Управління окупованих територій, затверджене літом 1941 р., також відображало відмову Гітлера розглядати будь-яке розв'язання проблеми, крім «повної колонізації». Практикувалися три форми адміністративної організації захоплених районів СРСР: приєднання до інших держав (район Біло-стоку в Західній Білорусії був приєднаний до Східної Пруссії; Західна Україна - до «Польського генерал-губернаторства»; «Трансмістрія», між Дніпром і Бугом, - до Румунії); цивільна адміністрація (Остланд - прибалтійські держави, Білорусія і Україна); військова адміністрація. Під владою останньої знаходилися всі захоплені території Росії, Криму і Кавказу. У будь-якому випадку на всі адміністративні пости призначалися представники окупаційної влади. У районах з цивільною адміністрацією колишні структури управління були збережені тільки в сільській місцевості на рівні села й повіту. Ніякого розширення їх прав не передбачалося навіть після закінчення війни.
Невдача «бліцкригу», що відсунула закінчення війни на невизначений термін, зробила необхідним внесення деяких коректив у гітлерівську політику «повної колонізації». Однак через жорстокість окупантів і реквізиційний характер економічної політики, що проводилася ними, зроблені поступки - дуже обмежені - не принесли бажаного ефекту. Дуже показово у зв'язку з цим їх відношення до захоплення селянами колгоспних земель і худоби, що відбулися в багатьох місцях після відходу радянської влади. Ідея заохочення цього процесу руйнування колгоспів видалася деяким фашистським ідеологам цілком відповідною їх ідеї руйнування радянського режиму зсередини. 26 лютого 1942 р. німецька адміністрація обнародувала аграрний закон, який відміняв все радянське законодавство в цій області і перетворював колгоспи по типу традиційної громади. Природно, німецька адміністрація залишала за собою право встановлювати обсяги постачання, за виконання яких громада несла колективну відповідальність. Застосування цього закону в різних регіонах не було однаковим. Так, на Україні німці утрималися навіть від найменших спроб деколективізації із страху дезорганізувати різкими змінами виробництво в цій найбагатшій аграрній області країни. У Білорусії, яка грала другорядну роль у виробництві сільськогосподарської продукції, приватна власність була поступово відновлена. В окупованих районах Росії зміни найчастіше обмежувалися збільшенням індивідуальних наділів при збереженні колгоспних структур. У гірських районах Кавказу, де переважало скотарство, німецькі власті відразу ввели приватну власність. Однак диференційоване застосування аграрних реформ не справило на селянство очікуваного ефекту. Його стриманість пояснювалася не тільки безперечним патріотизмом, але й зростаючими масштабами грабежів, яким німецькі власті піддали сільські райони. З осені 1942 р. продовольчі реквізиції німців постійно зростали, а довільні і абсолютно нереалістичні квоти, що призначалися Берліном, нагадували селянам про найгірші часи першої п'ятирічки; непослідовні кроки по деколективізації, що робилися окупантами, губилися на цьому фоні. До економічного грабежу додався грабіж людських ресурсів: зростаючі потреби рейху в робочій силі привели до масової примусової відправки працездатного населення в Німеччину (більше 4,2 млн. чоловік в 1942-1944 рр., згідно з німецькою статистикою). Щоб не бути відправленими у Німеччину, багато селян йшло в партизани. З осені 1942 р. аграрна політика Німеччини на окупованих територіях потрапила у безвихідь. «Реформи» послабили і навіть знищили в деяких районах структури колективного господарювання, але вони не створили пової системи - цілісної і здатної задовольнити селянство, та не поліпшили сільське господарство. Виробництво зернових поменшало в порівнянні з попереднім роком вже в 1942-1943 рр. і наполовину впало в 1943-1944 р., тоді як німецькі реквізиції збільшилися вдвічі.
Невдача цієї політики, яку можна було передбачувати вже влітку 1942 р., на якийсь час (літо 1942 - початок 1944 рр.) надихнула прихильників «східної політики» Розенберга, заснованої на етнічному роздробленні СРСР. Кілька народів різної чисельності стали випробувальним полігоном для ідей Розенберга. Прибалтійські країни, де німецька культура завжди була в пошані, вирішено було залучити до німецької долі. Однак умови цього возз'єднання не були сприятливими для національного розвитку прибалтів, які вважалися частково русифікованими та євреїзованими (особливо литовці). Це означало, що значну частину населення Латвії та Литви потрібно було перемістити на схід і замінити німецькими колоністами. Прибалтійське населення під час війни все ж користувалося привілейованим статусом, який допускав існування національних урядів, природно, прогерманських, але підтримуваних частиною населення, що бачило в них хоч якийсь захист від окупантів. На початку 1944 р. місцеві власті домоглися від німців, які бажали знайти в цих районах добровольців для своєї армії, поступок в культурній та національній областях. Однак ці поступки, які залишали без відповіді основне питання про політичну автономію, не могли за великим рахунком задовольнити сподівання прибалтійських народів, які були сильно прив'язані до своєї історичної традиції, а з іншого боку, розуміли, що вони не зможуть звільнитися від радянського напування, не спираючись на Німеччину.
