Ее влиянию приписывали важнейшие государственные деяния. В.О. Ключевский считал: "Ей нельзя отказать во влиянии на декоративную обстановку и закулисную жизнь Московского двора, на придворные интриги и личные отношения; но на политические дела она могла действовать только внушениями, вторившими тайным или смутным помыслам самого Ивана"
В феврале 1469 года в Москву прибыл посол кардинала Виссариона с письмом великому князю, в котором ему предлагалось сочетаться законным браком с дочерью деспота Морейского. В письме, между прочим, упоминалось, что Софья (имя Зоя дипломатично заменили на православное Софья) уже отказала двум сватавшимся к ней венценосным женихам - французскому королю и герцогу Медиоланскому, не желая выходить замуж за правителя-католика.
По представлениям того времени, Софья считалась уже немолодой женщиной, но она была очень привлекательна, с удивительно красивыми, выразительными глазами и нежной матовой кожей, что на Руси считалось признаком великолепного здоровья. А главное, она отличалась острым умом и статью, достойной византийской принцессы.
Софья (Зоя) Палеолог (ум. 1503) - племянница последнего византийского императора Константина XI Палеолога, жена Ивана III Васильевича с 1472. Дочь Фомы Палеолога, который в 1453 году, после взятия турками Константинополя, бежал с семьей в Рим. После смерти отца жила на попечении папы римского, который по ряду своих соображений решил выдать ее замуж за овдовевшего в 1467 Ивана III, ответившего согласием. Родила в 1479 сына, будущего Василия III Ивановича, и добилась объявления его великим князем вместо венчанного на царство внука Ивана III - Дмитрия. Брак с Софьей был использован Иваном III для укрепления международного авторитета Руси. Софья привезла с собой и несколько православных икон, в том числе и, как предполагают, редкую икону Божией Матери "Благодатное Небо". Икона находилась в местном чине иконостаса кремлевского Архангельского собора. Правда, по другому преданию, эта икона была привезена в древний Смоленск из Константинополя, а когда город захватила Литва, этим образом благословили литовскую княжну Софью Витовтовну на брак с великим московским князем Василием I. Икона, которая сейчас находится в соборе, - список с того древнего образа, исполненный по повелению Федора Алексеевича в конце XVII века. По традиции москвичи приносили к образу Божией Матери "Благодатное Небо" воду и лампадное масло, которые исполнялись лечебными свойствами, поскольку эта икона обладала особой, чудодейственной целительной силой. И еще после свадьбы Ивана III в Архангельском соборе появилось изображение византийского императора Михаила III, родоначальника династии Палеолог, с которой породнились московские правители. Так утверждалась преемственность Москвы Византийской империи, а московские государи представали наследниками византийских императоров.
Софья Фоминична, как только переступила порог Успенского собора и стала женой великого князя, начала думать о том, как укрепиться в новом положении и стать настоящей царицей. Она понимала, что для этого ей нужно поднести великому князю такой подарок, какой не мог бы сделать ему никто иной в мире: она должна была родить ему сына - наследника престола. Однако же ее первенцем оказалась дочь, которая почти сразу же после родов и померла. Спустя год родилась еще одна девочка, и она почти сразу же скончалась. Софья Фоминична плакала, молила Матерь Божию дать ей наследника-сына, горстями раздавала убогим милостыню, кисами жертвовала на храмы - и услышала Пречистая ее молитвы: снова, в третий раз, в теплой тьме ее естества завязалась новая жизнь.
Кто-то беспокойный, пока не человек, а только еще неотторжимая часть ее тела, требовательно ткнул Софью Фоминичну в бок - резко, упруго, ощутимо. И похоже, это было и совсем не так, что случалось с нею уже дважды, и совсем иного порядка: сильно толкался младенец, настойчиво, часто.
"Мальчик, - уверовала она, - мальчик!" Ребенок еще не родился, а она уже начала великую битву за его будущее.
А когда, по известию одной из московских летописей, "в лето 6987 (1479 от Рождества Христова) марта 25 в восемь час ночи родился Великому князю сын, и наречено быть имя ему Василий Парийский, и крести его архиепископ ростовский Васиян в Сергееве монастыре в Вербную неделю.
