В соответствии с законами о так называемой "ариизации" конфисковывалось имущество евреев, а сами они вывозились в лагеря смерти. С октября 1941 г. началась отправка чешских граждан в концентрационные лагеря-пропускники (в частности, в печально известный Терезин), через которые прошли десятки тысяч человек.
Усилия гитлеровцев и их пособников по полному подчинению протектората нацистской Германии буквально с первых недель и месяцев оккупации натолкнулись на противодействие патриотически настроенной молодежи, интеллигенции, деятелей чешской культуры, которые активно поддерживали общественный оптимизм, веру в неизбежное освобождение. Шла подспудная полемика с нацистской пропагандой, утверждавшей идею непрерывной зависимости исторического развития Чехии от Германии.
Демонстративное проявление всего национального на первых порах оккупации было выражением массового недовольства новым положением. Политический характер приобрела манифестация в день национальной независимости 28 октября 1939 г. В ходе ее был ранен студент-медик Ян Оплетал. Он вскоре скончался, и его похороны вылились в новую манифестацию. Последовали репрессии, и 17 ноября нацистами были закрыты все высшие учебные заведения. Эта дата после войны отмечается как Международный день солидарности студентов.
К лету 1939 г. оформились первые подпольные группы движения Сопротивления. В протекторате был создан т.н. "Политический центр", в который входили представители различных домюнхенских политических партий, кроме коммунистов. Это была не слишком массовая организация, но она пользовалась политическим влиянием и поддерживала связи с лондонским центром чехословацкой эмиграции, объединившейся вокруг Бенеша.
Бывшие военные были инициаторами создания организации "Защита нации", которая развернула довольно широкую подпольную сеть, занимавшуюся главным образом сбором разведывательной информации. Во главе другой организации "Петиционный комитет - верными останемся!" стояли представители творческой интеллигенции социал-демократической ориентации. Название происходило от одноименного манифеста, оглашенного после мюнхенских событий и призывавшего чехов выступить в защиту демократической республики. Существовали и более мелкие группы. Все они добивались восстановления домюнхенской республики, одни, подобно "Политическому центру" и "Защите нации", без каких-либо ее изменений, другие, как "Верными останемся", высказывались за глубокие социальные преобразования. Довольно скоро наметилось сближение подпольных группировок. Весной 1940 г. возник координационный центр движения Сопротивления внутри страны (УВОД).
Организационную самостоятельность сохраняло коммунистическое подполье. На первых порах оно было наиболее организованным, однако после заключения пакта о ненападении между СССР и Германией в августе 1939 г. его члены оказались заметно дезориентированными. Новая активизация его деятельности произошла лишь после нападения Германии на Советский Союз в 1941 г.
Помимо лондонского центра эмиграции, сплотившегося в 1940 г. вокруг Бенеша, возник коммунистический центр в Москве во главе с К.Готвальдом. Бенеш в своих действиях долгое время исходил из расчетов на скорое окончание войны. В связи с этим поддерживавшие его подпольные группы и военные организации готовились не столько к вооруженной борьбе, сколько к взятию власти в конце войны. Вооруженные формы борьбы появились в протекторате значительно позже. Хорошо была налажена лишь разведывательная деятельность.
Лондонское эмигрантское правительство вошло в антигитлеровскую коалицию. 18 июля 1941 г. Бенеш заключил чехословацко-советское соглашение о взаимопомощи в борьбе с Германией. Его значение состояло в том, что советская сторона признавала Чехословацкий комитет в Лондоне правительством суверенной Чехословакии и партнером по антигитлеровской коалиции. Правительство СССР дало согласие на формирование на своей территории чехословацких воинских частей.
Ответом на постепенную активизацию деятельности подполья, усиление саботажа в промышленности явилось нарастание террора нацистов. В сентябре 1941 г. пост рейхспротектора Нейрата занял генерал Р.Гейдрих. При нем было введено чрезвычайное положение, активизировалась борьба с чешским подпольем. За связь в Лондоном был арестован премьер А.Элиаш и в июне 1942 г. казнен. Лондонский центр движения Сопротивления 27 мая 1942 г. организовал покушение на Гейдриха. Рейхспротектор был убит сброшенными на территорию республики десантниками Кубишем и Габчиком при поддержке членов подполья. Эта акция получила огромный международный резонанс. Покушение было совершено в тот момент, когда лондонской эмиграцией велись переговоры о восстановлении Чехословакии в прежних границах. Безусловно, это напомнило мировой общественности о трагической судьбе ЧСР.
