Целый ряд монастырей владел имениями, либо не подлежавшими обложению данью, либо освобождавшимися от других обязанностей, например, содержать проходящие местные и императорские войска. В этой ситуации ^контролировавшиеся повинности ложились на земледельцев, вынужденных платить налоги в размерах, произвольно устанавливаемых чиновниками разного ранга, наместниками и князьями. Земледельцы обязаны были также содержать императорские войска, когда они проходили или размещались в данном районе. Трудности положения низших слоев населения усугублялись голодом и эпидемиями, не щадившими Эфиопию в XVII в.
Наиболее голодными годами, сопровождавшимися эпидемиями, были 1606, 1611, 1618, 1623, 1634—1635. В 1650 и 1653 гг. — страна дважды страдала от голода и эпидемий.
В 1673 и 1685 гг. вновь распространились по стране эпидемии. Наконец, 1700 г. закончил столетие очередным голодом.
Страна была охвачена волнениями. Вспыхнули бунты, руководители которых были из низших слоев населения. В 1603—1604 гг. в области Амхара-Сайнт появился Лжехристос, вокруг которого теснились ученики и многочисленные группы приверженцев. Это движение отражало рост недовольства народных масс. Пойманный императорскими войсками, он был казнен, а народное движение в Амхара подавлено. В 1608 г. в округе Сымена некий человек выдавал себя за императора Яыкоба, уже умершего, и собрал вокруг себя много союзников. В столкновении отрядов самозванца с войсками императора он погиб. Подобных выступлений самозванных императоров из низов было несколько.
В 1617 г. начались крестьянские беспорядки в округе Шире. Эта область в результате хищнического хозяйствования тогдашнего правителя превратилась в пустыню. Население бежало в соседний округ. Лишь монахи и духовенство остались на местах. Вопрос был разрешен мирным путем благодаря посредничеству местного духовенства. Налоги на население были уменьшены в соответствии с вердиктом императорского трибунала.
Самым крупным выступлением в XVII в. против феодальной эксплуатации было движение, возглавленное в 1687— 1688 гг. годжамским кузнецом Йисхаком Уорення (Йисха-ком Поджигателем), провозгласившим себя императором и ставшим во главе вооруженных выступлений народа сначала в Годжаме, а потом в Амхара-Сайнт и Шоа. Оно было жестоко подавлено войсками правившего тогда Иясу I Великого.
Отсутствие сильной центральной власти способствовало росту борьбы за власть, разгоревшейся между светской и духовной знатью. В период выступления низов Эфиопию потряс и крупный конфликт внутри церкви. Борьба между двумя главными группировками эфиопской церкви — годжамско-тыграйской, кыбат («помазание»), и шоанским, тоуахжо («соединение») — началась в XVI в., разгорелась в XVII и XVIII вв., а закончилась во второй половине XIX в. На усиление внутрицерковных религиозных споров повлиял в значительной мере контакт в религиозной доктриной католицизма. Этот контакт особенно углубился в начале XVII в. в связи с деятельностью в Эфиопии очередных папских эмиссаров.
Не раз в течение XVII в. и в первой половине XVIII в. императоры свергались и правители оплачивали жизнью яростную борьбу между двумя лагерями — кыбат и тоуахдо. Это борьба, протекавшая с переменным успехом, закончилась в конечном счете победой вторых, установивших в конце XIX в., при поддержке император Менелика IIсвое главенство в стране. Острая борьба между церковными группами из разных областей страны переплеталась с возраставшими сепаратистскими тенденциями отдельных округов, приведшими во второй половине XVIII в. к феодальной раздробленности.
Этот период характеризуется острейшей борьбой за власть между различными претендентами на императорский трон, решением вопроса взаимоотношений с католической Европой, стремлением к освобождению императорской власти от церковной зависимости.
Сразу же после смерти Сэрцэ-Дынгыля (1597) в стране сложились три группировки, выдвигавших своих претендентов на власть. Борьба за престол была яростной. После попеременного нахождения на престоле двух претендентов в 1607 г., выступив с оружием в руках власть захватил третий — Сусныйос (1607— 1632).
