Важнейшей государственной задачей явилось ограничение владельческих прав церкви. Молодой царь предложил свою программу. Однако митрополит Макарий, который имел определяющее влияние на царя (в годы детства и отрочества Макарий был фактическим опекуном и защитником Ивана от боярских притеснений), удалось исключить из решения Собора наиболее радикальные пункты. Тем не менее, в соответствии с принятыми решениями церковь теперь могла приобретать земли только с разрешения царя[3].
В 1552 году царь Иоанн IV (Грозный) покорил Казанское ханство. Бывшие правители Казанские добровольно Православие.
В честь покорения Казанского ханства на Красной площади бал воздвигнут храм Покрова пресвятой Богородицы, увенчанный мавританским, индийским, китайскими куполами. А над ними - купол русский. "Русь должна объединить разноплеменные народы и быть их водителем к небу" Русь того времени поражала величием, многообразием жизни.
По важности места, каким была Казань, по важности следствий для церкви и государства, какие могло иметь обращение окружного народонаселения в христианство, положено было учредить здесь особую епархию. Первый архиепископ казанский и свияжский, Гурий, отправился в свою епархию из Москвы весною 1555 года. Это отправление было необычное, первое в русской истории: архиепископ ехал в завоеванное, неверное царство распространять там христианство, утверждать нравственный наряд, вез с собою духовенство, нужные для церкви вещи, иконы.
На далеком севере продолжалось обращение лопарей: при Иоанне IV кончил свои подвиги относительно обращения кольских лопарей Феодорит, печенгских – Трифон.
Но в то время как ревностные проповедники распространяли христианство на пустынных берегах Северного океана, новгородские владыки должны были бороться с язычеством.
Северные пустынные монастыри продолжали воспитывать в своих иноках твердость духа в борьбе против явлений нехристианских. В страшную эпоху кровавой борьбы и насилий торжествующего начала самый отдаленный на севере монастырь Соловецкий выслал в Москву в митрополиты своего игумена, который не усомнился поднять голос за милосердие: ряд знаменитых московских иерархов, столько содействовавших усилению Москвы, установлению единодержавия и признанных церковью святыми, заключился великим мучеником за священное право печалования о падших, слабых.
По смерти митрополита Макария в 1564 году царь с сошедшимися для избрания нового митрополита архиереями приговорил: митрополит архиепископам и епископам всем глава, а в том его высокопрестольной степени почести нет, что он носит черный клобук и владыки все носят черные же клобуки, а новгородский архиепископ носит белый клобук: от сего времени носить митрополиту клобук белый с рясами и херувимов, печатать грамоты красным воском; архиепископу новгородскому носить белый клобук и печатать грамоты красным воском; архиепископу казанскому красным же воском. Тогда же написан был новый чин митрополичьего поставления. с некоторыми незначительными переменами против прежнего.
В мае 1566 г. митрополит Афанасий тяжело заболел, оставил свой пост и ушёл в Чудов монастырь. Но вполне может быть, что сказалась не только болезнь — а дрязги и подсиживания против него. В Церкви сформировалась мощная группировка во главе с архиепископом Новгородским Пименом. С ним сомкнулись епископы Филофей Рязанский, Пафнутий Суздальский, часть архимандритов. Отметим здесь важную деталь, Курбский в своих сочинениях густо поливал русское духовенство грязью, но по какой-то причине делал исключение для Пимена. Превозносил его как настоящего «подвижника», чистейшего и честнейшего. Хотя факты этого никак не подтверждают. Подвижничества за ним не обнаруживается, зато он всегда, прямо-таки с завидной регулярностью, оказывался в центре политических склок. Именно он тогда стал «кандидатом номер один» на митрополичий престол.
Но царь этого не допустил. Выдвинул архиепископа Казанского Германа, который полностью поддерживал необходимость оздоровить государство. Его родственники служили в опричнине. Казалась бы самая подходящая фигура. Он уже прибыл в Москву, въехал в митрополичьи палаты. Но… Против него неожиданно выступили Басмановы. Принялись клеветать царю на Германа, обвиняли его в чрезмерном властолюбии. Уверяли, что он мечтает быть «новым Сильвестром». По сути, чётко подыгрывали Пимену. И добились своего. Иван Грозный снял его кандидатуру.
И всё же государь Пимену не дал ходу! Назвал игумена Соловецкого монастыря св. Филиппа (Колычева). Он происходил из боярского рода, действительно был подвижником, квалифицированным богословом. Филипп вообще являлся одним из учёнейших людей своего времени — был талантливым физиком, механиком, инженером, хозяйственником. В архиве сохранились десятки его изобретений, которые он внедрял в своём монастыре. Это и гигантские гидротехнические сооружения с хитрыми трубопроводами, когда вода из 52 озёр подавалась к мельницам, приводила в движение меха и молоты кузниц.
