Характерно, что важность религиозных аспектов в украинском вопросе была такова, что по этому пункту царь и Собор стали искать совета у патриарха Иосифа (предшественника Никона). Больной патриарх не симпатизировал благорасположенности царя и некоторых представителей духовенства к грекам. Тем не менее, он выразил свое мнение, что в случае, если король Польши не возместит убытки Москве, тогда можно будет принять Хмельницкого и казаков под царское покровительство.
На этом заседании Земского Собора не было принято никакого решения по украинской проблеме. Одна из причин колебаний московских государственных деятелей заключалась в том, что дело Анкудинова всё ещё не было решено. В январе 1651 г. перед самым открытием Собора думный дьяк Ларион Лопухин был направлен к Хмельницкому для обсуждения московско-казацких и казацко-крымских отношений. Лопухин не должен был первым упоминать о деле Анкудинова, но ему были даны указания сказать Хмельницкому (в том случае, если последний упомянет самозванца), что Анкудинов — дурной человек и что ему (Лопухину) нечего больше сказать о нем. Некоторое время спустя, Хмельницкий решил избавиться от Анкудинова и послал его в Трансильванию с рекомендацией к Ракоци. Ракоци переправил Анкудинова в Швецию. Там самозванец был принят с почетом королевой Кристиной и обращен в лютеранство. Московские власти, однако, всё ещё были озабочены тем, что самозванец мог со временем вернуться из Швеции на Украину. Послам, направленным из Москвы Польшу в январе 1652 г., были даны указания попросить короля, чтобы тот выдал Анкудинова, если тот появится в Польше. Анкудинов не осмеливался возвращаться на Украину. Из Швеции он отправился в Гольштейн, но этот шаг оказался неверным. Герцог Гольштейнский согласился выдать его в обмен на документ гольштейнского посольства в Москву 1634 г., которые до сих пор удерживались там. Анкудинова привезли в Москву и казнили 28 декабря 1653 г.
Патриарх Иосиф умер 15 марта 1652 г., и Никон был избран его преемником. Это увеличило силу той группы в московском правительстве, которая выступала за разрыв с Польшей и объединение с Украиной. Обмен послами между Хмельницким и Москвой по поводу разнообразных текущих политических и экономических вопросов продолжался на протяжении всего 1652 г., а также и в 1653 г. В начале марта 1653 г. Москва решила направить посланников в Польшу с предложением о посредничестве между поляками и казаками. Царь через особого гонца дал знать об этом Хмельницкому. 23 марта Хмельницкий написал царю письмо, сообщая ему о новых нападениях польских войск на Украину. Одновременно Хмельницкий написал боярину Борису Ивановичу Морозову и патриарху Никону, прося их поддержать просьбу казаков о царском покровительстве.
Посланники Хмельницкого — Кондратий Бурляй и Силуян Мужиловский, которые везли письма, получили указания гетмана убедить царя, чтобы тот предоставил казакам свое покровительство. После предварительного изучения обстановки в Москве казацкие послы нанесли визит патриарху Никону и попросили у него благословения (23 апреля 1653 г.). Вскоре после этого Никон пригласил казацких посланников на торжественный обед. Скорее всего 10 мая Бурляй и Мужиловский от имени гетмана и от собственного имени отправили письмо патриарху, в котором благодарили его за доброту и очередной раз просили его убедить царя взять казаков под свое покровительство.
14 мая Никон ответил на письмо Богдана Хмельницкого, доставленное ему посланниками гетмана. Никон уверял Богдана, что будет продолжать советовать царю, чтобы тот выказал казакам свое расположение. В июне царь, вне всяких сомнений, после совещания с патриархом и наиболее влиятельными боярами, принял решение принять гетмана и казаков "под его царского величества высокую руку". Алексей Михайлович известил Богдана Хмельницкого об этом решении в письме от 22 июня. Особый посланник царя Федор Абросимович Ладыженский вручил это письмо гетману в Чигирине 10 июля 1653 г. Для того, чтобы иметь юридическую силу, царское решение должно было быть одобрено Земским Собором. Поэтому письмо Алексея Михайловича к Хмельницкому имело всего лишь характер предварительного извещения.
Торжественное заседание Собора было созвано 1 октября в Грановитой палате. На этом собрании присутствовали: патриарх Никон, митрополит Михаил Сербский, все иерархи московского патриаршества, бояре и прочие члены Боярской Думы, московские дворяне, представители провинциального дворянства (дворяне городовые), оптовые купцы (гости), члены двух основных купеческих корпораций (гостинной и суконной сотен), представители простых горожан (черных сотен), мелкого купечества и стрельцов.
