Антисемитская кампания конца 1940-х – начала 1950-х гг. сочеталась с другими идеологическими кампаниями, проводившимися тогда в СССР. Так, в медицинских и биологических учреждениях после августовской сессии (1948 г.) Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук, закончившейся полной победой школы академика Т. Лысенко и поражением биологов-генетиков, так называемых «вейсманистов-морганистов», многих евреев-медиков стали изгонять из всех медицинских учреждений как сторонников «преступной» школы. Особо жестокая чистка шла в Ленинграде. 16 июля 1949 г. решением Секретариата ЦК был снят с должности директор Научно-исследовательского института экспериментальной биологии АМН А. Гуревич (1874–1954). В октябре 1949 г. был арестован директор Ленинградского научно-исследовательского института физической культуры Е. Зеликсон, заклейменный прессой как «вейсманист-морганист». Чистки сопровождались многочисленными доносами ученых на своих коллег-евреев (по доносам из Ленинградского института экспериментальной медицины были уволены профессор В. Я. Александров /родился в 1906 г./, П. Светов, А. А. Браун, А. Д. Браун). Чистка в медицинских и биологических учреждениях велась по всей стране. В конце 1950 г. – начале 1951 г. были уволены евреи из Московского общества испытателей природы при МГУ. Большая чистка была проведена в психиатрических учреждениях столицы, куда была направлена комиссия ЦК. 27 января 1950 г. ЦК принял специальное постановление о дальнейшем ужесточении кадровой чистки в медицинских учреждениях. В 1950 г. из министерства здравоохранения СССР были уволены все руководители-евреи, многие из них были арестованы за участие в «крупных хищениях и махинациях с материальными ценностями». Чистка шла в Московском стоматологическом институте, во 2-м Медицинском институте, в Клинике лечебного питания. В стране создалась чудовищная атмосфера, в которой смогло появиться дело врачей (см. далее, а также Врачей дело).
До начала 1950 г. расследование «преступной деятельности» Еврейского антифашистского комитета вели 35 следователей. Следствие проводилось очень интенсивно, но в марте 1950 г. было объявлено о прекращении следствия. Однако после ареста ряда руководителей МГБ во главе с В. Абакумовым (см. ниже) 19 января 1952 г. следствие по делу бывшего руководства Еврейского антифашистского комитета было возобновлено. Всю работу следственной группы курировал М. Рюмин, ставший после доноса И. Сталину на В. Абакумова заместителем министра Государственной безопасности. Он заявил, что является «уполномоченным ЦК ВКП(б) на вскрытие еврейского националистического центра». И. Сталин интересовался ходом следствия и даже составил специальный вопросник для ведения допроса. По сценарию следствия Еврейский антифашистский комитет был шпионским центром, за связь с которым на других процессах выносили смертные приговоры (например, по делу М. Айзенштадт-Железновой, по делу ЗИСа). Планировалось, что будет открыто около 70 следственных дел, так или иначе связанных с Еврейским антифашистским комитетом. Следователи пытались доказать наличие еврейской националистической организации в МГБ, МИДе, партаппарате, выбивали из подследственных показания против Л. Кагановича, В. Молотова. Особое внимание в вопроснике И. Сталина уделялось выявлению связей арестованных с американской разведкой. Несмотря на все ухищрения, следствию не удалось добиться убедительных показаний о связях с американской разведкой или наличия националистической организации в различных министерствах. Большую роль в срыве планов следствия сыграло мужественное поведение заключенных, особенно А. Лозовского и Б. Шимелиовича.
