В то же время шла борьба между Англией и Голландией за господство, в которой последняя постепенно слабела. Это не могло не сказаться и на Индонезии. Началось падение доходов от продажи пряностей. Стремясь хотя бы частично их компенсировать, голландцы усилили эксплуатацию местного населения и предпринимали попытки установить свое непосредственное управление над Матарамом и Бантамом, используя проходившую внутри них междоусобную борьбу. Генерал-губернатор фан Имхоф переселяет на Яву большое число Голландских колонистов, а в 1749 г. он убеждает матарамского правителя «уступить» свои владения голландской компании. Это вызвало недовольство у части местной элиты, и вскоре началась вооруженная борьба, в результате которой два основных претендента на престол разделили между собой Матарам на два самостоятельных княжества — Суракарта и Джокьякарта, — признававших верховную власть голландской Ост-Индской компании.
В ходе четвертой англо-голландской войны (1780-1784 гг.) англичане начали захват принадлежавших голландцам индонезийских островов. Вначале ими было захвачено государство Паданг на западе Суматры. После подписания мирного договора 1784 г. англичанам достался во владение Нечапа-там, а их суда получили право свободного прохода через Индонезийский архипелаг. Началось сокращение доходов компании, которое, в конечном итоге, привело к прекращению ее деятельности в конце 1799 г. и передаче имущества непосредственно в распоряжение голландского государства.
С 1802 г. Голландия оказалась под французским протекторатом, а с 1810 г. и вовсе была присоединена к Франции. Наполеон Бонапарт назначил в 1807 г. французского губернатора Индонезии, которым стал маршал Дандельс. Именно ему была поручена организация обороны Индонезии от возможного нападения английских войск. В поисках финансовых средств французская администрация увеличила практику принуждения местного населения к выращиванию кофе и ряда других, суливших прибыли культур. В практику вошла продажа земельных участков вместе с находившимися на них крестьянами. Однако в 1811 г. к берегам Индонезии подплыла английская военная эскадра во главе с генерал-губернатором Индии Минто. Фактически без боя им удалось захватить Батавию. Голландцы вынуждены были отступить и вскоре подписали капитуляцию. Индонезия таким образом перешла под контроль Великобритании.
Индонезия в административном отношении была разделена англичанами на четыре части — Малакка, Западная Суматра, Молукки и Ява с прилегающими к ней островами, во главе которых был поставлен свой губернатор.
Наиболее важной территорией по-прежнему оставалась Ява. На этом острове английская администрация во главе с губернатором Рафльсом попыталась провести ряд экономических реформ в интересах английского капитала, взяв на вооружение свой индийский опыт. Так, в частности, ими была в сельском хозяйстве введена система, очень напоминавшая райятвари в Индии. Вся земля на Яве была объявлена государственной собственностью Великобритании, а находившиеся на ней крестьяне Становились арендаторами, имевшими право передавать по наследству обрабатываемые ими угодья. Существовал налог-рента, выплачиваемый в денежной форме, размер которой был индивидуальным для каждого арендатора. Была ликвидирована монополия на торговлю, внутренние пошлины, поощрялось создание плантационных хозяйств, в том числе и на территории княжеств, где местные правители передавали землю в аренду европейским плантаторам вместе с обрабатывавшими их крестьянами.
Индонезия была открыта для иностранной торговли, в том числе и для американской. Рафльс ограничивал на землях, которые непосредственно управлялись англичанами, права местной элиты, в частности, в исполнении ими судебных функций, сбора налогов и т.д.
Вскоре англичане присоединили к своим владениям Джо-кьякарту, где у власти поставили лояльного себе правителя, в 1811 г. — часть территории Палембанга, а в 1813 г. — и Бантам.
Голландия вновь стала независимым государством после распада Первой империи во Франции. Великобритания решила возвратить ей некоторые из прежних владений на территории Индонезии. Голландский король хотел большего — возврата всех ранее утерянных территорий архипелага, но это тогда не входило в планы Великобритании.