И механическая сушилка, веялка, и устройство для разминки глины при изготовлении кирпичей, и даже оригинальные устройства, ускоряющие изготовление кваса.
Царь знал о его благочестивой жизни, учёности, о его успехах по благоустройству Соловецких островов. Но был ещё один весомый аргумент в пользу его кандидатуры. Именно то, что вся его деятельность проходила далеко от столицы, от политики, борьбы церковных группировок. В этой борьбе он был заведомо «нейтральным», должен был удовлетворять все стороны, мог объективно разобраться, что же твориться в Церкви.
Но, ещё не доезжая Москвы по дороге против св. Филиппа была организована провокация. Он был всего лишь скромным игуменом, и официально государь пригласил его только для «совета духовного», однако новгородская верхушка уже откуда-то знала, на какой пост его прочат! Собрала и выслала к нему огромную делегацию, которая вывалила ему кучу жалоб и просила ходатайствовать перед царём об отмене опричнины. Интересно, почему такие просьбы и жалобы не передавались новгородской знатью через своего архиепископа Пимена — находившегося в Москве? Почему потребовалось загрузить проезжего игумена? А он-то что? Он был человек доверчивый, искренний. Раз просят — его долг передать.
В столице Пимен и его партия сразу встретили св. Филиппа враждебно. А когда он добросовестно выложил государю всё, что навалили на него новгородцы, тут-то его и попытались подставить. Ну а как же, попался — враг царской политики! Иерархи, близкие к Пимену, оказались вдруг горячими защитниками этой политики, по собственной инициативе обратились к Ивану Васильевичу и «просили царя об утолении его гнева на Филиппа»! но просчитались. Ибо государь никакого гнева на него не держал и на поводу у интриганов не пошёл. Он пригласил игумена пообедать с собой, дружелюбно беседовал. Понял, что честного священнослужителя втягивают в дела, в которых он не сумел разобраться. Разъяснял, зачем нужна опричнина. Филипп отказывался от высокого сана, но Грозный уговорил его ради блага Церкви. Поддержала часть иерархов. А чтобы не возникло больше недоразумений и чтобы Филиппа не впутывали в провокации, царь и митрополит разграничили сферы влияния: Иван Васильевич не вмешивался в церковное управление, а святитель не касается государственных дел. И не просто договорились, а 20 июля 1566 г. письменно зафиксировали такое разделение в официальной грамоте об избрании Филиппа на митрополичий престол.
Свержение Филиппа с митрополии вследствие столкновений с опричниною не было первым примером в XVI веке: великий князь Василий свергнул митрополита; в малолетство Иоанна свергнуты были два митрополита.
До нас дошел чин поставления митрополита Иоасафа; здесь сначала сказано: «Князь великий Иван Васильевич всея России с своими богомольцами, архиепископом Макарием Великого Новгорода и Пскова, с епископами, со всем освященным собором, с старцами духовными и всеми боярами, избрал на митрополию духовного старца Троицкого Сергиева монастыря игумена Иоасафа и нарек его митрополитом всея России».
Относительно избрания епископов в летописях встречаем выражения: «Повелением царя, избранием митрополита и собора» или: «Повелением царя, по благословению и рукоположению митрополита, по совету освященного собора». В летописном известии о поставлении архиепископа Александра в Новгород в 1576 году встречаем слова: «А избрал его на владычество сам государь».
Иван Грозный остался в истории олицетворением деспотизма и тирании российского самодержавия.
Многое в деятельности Иоанна Грозного несомненно связано с его осознанием себя как прямого преемника (и потомка: по линии бабушки – Софьи Палеолог) византийских императоров. Свою власть Иоанн во многом понимал теократически. Он стал первым русским государем, который венчался на царство по византийскому чину, и при котором новое достоинство Российской державы было признано другими государствами. Положения доктрины Филофея продолжали осмысляться применительно к историческим судьбам Руси и в конце XVI века, когда Русская Православная Церковь была возведена на степень Патриаршества. Это стало дальнейшим развитием византийской теократической логики: где Царь, там и Патриарх. Показательно, что в поставлении первого Московского Патриарха участвовал Патриарх Константинопольский, а позднее другие Восточные Патриархи утвердили решение о даровании Московской кафедре патриаршего достоинства. При этом в грамоту о поставлении св. Патриарха Иова вошли слова о Москве как о Третьем Риме и ее преемственности от Царьграда. И в дальнейшем идея Москвы – Третьего Рима живет в сознании русского человека. Эта концепция глубочайшим образом сформировала ход русской истории в XVII столетии и понимание русскими государями и Русской Церковью своего значения, своего места в христианском мире.