За ініціативою і активною участю членів НДКБ, було також організовано й проведено Перший пленум Каталографічної комісії для розробки єдиної каталографічної інструкції.
Постанови ЦК ВКП(б) та ЦК КП(б)У кінця 1928-1929 рр. спричинили реформу бібліотечних установ, в т.ч. й наукових бібліотек. ВБУ втягується в загальний процес ідеологічної перебудови суспільства.
НДКБ на той момент мала міцний, високопрофесійний склад фахівців, здатний вирішувати найскладніші завдання бібліотечної теорії і практики. Серед її членів були найвідоміші у наш час діячі бібліотечної справи і видатні вчені: С.П.Постернак, М.І.Ясинський, М.І.Сагарда, С.І.Маслов, В.Ф.Іваницький, Д.А.Балика, Б.І.Зданевич, Ф.П.Максименко, О.Є.Карпинська, В.О.Козловський, Н.В.Піскорська, О.І.Полулях та інші фахівці, які працювали у Бібліотеці.
На 1929/1930 р. було заплановано дослідження з питань бібліотекознавства, бібліографії, книгокористування, передбачався подальший розвиток науково-педагогічної роботи. Разом з тим, політична ситуація в Україні стала вже несприятливою для наукової діяльності у контексті підходів, що були запропоновані вченими ВБУ.
Наприкінці 1928 р. у газеті “Пролетарська правда” з’явилися статті, що мали на меті дискредитацію діяльності ВБУ та її керівництва. Бібліотека звинувачувалась у відсутності ідеологічних підходів до опрацювання фондів, створення каталогів, недостатньому зв’язку із завданнями соціалістичного будівництва, а найголовніше – наявності кадрів з духовною освітою при “ігноруванні у прийомі на роботу комуністів і комсомольців”, що розцінювалося як протидія офіційному курсу партії та радянської влади (1928 р. у ВБУ працювали дев’ять осіб з духовною освітою і вихідці з сімей духовних осіб). Організується комісія ВУАН під головуванням акад. К.Г.Воблого, що працювала три місяці. В цілому її висновки були сприятливими для ВБУ, хоч відмічалися й незначні недоліки. Комісія висунула ряд пропозицій щодо вдосконалення діяльності ВБУ, зокрема, каталогізації, обслуговування читачів, розміщення фондів тощо. Ряд недоліків у діяльності Бібліотеки цілком справедливо було пояснено об’єктивними труднощами.
Спільне зібрання ВУАН 11 лютого 1929 р., де виступили віце-президент ВУАН акад. К.Г.Воблий та директор ВБУ С.П.Постернак, схвалило наслідки діяльності Комісії та в цілому ВБУ. Прихильність Комісії до ВБУ та підтримка С.П.Постернака були очевидними, що не могло не роздратувати Укрнауку, вже орієнтовану на реформу ВБУ.
У жовтні-листопаді 1929 р. Київський держфінконтроль провів спеціальну ревізію фінансово-господарчої діяльності ВБУ. Внаслідок перевірки, у жовтні 1929 р. С.П. Постернака звільнено з посади. Для підкріплення результатів перевірки організовано Урядову комісію. Під час урядового обстеження ревізію рукописних фондів проведено спеціальною комісією під головуванням Камінського, а після неї - фінансову, а почасти й фахову роботу ВБУ перевіряла спеціальна бригада Робітничо-селянської інспекції.
Урядова комісія працювала впродовж трьох місяців. Висновки її були нищівними й носили політичний характер.
Повному розгрому піддавалася науково-дослідна робота НДКБ, яка перевірялася групою під керівництвом А.М.Яременка. Незвжаючи на те, що самий факт створення єдиного в УСРР осередка для наукового дослідження проблем бібліотекознавства, а також ретельну, а іноді й самовіддану роботу НДКБ та окремих її членів, розвинену видавничу діяльність оцінено позитивно, було зроблено спроби розгрому методологічної спрямованості досліджень. Зокрема, критиці піддалося поняття об’єкта наукової роботи, що власне й було основним грунтом науково-дослідної діяльності НДКБ.
Критиці піддано й науково-організаційну діяльність НДКБ, передусім, розподіл наукових досліджень за секціями бібліотекознавства і книгокористування.
Основний висновок прямо вказував на ідеологічний зміст претензій Комісії: “HДКБ не зуміла відповідно спрямувати й свою роботу, й інтереси своїх членів, щоб їхні індивідуальні роботи більше відповідали вимогам сучасного соціалістичного культурного будівництва й сучасній ролі бібліотеки в реконструктивному процесі” (Архів НБУВ, оп.1, спр.278а, арк.26.).
1930 р. у Бібліотеці та НДКБ уже не працювали С.П.Постернак, Д.А.Балика, П.Ф.Терлецький, деякі інші діячі НДКБ - теоретики бібліотеко- та бібліографознавства. Зі складу НДКБ та БК ВУАН було виведено Ю.О.Меженка. Директором ВБУ призначено Н.М.Миколенка, його заступником та головою НДКБ – А.М.Яременка.
Звільнення керівного складу та призначення нового директора за висновками комісій стало поштовхом до ідеологізації установи, спричинило репресії щодо провідних спеціалістів Всенародної бібліотеки України, приниження здобутків попередніх років у розвитку бібліотекознавства, книгознавства та бібліографії, перетворення ВБУ з бібліотеки світового рівня на загальнорадянську бібліотеку.
Починаючи з 1931 р. Всенародна бібліотека України поступово змінює концептуальні погляди на основний зміст бібліотечної, науково-дослідної та науково-методичної діяльності, спрямовує свою бібліотечну та бібліографічну роботу на службу соціалістичному будівництву.
