Нарастающий внутриполитический кризис заставил правительство Хонеккера прибегать к откровенной демагогии и террору. С особой жестокостью карались попытки граждан ГДР бежать на Запад. Спецслужбы «Штази» создавали режим тотальной слежки. При численности населения ГДР в 8,4 млн человек, личный состав министерства государственной безопасности насчитывал в эти годы более 100 тысяч человек и еще столько же было вовлечено в агентурную сеть «Штази» (при этом следует учесть, что более двух миллионов человек были членами СЕПГ). И тем не менее социалистический режим приближался к своему краху. Его предвестником стал поток беженцев, устремившийся в Австрию и ФРГ осенью 1989 г. через открытую границу с Чехословакией.
Развязка наступила в дни празднования 40-летия ГДР. Визит М. Горбачева в Берлин 6 октября 1989 г., внешне прошедший в обычной «дружественной» обстановке, придал уверенность внутрипартийной оппозиции в СЕПГ, а массовые волнения, произошедшие 7—8 октября и завершившиеся столкновениями с полицией, создали повод к обвинению руководителей государства в политических ошибках. 18 октября 1989 г. на IX Пленуме СЕПГ Хонеккер был смещен с занимаемых постов. Его преемником стал Эгон Кренц.
В высших эшелонах власти началась чистка. Однако новое руководство СЕПГ стремительно теряло контроль над страной. Почти каждый день в различных городах ГДР проходили массовые митинги и демонстрации. 7 ноября в отставку ушел весь состав Совета министров во главе с Вилли Штофом, а 8 ноября произошла радикальная смена состава Политбюро ЦК СЕПГ. 13 ноября Народная палата избрала новым председателем Совета министров известного партийного оппозиционера Ханса Модрова, первого секретаря Дрезденского окружного комитета СЕПГ. Модров накануне обнародовал свой план заключения «договорного сообщества» с ФРГ. Он предполагал поэтапное формирование экономического, валютного и транспортного союза двух германских государств, образование конфедерации, а в перспективе — и федерации. Этот план был поддержан Г. Колем.
В декабре 1989 г. скоротечная «восточногерманская перестройка» привела к краху политической монополии СЕПГ. Уже 1 декабря из конституции ГДР была исключена статья о руководящей роли партии. Спустя два дня XII Пленум ЦК СЕПГ принял решение об исключении из состава партии группы бывших высших руководителей во главе с Хонеккером. 8 декабря на Чрезвычайном съезде СЕПГ был освобожден от своих обязанностей и Э. Кренц. Съезд избрал председателем партии Грегора Гизи, руководителя особой группы по расследованию нарушений устава партии и законности со стороны бывших функционеров СЕПГ (пост Генерального секретаря и Политбюро упразднялись). Сама партия была преобразована в Партию демократического социализма (ПДС).
С ноября 1989 г. в ГДР происходил быстрый процесс трансформации существовавших и образования новых политических партий. Среди новых гражданских движений наиболее влиятельными были «Новый форум», «Демократический прорыв», «Зеленая партия», «Демократию сейчас», «Инициатива за мир и права человека». При активном патронаже со стороны западногерманской СДПГ была создана Социал-демократическая партия (СДП). В январе 1990 г. был учрежден Немецкий социальный союз (НСС), по своим программным установкам чрезвычайно близкий к баварской ХСС. Вскоре между НСС и ХСС установились самые прочные связи, тем более что НСС развивал деятельность преимущественно в южных районах ГДР. Руководство западногерманской ХДС, напротив, не стремилось форсировать сближение со своим восточногерманским партнером. Лишь в преддверии первых свободных выборов в ГДР Г. Коль решился открыто поддержать лидера восточногерманских христианских демократов Лотара де Мезьера. СвДП также долгое время отказывалась от контактов с «историческим союзником» — Либерально-демократической партией Германии. Несмотря на смену руководства, ЛДПГ рассматривалась многими немцами как одна из политических сил, ответственных за проведение прежнего государственного курса. Еще более сложным было положение других бывших партнеров СЕПГ по Демократическому блоку — Национально-демократической партии и Демократической крестьянской партии, так и не нашедших партнеров в ФРГ.
В преддверии выборов 18 марта 1990 г. в ГДР произошла консолидация политических сил. 5 февраля по предложению Г. Коля восточногерманская ХДС, НСС и «Демократический прорыв» объединились в «Альянс за Германию». Эта коалиция получила фактически официальную поддержку руководства ФРГ и выступила с наиболее радикальной программой объединения двух германских государств. В «Союз 90» объединились «Новый форум>, «Демократию сейчас» и «Инициатива за мир и права человека». Избирательный блок «Союз свободных демократов» составили ЛДПГ, «Германская партия форума» и возникшие на территории ГДР отделения СвДП. О выступлении единым списком договорились восточногерманские экологические, феминистские и некоммунистические левые группировки.
