Завоеванные территории, именовавшиеся условно Западным или Русским Туркестаном (в отличие от «Восточного» в китайском Синьцзяне и «Афганского» на севере Афганистана), были административно сведены в 1865 г. в Туркестанскую область (с 1867 г. переименована в генерал-губернаторство, с 1886 г. — в Туркестанский край). Назначавшиеся из Петербурга губернаторы обладали всей полнотой власти, в том числе — и на территории «протекторатов» в Бухаре и Хиве. Вместе с тем на деле царские чиновники сводили к минимуму свое вмешательство в дела Бухары и Хивы. Эмиры Бухары, например, продолжали чеканить собственные монеты, руководствоваться фетвами (постановлениями) улемов, решениями шариатских судов и т. д. В целом фактически неограниченная власть эмиров и ханов над их подданными была сохранена, как и феодальные порядки, патриархальные обычаи, косные традиции в общественном быту, религиозной и культурной жизни. Вместе с тем российские власти, наученные горьким опытом Кавказской войны 1817— 1864 гг., стремились избежать в своей среднеазиатской политике ошибок «по-кавказски» и действовали более гибко, продуманно и дальновидно.
В присоединении к России Средней Азии значительную роль, помимо факторов объективных (геополитических и экономических интересов России, военно-технического превосходства русской армии, соперничества России с Англией, заинтересованности части среднеазиатских мусульман, особенно купечества, в русских товарах и русской культуре), сыграли и субъективные факторы. Завоеванием Средней Азии руководили выдающиеся русские генералы того времени: М.Г. Черняев, Д.А. Милютин, М.Д. Скобелев, К.П. Кауфман, Н.Г. Столетов. Это были люди с широким кругозором, талантливые военные и администраторы, глубоко вникавшие в местные проблемы и не ограничивавшиеся чисто армейскими делами. Милютин и Столетов, к тому же, были видными учеными и дипломатами. Черняев, возглавлявший войска, шедшие к Ташкенту, еще до штурма города направил военному министру «Записку о местных условиях русской политики в Средней Азии», в которой особенно рекомендовал проявить уважение к исламу и внимание к мусульманскому духовенству. Став в 1865 г. первым начальником Туркестанской области, Черняев применял свои идеи на практике, установив полное взаимопонимание со всеми мусульманскими учреждениями. Он даже обратился к верующим со специальным воззванием, призывая строго следовать предписаниям ислама.
Важно также, что русским в Средней Азии помогали российские мусульмане, в основном татары, которые, зная языки Средней Азии, культуру и обычаи ислама, играли в ходе завоевания существенную роль посредников, переводчиков, первопроходцев, знатоков местной самобытности, не забывая при этом и своих интересов. До 3 тыс. татар постоянно жили в Бухаре, либо в качестве шакирдов (студентов) медресе, либо как представители купеческих домов Оренбурга, Орска, Троицка, Каргалы, Казани, Уфы. Богословы, учителя, законоведы из их среды имели обширные связи в бухарском обществе, налаживая контакты экономического, духовного и личного характера.
Наряду с негативными последствиями завоевания (установление власти военной администрации, закрепление в Бухаре и Хиве реакционно-феодальных порядков), Средняя Азия, вошедшая в состав России, в полной мере испытала и позитивные результаты присоединения: прекращение разорительных и бессмысленных войн между ханами и феодалами, ликвидацию рабства, заметный подъем и обновление экономики. Строились железные дороги, хлопчатобумажные заводы (из 220 таких заводов во всей империи 208 были выстроены в Туркестане), начались разработки угля, нефти, других ресурсов, получили большое развитие хлопководство, виноградарство, садоводство. Появились рабочие из местных жителей (узбеков, таджиков) и приезжих (русских, украинцев). Их примерное соотношение было 7:10.
Как и другие области традиционного распространения ислама в России, Средняя Азия втягивалась в общероссийские процессы экономического, социального и культурного развития. Благодаря вводу в строй Среднеазиатской и Оренбург-Ташкентской железных дорог, товарооборот с Россией увеличился в десятки раз. Более того, местные предприниматели заняли ведущие позиции в хлопковой промышленности. Только в Маргиланском уезде из 15 предприятий отрасли в 1895 г. им принадлежали 12. Некоторые мусульманские торговцы и фабриканты имели миллионные состояния. Однако среди нарождающейся буржуазии доминировали ростовщики, скупщики шерсти, разбогатевшие ремесленники. Они только начинали учиться предпринимательству. И им почти не на кого было опереться. Тем не менее, они уже ощущали нажим снизу.