На Кавказі німців цікавили, передусім, нафтові ресурси, а не можливості колонізації. У довгострокових планах нацистів цьому регіону була відведена роль проміжного плацдарму для подальшої експансії в напрямі нафтоносних районів Іраку та Ірану. Німеччина намагалася уникнути опору з боку кавказьких народів і навіть привернути їх на свою сторону, розробивши з цією метою досить ліберальну політику, яка залишала можливість місцевої ініціативи. Остання проявилася у зв'язку з відходом Червоної Армії в формі антирадянських повстань трьох гірських мусульманських народів: карачаївців, кабардинців та балкарців. Німецька армія визнала права місцевих комітетів, які отримали релігійну, політичну та економічну автономію. Кавказький досвід укріпив в Берліні «мусульманський міф», використовуючи який інший мусульманський народ - кримських татар - одержав підтримку від німців і зміг створити в 1942 р. в Сімферополі Центральний мусульманський комітет. Проте, німці навідріз відмовилися від падання кримським татарам автономії, якою користувалися кавказькі горці, із страху перед відродженням натюркістського руху, зломленого радянською владою на початку 20-х рр. Цей неспокій був тим більше обґрунтованим, що на ділі основним результатом нацистської політики в Криму було відродження татарських національних організацій.
За задумом теоретиків «східної політики», підтриманими українськими емігрантами і націоналістами, в національному розпаді СРСР найважливішу роль могла зіграти Україна - за умови визнання Німеччиною українських національних сподівань. Однак, враховуючи життєву важливість цього району для економічних інтересів рейху і великогерманського колоніального проекту, Гітлер не став перетворювати Україну на дослідну лабораторію для перевірки ідей Розенберга. У цьому регіоні, який доброзичливо (принаймні. в його західній частині) зустрів німецькі війська, окупація, покликана створити умови для майбутньої германізації цієї території, населеної, передусім слов'янами, прийняла дуже жорсткі форми. Численні втрати понесла місцева інтелігенція, запідозрена в пропаганді націоналізму. Переслідування євреїв здійснювалося з такою жорстокістю, що спричинило засудження у населення, традиційно настроєного швидше антисемітські. Вже до 1942 р. німці майже втратили там усяку довіру.
Непослідовна, розірвана різнонаправленими тенденціями, незмінно ігноруючи інтереси місцевого населення - за винятком відношення до кавказьких горців - гітлерівська «східна політика» терпіла крах. Розвиток партизанського руху свідчив про рішучість чинити опір окупації у населення, яке мало багато причин для невдоволення радянським ладом (особливо в сільських районах, що пройшли через примусову колективізацію і викликаний нею голод). До відносної стабілізації фронту після битви за Москву опір на окупованих територіях був дуже слабким. Населення зайняло вичікувальну позицію, і бійці, які залишилися у ворожому тилу і уникли полону, виявилися в цих районах, приголомшених масштабом поразок, в ізоляції. Перші партизанські загони, що стихійно сформувалися з цих солдат і комуністів, які пішли в підпілля, почали діяти в Тульській та Калінінській областях взимку 1941-1942 рр. До ЗО травня 1942 р., коли в Москві був створений Центральний штаб партизанського руху, опір на окупованих територіях залишався здебільшого поза всяким контролем з боку не тільки радянського військового командування, але й партії. Жорстокість окупантів, відправлення населення в Німеччину посилили партизанський рух, який у великій мірі залежав від ставлення до нього місцевого населення. Починаючи з осені 1942 р., партизани встановили контроль над рядом районів, передусім в Білорусії, північній частині України, в Брянській, Смоленській і Орловській областях. До цього часу Центральний штаб партизанського руху, прагнучи встановити тісну взаємодію між партизанами і регулярною армією, налагодив перекидання в німецький тил зброї і організував підготовку кількох сотень командирів партизанських загонів. Значення партизанських операцій зросло до кінця 1942 р., коли німецькі комунікації виявилися сильно розтягнутими. Для їх охорони і боротьби з партизанським рухом тільки в жовтні 1942 р. з фронту були зняті 22 німецькі дивізії. Діючи як допоміжні сили Червоної Армії, партизанські групи здійснили за шість вирішальних місяців, з жовтня 1942 по березень 1943 р., 1,5 тис. диверсій на залізницях, значно сповільнивши доставку німецької бойової техніки на фронт. До осені 1943 р. з ладу було виведено більше 2 тис. км залізничних шляхів. Німці зробили марну спробу за допомогою масштабної каральної операції з участю десяти дивізій знищити білоруських партизанів (яких нараховувалося до 100 тис. чоловік), що базувалися в лісах півдня республіки. Не зумівши розгромити партизанську армію, гітлерівські карателі спалили кілька тисяч білоруських сіл, прагнучи позбавити партизанський рух його бази.