В ответ на программу "направляемой демократии" армия и население Внешних островов выразили протест, а в городе Уджунгпанданге на юге Сулавеси вспыхнуло восстание. Жители Калимантана (Борнео) и Восточной Явы также проявили беспокойство. Все эти события привели к отставке второго правительства Састроамиджойо. После этого Сукарно объявил военное положение на всей территории страны и пригласил не согласных с ним армейских лидеров на совещание. Когда стало ясно, что идея "направляемой демократии" встречает сильную оппозицию и что ни одна из политических партий не способна сформировать правительство, Сукарно сам составил команду специалистов, назначив премьер-министром Джуанду.
Кабинет министров Джуанды приступил к исполнению своих обязанностей в апреле 1957. Генеральная ассамблея ООН отвергла (в четвертый раз) резолюцию, призывавшую к возобновлению переговоров между Индонезией и Нидерландами по вопросу прав на Нидерландскую Новую Гвинеею (Ириан-Джая). В качестве протеста против решения ООН индонезийское правительство распорядилось организовать забастовку на местных голландских предприятиях. Это решение подтолкнуло профсоюзы, где доминировали коммунисты, к захвату ряда принадлежавших голландцам плантаций и предприятий по первичной обработке сырья. Армия получила приказ восстановить порядок, и командующие войсками северной и центральной Суматры в целях безопасности взяли под контроль голландские плантации. Затем правительство объявило, что практически вся собственность голландцев будет национализирована государством, после чего многие объекты остались под контролем военных. Все эти акции лишь увеличили экономические трудности Индонезии. Но гораздо более весомые последствия имело приобщение армейских офицеров к хозяйственной деятельности, благодаря чему у них появились новые источники дохода (в 1958, когда Сукарно разорвал отношения с Тайванем, военные тотчас, же завладели предприятиями местных протайваньски настроенных китайцев).
На Внешних островах Индонезии, дававших стране львиную долю валютных поступлений от экспорта, главным поводом для недовольства было то обстоятельство, что Яве выделялась непропорционально высокая часть доходов. Недовольство усиливалось и в связи с обвинениями правящих кругов страны в коррумпированности. В июле 1959 Сукарно объявил о роспуске Учредительного собрания и восстановлении прежней конституции. Был одобрен целый пакет декретов, направленных на реорганизацию всей структуры органов власти. Президент возглавил новый "рабочий кабинет", в котором военные заняли четверть мест. Национальный совет был преобразован в Высший консультативный совет. Был отменен закон о местной автономии, в результате чего ранее избираемые губернаторы провинций стали назначаться президентом; государственным служащим было запрещено членство в политических партий. Стараясь поддерживать революционный энтузиазм и стремление к национальному единству, Сукарно в то же время делал акцент на идеологию. 17 августа 1959 он выступил с "Политическим манифестом" ("Манипол"), который вскоре был принят Высшим консультативным советом как официальная государственная программа; целью дальнейшего развития страны было объявлено строительство "индонезийского социализма" на основе "направляемой демократии" и "направляемой экономики" с учетом национальной самобытности..
Оппозиция все отчетливее выражала недовольство авторитарным курсом президента и нарушением законодательных процедур. В феврале 1950 она заблокировала принятие в парламенте проекта бюджета, предложенного правительством, в ответ на что 5 марта 1960 Сукарно распустил парламент. Его заменил новый "парламент взаимного сотрудничества" (официально – "Совет народных представителей – готонг-ройонг"), в котором все решения предполагалось принимать единодушным одобрением, а не голосованием, что исключало какую-либо оппозицию.
В новом составе парламента, назначенном самим президентом, Национальной партии Индонезии (НПИ) было отведено 44 места (из 264), Нахдатул Улама (Союз мусульманских священнослужителей) – 36 мест и Коммунистической партии Индонезии (КПИ) – 30 мест. Однако большинство мест (154) получили т.н. "функциональные группы", включая военных (35 мест). Высшим органом власти стал Временный народный консультативный конгресс (ВНКК), сформированный 15 августа 1960. Согласно конституции, этот орган должен был определять основное направление государственной политики и на своих сессиях раз в пять лет избирать президента и вице-президента. С его созданием Национальный совет был упразднен, так как представители "функциональных групп" отныне входили в состав и оба органа власти.
