Выяснилось, что золотошвейка Дарья Ломакова сыпала «ведовской пепел» на след государыни царицы. После этого царица стала печальна и заболела, да «вскоре Государя Царевича Ивана Михайловича не стало». Ломакову обвинили и в том, что она отрицательным образом повлияла на отношения между Михаилом Федоровичем и женой: «В их государском здоровье и в любви стало не по прежнему, и до сих лет меж их, Государей, скорбь, и в их государском здоровье помешка».
Судя по всему, царь перестал посещать спальню Евдокии Лукьяновны, поскольку больше детей у нее не было. Придворные заметили это и стали поговаривать, что царица «недорога», поскольку из малознатного рода и зря ее Бог возвеличил. Государю следовало выбрать себе совсем другую супругу. Возможно, все эти речи велись к тому, чтобы подтолкнуть Михаила Федоровича к новой женитьбе на более знатной девушке. Интриги, конечно, становились известны и государыне. Она даже приказала высечь кнутом свою постельницу Л. Волосатову и ее сына за «непригожие речи о себе».
В последние годы главной заботой Евдокии Лукьяновны было замужество старшей дочери. Царь хотел во что бы то ни стало найти ей жениха в Европе. По мнению дипломатов, наиболее подходит ним женихом был датский принц Вольдемар, брат короля Кристиана IV. В 1641 году он в составе посольства посетил Москву и всем очень приглянулся. В 1644 году его уже пригласили в качестве жениха Ирины Михайловны. Однако вскоре выяснилось, что непреодолимым препятствием для брака являются вопросы веры. Вольдемар был протестантом и не желал становиться православным.
Трудные переговоры с датским женихом окончательно подточили здоровье Михаила Федоровича. В апреле 1645 года придворные доктора обнаружили у него заболевание сразу нескольких внутренних органов: желудка, печени и селезенки. Лекарства не дали положительного результата. 12 июля в свои именины царь скончался. Его смерть настолько тяжело повлияла на Евдокию Лукьяновну, что она едва выдержала похороны мужа и после них тут же слегла. Она не хотела жить без горячо любимого мужа, поэтому отказывалась пить лекарства. 18 августа она тихо угасла и, оплаканная детьми, была похоронена в Вознесенском монастыре. На престол взошел ее шестнадцатилетний сын Алексей Михайлович, которому предстояло править достаточно долго и славно. Так династия Романовых начинала свою 300-летнюю историю.
Царица Евдокия Лукьяновна не была политиком и государственным деятелем. В первую очередь она была верной и любящей женой, хорошей и заботливой матерью многочисленного семейства. В ее обязанности не входило быть соправительницей Михаила Федоровича. У того и без нее было много помощников: мудрая мать, энергичный и властный отец, постоянно действующий Земский собор и Боярская дума, состоящая преимущественно из родственников. Царица же должна была родить здоровых детей, которые могли бы стать наследниками отца. И она с этим справилась, родив трех мальчиков и семь девочек. Ее вины не было в том, что не всем из них удалось пережить родителей — смертность среди детей в то время была огромной. Но престол после смерти Михаила Федоровича не остался свободным — на него взошел вполне дееспособный царевич Алексей Михайлович. Помощницами и советчицами его были сестры: Ирина (умерла в 1679 году), Анна (умерла в 1692 году) и Татьяна (умерла в 1706 году). К сожалению, ни одна из них не вышла замуж и не оставила после себя потомства. Продолжателем династии стал только царь Алексей Михайлович.