Ваффен-СС, которые проводили акции по установлению мира и спокойствия на оккупированных территориях. В любом случае они исходят из предположения, что никто из командующих не верил в собственные призывы. Несмотря на то, что воинские части вермахта не испытывали проблем с осуществлением холокоста, а наоборот, осуществляли эту программу охотно и по своей собственной инициативе, формулировка о евреях-партизанах возникла ещё задолго до проведения массовых акций по уничтожению еврейского населения поздней осенью 1941 года и карательных операций, которые были предприняты после начала партизанской войны. Эта формулировка возникла уже в первые недели войны и ни в коей мере не была подвержена каким-либо тактическим соображениям.