В 1758 г. также бесповоротно от Бухары отделяется Кокандское ханство в составе уделов Андижана, Маргилана, Намангана и Коканда и во главе с Иодана-бием, внуком основателя нового государства Шахрух-бия. В дальнейшем территория ханства значительно увеличилась, охватив южную часть казахских степей и достигнув по площади примерно половины всего пространства Средней Азии. Быстрый рост его населения во многом объяснялся притоком в его главную область — Ферганскую долину, в основном мало пострадавшую во время войн и смут при последних Джанидах, жителей опустевшего Самарканда и соседних регионов — Кашгара (в Китае) и Кухистана (в Афганистане). Наблюдалась также значительная миграция в Ферганскую область киргизов Северного Тянь-Шаня, а также калмыков, впоследствии слившихся с киргизами, и особой группы казахов, впоследствии называвшихся «кыпчаками Ферганы». Сюда же устремились различные группы тюрок из завоеванного Китаем Восточного Туркестана (Кашгара). Таким образом, в образовании и усилении Кокандского ханства велика роль миграций как кочевого, так и оседлого населения.
Территория Бухарского эмирата в результате обособления от него двух государств уменьшилась, но положение его несколько улучшилось, поскольку теперь основная тяжесть сложных отношений с кочевниками (казахами, туркменами, кара-кал-паками, калмыками) легла на Коканд и Хиву. Дело осложнялось также тем, что долгое время основная масса этих и других кочевников входила с 1635 г. в Джунгарское ханство, вовлекавшее в свою орбиту многих степняков от Енисея до Волги. Однако разгром Джунгарии в 1758 г. Китаем привел к дезорганизации всего многообразия этносов, ею объединявшихся, и к дестабилизации отношений между ними. В этих условиях часть казахских племен уже в 1731 г. приняла российское подданство.'
Еще раньше переговоры об этом с Петром I вели в 1700 г., 1703 г. и 1714 г. послы хивинского хана Шах-Нияза. Однако направленная в Хиву в 1717 г. экспедиция Бековича — Черкасского для завершения переговоров и поиска золота в русле Аму-Дарьи была вероломно уничтожена хивинцами, среди которых редко наблюдалось согласие, в том числе — по вопросам внешней политики. Ханы Кунгратской династии основное внимание уделяли как обороне от кочевников (в том числе — своих подданных), так и борьбе с непокорными феодалами и вождями племен. Наибольших успехов в этом дос-тигнул хан Мухаммед Рахим (1806—1825), которому удалось объединить государство, подчинив мелких властителей. Он провел налоговую реформу и учредил верховный совет, добившись политической стабилизации внутри ханства. Однако сам характер социальных отношений в Хорезме, где сплетались воедино патриархально-клановые, феодальные и рабовладельческие порядки, постоянно рождал конкуренцию родов, межплеменные споры, столкновения из-за земель и пастбищ, традиционное соперничество знати.
Почти непрерывными были стычки со степняками, которых Хива тщетно пыталась поставить под свой контроль, конфликты с Бухарой, эпизодические (с 1605 г.) проникновения в Хорезм русских отрядов и экспедиций. В 1734 г. казахский хан Абдулхаир получил похвальную грамоту от правительства России за приведение в российское подданство «Большой кайсацкой Орды и Аральского хана каракалпаков». Это задевало непосредственно интересы Хивы, как и Коканда, поскольку оба ханства также стремились подчинить себе казахов и каракалпаков. Положение еще более осложнилось после того, как в 1763 г. почти все остальные казахские ханы присягнули на верность России. Практически на рубеже XVIII— XIX вв. шла борьба за влияние на казахов между Россией, среднеазиатскими ханствами и цинским Китаем, пытавшимся воспользоваться уничтожением Джунгарии.
Среди ханств Бухара несомненно лидировала, особенно после успехов в борьбе с феодальной анархией Даниял-бия и Шах-Мурада (1785—1800). Базируясь на достигнутой ими относительной экономической и политической стабилизации, эмир Хайдар (1800—1826) возобновил войны с Хивой, а затем и с Кокандом, не прекращавшиеся вплоть до присоединения Средней Азии к России. Это требовало новых затрат, а следовательно — новых поборов, всей тяжестью ложившихся на крестьянство, в основном безземельное и хозяйствовавшее на правах издольщины либо на государственных (амляк), либо на частных (мульк), либо на принадлежавших духовенству (вакуфы) землях. Внутренняя стабильность была тем самым подорвана как военными усилиями бухарцев, так и вызванными тяготами нового положения массовыми выступлениями, среди которых наиболее значительны были восстания ки-тай-кипчаков (1821 —1825) и ремесленников Самарканда (1826). К тому же, кокандские ханы Алим (1800—1809), Омар (1809—1822) и Мухаммед Али (Мадали), правивший в 1822— 1842 гг., смогли чрезвычайно усилить свое государство и расширить его, в основном — за счет Бухары, а также — за счет поощрения миграций новых жителей, в том числе — с Ближнего Востока и севера Индии. Бухара утратила перешедшие к Коканду Ташкент, Ходжент, Дарваз, Каратегин, Куляб.
