На Беларусі адбылося шэраг выступленняў у гарадах. У 1606-1610 гг. у Магілёве кіравала справамі горада рада, выбраная з простых мяшчан. Кіравалі радай Стахор Мітковіч, шабельнік Мікіта, ганчар Міхалка, шавец Фёдар і іншыя. Войска жорстка пакарала ўдзельнікаў выступлення і вярнула ўладу гарадской вярхушке. У 1615 г. адбылося паўстанне ў Мазыры, у якім частку гараджан стараста вывеў з-пад улады магістрата і падпарадкаваў сабе. Мяшчане на чале з бурмістрамі Іванам Крыцкім і Жданам Машай занялі замак, перадалі ў гарадскую казну незаконна спагнаныя грошы і пашырылі ўладу магістрата на ўвесь горад. Праз некалькі год, у 1622 г. каралеўскі суд прызнаў частку пераўтварэнняў паўстанцаў. У 1623 г. у Віцебску мяшчане не вытрымалі нахабных дзеянняў уніяцкага архіепіскапа Іасафата Кунцэвіча і пад час паўстання забілі яго і выкінулі ў Заходнюю Дзвіну. Удзельнікі паўстання былі пакараныя смерцю, а горад пазбавілі права на самакіраванне. Пасля смерці Жыгімонта ІІІ у 1632 г. яго пераемніку дасталося шмат невырашаных знешніх праблем і разлад унутры дзяржавы.
Новым каралём Рэчы Паспалітай быў абраны сын Жыгімонта ІІІ - Уладзіслаў IV Ваза (1632-1648 гг.). Пад час яго элекцыі маскоўскія ўлады спрабавалі скарыстацца магчымасцю заваяваць Смаленск. Было захоплена шмат невялікіх гарадоў, але Смаленск не здаваўся. Вясной 1633 г. кароль Уладзіслаў прыйшоў на помач асаджаным. У лютым 1634 г. рускі ваявода Міхаіл Шэін капітуляваў. Але Уладзіслаў не здолеў развіць поспех - абвастрыліся адносіны з Турцыяй і Швецыяй. У чэрвені быў падпісаны Палянаўскі мір, у аснову якога пакладзена Дэўлінскае перамір’е. Адзінае адрозненне - Уладзіслаў адмаўляўся ад прэтэнзій на маскоўскі трон за кантрыбуцыю ў 20 тыс рублёў. Пад час гэтай вайны, якая завецца “Смаленскай”, рускае войска спрабавала заняць Полацк. Летам 1633 г. яны наблізіліся да горада з поўначы, захапілі Запалоцце, але Верхні Замак заняць не здолелі і, спаліўшы горад, адышлі.
Уладзіслаў разумеў адмоўныя наступствы разладу ў грамадстве на рэлігійнай падставе, таму актамі 1632 і 1633 гг. легалізаваў існаванне праваслаўнай царквы ў Рэчы Паспалітай. Але яго палітыка экспансіі на Украіне стала прычынай вялікай казацкай вайны, якая распачалася ў апошнія месяцы праўлення караля. Асноўны цяжар вырашэння казацкага пытання і звязаных з ім наступстваў прыпаў на час праўлення другога сына Жыгімонта ІІІ Вазы - кардынала Яна Казіміра Вазы (1648-1668 гг.).
Вызваленчая вайна ўкраінскага народа пачалася вясной 1648 г. У бітвах каля Жоўтых Водаў і Корсуня казацкае войска пад кіраўніцтвам Багдана Хмяльніцкага (яго бацькі паходзілі з Беларусі) перамаглі польскія арміі. Адначасова Хмяльніцкі, якога абралі гетманам, стаў засылаць агентаў і казацкія атрады - “загоны" на тэрыторыю паўднёвай Беларусі (тэрыторыя ВкЛ, у адрозненні ад Украіны - якая з 1569 г. належыла Польшчы) з мэтай распачаць і тут вялікую “вызваленчую” вайну. У адрозненні ад Украіны, на Беларусі не было польскіх паноў (Статут 1588 г. забараняў палякам набываць маёмасць у ВкЛ), таму распачаўшаяся ўнутраная вайна стала грамадзянскай. Беларусы - мяшчане і сялянене ваявалі супраць беларусаў - шляхціцаў. Да таго ж і казацкая вярхушка, акрамя пашырэння паўстання, мела і другі намер - далучыць паўднёвую Беларусь да Украіны.
