В 1955 году по 1956 год Несмеянов А.Н. попытался обосновать отставание Советского Союза в области внедрения, исходя из тех предпосылок, которые были предложены Капицей и физиками ядерщиками, распространив их не только на ядерную физику, но и на всю советскую науку в целом. Академия каждый год и каждую пятилетку готовила список главных научных тем. Это было плановой работой. Однако только в 1955 году к этому списку было составлено объемистое приложение «Важнейшие задачи развития науки в шестой пятилетке» и, что заслуживает особого внимания, к нему прилагалась секретная записка «Организация научно-исследовательской работы в СССР и главных капиталистических странах». На последнем документе стояли подписи президента Академии А.Н. Несмеянова, председателя Государственного комитета по новой технике В.А. Малышева и министра высшего образования СССР В.П. Елютина. Это три наиболее влиятельных лиц в системе советского научного истэблишмента.
Реформа Академии наук СССР 1961 года, это сложное историческое явление. В статье мы сосредоточили внимание главным образом на том, как сами советские ученые видели и понимали причины реформы и пути ее реализации. Мы почти тогда и не принимали в расчет внешних социальных факторов, к числу которых следует отнести и аппаратную борьбу Хрущева против Маленкова и Молотова и реструктуризацию в 1950-х годах системы государственного управления в целом и смену внешнеполитического курса СССР и динамику самоопределения ЦК в наиболее влиятельный политический орган страны, импульсивность самого Хрущева в решении некоторых важных политических вопросов и т.д.
Руководители крупных научных учреждений СССР действовали в сложном мотивационном поле, включавшем собственно научную аргументацию, конкретную ситуацию властных отношений, тенденции изменения внешней и внутренней политики, специфику личных отношений между учеными и партийными руководителями. Нам пришлось мириться с неизбежным в данном случае упрощением, связанным с переходом от конкретного, неисчерпаемого во всех смыслах исторического события к модели, в которой рассматривается и оценивается только один содержательный предикат: взгляд на реформу "изнутри" советского научного сообщества.
Если говорить о реформе, ориентируясь на «взгляд изнутри», то следует признать, что в начале 1950-х годов, советские ученые вполне отдавали себе отчет в недостатках и преимуществах советской системы организации научных исследований и были готовы к тому, чтобы начать если не реформу, то ряд мероприятий по усовершенствованию организации советской науки. Однако мнения отдельных групп ученых по поводу конкретных путей осуществления реформы сильно отличались друг от друга. Очень острые тогда разногласия возникали в вопросах взаимоотношений между фундаментальными и прикладными исследованиями. Когда мероприятия по улучшению работы Академии наук СССР были вынесены на открытое обсуждение научной общественности, академическая аудитория раскололась на два вражденых лагеря. Первый был представлен главным образом физиками из атомного проекта и противниками мичуринской биологии из Отделения биологических наук а второй, инженерами Отделения технических наук.
Представители обеих сторон в полной мере использовали предыдущий опыт сотрудничества с властями. Инженеры стояли на позициях утилитарной полезности науки и приоритетного развития в академии прикладных направлений исследования. Физики настаивали на том, чтобы Академия сосредоточилась, главным образом, на решении фундаментальных проблем. Позиция Президиума во главе с президентом Академии А.Н. Несмеяновым заключалась в том, чтобы найти разумный компромисс между этими полярными точками зрения. Несмеянову удалось добиться признания со стороны ЦК особого статуса и независимости фундаментальных исследований до прикладных. Конечно, следует, особо отметить, что Несмеянов никогда не настаивал на выводе из состава Академии институтов прикладного профиля. С его точки зрения, вопросы сотрудничества между инженерами и учеными должны были регламентироваться не Уставом Академии, а конкретными обстоятельствами решения той или иной научной задачи.
Хотя при внесении предложений по усовершенствованию работы Академии Несмеянов постоянно ссылался на опыт физиков-ядерщиков, своего главного союзника он видел не в радикально настроенных представителях Отделения физико-математических наук, а в лице Отдела науки и вузов ЦК. Открытая на тот момент критика существующих методов идеологического контроля науки, которая проскальзывала в высказываниях физиков, могла погубить здоровые начинания в Академии, как это было, кстати сказать, с реформой советских вооруженных сил, проводившейся примерно в тот же период маршалом Г.К. Жуковым. Жуков, являясь тогда министром обороны, без согласия ЦК издал несколько приказов, которые ослаблявших влияние руководящих органов партии в армии, что в конечном итоге привело к обратному результату к усилению идеологического контроля в армии и отстранению самого Г.К. Жукова от должности министра.
