В начале XVII в. вновь началась война с Турцией. Была отвоевана значительная часть Венгрии. Рудольф запретил в этой части всякое некатолическое вероисповедание, на что евангелисты ответили восстанием, охватившим всю Венгрию. К тому же турки начали новое наступление на эту страну. В 1606 г. брат Рудольфа II Маттиас заключил мир с венграми, признав за ними право на религиозные свободы. Рудольфа это никак не устраивало, начался конфликт между братьями. В 1607 г. возникла конфедерация австрийских и венгерских сословий против императора, в апреле 1608 г. к ней присоединилась Моравия. 8 мая 1608 г. войско конфедератов перешло границы Чехии, а Карел Старший из Жеротина призвал и чешские сословия перейти на сторону Маттиаса. Последние от такого шага отказались, так как Рудольф обещал выполнить их требования – кроме права на религиозную свободу. Переговоры между Рудольфом и Маттиасом Габсбургами привели к заключению соглашения. Рудольф отдал власть над всеми землями Габсбургов кроме Чешского королевства Маттиасу. Моравские и австрийские сословия получили лишь устные заверения об удовлетворении их требований. На сейме в январе 1609 г. произошел конфликт по поводу утверждения чешской конфессии 1575 г., вопрос решен не был. 1 мая сословия без разрешения императора сошлись в Новоместской ратуше. Они привели с собой в Прагу военные отряды и ввиду неуступчивости католической партии создали собственное правительство из 30 «директоров», заключили конфедерацию с сословиями Силезии и стали готовиться к вооруженной борьбе. 9 июля Рудольф II вынужден был выдать чешским сословиям маестат на религиозную свободу, а 20 августа аналогичное разрешение получили сословия Силезии.
Рудольф II решил взять реванш. 30 января 1611 г. собранное по его инициативе войско захватило часть Чехии. Но весь габсбургский лагерь уже отошел от Рудольфа. В марте 1611 г. к Праге подошли войска моравских сословий и короля Маттиаса. Рудольфу пришлось отказаться от чешской короны в пользу брата, а в начале 1612 г. Рудольф скончался. Однако и Маттиас, добившись трона, возвратился к контрреформационным, централизаторским и абсолютистским тенденциям династической политики. Начались новые конфликты между католиками и протестантами. Чешские земли стали областью интересов международной дипломатии. Сословная оппозиция уже ясно сознавала, что в случае открытого столкновения она будет искать помощи против своего государя за границей.
После 1615 г. разногласия в Европе достигли большой остроты. Милитаристские круги испано-католического и антигабсбургско-протестантского лагерей готовились к войне, и было ясно, что она захватит значительную часть континента. В Чехии провокационная политика правительства, с одной стороны, и решительность сословной оппозиции, с другой, создали предпосылки для вооруженного конфликта.
6 марта 1618 г. собравшийся в Праге съезд некатолических сословий послал императору жалобу на нарушения маестата и наметил новое собрание на май, действуя в рамках, кодифицированных маестатом. Поэтому запрет императора собраться в мае вызвал крайнее возбуждение. Нарушение свобод было использовано радикальным крылом оппозиции, чтобы перетянуть на свою сторону умеренное большинство. Однако к решительным действиям была готова лишь горстка радикалов.
21 мая 1618 г. съезд протестантских сословий все же состоялся, но города не отважились послать на него свои делегации. Работа съезда сначала проходила спокойно, но радикальная группа не желала удовлетворяться обычными формами протеста. Ее глава Г.М. Турн призвал сословия к активным действиям. 22 мая радикальные вожди оппозиции выработали план акции против королевских наместников. Утром 23 мая толпа представителей сословий двинулась на Пражский Град. Из 10 наместников императора там застали четырех. Двух из них, а также секретаря канцелярии выбросили через окно, однако они остались живы. «Дефенестрация» королевских наместников означала объявление войны. При этом сословия с самого начала отказались от помощи низших социальных слоев.
24 мая съезд сословий избрал правительство из 30 директоров – по 10 от каждого сословия. Однако внутри некатолических сословий вскоре выявились серьезные противоречия. Большинство верило в чисто политический путь решения конфликта. Также и в директории преобладали сторонники нерешительного центра, она не смогла использовать фактор внезапности и обеспечить действенную помощь из-за границы.
25 мая 1618 г. директория одобрила текст «Апологии», обвинявшей наместников в грубом нарушении законов, но отрицавшей направленность восстания против императора. Издания «Апологии» вместе с просьбой о помощи были разосланы по всем землям Габсбургской монархии и в Нидерланды. Однако из протестантских князей только курфюрст Пфальцский Фридрих V послал две тысячи наемников в Чехию, остальные заняли сдержанную позицию. Саксонский курфюрст уклонился от помощи по политическим соображениям, Нидерланды были слишком заняты внутренней борьбой. Английский король Яков на послание даже не ответил. В общем реакция протестантских правительств показала беспочвенность надежд на помощь.