Летам 1648 г. на поўдзень Беларусі былі занесены першыя ачагі паўстання, якое адразу прыняло жорсткія формы, было накіравана на татальнае знішчэнне супраціўнікаў. Першыя казацкія “загоны" атрымалі падтрымку простага насельніцтва, сяляне далучаліся да казакаў і вынішчалі маёнткі шляхты, гараджане адчынялі брамы. Першы “загон” атамана Галавацкага разграбіў ваколіцы Брагіна, Лоева, Гомеля. Шляхта, каталіцкае духавенства і асабліва езуіты вынішчаліся. У чэрвені 1648 г. атрады Нябабы, Крывашапкі, Гаркушы, Мікуліцкага, Няпаліча рассыпаліся па ўсяму Палессю і сталі захопліваць гарады - Рэчыцу, Мазыр, Кобрын, Бярэсце. Паплечнік Хмяльніцкага, беларус Сакалоўскі здолеў захапіць Бабруйск.
Кіраўніцтва ВкЛ вымушана было сазваць паспалітае рушэнне, але сабранае войска было разбіта ў верасні 1648 г. пад Кобрынам. Новую наёмную армію збіраў гетман Януш Радзівіл на асабістыя сродкі і грошы каталіцкай царквы. У гэты час выбухнула паўстанне ў Пінску. У кастрычніку 1648 г. мяшчане пад кіраўніцтвам рамесніка І. Шашэні вынішчылі езуітаў, шляхту ў горадзе і злучыліся з атрадам атамана Антона Нябабы. Першы ўрадавы атрад пад кіраўніцтвам пана Мірскага быў разбіты, але ў лістападзе 1648 г. падыйшлі галоўныя сілы на чале з Янушам Радзівілам. Горад быў узяты штурмам і ўвесь вынішчаны. Загінула каля 3 тыс. жыхароў. Радзівіл пачаў займаць паўднёвыя гарады і адразаць паўстанцаў і казакаў ад Украіны. Былі захоплены Тураў, Мазыр, Бабруйск. У Мазыры паўстанцы на чале з рамеснікам Іванам Сталяром і майстрам Седляром злучыліся з загонам атамана Міхненкі і запёрліся ў горадзе, адхіліўшы прапанову аб капітуляцыі. Штурм пачаўся 19 студзеня 1649 г., некалькі атак паўстанцы адбілі, але, схаваўшыся ў вазы з дравамі, атрады Радзівіла ўварваліся ў горад, разрабавалі яго, частку спалілі. У Бабруйску паўстанцы разам з казакамі атамана Паддубскага разбілі ўрадавы атрад пана Паца, тады горад у пачатку студзеня асадзіў атрад пана У. Валовіча. Чатыры тыдні асады не прынеслі поспеха Валовічу і на помач рушыў гетман Я. Радзівіл, тым не менш, сілаў на штурм не хапала. Радзівіл тайна пераманіў на свой бок заможных мяшчан і духавенства, і тыя ноччу 22 лютага адчынілі браму. Войска ўчыніла крывавую расправу, не пашчасціла і здраднікам. Кіраўнікі паўстання былі закатаваны страшнай смерцю. Так гетман Радзівіл выбіў казакаў з беларускіх гарадоў. Да вясны 1649 г. паўстанне пайшло на спад і Хмяльніцкі накіраваў новыя загоны на Беларусь. На тэрыторыю ВкЛ запарожцы перапраўляліся па бродах праз Днепр каля Лоева. Таму не выпадкова туды рушыў гетман ВкЛ Я. Радзівіл. Каля Лоева сканцэнтравалася вялікая казацкая сіла - атаманы і палкоўнікі Гаркуша, Падбайла, Міхаіл Крычэўскі (з беларусаў) з колькасцю казакаў каля 17 тыс. і сялян - 10 тыс. Паўстанцы 22 ліпеня атакавалі войскі Радзівіла, што збіраліся перайсці брод, але пацярпелі паражэнне. З гэтага часу дзеянні казакаў і паўстанцаў на Беларусі прынялі партызанскія формы. На Украіне дзеянні супраць палякаў так сама перапыніліся, бо ў жніўні 1649 г. быў падпісаны Збораўскі мір. Апошні не задаволіў казакаў, і Хмяльніцкі рыхтаваўся да новай вайны. Тым часам Ян Казімір паабяцаў амністыю ўдзельнікам паўстання, якія зложаць зброю, таму паўстанне на Беларусі стала сціхаць. Януш Радзівіл тым часам рыхтаваў пад Бабруйскам вялікае войска, якое павінна было з поўначы ўвайсці на Украіну. Калі ўлічваць антыпольскія настроі гетмана, то ён марыў аб вяртанні багатых украінскіх зямель у склад Вялікага княства, аднак мара не збылася.