Уходившие из кишлаков на рытье каналов и строительство железных дорог редко сохраняли связи с традиционной общиной, что подрывало социальную основу общинно-сословного строя, создавало первые группы мусульманского пролетариата или гораздо чаще люмпенизированного пред-пролетариата. Новые хозяйственные отношения вытесняли (особенно у казахов, киргизов, каракалпаков, туркменов) кочевую цивилизацию, в основном исчерпавшую себя ко времени присоединения Средней Азии к России. Это хорошо понимали лучшие представители общественной мысли и литературы среднеазиатских народов. Да и среди российских чиновников и губернаторов, таких как Черняев, Кауфман, Скобелев, существовало пусть не абсолютное, но все же определенное понимание проблем местных мусульман. В частности, бывали случаи полного освобождения их от налога (во время эпидемий, массового падежа скота, прочих стихийных бедствий), оказания им массовой помощи продовольствием в голодные годы.
Россия, безусловно, была экономически заинтересована в контроле над Средней Азией, особенно в связи с проблемами пореформенного экономического развития страны в 60-е годы. За период 1853—1867 гг., т. е. от взятия первой кокандской крепости Ак-Мечеть и до образования Туркестанского генерал-губернаторства, товарооборот России со Средней Азией возрос в 20 раз и достиг 30 млн рублей. К 1913 г. Иран ввозил из России более 50% необходимых ему текстильных товаров. Тогда же на Россию пришлось 42% экспорта Афганистана, 68% — Ирана, более 11% — Китая. И все это в основном шло через Среднюю Азию. Русские товары тогда, по свидетельству Ф. Энгельса, «проникали вплоть до самого Инда и в некоторых случаях пользовались даже предпочтением перед английскими». Более того, поскольку и состояние среднеазиатских ханств, и обстановка вокруг них в то время почти не оставляла им шансов на независимое существование, присоединение их к России было предпочтительнее, чем превращение их в колонию Великобритании или в окраину дряхлевшего тогда и ставшего, в свою очередь, полуколониальным, цинского Китая.
На стороне России была и многовековая традиция не прекращавшихся экономических, политических и иных контактов со Средней Азией, и готовность нести гораздо большие жертвы ради модернизации региона, нежели готовы были на это конкуренты России, упоминавшиеся выше. В 1868— 1872 гг. Россия затратила на Туркестан 29 497 414 рублей, а получила дохода от него 10 588 549 рублей. По данным СЮ. Витте, дефицит бюджета Туркестана на рубеже XIX— XX вв. составлял ежегодно 2—4 млн рублей, а по данным другого министра, А.В. Кривошеина, к 1912 г. владение Туркестаном стоило России 150 млн рублей, не считая чрезвычайных расходов на строительство дорог и т. п. Ежегодно правительство России приплачивало Туркестанскому краю 3,5 млн рублей на «текущие» расходы.
Иначе стоит взглянуть и на степень влияния России на образ жизни обитателей региона. Приход русских мало изменил социальные порядки внутри местного мусульманского общества. Как до завоевания Средней Азии Россией, так и после него ячейкой общества оставалась община, «сообщество неразрывно связанных друг с другом производителей», которые совместно владеют основным средством производства в традиционном обществе — землей. Нередко этой собственности общине не хватало для прокормления общинников, тем более что другое важнейшее средство производства — вода — оставалась в руках государства, а конкретно — в руках сохранивших свои позиции при царизме ханов, беков и других традиционных правителей. Община (кишлак в сельской местности, квартал-махалля в городе) имела в качестве духовного и культурного центра мечеть во главе с муллой, обычно — наиболее грамотным и уважаемым человеком, и мазар, т. е. гробницу местного святого. Шейхи (или «пиры», т. е. старцы по-персидски), которые были наследственными хранителями мазаров, пользовались не только авторитетом, но и мистическим поклонением верующих, приписывавших им иногда сверхъестественные способности исполнения самых различных желаний (урожая, ребенка, победы, удачи, богатства). Обычно «пиры» были ишанами (дервишами) суфийских братств с их обрядами и практикой. Таким образом, приход русских в Среднюю Азию не затронул ни структуры, ни обычаев местного ислама, сохранив и позиции, и влияние как официальных служителей ислама, так и неофициальных, но опиравшихся на крепкую традицию представителей «народного ислама ».
В этой связи стоит напомнить, что сопротивление русским войскам в Средней Азии гораздо более сильное, нежели феодалы, госаппарат и армии местных ханов, оказывали суфийские братства, особенно влиятельное в регионе братство Накшбандийя, с XIV в. широко распространившееся и в Средней Азии, и в соседних регионах. Почти все лидеры антироссийских выступлений были накшбандийскими шейхами — вождь восстания 1871 г. в долине Чирчик Ходжа-ишан из Кулкары, руководитель борьбы туркменских племен области Геок-Тепе в 1879—1881 гг. Курбан Мурат, глава ферганского мятежа 1896 г. в Андижане ишан Мохаммед Али из Мин-Тю-бе. Их активность во многом стимулировалась объединением усилий братств Накшбандийя и Кадырийя в 1877—1878 гг. (т. е. в годы русско-турецкой войны) явно не без влияния османской агентуры.