В августе 1814 г. был подписан англо-голландский договор, согласно которому Голландии возвращались все принадлежавшие им ранее индонезийские владения. Но на практике этот процесс длился в течение пяти лет. Особенно англичане не хотели возврата Палембанга, который имел для них важное стратегическое значение в регионе. Лишь построив крепость Сингапур, британцы несколько успокоились. В 1824 г. между двумя странами был подписан новый договор о разграничении сфер влияния в Индонезии. Голландцы признали независимость Аче и особые интересы там Великобритании, а в ответ англичане отказались от своих планов в отношении контроля Суматры и ряда других территорий. Голландцы обязывались дать налоговые льготы для английских товаров, что в значительной мере обеспечивало экономические интересы Великобритании. Чтобы эффективно противостоять конкуренции со стороны Великобритании и США, в 1824 г. голландцами было образовано Нидерландское торговое общество, представлявшее из себя акционерную компанию, крупнейшим пайщиком которой являлся лично голландский монарх. Голландцы приступили к ликвидации установленной англичанами системы управления и хотели возврата прежних порядков, основанных на своем монопольном праве распоряжения всеми делами колонии. Ими была запрещена аренда европейцами земель в княжествах, восстановлена прежняя система сбора налогов и т.д. Все это вызывало недовольство как со стороны представителей местной элиты, лишавшейся значительной части своих доходов, так и крестьянства, эксплуатация которого, особенно на Яве, усилилась. Все это, в конечном итоге, привело к одному из самых сильных в колониальный период выступлений местного населения.
Во главе недовольных встал Дипонегоро. Сам он был выходцем из султанского рода, который был отстранен от власти в Джокьякарте. Идеологической основой восстания стали идеи ислама. Воспользовавшись тем обстоятельством, что в 1825 г. основные вооруженные формирования голландцев находились вне пределов Явы, стремясь подчинить себе Палембанг, сторонники Дипонегоро подняли восстание. В числе недовольных голландскими колонизаторами оказались как крестьяне, так и часть местной элиты. Повстанцы захватили столицу княжества Джокьякарта, при этом жестоко расправившись с иностранцами, в числе которых было много европейцев. Сам Дипонегоро был объявлен новым султаном, и на его сторону перешла часть регулярной армии из числа местных жителей. Не сумев в первые дни подавить восстание, голландцы попытались расколоть повстанцев, привлекая на свою сторону часть элиты, поддержавшей восстание. В обмен на сохранение привилегий и титулов многие из них перешли на сторону колонизаторов. Кроме того, используя все те же религиозные лозунги, голландцам удалось поднять на борьбу с мусульманами христианское население ряда островов.
К 1830 г. голландцам удалось обманным путем, в ходе мирных переговоров, захватить Дипонегоро и затем выслать его на отдаленные острова, где он прожил четверть века, вплоть до своей кончины. После этого голландцы подавили последние очаги сопротивления.
В 20-е гг. XIX в. голландские колонизаторы стали внедрять на территории Индонезии так называемую систему «принудительных культур», когда насильственно выращивали на островах выгодные европейцам сельскохозяйственные культуры. Эту систему разработал Ван дер Босх, один из видных голландских колониальных администраторов того времени, выступавший за активное применение рабского труда в сельском хозяйстве Индонезии. Всем крестьянам Явы было предложено вместо уплаты земельного налога засевать часть обрабатываемых площадей указанными властями сельскохозяйственными культурами, в основным завезенными из других районов. В период сбора урожая вся полученная продукция сдавалась в государственные хранилища. К этим культурам были отнесены табак, индиго, а также сахарный тростник. Там же, на месте, образовывались предприятия по переработке этих культур, на которых вынуждены были бесплатно трудиться все те же крестьяне. Реализацией произведенной продукции занималось Нидерландское торговое общество.
Колониальные власти стремились заручиться поддержкой местной элиты, которой доставались часть получаемой прибыли и другие привилегии.. Ее представители постепенно стали превращаться в новый слой землевладельцев. Крестьяне же вынуждены были довольствоваться очень скромным вознаграждением за свой труд. Для более эффективного использования их труда во многих местах искусственно поддерживалась сельская община, процесс разложения которой из-за указанных выше обстоятельств замедлился.
Плантации кофе и индиго находились вдали от домов работавших на них крестьян, поэтому они вынуждены были месяцами находиться вне своих семей, а в это время их собственные земли, на которых был посажен рис, погибали без необходимого ухода. По отношению к рабочим плантаций применялись телесные наказания. Многие работники голодали и, спасаясь от непосильного труда и издевательств, бежали с плантаций.
Система «принудительных культур» давала большие прибыли Нидерландскому торговому обществу, а также создавала накопления финансовых средств для более эффективного развития капиталистических отношений в самой метрополии. Эта система вызывала возмущение многих прогрессивно мыслящих людей того времени, критиковавших голландские власти за проводимую в Индонезии политику.