Мухаммед Али продолжил борьбу с мамлюками. Во время англо-турецкой войны 1807 г. англичане высадили в Александрии десант. Но Мухаммед Али разбил и вынудил капитулировать английские войска. После этого мамлюкские феодалы согласились сложить оружие.
Фактическая независимость Египта от Османской империи, ликвидация господства мамлюкских феодалов создали благоприятные условия для экономического развития страны. Кроме того, Египет и раньше в этом отношении стоял значительно выше других арабских территорий Османской империи и Анатолии. Реформы, предпринятые Мухаммедом Али, способствовали усилению Египта, который достиг заметных успехов в экономическом и культурном развитии. Хотя непосредственным мотивом, побудившим правителя Египта Реформам, была необходимость располагать достаточно сильной, вооруженной и обученной по-европейски армией, его реформаторская деятельность охватила различные сферы социальных отношений, экономики, культуры и государственного управления.
Одной из важнейших стала аграрная реформа, которая хотя и отвечала интересам египетских помещиков и купцов, для своего времени была прогрессивна. Большая часть земель крупных помещиков из числа мамлюков была отобрана в казну, а египетские феллахи впредь должны были работать не на отдельных помещиков, а на государство. Часть конфискованных, а также вновь орошенных земель Мухаммед Али передал своим приближенным. В деревнях земли были разделены между феллахами из расчета 3—5 федданов (1 феддан = 0,42 га) на взрослого работника. Формально крестьянин считался владельцем своего участка. Однако он обязан был платить высокую ренту-налог, которая теперь непосредственно поступала в казну, а остальную продукцию сдавать по ценам, которые устанавливались властями. 60 дней в году феллах должен был отрабатывать различные государственные повинности. Такая система непосредственной феодальной эксплуатации крестьян государством действовала до конца 1820-х годов. В дальнейшем Мухаммед Али стал раздавать земли вместе с сидящими на них феллахами офицерам и чиновникам. Этой реформой Мухаммед Али, с одной стороны, нанес удар по мамлюкам, а с другой, способствовал формированию новой землевладельческой знати. Кроме того, были экспроприированы также земли духовенства {вакфы), которые были переведены на государственное обеспечение.
Аграрная реформа вызвала недовольство духовенства и мамлюкской знати. В 1811 г. Мухаммед Али окончательно уничтожил привилегированное положение мамлюкских феодалов, ликвидировав почти всех мамлюкских беев.
Помимо осуществления собственно аграрной реформы, Мухаммед Али обратил внимание на развитие земледелия. В целях расширения посевной площади и для орошения полей Нижнего Египта была осуществлена постройка новых оросительных каналов и плотины севернее Каира. При Мухаммеде Али площадь орошаемых земель увеличилась на 100 тысяч федданов. Посевная площадь возросла с 2 млн федданов в 1821 г. до 3,1 млн в 1833 г. Это увеличило посевные площади в полтора раза и способствовало развитию культуры хлопка.
Кроме хлопка было уделено отдельное внимание развитию других товарных культур, таких как льна, сахарного тростника и индиго. Мухаммед Али ввел «монополию внешней торговли» сельскохозяйственными продуктами; крестьяне должны были разводить определенные культуры и продавать свою продукцию государству по установленным ценам. Для этой цели правительство ввело ряд монополий на скупку сельскохозяйственных и ремесленных изделий и сдавало эти монополии откупщикам. Таким образом были получены средства, необходимые для проведения других реформ. Необходимо отметить, что положение народных масс при Мухаммеде Али оставалось крайне тяжелым. Восстания, вспыхивавшие время от времени, сурово подавлялись.
Военная реформа была нацелена на усиление военной мощи страны. С помощью европейцев, главным образом, французов, Мухаммед Али создал армию по европейскому образцу. Обучение войск происходило под руководством французских, а также египетских офицеров, прошедших подготовку в специальных военных училищах. Новая армия была снабжена современной артиллерией. Мухаммед Али также положил начало флоту. К 1830 г. египетская армия, состоявшая из 150 тысяч человек, и флот, насчитывающий 32 корабля, по своим боевым качествам превосходили армию и флот турецкого султана.
Военная реформа повлекла за собой создание ряда промышленных предприятий. Были построены чугуноплавильный, оружейные и пороховые заводы, литейно-механические мастерские, текстильные мануфактуры. На верфях Александрии строились военные корабли. Почти все промышленные предприятия принадлежали государству, но небольшая часть являлась собственностью отдельных лиц или сдавалась им в аренду. К 1840 г. на предприятиях промышленного типа работало 35 тысяч рабочих. К фабрикам прикрепляли работников в порядке принудительного набора.
По европейскому образцу была также реорганизована финансовая система и государственный аппарат. Были созданы министерства (военное, финансов, торговли, просвещения и пр.). Египет был поделен на семь провинций (мудирий) во главе с губернаторами, которые подчинялись центральному правительству.
