В целом, казалось, что Польша потеряна для Рима. Однако, успехи реформационного движения оказались непрочными. Шляхта, удовлетворившись достигнутым, стала охладевать к протестантскому учению, религиозно-культурный смысл которого оставался ей малопонятен. В самом реформационном лагере произошел раскол: из кальвинистской церкви выделились общины антритринитариев (реформаторов, отрицавших христианское учение о Троице). С другой стороны, с 1560-х годов во всей Европе католическая церковь перешла в контрнаступление. Духовенство было мобилизовано на активную борьбу с протестантами, был предпринят ряд дисциплинарных и других реформ внутри церкви, созданный недавно орден иезуитов стал ударным отрядом Контрреформации. С 1564 года иезуиты развернули деятельность и в Польше.
В этих условиях протестанты вынуждены были перейти к обороне. В 1570 г. кальвинисты, лютеране и чешские братья заключили союз для противодействия натиску католицизма, а в 1573 г. в момент вступления на престол Генриха Валуа им удалось добиться принятия сеймом и королем акта так наз. Варшавской конфедерации, которая гарантировала предоставление протестантам и вообще иноверцам религиозных свобод. В дальнейшем именно акт Варшавской конфедерации позволял в течение десятилетий ставить преграду развертыванию религиозных преследований в Речи Посполитой. С последней четверти XVI века начинается спад реформационного движения в Польше. В течение первой половины XVII в. католическая Контрреформация постепенно отвоевывает (преимущественно мирными средствами) позиции, а в середине XVII в. одерживает окончательную победу. Культурное значение Реформации в истории Польши состояло прежде всего в формировании нового типа религиозности. Кроме того, протестанты внесли большой вклад в развитие образования, книгопечатания, развитие научной мысли, религиозной философии и литературы. Наконец, велико было и косвенное воздействие реформации на польскую культуру: вызов, брошенный протестантами, привел к оживлению католицизма, перестройке традиционной образовательной системы, пробуждению в ходе полемики новаторства в религиозной проповеди и философии. Особую роль в развитии польской христианской культуры сыграли антитринитарии (которых называли также Польскими братьями или арианами). Дело заключалось не только в том, что их учение отличалось большой смелостью и новизной, утверждая принципы рационализма в религиозном мышлении, но и в том импульсе, который они придали развитию научных, политических, социальных идей, учению о человеке. Польские братья стали активными защитниками идей веротерпимости и одними из первых в Европе и теоретически обосновали учение о свободе совести.