Итог выборов 18 марта оказался вполне ожидаемым. ХДС получил 40,9 % голосов, НСС — 6,32 %, «Демократический прорыв» — 0,92 % (таким образом, «Альянс за Германию» поддержали 48,14 % избирателей). СДП получила 21,64 %, ПДС — 16,38 %, «Союз свободных демократов» —5,28 %, «Союз 90» — 2,9 %, Демократическая крестьянская партия — 2,19 %, Национально-демократическая партия — 0,39 %. За объединенный список «зеленых», «Демократического женского союза» и «Объединенных левых» проголосовало 2,47 % избирателей. Таким образом, политическое преобладание партий, имевших прямую поддержку в ФРГ было неоспоримым. Но состав новой Народной палаты оказался весьма пестрым, а руководство НСС отказалось от образования парламентской коалиции со своими коллегами по «Альянсу». Для образования правительства потребовались сложные переговоры с личным вмешательством Г. Коля. 23 марта было достигнуто решение об образовании «большой коалиции» с участием всех трех партий «Альянса за Германию», СДП и «Союза свободных демократов» (к которому присоединилась и Национально-демократическая партия). Конструктивную оппозицию составила совместная фракция гражданских движений, «непримиримую» — депутаты от ПДС. Правительство «большой коалиции» возглавил Л. де Мезьер. Дорога к объединению Германии была открыта, но вопрос требовал и международного урегулирования.
Определение международно-правовой формулы объединения Германии стало предметом переговоров по формуле «2+4» (ФРГ, ГДР и держав-победительниц Второй мировой войны — США, СССР, Великобритании, Франции), начавшихся в мае 1990 г. Несмотря на сдержанную позицию британского и французского руководства, их участники подтвердили право немецкого народа на самоопределение. Важную роль сыграло решение президента СССР Горбачева передать на усмотрение руководства объединенной Германии вопрос о принадлежности страны к военным и экономическим блокам, ускорить вывод советской группы войск из ГДР. Впрочем, о своем согласии на объединение Германии путем присоединения территории ГДР к ФРГ Горбачев сообщил Г. Колю еще на секретных переговорах 10 февраля 1990 г.
12 сентября 1990 г. участниками переговоров по формуле «2+4» был подписан «Договор об окончательном урегулировании в отношении Германии», завершивший послевоенную правовую реабилитацию Германии. Договор устанавливал незыблемость послевоенных границ Германии, запрет производства, владения и распоряжения ФРГ оружием массового уничтожения. В соответствии с договором Германия должна была сократить свои вооруженные силы до согласованного предела и строго придерживаться требования, чтобы с ее земли «исходил только мир». Регулировались также вопросы пребывания советских войск на территории Восточной Германии до 1994 г. и порядок их вывода.
Интеграция двух немецких государств началась еще до окончательного урегулирования международных аспектов объединения. Уже в мае 1990 г. правительствами ГДР и ФРГ был подписан договор об экономическом, валютном и социальном союзе двух стран, вступивший в силу 1 июля. 22 августа Народная палата ГДР приняла закон о проведении общегерманских выборов на основе избирательного права ФРГ (включая положение о пятипроцентном барьере). Было принято решение о присоединении ГДР к сфере действия Основного закона ФРГ в соответствии с его статьей 23, что означало ликвидацию государственного устройства ГДР и распространение на ее территории законодательства Западной Германии. В качестве даты было установлено 3 октября 1990 г. 24 августа Бундестаг ФРГ поддержал решение Народной палаты о присоединении ГДР к ФРГ и одобрил закон об общегерманских выборах. Они были назначены на 2 декабря 1990 г. Все эти положения были закреплены в «Договоре об объединении Германии», подписанном 31 августа и вступившем в силу 3 октября 1990 г. В этот день ГДР перестала существовать.
В середине октября административная система в Восточной Германии была унифицирована с западногерманской: вместо окружного деления было восстановлено прежнее деление на пять земель. Выборы в земельные ландтаги состоялись здесь 14 октября. В Бранденбурге победу одержали социал-демократы, в остальных четырех землях — христианские демократы. 2 декабря на всей территории Германии состоялись выборы в Бундестаг. Они завершились убедительной победой правящей коалиции. ХДС получил 36,7 % голосов и 268 мандатов, ХСС — 7,1 % голосов и 51 мандат, СвДП — 11 % голосов и 79 мандатов. Значительно упрочила свои позиции и СДПГ, завоевавшая 33,5 % голосов и 239 мандатов. ПДС поддержали лишь 2,4 % избирателей, но в состав парламента прошли 17 ее депутатов, одержавших победу в одномандатных округах. Таким же образом, небольшую фракцию из 8 депутатов удалось сохранить «зеленым», получившим лишь 1,2 % голосов. На Учредительном заседании Бундестага 20 декабря 1990 г. было сформировано первое общегерманское правительство во главе с канцлером Г. Колем. Последний лидер ГДР Л. де Мезьер в этом процессе уже не участвовал, поскольку 17 декабря был вынужден сложить с себя полномочия в связи с выдвинутыми против него обвинениями в сотрудничестве с МГБ ГДР