Принимались меры по развитию просвещения, поощрению Достижений европейской науки и техники. При Мухаммеде Али были открыты светские начальные и средние школы, а также четырехлетние специальные учебные заведения, в которых принимались выпускники средних школ: медицинское, ветеринарное, административное, механическое, сельскохозяйственное, лингвистическое, музыкальное. Появились военные училища. На арабский язык переводились европейские учебники и научная литература. Мухаммед Али приглашал к себе на службу французских инженеров, юристов, учителей, врачей. Вошла в практику посылка молодых египтян для обучения в Европу; была основана первая типография, а в 1828 г. стала выходить первая египетская газета. Любопытно, что сам Мухаммед Али научился читать в возрасте сорока лет.
Сравнение реформ Мухаммеда Али с проводимыми преобразованиями, предпринимавшимися в то же самое время в Турции (реформы Селима III и Махмуда II, первый период танзимата), показывает, что реформы в Египте были намного более результативны. Успех реформ Мухаммеда Али объяснялся в значительной степени тем, что их целью было не укрепление Османской империи, а создание египетского государства. Хотя сам Мухаммед Али и его ближайшее окружение этнически были чужды египетским арабам (новые помещики по происхождению были турки, черкесы, албанцы, курды и т. п.), его политика объективно была направлена на создание сильного и независимого Египта.
Реформы послужили основой укрепления власти Мухаммеда Али и выдвинули Египет в число ведущих и наиболее развитых стран Востока. Эти обстоятельства укрепляли Мухаммеда Али в его надежде образовать арабскую империю и даже завоевать Стамбул, захватив султанскую власть.
В 1811—1818 гг. по просьбе султана Махмуда II Мухаммед Али вел войну против арабских племен Неджда, что в Центральной Аравии, выступавших под знаменем ваххабизма за создание объединенного государства в Аравии. В войне против ваххабитов было заинтересовано и египетское купечество, которое несло значительные убытки из-за прекращения торговли, связанной с паломничеством в Мекку, после ее захвата ваххабитами. Война в Аравии оказалась тяжелой и затяжной: понадобилось семь лет, чтобы сломить ваххабитские войска. Аравия вернулась в состав Османской империи, но на деле была оккупирована Египтом. Неджд и Хиджаз теперь стали управляться египетскими наместниками. Мухаммед Али назначал и смещал шерифов — правителей Мекки. Йемен, хотя и сохранил свою самостоятельность, но его имам был обязан выплачивать Египту ежегодную дань.
В начале 1820-х годов в результате трехлетней войны Мухаммед Али подчинил себе Судан. Хотя он был формально включен в состав Османской империи, в действительности Судан стал египетским владением. Египетские войска подавили греческое восстание. В результате этого похода султан признал остров Крит владением египетского паши.
После поражения Турции в войне с Россией 1828—1829 гг. Мухаммед Али решился на открытую борьбу против султана; предлогом к ней он использовал невыполнение султаном обещания вознаградить его за подавление греческого восстания. В 1831 г. египтяне под командованием сына Мухаммеда Али, Ибрахима-паши вступили на территорию Сирии и Ливана, а через год, взяв Киликию и горные проходы Тавра, вступили в пределы Анатолии. В декабре 1832 г. в битве у города Конья турки были разгромлены, а великий везир — командующий турецкой армией — взят в плен. Египтяне продвигались дальше на запад. В различных частях Турции вспыхивали восстания, что крайне ухудшило и без того нелегкое положение правительства султана.
Султан обратился за помощью к Англии, но встретил отказ. Франция открыто поддерживала Мухаммеда Али, стремясь укрепить свои позиции на Ближнем Востоке. Тогда султан Турции Махмуд IIбыл вынужден принять помощь, предложенную ему Россией. Царское правительство приняло такое решение, исходя из следующих соображений. Возвышение нового государства на обломках Османской империи, далеко идущие планы египетского паши и военные успехи Египта тревожили Россию. Кроме того, революционная Франция взяла бы на себя ведущую роль, что ни в коей мере не соответствовало интересам царской России.
Россия сначала решила оказать посредничество, отправив в Турцию и Египет миссию во главе с генералом Муравьевым с предложением прекратить войну, Миссия, однако, потерпела фиаско; Ибрахим-паша продолжал наступать.
Тогда Турция обратилась к русскому послу с просьбой направить в Константинополь черноморскую эскадру, а также корпус русских войск. Узнав об этом, Мухаммед Али прекратил наступление.
В феврале 1833 г. обещанный контингент русских войск прибыл на Босфор, что сильно обеспокоило западные державы. Они потребовали отвода русских войск и выдвинули предложение о необходимости непосредственных переговоров турецкого правительства с Мухаммедом Али.