Несколько лет спустя после завоевания Гранады, мавры подверглись гонениям за веру, несмотря на обеспечение за нами религиозной свободы условиями капитуляционного договора 1492 г. В 1502 г. им было предписано либо креститься, либо оставить Испанию. Часть мавров покинула родину, большинство крестилось; однако, крестившиеся мавры (мориски) не избавились от преследований и, наконец, были изгнаны из Испании Филиппом III, в 1609 г. Изгнание евреев, мавров и морисков, составлявших более 3 миллионов населения, и притом самого образованного, трудолюбивого и богатого, повлекло за собою неисчислимые потери для испанского земледелия, промышленности и торговли. В течение 70 лет цифра испанского населения упала с 10 миллионов до 6.
Хименес уничтожил последние остатки епископской оппозиции. Инквизиция введена была во все колонии и местности, зависевшие от Испании; во всех портовых городах установлены были отделения ее, служившие как бы карантином против занесения ереси и гибельно отражавшиеся на испанской торговле. Испанская инквизиция проникла в Нидерланды и Португалию и послужила образцом для итальянских и французских инквизиторов. В Нидерландах она установлена была Карлом V, в 1522 г., и была причиной отпадения северных Нидерландов от Испании, при Филиппе II. В Португалии инквизиция введена была в 1536 г. и отсюда распространилась на португ. колонии в Ост-Индии, где центром её был Гоа.
По образцу испанской инквизиционной системы, в 1542 г. в Риме учреждена была «конгрегация святой инквизиции», власть которой безусловно признана была в герцогствах Миланском и Тосканском; в Неаполитанском королевстве и Венецианской республике действия ее подлежали правительственному контролю. Во Франции Генрих II пытался учредить инквизицию по тому же образцу, а Франциск II, в 1559 г.. перенес функции инквизиционного суда на парламент, где для этого образовано было особое отделение.
Действия инквизиционного трибунала облекались строгой таинственностью. Действовала система шпионства и доносов. Как только обвиненный или заподозренный привлекался к суду инквизицией, начинался предварительный допрос, результаты которого представлялись трибуналу. Если последний находил дело подлежащим своей юрисдикции, - что обыкновенно и случалось, - то доносчики и свидетели снова допрашивались и их показания, вместе со всеми уликами; передавались на рассмотрение доминиканских богословов, так называемых квалификаторов святой инквизиции.
Если квалификаторы высказывались против обвиняемого, его тотчас же отводили в секретную тюрьму, после чего между узником и внешним миром прекращались всякие сношения. Затем следовали 3 первые аудиенции, во время которых инквизиторы, не объявляя подсудимому пунктов обвинения, старались путем вопросов запутать его в ответах и хитростью исторгнут у него сознание в взводимых на него преступлениях. В случае сознания, он ставился в разряд «раскаивающихся» и мог рассчитывать на снисхождение суда; в случай упорного отрицания вины, обвиняемого, по требованию прокурора, вводили в камеру пыток, и здесь вымогалось у него сознание посредством целого ряда ужасных мук, свидетельствующих о необычайной изобретательности инквизиторов. После пытки измученную жертву снова вводили в аудиенц-залу и только теперь знакомили ее с пунктами обвинения, на которые требовали ответа. Обвиняемого спрашивали, желает ли он защищаться или нет, и, в случае утвердительного ответа, предлагали ему выбрать себе защитника из списка лиц, составленного его же обвинителями. Понятно, что защита при таких условиях была не более как грубым издевательством над жертвой трибунала. По окончании процесса, продолжавшегося нередко несколько месяцев, снова приглашались квалификаторы и давали своё окончательное мнение по данному делу, почти всегда - не в пользу подсудимого.
Затем следовал приговор, на который можно было апеллировать к верховному инквизиционному трибуналу или к папе. Однако успех апелляций был маловероятен. «Супрема» как правило не отменяла приговоров инквизиционных судов, а для успеха апелляции в Рим необходимо было заступничество богатых друзей, так как осужденный, чье имущество было конфисковано, значительными денежными суммами уже не располагал. Если приговор отменялся, узника освобождали, но без всякого вознаграждения за испытанные муки, унижения и убытки; в противном случае его ожидали санбенито и ауто-да-фе.