Достигший расцвета в первой трети XIX в. Коканд славился своим хлопком и рисом (на его территории находилась плодородная Ферганская долина), шелком и тканями, высоким уровнем кустарно-ремесленного производства. На границах с владениями казахских ханов были возведены крепости Ак-Мечеть (Кзыл-Орда), Аулие-Ата (впоследствии Джамбул), Пишпек и другие. При Алим-хане был выработан принцип формирования наемной армии, в которой состояли 6 тысяч афганцев и таджиков и 10 тысяч рабов из Йемена и Ирана. Впоследствии (в 1820—1840-х годах) в армии оказалось немало индийцев и даже цыган.
Однако смуты, изнутри подрывавшие основы всех ханств Средней Азии, и вызывавший возмущение народа деспотизм ханов в конце концов подточили мощь Коканда. Бухарский эмир Насрулла-хан (1826—1860) воспользовался внутренними неурядицами в Коканде и благоприятной для себя ситуацией (внимание извечного другого противника — Хивы — было отвлечено хоть и неудачным, но все же грозным для хивинцев походом на их столицу 5-тысячного русского отряда генерала Перовского в 1839—1840 гг.). В этих обстоятельствах эмир нанес Коканду ряд ударов в 1839—1842 гг., вернув себе Ташкент и Ходжент. Более того, Коканд фактически сдался, приняв бухарского наместника и других чиновников. Призванный народом двоюродный брат Алим-хана Шир-Али-хан (1842—1845) сумел выгнать бухарцев и утвердиться в Коканде, а затем, отбив новый натиск Насруллы, отвоевал Ташкент и Ходжент. Впрочем, Коканд воспрянул лишь на 20 лет. Последнему хану Худояру (1845—1879) пришлось в основном думать об угрозе с севера, хотя он не мог забывать ни о соперниках внутри государства, ни о претензиях Бухары, а тем более Китая, от протектората которого, навязанного после разгрома Джунгарии, Коканд освободился лишь в 1814 г. После этого были случаи ухода к китайцам, особенно-враждебных Коканду кочевников, например, 10 тысяч казахских семейств во главе с Адиль-ханом, но были и ответные миграции. В 1826—1830 гг. 10—12 тыс. семейств уйгуров перешли из Кашгара в Фергану. Все это было возможно ввиду того, что Пекин тогда плохо контролировал Кашгар. Более того, впоследствии события 1864—1878 гг. в Кашгаре и возникновение там мусульманского государства, стали возможны благодаря Якуб-беку, бывшему кокандскому чиновнику, опиравшемуся на своих земляков из Андижана.
Но главный узел противоречий завязался вокруг столкновения в регионе интересов России и Великобритании. Англичане противодействовали российскому продвижению на Восток, прежде всего с целью расширения зоны своего колониального влияния, а также в надежде овладеть обширным рынком и ценным хлопком Средней Азии. В качестве задачи-минимум они хотели максимально обеспечить безопасность своего господства в Индии и как можно дальше отодвинуть от Индии зону влияния какой-либо из великих держав, в данном случае — России. С этой целью Великобритания усиленно подталкивала не только Османскую империю, Иран и Афганистан, но также эмира Бухары, ханов Коканда и Хивы
к постоянной конфронтации с Россией. Ради этого англичане даже готовы были поддержать зародившейся в середине XIX в. панисламизм, хотя он и угрожал их господству на Ближнем и Среднем Востоке: к концу XIX в. в колониальных владениях Англии проживали 82 млн мусульман, т. е. в два с лишним раза больше, чем их тогда было в России и Османской империи, вместе взятых.
Характерно, что именно хан Худояр впервые выдвинул идею объединения мусульман разных стран — от Афганистана и Средней Азии до Индии и Ближнего Востока — с целью объявления ими джихада (священной войны) как против России, так и против Англии. Впоследствии его поддержал видный исламский мыслитель и реформатор Джамаль ад-Дин аль-Афгани, которого и стали считать идеологом панисламизма. Однако Худояр не сумел, да и не мог получить от этого никакого политического выигрыша. Противопоставив себя обеим великим державам, столкнувшимся в Средней Азии, он не нашел поддержки и у Османской империи, в 50— 60-е годы XIX в. придерживавшейся в основном прозападного курса и лишь позже, после вступления на престол в 1876 г. Абдул-Хамида II, оценившей все выгоды панисламизма с точки зрения геополитических интересов Стамбула. Но это произошло уже после ухода Ху дояра с политической сцены.
Великобритания, закрепившаяся к тому времени экономически в Иране и Османской империи, стремилась вытеснить оттуда русское купечество и проникнуть в Закавказье. Однако Туркманчайский договор 1828 г. обеспечил военное господство России на Каспийском море и отрезал англичан от Закавказья и Средней Азии. К этому же времени обострилась и англо-русская конкуренция в Афганистане. Поэтому Великобритания с удвоенной энергией стремилась захватить Афганистан, удержать на антирусских позициях Иран и создать из среднеазиатских ханств своего рода бастион против России. Россия, стремясь сорвать эти планы (как и планировавшееся англичанами оснащение ханских войск в Средней Азии современным оружием), не хотела, к тому же, отдавать Лондону выгодный бухарский рынок с его более дешевым, чем в Европе, сырьем, с его возможностями сбыта российских товаров (неконкурентоспособных, как правило, тогда в Европе). Путь в Индию, Китай, Иран, Афганистан через Бухару также давал России преимущество перед более отдаленной Англией. А среднеазиатский хлопок, высоко котировавшийся в России с начала XIX в., особенно стал нужен после падения экспорта хлопка из СИТА в связи с началом там гражданской войны.