В соответствии с резолюцией Совета Безопасности ООН № 1244, Косово фактически оказалось под протекторатом международных вооруженных сил, прежде всего войск НАТО, а также гражданской миссии ООН в Косово. Вновь, как и в случае с Республикой Сербской в составе БиГ, проявился односторонний подход мирового сообщества к сербам. Если от Белграда требовали безусловного выполнения всех постановлений резолюции СБ ООН, то албанские боевики до конца так и не были разоружены. ОАК лишь была переименована в Косовский защитный корпус. В результате в Косово имелись многочисленные случаи насилия, бесчинств, убийства мирных жителей, поджогов и грабежей имущества неалбанского населения, разрушению подверглись культурно-исторические памятники сербского народа. Более 220 тыс. жителей неалбанского происхождения, в большинстве своем сербы, были вынуждены покинуть край.
В июле 2000 г. парламент СРЮ принял ряд поправок к конституции страны, в частности, изменил порядок избрания президента страны. Теперь он должен был избираться не парламентом, а в ходе всенародного голосования. Эти поправки к конституции открывали С. Милошевичу путь к переизбранию на пост президента Югославии, а также резко ослабляли позиции маленькой Черногории по сравнению с Сербией.
Очередные президентские и парламентские выборы в СРЮ состоялись в сентябре 2000 г. Главными конкурентами были Сербская социалистическая партия С. Милошевича и Демократическая оппозиция Сербии (ДОС) - объединение 18 партий различной направленности, выдвинувшее своим кандидатом в президенты лидера Демократической партии Сербии Воислава Коштуницу. В знак протеста против изменения конституции Черногория выборы бойкотировала.
Итоги выборов оказались сенсационными. Демократическая оппозиция Сербии обогнала правящий блок на выборах в парламент СРЮ. Относительно результатов президентских выборов было объявлено, что лидирующий в них Коштуница не набрал 50% голосов избирателей, в связи с чем необходим второй тур. Оппозиция немедленно заявила о фальсификации выборов.5 октября 2000 г. начались массовые выступления в Белграде и других городах, называемые иногда "октябрьской революцией". Они закончились отстранением С. Милошевича от власти. Последовало также заявление Центризбиркома, что В. Коштуница победил уже в первом туре, набрав 50,24% голосов против 37,15% поданных за С. Милошевича.7 октября 2000 г.В. Коштуница был назван президентом СРЮ.
События 5 октября 2000 г. имели двойную природу. С одной стороны, они завершили этап "бархатных революций" 1989 года, приведших к смене коммунистических режимов в Восточной Европе. С другой - положили начало череде электоральных "цветных революций". По сербскому сценарию вскоре произошла смена власти в Грузии и на Украине.
В конце декабря 2000 г. состоялись выборы в парламент Сербии. Они принесли безоговорочную победу объединенной оппозиции. Премьер-министром Сербии был назначен теневой лидер ДОС и председатель Демократической партии Зоран Джинджич.
В июне 2001 г. правительство Сербии вопреки сербскому законодательству выдало Гаагскому трибуналу по бывшей Югославии арестованного ранее С. Милошевича. За это СРЮ было обещано более 1 млрд долларов финансовой помощи, которые так и не поступили. (В 2006 г.С. Милошевич, которому трибунал отказал в просьбе о выезде в Москву на лечение, умер в тюрьме).
Выдача недавнего лидера союзного государства не получила единодушной поддержки в стране. Более того, этот шаг правительства спровоцировал внутренний кризис. О несогласии с ним заявил, в частности, глава государства В. Коштуница, а возглавляемая им Демократическая партия Сербии вышла из парламентской фракции ДОС. Этот конфликт был отражением имевшего место соперничества за единоличное лидерство между В. Коштуницей и З. Джинджичем. В конечном счете, оно привело к выходу министров от Демократической партии Сербии из сербского правительства, а самой этой партии - из ДОС.
После агрессии НАТО усилился сепаратизм черногорского руководства. На политику М. Джукановича не повлияли "октябрьская революция" в Белграде в 2000 г. и приход к власти в СРЮ и Сербии демократической оппозиции. В ноябре 2002 г.М. Джуканович ушел с поста президента Черногории и возглавил правительство. Президентом Черногории в мае 2003 г. был избран соратник Джукановича, бывший председатель парламента Филип Вуянович. Оппозиция своего кандидата на этих выборах не выдвигала.