Кроме религиозного фанатизма и корыстолюбия, мотивом преследования являлась нередко и личная месть отдельных членов трибунала. Раз намеченная жертва уже не могла ускользнуть из рук святого трибунала: ее не могли спасти ни высокое положение в церкви или государстве, ни слава ученого или художника, ни безупречно нравственная жизнь. Перед инквизицией трепетали даже государи. Ее преследований не могли избежать даже такие лица, как испанский архиепископ Карранса, кардинал Чезаре Борджиа и др. Всякое проявление независимой мысли преследовалось, как ересь: это видно на примерах Галилея, Джордано Бруно, Пико делла Мирандола и др.
Особенно гибельным становится влияние инквизиции на умственное развитие Европы в XVI в., когда ей, вместе с иезуитским орденом удалось овладеть цензурой книг. В XVII в. число её жертв значительно уменьшается. XVIII-й в. с его идеями религиозной веротерпимости был временем дальнейшего упадка и наконец полной отмены инквизиции во многих государствах Европы: пытки совершенно устраняются из инквизиционного процесса в Испании, а число смертных казней сокращается до 2 - 3, и даже меньше, в год. В Испании инквизиция уничтожена была указом Жозефа Бонапарта 4 декабря 1808 г. По статистическим данным, собранным в труде Лорьенте, оказывается, что подвергшихся преследованию со стороны испанской инквизиции с 1481 до 1809 г. было 341 021 чел.; из них 31 912 были сожжены лично, 17 659 - in effigie, 291 460 подверглись тюремному заключению и другим наказаниям.
В Португалии инквизиция сильно была ограничена в министерство Помбаля, а при Иоанне VI (1818 - 26) совсем уничтожена. Во Франции она уничтожена в 1772 году, в Тоскане и Парме - в 1769 г., в Сицилии - в 1782 г., в Риме - в 1809 г. В 1814 г. инквизиция была восстановлена в Испании Фердинандом Vll; вторично уничтоженная кортесами в 1820 г., она снова на некоторое время возрождается, пока, наконец, в 1834 г. не упраздняется навсегда; имущество ее обращено на погашение государственного долга. В Сардинии инквизиция просуществовала до 1840 г., в Тоскане - до 1852 г.; в Риме инквизиция восстановлена Пием VII в 1814 г. (просуществовала до 1908 г.).
В 1184 году папа Луций III и император Фридрих I Барбаросса установили строгий порядок розыска епископами еретиков, расследования их дел епископскими судами; светские же власти обязывались приводить в исполнение выносимые ими смертные приговоры.
В 1215 году впервые об Инквизиции как об учреждении говорилось на созванном папой Иннокентием III 4-м Латеранском соборе, установившем особый процесс для преследования еретиков (лат. per inquisitionem), достаточным основанием для которого объявлялись порочащие слухи.
В период с 1231 по 1235 год папа Григорий передал функции по преследованию ересей, ранее исполнявшиеся епископами, специальным уполномоченным - инквизиторам (первоначально назначавшимся из числа доминиканцев, а затем и францисканцев).
В 1481 году вступил в должность первый Великий Инквизитор Испании Томас Торквемада.
В 1498 году умер Торквемада. В его правление, по самой скромной оценке Х. А. Льоренте, «инквизиция… умертвила 8800 человек живьём в пламени костров».
В 1542 году папа римский Павел III учредил Священную Римскую и Вселенскую Инквизицию.
В 1587 году, с реформой папы Сикста V, была учреждена Верховная Священная Конгрегация Римской и Вселенской Инквизиции. В таком неизменном виде она просуществовала до 1908 года.
В 1600 в Риме сожжён Джордано Бруно.
В 1633 в Риме Галилео Галилей отрёкся от учения Коперника.
1820 год - упразднение инквизиции в Португалии.
1834 год - упразднение инквизиции в Испании.
В 1908 году папа Пий Х переименовал это ведомство в Священную Конгрегацию Священной Канцелярии. Священная Канцелярия просуществовала до 1967 года, когда папа Павел VI переименовал Священную Канцелярию в Священную конгрегацию доктрины веры, существующую и поныне.
В 1992 Папа Иоанн Павел II реабилитировал Галилея и официально признал, что инквизиция совершила ошибку, силой вынудив учёного отречься от теории Коперника.