У красавіку 1651 г. Хмяльніцкі аднавіў ваенныя дзеянні супраць палякаў, а на Беларусь паслаў заслон ад войск Радзівіла - загоны Нябабы і сына Юрыя. Казакі авалодалі Крычавам і зноў сустрэліся ў чэрвені на Дняпры з Радзівілам каля Лоеўскіх бродаў. Радзівіл зноў перамог казакаў і ўвайшоў на тэрыторыю Украіны, а 8 жніўня 1651 г. заняў Кіеў. Хмяльніцкі вымушаны быў падпісаць у верасні 1651 г. у г. Белая царква мірныя пагадненні, значна горшыя за папярэднія Збораўскія. Галоўнае для ВкЛ - ён выводзіў з беларускіх зямель усе атрады. Новы мір не пратрымаўся доўга - з 1653 г. ваенныя дзеянні казакаў аднавіліся, але зараз Хмяльніцкі прасіў дапамогі ў Масквы і атрымаў яе. Масква пайшла на чарговую вайну з Рэчу Паспалітай, а для Беларусі яна стала нацыянальнай катастрофай, “патопам”.
Вайна Масквы і Рэчы Паспалітай 1654-1667 гг., ці “патоп”. Хмяльніцкі прапанаваў маскоўскаму цару Аляксею Міхайлавічу Раманаву аб’яднаць з Расіяй Украіну і дапамагчы ў заваяванні Беларусі - так званай “спадчыны" рускіх цароў. На Земскім саборы ў Маскве 1 кастрычніка 1653 г. былі прыняты рашэнні аб прыняцці Украіны ў склад Расіі (з правам пэўнай аўтаноміі) і вайне “супраць Польшчы”. Адначасова маскоўскі ўрад яшчэ раз спрабаваў вырашыць “балтыйскае пытанне" - атрымаць выхад да Балтыйскага мора. У студзені 1654 г. Пераслаўская рада згадзілася на злучэнне Украіны з Расіяй.
У княстве ведалі пра набліжэнне вайны. Кіруючыя колы - гетман Януш Радзівіл рыхтаваў войска і крэпасці, наадварот, простае насельніцтва чакала прыходу “добрага цара”, да того ж аднаверца, праваслаўнага.
Да вясны 1654 г. рускія сканцэнтравалі тры арміі агульнай колькасцю каля 80 тыс. чалавек. З поўначы стаяў Шарамецеў з 20 тыс. (накірунак - Віцебск, Полацк, Падвінне); у цэнтры было 40 тыс. войска Чаркаскага, які павінен быў заняць Смаленск і ісці на Барысаў; на поўдні - 20 тыс. арміі Трубяцкога ў супрацоўніцтве з 20 тыс. казакаў Залатарэнкі павінны былі займаць беларускія гарады. Гэтай ардзе супрацьстаяла войска ВкЛ - 20 тыс наёмнікаў і 10 тыс. апалчэнцаў, так званае паспалітае рушэнне.
Ваенныя дзеянні пачаліся ў маі 1654 г. Рускія арміі хутка захапілі Падзвінне - частка гарадоў адчыняла брамы, частка супраціўлялася. Гарады, якія прыходзілася браць штурмам, вынішчаліся (Мсціслаў), і наадварот, мяккія адносіны спачатку былі да гарадоў і дваран, што не ўдзельнічалі ў ваенных дзеяннях. У гэты час шляхта паказала сваю карыслівасць - яно прысягала рускаму цару і нават складала асобныя атрады ў складзе рускай арміі (так званая прысяжная шляхта). Але каталіцкае і ўніяцкае духавенства вынішчалася, не жалавалі яўрэяў. Пасля працяглых асад капітулявалі Магілёў (26 жніўня), Смаленск (23 верасня) і Віцебск (18 лістапада). Здача Смаленска па меркаванню шляхты адбылася ў выніку здрады ваяводы Абуховіча (аб гэтым распавядаецца ў “Лісце да Абуховіча”), але што мог зрабіць ваявода без войска і прыпасаў у дрэнна ўмацаванай крэпасці, на ўтрыманне якой агульны сейм Рэчы Паспалітай не выдзяляў грошы? Тым часам рускія арміі прадвігаліся ўглыб княства, войска канцлера ВкЛ Я. Радзівіла і гетмана В. Гансеўскага не магло стрымаць іх націск і даць генеральны бой, бо значныя страты былі б нават у выніку перамогі над адной з рускіх армій, а заставаліся яшчэ дзве і адкрыты прастор для іх дзеянняў. На поўдні Беларусі казакі Залатарэнкі занялі Гомель, Рэчыцу, Чачэрск і прасоўваліся ў напрамку Магілёва.