К тому же и Карел Старший из Жеротина осудил восстание в Праге. В связи с этим и австрийские сословия заняли выжидательную позицию. Венгрия отказалась помогать как сословиям так и императору. Чешским повстанцам оставалось надеяться только на самих себя.
Габсбурги же могли ожидать помощи от Испании, Рима, прочих католических государств. В августе 1618 г. императорская армия вторглась в Чехию, к ней присоединились 25 августа дополнительные силы. Пока, правда, решительного сражения не произошло, а когда сословия получили подкрепление, посланное Фридрихом V, осенняя кампания завершилась в целом в пользу чешских повстанцев. Турн даже подходил отдельными отрядами к Вене. В области дипломатии сословия добились от Фридриха V определенной поддержки за обещание ему чешской короны, а Нидерланды согласились на денежную помощь. Но дипломатия Габсбургов добилась большего. Она изолировала Англию. Мадрид и несколько имперских князей оказали денежную поддержку императору, и к лету 1619 г. Габсбурги достигли большого военного превосходства.
Сословная директория попала в острый финансовый кризис. Шляхта не хотела поступаться своими доходами. Кризис был отдален конфискацией имущества явных противников восстания и распродажей церковных имений.
В марте 1619 г. умер император Маттиас. Императорский престол должен был занять Фердинанд II, что многих не устраивало. Это побудило Моравию присоединиться к чешскому восстанию, все земли чешской кроны соединились против Габсбургов. Также и в Верхней Австрии оппозиция произвела переворот и солидаризировалась с чешским восстанием, послав войско против императорской армии. 31 июля 1619 г. генеральный сейм чешской короны принял новую конституцию. Королевство становилось конфедерацией пяти равноправных земель с общим государем и существенно ослабленной центральной властью. Но творцы новой конституции создали уже устаревший тип политического устройства с гегемонией сословий. Новым королем был избран Фридрих Пфальцский, что произошло 26 августа 1619 г. Однако уже 27 августа императором был избран Фердинанд Штирийский, а это означало ухудшение международного положения чешского восстания. По своей сущности оно принципиально отличалось от раннебуржуазных революций в Нидерландах и Англии, будучи типичным восстанием феодалов, исключающим союз с городским и сельским населением и превращение в общенародную революционную борьбу. Гегемоном восстания являлась узкая группа представителей панского сословия. Для привлечения союзников она смирилась с восстановлением крайских сеймов и усилением влияния рыцарства в местном управлении. Но взаимное недоверие представителей сословий не исчезло в ходе борьбы. Расходы на наемные войска быстро росли, повстанческое правительство требовало денег и от мещанства, а оно весьма неохотно шло на чрезвычайные выплаты – как и большая часть шляхты. Война приносила и другие неприятности: торговля замирала, наемные войска мародерствовали и т.д., а повстанческое правительство политических выгод не предоставляло. В 1619 г. пражские мещане сформулировали требования третьего сословия, в частности полное восстановление привилегий, прав и свобод королевских городов, ограниченных в 1547 г. В июле 1619 г. требования были предъявлены земскому сейму, которому пришлось поневоле пойти на ликвидацию зависимости свободных городов от королевской коморы и власти королевских рихтаржей и гетманов, восстановить равноправие третьего сословия в объеме, существовавшем до 1547 г. Но с избранием королем Фридриха Пфальцского директория была упразднена, города потеряли в ней свои места, а их представители были отозваны и из органов местной власти. Земские учреждения стали вмешиваться в дела городов, особенно в сбор налогов. Между тем, финансовый кризис приводил ко все большему мародерству войска, так что население стало с оружием в руках защищать свое имущество, столкновения перерастали в массовые акции.
На какое-то время силы восставших увеличились за счет союза с трансильванским князем Бетленом Габором, который с большим войском продвинулся на запад и объединился с силами чешских повстанцев. В конце ноября 1619 г. союзное войско обложило Вену и имело реальные шансы на успех. Но тут польский король напал на Трансильванию, Бетлену пришлось срочно возвращаться домой, и план взятия Вены рухнул. А в конце сентября 1620 г. Бетлен заключил перемирие с Габсбургами, что стало большим ударом для чешских повстанцев. К тому же отказались от поддержки восстания Нидерланды, а английский король Яков I решил не поддерживать Фридриха Пфальцского. Чешские сословия оказались почти в изоляции. Решение же сословий большинства центрально-европейских государств поддержать восстание оказалось формальным.