Софья могла внушить то, чем дорожила сама и что понимали и ценили в Москве. Она могла привезти сюда предания и обычаи византийского двора, гордость своим происхождением, досаду, что выходит замуж за татарского данника. В Москве ей едва ли нравилась простота обстановки, бесцеремонность отношений при дворе, где самому Ивану III приходилось выслушивать по выражению ее внука «многие поносные и укоризненные слова» от строптивых бояр. Но в Москве и без нее ни у одного Ивана III было желание уменьшить все эти старые порядки, столь несоответствующие новому положению московского государя, а Софья с привезенными ею греками, видевшими и византийский, и римские виды могла дать ценные указания, как и по каким образцам вести желательные перемены. Ей нельзя отказать во влиянии на декоративную обстановку и закулисную жизнь московского двора, на придворные интриги и личные отношения, но на политические она могла действовать только внушениями, вторившими тайным или смутным помыслам самого Ивана III. Особенно понятливо могла быть воспринята мысль, что она, царевна, своим московским замужеством делает московских государей приемниками византийских императоров со всеми интересами православного востока, какие держались за этих императоров. Поэтому Софью ценили в Москве и сама себя ценила не столько, как великая княгиня московская, сколько как царевна византийская. Софья, как царевна, пользовалась в Москве правом принимать иностранные посольства. Таким образом, брак Ивана и Софьи получил значение политической демонстрации, которую заявили всему свету, что царевна, как наследница павшего византийского дома, перенесла его державные права в Москву, как в новый Царьград, где и разделяет их со своим супругом.
Почувствовав себя в новом положении и еще рядом с такой знатной женой, наследницей византийских императоров, Иван нашел тесный и некрасивой прежнюю обстановку Кремля, в какой жили его невзыскательные предки. В след за царевной из Италии выписаны были мастера, которые построили Ивану Успенский собор (собор Василия Блаженного), Грановитую палату и новый каменный дворец на месте прежних деревянных хором. В это же время в Кремле при дворе стал заводиться тот сложный и строгий церемониал, который сообщал такую чопорность и надменность московской жизни. Точно так же, как и у себя дома, в Кремле, среди придворных слуг своих Иван начал выступать более торжественной поступью и во внешних отношениях, особенно с тех пор, как само собою, без бою, при татарском же содействии, свалилось с плеч татарское иго, тяготевшее на северо-восточной Руси два с половиной столетия (1238-1480). В московских правительственных, особенно дипломатических бумагах, появляется новый, более торжественный язык, складывается пышная терминология.
Софью не любили в Москве за ее влияние на великого князя и за перемены в московской жизни - "нестроения великие", как выразился боярин Берсень-Беклемишев. Она вмешивалась и во внешнеполитические дела, настаивая, чтобы Иван III перестал платить дань ордынскому хану и освободился от его власти. И будто бы однажды молвила она мужу: "Я отказала в руке своей богатым, сильным князьям и королям, для веры вышла за тебя, а ты теперь хочешь меня и детей моих сделать данниками; разве у тебя мало войска?" Как отметил В.О. Ключевский, искусные советы Софьи всегда отвечали тайным намерениям ее мужа. Иван III действительно отказался платить дань и растоптал ханскую грамоту прямо на ордынском дворе в Замоскворечье, где потом возвели Преображенский храм. Но и тогда народ "наговорил" на Софью. Перед выходом к великому стоянию на Угре в 1480 году Иван III отправил жену с малыми детьми на Белоозеро, за что ему приписали тайные намерения бросить власть и бежать с супругой, если хан Ахмат возьмет Москву.
Освободившись от ханского ига, Иван III ощутил себя полновластным государем. Стараниями Софьи дворцовый этикет стал напоминать византийский. Великий князь сделал жене "подарок": он разрешил ей иметь собственную "думу" из членов свиты и устраивать "дипломатические приемы" на своей половине. Она принимала иностранных послов и заводила с ними учтивую беседу. Для Руси это было неслыханное новшество. Изменилось обращение и при государевом дворе. Византийская принцесса принесла мужу державные права и, по словам историка Ф.И. Успенского, право на трон Византии, с чем пришлось считаться боярам. Прежде Иван III любил "против себя встречу", то есть возражения и споры, но при Софье изменил обращение с придворными, стал держать себя недоступно, требовал особого почтения и легко впадал в гнев, то и дело налагая опалу. Эти напасти тоже приписали пагубному влиянию Софьи Палеолог. Между тем их семейная жизнь не была безоблачной.
"Герцогиню" тут же обвинили в нарушении законного престолонаследия. В 1497 году недруги наговорили великому князю, будто Софья хочет отравить его внука, чтобы посадить на престол собственного сына, что ее тайно посещают ворожеи, готовящие ядовитое зелье, и что сам Василий участвует в этом заговоре. Иван III принял сторону внука, арестовал Василия, ворожей велел утопить в Москве-реке, а жену от себя удалил, демонстративно казнив нескольких членов ее "думы". Уже в 1498 году он венчал в Успенском соборе Дмитрия как наследника престола. Ученые считают, что именно тогда зародилось знаменитое "Сказание о князьях Владимирских" - литературный памятник конца XV - начала XVI веков, где повествуется о шапке Мономаха, которую византийский император Константин Мономах будто бы прислал с регалиями своему внуку - киевскому князю Владимиру Мономаху. Таким образом, доказывалось, что русские князья породнились с византийскими правителями еще во времена Киевской Руси и что потомок старшей ветви, то есть Дмитрий, обладает законным правом на престол.