Как и в 1651 г., Собор обсуждал оскорбления со стороны Польши и казацкую петицию. Голосование проходило по группам. Сперва опрашивалось мнение бояр; затем — каждого из прочих сословий. Духовенство не голосовало.
Было единогласно решено прервать переговоры с Польшей и принять казацкое войско под царское покровительство. 9 октября царь послал великое посольство к Богдану Хмельницкому, в состав которого входили: боярин Василий Васильевич Бутурлин, окольничий Иван Васильевич Олферов (Алферов) и дьяк Ларион Лопухин. Каждого из них сопровождало несколько помощников и чиновников.
Первым местом назначения на их пути был город Путивль на реке Сейме близ границы Черниговской области. Отсюда Бутурлин должен был проследовать к месту пребывания гетмана, которое тогда не было известно в Москве по причине казацко-польской войны. Царское посольство достигло Путивля 1 ноября. К тому времени гетман Хмельницкий все еще находился в Жванце. Он послал полковника Ивана Федоренко встретить Бутурлина. Федоренко прибыл в Путивль 3 декабря. Он сказал, что гетман возвратился в Чигирин, как только получил известие о приезде великого посольства. Переяслав (Переяславль) был указан как подходящее место для их встречи.
Последовал обмен курьерами между Бутурлиным и Хмельницким. Никто из них не хотел ехать прежде чем не убедится, что другой действительно приезжает на встречу. Обоюдная подозрительность в конце концов была преодолена. Бутурлин и его спутники, приблизился к Переяславу 31 декабря. Не доезжая до города примерно пяти километров, их встретил переяславский полковник Павел Тетеря во главе шестисот казаков. Тетеря приветствовал царское посольство торжественной речью. Когда все они проследовали к городу, переяславский архиерей Григорий во главе духовенства, несущего кресты и иконы, ждал московского посланника перед городскими воротами. Множество горожан со своими семьями стояло вокруг в ликующем настроении. Архиерей Григорий приветствовал московитов от имени всего православного народа и восславил Господа за исполнение их давно лелеемого желания — воссоединения Малой Руси с Великой Русью. Термин "Малая Русь" использовался в отношениях между патриархами Константинопольскими и русским духовенством и князьями для обозначения юго-западной России (т. е. Украины), начиная с конца XIII века.
Хмельницкий намеревался появиться в Переяславе на следующий день — 1 января 1654 г., но его приезд был отложен из-за опасного состояния льда на Днепре, что делало переправу через реку невозможной. Он достиг Переяслава к вечеру 7 января и встретился с Бутурлиным. Гетмана сопровождали войсковой писарь Иван Выговский и полковник Тетеря.
В официальном заявлении Бутурлину Хмельницкий и Выговский говорили о царе Алексее Михайловиче, как о родственнике Владимира Святого: "Как орел закрывает свое гнездо [крыльями]: так и государь [царь Алексей Михайлович] соизволил принять нас под свою высокую руку; Киев и вся Малая Русь — его царского величества вотчина".
Утром 8 января гетман созвал тайную раду со старшинами, которые подтвердили решение признать царя их покровителем. После этого на улицах Переяслава целый час звучали сигналы для всех присутствующих там казаков собраться на главной площади города на общее собрание — раду, чтобы решить судьбу украинского народа. Гетман обратился к раде, напомнив собравшимся, что они жили без государя на протяжении последних шести лет (с 1648—1654 гг.), и их это не удовлетворяло.
"Теперь мы видим, что больше не можем жить без царя". Он заявил раде, что они должны выбрать из четырех государей: турецкого султана, крымского хана, короля Польши и "великого государя, восточного царя". Первые двое, рассуждал Хмельницкий — мусульмане; что касается короля, каждый из нас знает, как много мы претерпели от польских вельмож; восточный царь — такой же греко-православной веры, что и мы. Хмельницкий обратился к народу, чтобы тот решил, кого же он хочет. "А те, кто не согласиться с нами, пусть идут, куда хотят". Собравшиеся на площади закричали: "Мы выбираем восточного православного царя". Затем полковник Тетеря прошел по городу, опрашивая людей: "Все ли вы согласны?". Ответом было: "Все мы, единогласно г. Затем войсковой писарь Иван Выговский объявил, что все казаки и горожане признают царя своим государем.
После собрания рады московские посланники встретились с гетманом и старшинами. Бутурлин торжественно вручил гетману царское послание, адресованное ему и всему запорожскому войску. Выговский зачитал послание всем присутствующим. Затем Бутурлин обратился к собранию, повторив мотивы царского решения принять казаков под свое покровительство. После этого Бутурлин, гетман и старшины последовали в переяславский собор, где московские священники, архимандрит Прохор и архиерей Андриан, как и переяславский архиерей Григорий, стояли, будучи готовы привести их к присяге на верность царю.