Решающим событием для начала реорганизации Академии была смерть Сталина в 1953 году и решающим событием для завершения академической реформы. Это было выступление Н.С. Хрущева на июньском пленуме ЦК КПСС в 1959 году. Хотя решение о разделении фундаментальных и прикладных наук принималось Хрущевым самостоятельно, альтернативы выбора были сконструированы академической аудиторией в условиях конфликта между сторонниками приоритетного развития фундаментальных исследований и инженерами. Было очевидно, что восприятие Хрущевым ситуации академической реформы формировалось под влиянием идеи административного дробления управления экономикой через совнархозы.
Где - то в середине 50-х годов, появилось первое региональное отделение Академии наук, это было Сибирское отделение. В 1987 году, были учреждены Дальневосточное и Уральское отделение. В этот период в академическом секторе получили развитие специализированные научные центры, сформированные на основе объединения институтов, выполняющих исследования в рамках одной или нескольких смежных отраслей знания. Развивалась собственная опытно-производственная инфраструктура, научно-технические центры, полигоны, крупные установки, опытные производства, проектные и конструкторские хозрасчетные организации, инженерные центры.
В академическом секторе формировались различные интеграционные структуры. Во многих академических институтах были созданы научно-учебные центры, научно-технические объединения, научно-технические центры. Формами связи научных организаций с производством были в первую очередь, сотрудничество с отраслевыми министерствами и ведомствами, договоры о совершенствовании производства на конкретных предприятиях, выполнение комплексных народно-хозяйственных программ.
В вузовском секторе науки сформировались множество типов организаций, выполняющих научные исследования и разработки. Это были научно-исследовательские институты, так же кафедры, научные группы, учебно-опытные и экспериментальные хозяйства, проблемные и отраслевые лаборатории, проектные организации, вузовские и факультетские конструкторские и технологические бюро с собственной экспериментальной базой, обсерватории, ботанические сады, территориальные межвузовские комплексы, научно-учебные центры, совместные подразделения с организациями академического и отраслевого секторов науки. Научно-исследовательские институты при вузах были созданы в рамках незначительного числа крупных вузов страны с преобладанием кафедральной формы организации исследований и разработок. В 70-е годы появились межвузовские комплексы, объединявшие научные коллективы различных вузов с целью выполнения комплексных научно-технических задач. Этот период можно считать периодом организационного оформления вузовской науки на институциональном уровне. Создавалась инфраструктура на основе межвузовского кооперирования по совестному использованию экспериментально-производственной базы, вычислительных центров и т. д. В вузовском секторе были сформированы учебно-научно-производственные комплексы. В частности, Ленинградский институт водного хозяйства сейчас им является Санкт-Петербургский морской технический университет, который был создан на основе слияния вуза, научно-исследовательского института и опытного производства.
Модель отраслевой науки создавалась с ориентацией преимущественно на прикладные исследования, опытно-конструкторские и технологические разработки. В рамках каждой отрасли народного хозяйства было организовано управление всем циклом проведения исследований и разработок, как от фундаментальных, так и от прикладных исследований до их внедрения в серийное промышленное производство. Тем, самым отраслевые министерства и ведомства стремились обеспечить научным «сопровождением» весь спектр своей деятельности, жестко контролируя процесс проведения исследований и разработок подведомственными научными организациями. Ведомственные сети отраслевого сектора формировались по двум направлениям: на основе специализации на выполнение исследований и разработок по продуктовым областям и на основе специализации по созданию продуктов и процессов.
Заводской сектор науки в свою очередь объединял инженерно-технические подразделения промышленных предприятий и производственных объединений. Основная направленность их деятельности состояла в развитии и совершенствовании обслуживаемого ими производства. В тот же сектор, включались научно-исследовательские институты и конструкторские бюро, находящиеся на самостоятельном балансе в составе промышленных предприятий и производственных объединений.