Развернувшийся после покушения нацистский террор тяжело отразился на подполье. По стране прокатилась волна арестов, были ликвидированы все сформировавшиеся руководящие центры, впредь действовали лишь остатки нелегальных организаций. Подпольная связь была существенно нарушена, пострадала и подпольная печать. Был также уничтожен второй по счету с момента оккупации нелегальный ЦК КПЧ, но вскоре коммунистами был создан третий. Однако связь между ним и московским центром Сопротивления смогли восстановить лишь весной 1943 г. Террор особенно подкосил некоммунистическое Сопротивление. Коммунисты оказались более организованными, они быстрее восстановили свою подпольную сеть.
С 1942 г. в СССР началось формирование чехословацких воинских частей. Произошло это в Бузулуке под руководством Людвига Свoбоды. И уже в начале 1943 г. состоялось их первое боевое крещение в битве у Соколово на Украине. Постепенно части превратились в бригаду, насчитывавшую 3000 человек. Позже, осенью 1943 г., чехословацкие воины под командованием Свободы участвовали в боях за Киев и Белую Церковь, а после освобождения Украины бригада превратилась в армейский корпус.
Под влиянием изменений в военной обстановке и роста международного авторитета и влияния СССР Э.Бенеш вынужден был признать в качестве равноправного партнера московский центр движения Сопротивления, представлявший собой внушительную силу. Укрепление позиций СССР в антигитлеровской коалиции в 1943 г., ставшем поворотным в ходе войны, заставило Э.Бенеша пойти на переговоры о заключении чехословацко-советского договора. 12 декабря 1943 г. в Москве Э.Бенешем и И.В.Сталиным был подписан чехословацко-советский договор о дружбе, взаимной помощи и послевоенном сотрудничестве.
Одновременно состоялись переговоры руководителей двух центров движения Сопротивления. КПЧ требовала от Лондона отказаться от пассивной выжидательной тактики и выступала за усиление вооруженных методов борьбы. Был поставлен вопрос о наказании коллаборационистов и предателей. Большое внимание было уделено национальным проблемам, однако Бенеш и на сей раз отказывался признать словаков самобытной нацией, по-прежнему отстаивая концепцию единой чехословацкой нации. При обсуждении послевоенного устройства республики КПЧ сумела настоять на дополнении довоенной системы власти новыми органами - национальными комитетами. В результате переговоров была намечена программа обновления страны на народно-демократической основе. Была достигнута также договоренность о последующем выселении чешских немцев. КПЧ отказалась от предложения вступить в эмигрантское правительство Бенеша, выдвинув требование сформировать правительство национального фронта. Так что и после московских переговоров действовали два центра Сопротивления, хотя и наметилась линия на создание единого антифашистского блока.
Все перечисленные вопросы, обсуждавшиеся в Москве, стали собственно основой будущей программы национально-демократической революции. Но за нее еще предстояла упорная борьба. Благодаря успехам на фронтах, в которые свой вклад внесли и чехословацкие воинские части, президент Э.Бенеш смог добиться от членов антигитлеровской коалиции признания своего эмигрантского правительства и в итоге подтвердить континуитет чешско-словацкой государственности.
На определенном этапе развития проблема восстановления Чехословакии в домюнхенских границах наталкивалась на словацкий вопрос, поскольку Словакия поддерживала Германию и в случае ее капитуляции оказалась бы в лагере побежденных стран.
В Словакии после провозглашения независимого государства сформировался режим во главе с Й.Тисо. В руководстве страны были сторонники постепенной фашизации общества. Однако в первое время верх взяли умеренные политики католической ориентации. По конституции 1939 г. государство называлось Словацкая Республика. Была создана своя армия, полиция, жандармерия, госаппарат. Все это происходило в обстановке национальной эйфории под впечатлением первых успехов после достижения независимости. До 1941 г. Словакия была единственным вновь созданным государством в Европе, что служило Гитлеру для пропагандистских целей. Словакия добилась ограниченного международного признания, в том числе и со стороны СССР в 1939-1941 гг.
Государственность Словакии, возникновение которой было связано с временными успехами фашистского блока, многие словаки воспринимали как воплощение их извечного стремления освободиться из-под опеки и добиться независимости. По сравнению с режимом в протекторате здесь долгое время порядки казались либеральными. Но постепенно происходила перестройка общества на корпоративной основе. По мере фашизации страны усиливалась либеральная и левая оппозиция правящему режиму. За 1939-1943 гг. были уничтожены четыре ЦК компартии Словакии. Пятому, во главе с К.Шмидке, Г.Гусаком и Л.Новомеским, удалось установить тесную связь с московским руководством КПЧ. После преодоления крайне радикальных настроений (подобно лозунгу "За советскую Словакию") коммунисты стали выступать за свободную Словакию в составе освобожденной Чехословакии. Был взят в итоге курс на подготовку национально-демократической революции.