Напряженность в стране достигла опасного уровня в феврале 1958, когда органы революционной власти были созданы в провинции Западная Суматра и на остров Сулавеси. Вспыхнувшее там восстание возглавили несколько бывших министров, включая Мухаммеда Натсира, который в качестве лидера Машуми был первым премьер-министром Республики Индонезия. Тайную поддержку восставшим оказали США, опасавшиеся прокоммунистических настроений Сукарно. После мощного наступления правительственных войск сопротивление мятежников было подавлено. Партизанская война продолжалась, однако лишь до тех пор, пока командующий вооруженными силами генерал А.Х.Насутион не согласился принять большую часть повстанцев в армию. Впрочем, как раз в это время из вооруженных сил были уволены многие офицеры, служившие на Внешних островах, в результате чего в командном составе оказалось непропорционально много яванцев. После установления системы "направляемой демократии" был принят курс на "упрощение партийной системы". В соответствии с ним 17 августа 1960 были запрещены Машуми и Социалистическая партия Индонезии. В некоторых районах военные, по собственной инициативе, запрещали Компартию Индонезии. Жестокому ограничению были подвергнуты важные политические права и свободы – свобода печати, собраний, слова, ограничена деятельность партий и профсоюзов, был наложен запрет на забастовки. Внутриполитический курс индонезийского правительства, направленный на укрепление государственного сектора, а также антиголландские и антиимпериалистические преобразования в русле "индонезийского социализма" подталкивали Сукарно к союзу с СССР. В феврале 1960 года Индонезию с визитом посетил Никита Сергеевич Хрущев. Согласно подписанным соглашениям об экономическом и техническом сотрудничестве, Советский Союз предоставлял Индонезии кредиты на льготных условиях, участвовал в сооружении предприятий черной и цветной металлургии, химической промышленности и пр. В обмен на индонезийское сырье Советский Союз поставлял машины и оборудование. Однако помощи, оказываемой СССР было явно недостаточно. Огромная страна нуждалась в другой, более продуманной инвестиционной политике, в ориентации страны на мировой рынок. Политизация международных отношений не принесла желаемых результатов. Ответный визит в Советский Союз в 1961 году доктора Сукарно, получившего Международную Ленинскую премию, скорее символизировал дружбу между народами. Но уже с 1963 года наметился отход Индонезии от сотрудничества с СССР в сторону сближения страны с Китайской республикой. Эта новая ориентация серьезно сказалась на внутреннем экономическом и политическом положении Индонезии.
В начале 1960-х годов Сукарно активизировал усилия, чтобы "возвратить" Индонезии западную часть Новой Гвинеи (Ириан-Джая). Следуя его приказу, подразделения индонезийской армии совершили несколько неудачных экспедиций на остров. В конечном счете, благодаря содействию ООН вопрос был решен в пользу Индонезии. 15 августа 1962 в Нью-Йорке было подписано индонезийско-голландское соглашение, по которому Нидерландская Новая Гвинея с 1 октября 1962 перешла под управление Временной исполнительной администрации ООН, а 1 мая 1963 спорная территория была передана Республике Индонезия.
В знак заслуг Сукарно в борьбе за присоединение западной части Новой Гвинеи ВНКК 18 мая 1963 провозгласил его пожизненным президентом и присвоил титул "великий вождь революции".
За этим последовала кампания Сукарно по "сокрушению Малайзии" – недавно возникшего независимого государства, которое имело общую границу с Индонезией и включало бывшие британские колонии Малайю, Саравак, Бруней и Сабах (северное Борнео). По распоряжению Сукарно все официальные связи с Малайзией были прерваны, а на торговлю и транспортное сообщение с этой страной был наложен полный запрет.
На территорию Малайзии через границу в разных местах просачивались индонезийские партизаны. Правительство Сукарно заключило союз с рядом коммунистических стран (Северный Вьетнам, Северная Корея и Китайская Народная Республика) и демонстрировало все более враждебное отношение к государствам Запада. В связи с избранием Малайзии в Совет Безопасности ООН Сукарно объявил в январе 1965 о выходе Индонезии из ООН.
Правительство Сукарно сделало попытку решить аграрный вопрос. В конце 1960 года был принят аграрный закон, по которому все законы колониального периода отменялись, государство объявлялось верховным распорядителем всего земельного фонда Индонезии. Иностранцы лишались прав собственности. Аграрная реформа предусматривала установление максимальных размеров земельных участков. За счет изъятия за выкуп излишков земли у крупных собственников шло наделение землей малоземельных крестьян. Крестьяне выплачивали государству суммы по установленным ценам земельных наделов. Правительство поощряло создание сельскохозяйственных кооперативов, в которых было объединено около 3 млн. крестьян. Принят закон о разделе урожая, по которому существенно сокращалась арендная плата, с 80% до 50%. Однако эти законы фактически не были выполнены из-за сопротивления крупных собственников и правых сил. "Индонезийского социализма" в деревне не получилось. Земельные реформы на время смягчили аграрный голод, но решить продовольственную проблему они не смогли. Сбор основной культуры — риса, несмотря на повышение производства, был явно недостаточен для страны. в начале 1960-х годов привели к дезорганизации транспортной системы и торговли, оттоку капиталов и нарушению внешнеэкономических связей, а привлечение армии к управлению государственным сектором только способствовало распространению коррупции и воровства. На содержание бюрократического аппарата и вооруженных сил уходило две трети всех бюджетных ассигнований, в то время как на нужды экономического развития. Непосильные военные расходы в связи с борьбой за Западный Ириан, а затем против Малайзии вели к срыву планов развития, на нужды которого выделялось менее 10%.