Над группой руководителей и сотрудников Еврейского антифашистского комитета было решено провести отдельный процесс. 5 марта 1952 г. помощник начальника следственной части по особо важным делам при МГБ подполковник П. Гришаев вынес постановление об объединении следственных дел А. Лозовского, И. Фефера, С. Брегмана (1895–1952), И. Юзефовича, Б. Шимелиовича, Л. Штерн, Л. Квитко, Д. Гофштейна, Л. Тальми, В. Зускина, Э. Теуми, Ч. Ватенберг-Островской (см. выше) в одно следственное дело. Кроме того, было принято постановление о начале следствия по делам всех лиц, имена которых фигурировали в ходе допросов по делу Еврейского антифашистского комитета. Список будущих подследственных включал 230 человек, в том числе И. Эренбурга, В. Гроссмана, С. Маршака, М. Блантера, академика Б. Збарского, Б. Слуцкого, А. Вергелиса, историка Л. Зубока (1896–1967). Еще до начала суда по делу Еврейского антифашистского комитета были утверждены обвинительное заключение и приговор. 30 апреля 1952 г. министр государственной безопасности С. Игнатьев писал И. Сталину: «Предоставляю Вам при этом копию обвинительного заключения по делу еврейских националистов, американских шпионов Лозовского, Фефера и других. Докладываю, что следственное дело направлено на рассмотрение Военной коллегии Верховного суда СССР с предложением осудить Лозовского, Фефера и всех их сообщников, за исключением Штерн, к расстрелу. Штерн сослать в отдаленный район сроком на десять лет».
8 мая – 18 июля 1952 г. проходили закрытые заседания Военной коллегии Верховного суда под председательством генерал-лейтенанта юстиции А. Чепцова, на которых рассматривалось дело Еврейского антифашистского комитета. Заседания суда проходили без участия представителей государственного обвинения, защиты и без вызова свидетелей. Подсудимые обвинялись в связях с «еврейскими националистическими организациями Америки», в отправках в эти организации «информации об экономике СССР, а также клеветнической информации о положении евреев в СССР... в том, что по заданию еврейских националистов Америки поставили вопрос о заселении Крыма и создании там еврейской республики ... руководители Еврейского антифашистского комитета обвиняются и в издании «Черной книги», осуществленной совместно с еврейскими националистами США и Палестины».
Несмотря на то, что подсудимые подвергались тяжким мерам физического воздействия во время следствия и психологическому давлению даже во время процесса, все они (за исключением много лет сотрудничавшего с МГБ И. Фефера) отказались полностью или частично признать свою вину. Сопротивление подсудимых и полная неподготовленность процесса вызвали беспрецедентный по понятиям тех лет поступок председателя суда А. Чепцова. В июле 1952 г. он прервал процесс и решил возвратить дело на дознание. Он обратился к Генеральному прокурору Советского Союза Г. Сафонову, председателю Президиума Верховного Совета Советского Союза Н. Швернику, секретарю ЦК П. Пономаренко с жалобами на деятельность органов МГБ и в первую очередь на М. Рюмина. Видимо, некоторые руководители партии и страны хотели затянуть процесс, опасаясь, что он может привести к новой широкой чистке руководства. Но Г. Маленков потребовал от А. Чепцова «немедленного завершения дела». Он заявил А. Чепцову: «Что же, вы хотите нас на колени поставить перед этими преступниками? Ведь приговор по этому делу апробирован народом, этим делом Политбюро занималось три раза. Выполняйте решение Политбюро».
18 июля 1952 г. все подсудимые, за исключением Лины Штерн, были приговорены к расстрелу. Л. Штерн была приговорена «к ссылке в отдаленную местность сроком на пять лет». 12 августа 1952 г. приговор был приведен в исполнение.
Дело врачей началось с ареста 18 января 1950 г. терапевта профессора Я. Г. Этингера (1887–1951). Его обвинили в том, что он является «активным еврейским националистом», а также в «клеветнических измышлениях» по адресу Г. Маленкова. Были арестованы его жена Р. Викторова и сын Я. Я. Этингер (родился в 1929 г.). Следователей интересовали идейные сторонники Этингера в медицинском мире. Был составлен список «еврейских националистов» — врачей, но Я. Г. Этингер отказывался признать то, что от него требовали следователи. 2 марта 1951 г. он умер в тюрьме от разрыва сердца. 2 июня 1951 г. следователь подполковник М. Рюмин, который вел дело Я. Этингера, видимо, заранее уверенный в благосклонном отношении И. Сталина, направил ему донос, в котором обвинил В. Абакумова в том, что он сознательно скрыл от правительства «террористический план еврейского националиста» Я. Этингера, состоявший в применении «вредительских» методов лечения советских руководителей и деятелей международного рабочего движения и в «умерщвлении Щербакова». Для «скрытия этого преступления Этингера умышленно довели до смерти» В. Абакумов и его помощники, чем «затушили дело террориста Этингера», нанеся серьезный ущерб интересам государства. Результатом доноса было принятое 11 июля 1951 г. секретное постановление ЦК ВКП(б) «О неблагополучном положении в МГБ СССР». Новому руководству министерства государственной безопасности — С. Игнатьеву и ставшему заместителем министра М. Рюмину — постановление поручало «вскрыть существующую среди врачей группу, проводящую вредительскую работу против партии и правительства». 12 июля 1951 г. В. Абакумов был арестован, а вскоре были арестованы многие руководящие работники министерства, в том числе все евреи, занимавшие в министерстве ответственные посты, по обвинению в том, что они являются сионистами и заговорщиками: Л. Шварцман (?–1956 г.), заместитель начальника следственной части по особо важным делам МГБ СССР, руководящие работники 2-го Главного управления С. Павловский, Н. Бородин, Л. Райхман (1908–90), заместитель начальника Особого отдела Н. Эйтингон (1899–1981; руководил операцией по убийству Л. Троцкого).