Працювало дві секції – бібліотекознавства й бібліографії, оскільки після критики урядової комісії секції книгокористування не було передбачено в новому штатному розписі. Не було створено, як планувалося раніше, й нової секції з НОП. З книгознавчих питань до плану включалися лише ті, що мали загальний інтерес і пов’язувалися з конкретною роботою окремих відділів ВБУ.
1931 рік можна назвати переломним у діяльності ВБУ та НДКБ. Розгортається серія дискусій у літературознавстві, історичній науці, філософії. Не оминули ці події й книгознавство. Навесні 1931 р. за ініціативою Товариства войовничих матеріалістів у ВУАН організовано дискусію з приводу ідеологічної боротьби на книгознавчому фронті. Її підтримано на Всеукраїнській бібліографічній нараді, скликаній того ж року. Критиці було піддано як загальні напрями розвитку книгознавства та бібліографії, так і окремих вчених-книгознавців. Об’єктами критики К.А.Довганя, який фактично очолів цю кампанію в Україні, стали співробітники ВБУ і лідери НДКБ, зокрема, М.І. Ясинський, М.І. Сагарда, Д.А.Балика, а також практично вся діяльність НДКБ.
Ряд засідань Пленуму НДКБ наприкінці 1931 – на початку 1932 р. було присвячено аналізу попередньої роботи ВБУ в “світлі діалектично-матеріалістичної методології”. Із “визнанням ідеологічних помилок” довелось виступити керівному складу НДКБ. Видатні вчені, висококваліфіковані спеціалісти змушені були охаювати свою попередню роботу та обіцяти "опанувати марксо-енгельсову діалектику". Після відмови визнати помилки у своїй роботі залишає ВБУ Микола Сагарда.
Упродовж 1933 р. звільнено з роботи понад 40 співробітників Бібліотеки. Більшість з них становили активні члени НДКБ. У жовтні 1933 р. керівництво ВБУ та її науковий склад практично повністю змінено.
У нових статутах 1934-36 рр. у структурі Бібліотеки Науково-дослідної комісії бібліотекознавства та бібліографії вже не було. Ліквідація НДКБ як центра науково-дослідної науково-організаційної та науково-педагогічної роботи у ВБУ і Україні суттєво вплинула на подальший розвиток української бібліотечної науки.
У 1923-1924 рр. В.Ф.Іваницький та старші бібліотекарі ВБУ, залучені до вивчення досвіду організації і діяльності національних бібліотек, уважно проаналізували досвід й найпоширеніші форми підготовки наукових кадрів у Росії та на Заході. Виходячи із завдань Національної бібліотеки, які вимагали створення наукових засад організації бібліотечної діяльності, ВБУ зупинилася на інституті аспірантури як спеціальній формі підготовки наукового персоналу.
На засіданні Ради ВБУ від 8 грудня 1925 р. колективними зусіллями розроблено проект вимог до аспірантів і оголошення про п’ять місць для аспірантів ВБУ. Але з огляду на важливість питання в цілому для України, зацікавленість у ньому інших наукових бібліотек, нарешті, на те, що вихід, запропонований ВБУ, був новим для бібліотечних працівників, ухвалено винести це питання на розгляд Першої конференції наукових бібліотек України.
На конференції було заслухано й обговорено грунтовну доповідь заступника директора ВБУ В.Ф.Іваницького “Науково-дослідна праця в галузі бібліотекознавства та бібліографознавства у зв’язку з підготуванням бібліотекарів та встановленням аспірантури при наукових бібліотеках”. Серйозних заперечень проти інституту бібліотечної аспірантури на конференції висловлено не було, й пропозицію ВБУ підтримано майже одноголосно [28, 20].
Пізніше співробітниками Бібліотеки вироблено проект “Положення про аспірантів у галузі бібліотекознавства та книгознавства”, що деталізував загальні положення про науково-дослідні кафедри, пристосовуючи їх до завдань і умов підготовки бібліотекарів вищої кваліфікації; складено загальний план підготовки аспірантів, обговорений на засіданнях НДКБ і затверджений Радою ВБУ.
Очолювати роботу аспірантів мала обрана Колегія керівників. Першими аспірантами Всенародної бібліотеки України 1926 р. стали М.В.Геппенер, Г.І.Коляда, В.М.Пилипенко та В.О.Черняхівська.
Науково-дослідну роботу аспірантів було орієнтовано на науково-практичні потреби української бібліотечної справи. З урахуванням цього керівники роботою аспірантів склали докладні програми з кожного циклу, списки літератури, що слід було опанувати впродовж навчання, теми для обговорення на колоквіумах і конференціях. У 1926-1933 рр. програми, форми та методи роботи з аспірантами неодноразово переглядалися з ураховуванням досвіду попередніх років. У вдосконаленні навчального процесу брали участь й самі аспіранти.
Діяльність Урядової комісії 1929-1930 рр., супроводжувалась й критикою роботи аспірантури. В науково-педагогічній діяльності НДКБ виявлено суттєві “дефекти”, основними з яких вважалися методологічні вади у вивченні бібліотечної справи як соціального процесу і відсутність нової генерації науковців у складі аспірантів. Комісія зробила спеціальні висновки стосовно роботи з аспірантами. Пропонувалося звернути увагу на збільшення набору за рахунок кадрів пролетарського походження. Наслідком перевірки роботи ВБУ Урядовою комісією стала повна переорієнтація напрямів діяльності НДКБ і науково-педагогічної зокрема.