14 марта 2002 г. руководители СРЮ, Сербии и Черногории подписали разработанное в Евросоюзе соглашение о переустройстве отношений в союзном государстве. Новое государственное объединение получало название сообщество Сербия и Черногория (СиЧ). Совместными органами объявлялись: однопалатный парламент, президент, совет министров и суд. Избираемый скупщиной президент предлагает состав Совета министров и руководит им. Кабинет составили пять министерств: иностранных дел, обороны, внешних и внутренних экономических сношений, защиты прав человека и национальных меньшинств. Единая армия подчинялась Верховному совету обороны в составе президента СиЧ и глав республик. Суд Сербии и Черногории был наделен функциями конституционного суда. В представительствах Югославии в международных организациях - ООН, ОБСЕ, Совете Европы и т.д. - обеспечивалось равное участие сербов и черногорцев.
Стороны договорились о беспрепятственном функционировании общего экономического рынка, включая свободное перемещение людей, товаров, услуг и капиталов. Имевшиеся расхождения в области торговой и таможенной политики должны были разрешаться в процессе гармонизации экономических систем республик с экономической системой Европейского союза. Наконец, вводился трехлетний мораторий на проведение в Черногории референдума о независимости.
Еще год ушел на подписание конституционной хартии и ее ратификацию сербским, черногорским и союзным парламентами.4 февраля 2003 г. Союзная Республика Югославия, функционировавшая почти 11 лет и прочно связанная с именем С. Милошевича, перестала существовать. Она повторила судьбу СФРЮ. Ушло в историю и само название Югославия. Появилось государственное сообщество Сербия и Черногория. Его президентом был избран представитель Черногории Светозар Марович. Президент СРЮ В. Коштуница остался без своего поста.
В марте 2003 г. был убит сербский премьер З. Джинджич. В организации покушения была обвинена организованная преступность. Гибель Джинджича стала началом заката правления ДОС. Лидера подобного масштаба у правящей коалиции на тот момент не оказалось. Не стал таковым и Зоран Живкович, который занял место Джинджича на посту премьер-министра Сербии и лидера Демократической партии.
З. Живкович не смог двинуть вперед процесс реформирования сербского общества и народного хозяйства, экономическое положение страны оставалось плачевным. На высоком уровне удерживалась безработица, а односторонняя ориентация на Запад не привела к потоку кредитов и инвестиций. Политическую систему сотрясали коррупционные скандалы, в которых были замешаны и члены кабинета министров. Правительство потеряло всякий авторитет, а ДОС - большинство в парламенте. В ноябре 2003 г. скупщина Сербии была распущена.
Выборы нового состава парламента Сербии состоялись в декабре 2003 г. Демократическая партия Сербии заняла на них только второе место. Но именно ее лидер В. Коштуница сформировал в конечном итоге правительство, сумев привлечь к сотрудничеству еще три партии. Правящая коалиция не имела за собой большинства депутатов скупщины, кабинет получил вотум доверия только благодаря нежеланию депутатов вновь избранной скупщины идти на ее очередной досрочный роспуск и новые, уже третьи по счету выборы. Правительство парламентского меньшинства также не смогло обеспечить стране политическую стабильность и экономические успехи. Сложной в целом ситуации не улучшили и прошедшие в июне 2004 г. очередные президентские выборы. Их победителем стал новый председатель Демократической партии Борис Тадич. В его лице Демократическая партия обрела сильного лидера и начала укреплять свои позиции в обществе.
Обострение борьбы в сербском политическом классе на рубеже веков благоприятствовало косовским сепаратистам, последовательно проводившим курс на выход из состава Сербии. В мае 2001 г. миссия ООН в Косово утвердила "Конституционные рамки временного самоуправления", и в ноябре того же года состоялись первые выборы в косовский парламент. Остатки сербского населения края эти выборы бойкотировали. Победу же на них одержала Демократическая лига Косово Ибрагима Руговы, обойдя своего главного конкурента - Косовскую демократическую партию (политическое крыло Освободительной армии Косово) Хашима Тачи. Ругова стал президентом Косово. Но Тачи смог контролировать правительство через члена своей партии, премьер-министра правительства Косово Байрама Реджепи.
Позже место премьер-министра Косово занимали представители еще одной партии - Союза за будущее Косово. В 2006 г. премьер-министром стал также принадлежавший к этой партии генерал Агим Чеку - воевавший с сербами еще в рядах хорватской армии, позже в ОАК, а затем возглавивший Косовский защитный корпус.
Чуть раньше, в конце 2005 г. в косовском урегулировании наступил своего рода переломный момент. Если раньше мировое сообщество выступало за обеспечение в крае демократических стандартов как главное предварительное условие начала переговоров о статусе Косово, то теперь этого уже не требовалось. Поиски статуса края перешли в практическое русло. В феврале 2006 г. начался переговорный процесс между делегациями Сербии и косовских албанцев. Начало нового этапа в решении косовского вопроса совпало с кончиной И. Руговы - харизматического лидера косовских албанцев. На его место парламентом края был избран представитель Демократической лиги Косово Фатмир Сейдиу.