И. Сталин потребовал от С. Игнатьева применения «решительных мер по вскрытию группы врачей-террористов» и поручил М. Рюмину интенсивными методами расследовать «дело врачей». Была арестована бывшая заведующая кабинетом функциональной диагностики Кремлевской больницы С. Карпай (1903–55), которую обвинили во вредительских методах лечения А. Жданова, М. Калинина и А. Щербакова. И. Сталин внимательно следил за ходом следствия и был недоволен его «медленными» темпами. В январе 1952 г. он угрожал С. Игнатьеву, что если тот «не вскроет террористов, американских агентов среди врачей, он будет там, где Абакумов... Я не проситель у МГБ, я могу потребовать и в морду дать, если не будут выполняться мои требования... Мы вас разгоним, как баранов». Обострившаяся ненависть И. Сталина к врачам была связана с его ухудшающимся состоянием здоровья. В конце 1952 г. лечащий врач Сталина проф. В. Виноградов обнаружил у него быстро прогрессирующий атеросклероз мозга и порекомендовал своему пациенту отказаться от активной политической деятельности и уйти на покой. Взбешенный этим диагнозом И. Сталин был теперь абсолютно убежден, что врачи хотят отстранить его от власти. Основное направление работы следствия теперь заключалось в разоблачении еврейских националистов среди медицинской элиты страны. В апреле 1952 г. М. Рюмину удалось получить нужные ему признания у М. Лихачева (одного из арестованных помощников В. Абакумова), что Абакумов скрыл показания Я. Этингера, который будучи «еврейским националистом... задался целью сократить... жизнь Щербакова». В конце сентября 1952 г. следователи получили от экспертов-врачей (агентов МГБ), среди которых основную роль играла Лидия Тимашук, в прошлом заведующая кабинетом электрокардиографии Кремлевской больницы, нужные им сведения о том, что крупнейшие врачи страны путем неправильного лечения ускорили смерть А. Жданова и А. Щербакова. Осенью 1952 г. были арестованы профессора П. Егоров, В. Виноградов, В. Василенко, А. Бусалов, М. Вовси, Б. Коган (1896–1967), в декабре — профессора А. Гринштейн, А. Фельдман, Я. Темкин (1896–1976); в январе – начале февраля были арестованы профессора Э. Гельштейн (1897–1953), В. Зеленин, Я. Рапопорт (1898–1995). В октябре 1952 г. И. Сталин разрешил применять к арестованным врачам меры физического воздействия, и их стали зверски избивать на допросах. Но Сталину нужны были показания арестованных о существовании разветвленного заговора медицинской элиты страны, связанной со многими членами Политбюро. И. Сталин неоднократно заявлял, что считает шпионами В. Молотова (американским), А. Микояна и К. Ворошилова (английскими). И. Сталин требовал от органов безопасности более активной разработки версии о сионистском характере заговора и о связях заговорщиков с английской и американской разведкой через «Джойнт». Он считал, что даже М. Рюмин действует недостаточно энергично, за что 15 ноября 1952 г. того сняли с поста и назначили нового руководителя следствия по делу врачей, заместителя министра государственной безопасности С. Гоглидзе, который заявил следователям, что пора перестать «нянчиться» с заключенными и начать действовать как «настоящие революционные следователи». И. Сталин ежедневно читал протоколы допросов и лично руководил следствием.