В период его правления обострились конфликты, существенным образом отразившиеся в дальнейшем на политических судьбах страны. Причиной их были две разные политические линии, которые проводили по отношению к иностранцам круги, захватившие власть в государстве. Одна выражалась стремлением полностью разорвать отношения с Европой, на чем настаивали главным образом вельможи и сановники. Представители второй, активными сторонниками которой были претенденты на престол, наоборот, были склонны открыть границы Эфиопии иезуитским миссионерам. Императоры готовы были даже перейти в католицизм с целью укрепления экономических и политических связей между обеими сторонами.
Сусныйос, стоявший на этих позициях, с самого начала получил настроенное против себя духовенство. Чтобы удержаться у власти он привлек на свою сторону высокопоставленных светских сановников, пытаясь тем самым уравновесить ненависть к себе со стороны духовенства. Одновременно он пытался опереться на третью силу в государстве в лице тех племен галла, которые начали в полную меру осваиваться на эфиопской территории и даже приняли христианство. В различных провинциях страны он стал жаловать им в лен земли за счет конфискованных у некоторых монастырей имений. Предоставив полную свободу правителям областей, фактически узаконил неограниченную эксплуатацию населения провинций. Именно на период его правления приходится пик народных и религиозных выступлений.
Сусныйос оказался под полным влиянием испанских и португальских католиков-иезуитов. Он позволил им свободно проводить миссионерскую деятельность. На волне недовольства народных масс, выступлений против него церковной иерархии, особенно после принятия им католицизма — в конечном итоге Сусныйос был вынужден отказаться от католицизма и отречься от престола в пользу сына Фасилидэса.
Во время правления императора Фасилидэса (1632—1667) в жизни Эфиопии произошло важное событие: он основал в 1636 г. постоянную столицу империи — Гондэр. Превращение Гондэра в город, ставший не только политическим, но и важнейшим экономическим, торговым и культурным центром, постоянной резиденцией эфиопских царей и столицей государства, стало возможным благодаря двум обстоятельствам: во-первых, с развитием крупных феодальных вотчин возрос товарообмен в стране и оживилась торговля. Во-вторых, из-за вторжения племен оромо, расселившихся на плодородных землях Эфиопского нагорья, резко сократилась территория, подвластная эфиопским царям, что облегчало управление ею из единого постоянного центра.
Фасилидэс провел реформу, которая способствовала прекращению народных выступлений, проходивших под лозунгами защиты веры. Он отказался от католицизма, провозглашенного его отцом Сусныйосом в качестве государственной религии. Из страны были высланы иезуиты. Сопротивление католицизму как снизу, так и со стороны властвовавшей элиты общества заложили основы формирования антиколониального сознания народных масс.
Было покончено, и притом на долгих два столетия, с попытками широкого эфиопо-европейского сближения. Однако это не означало прекращения связей страны с внешним миром. При императоре Фасилидэсе возник план антиевропейской коалиции в составе Эфиопии, Адала, Судана (Сеннара), государств Южной Аравии, Османской и Могольской империй. Осуществить его взялись армяне и выходцы из Средней Азии, пользовавшиеся доверием императора. Политика «закрытия» Эфиопии для европейцев, проводившаяся в середине XVII—XVIII вв., не отождествлялась с политикой полной изоляции.
Внутри страны положение оставалось сложным. Не утихали феодальные мятежи и обострились религиозные разногласия в эфиопской церкви между сторонниками тоуахдо и кыбат, т. е. умеренного монофиситства, близкого к православию, и строгого или крайнего монофиситства. Корнем преткновения был вопрос о природе Христа. К концу XVII в. раскол в церкви зашел так далеко, что стал прямой угрозой единству эфиопского государства. Рос сепаратизм феодальных правителей Тигре и Шоа. Усилилась экспансия восточных галла, поставивших цель проникнуть в Годжам.
Рост центробежных тенденций и ожесточенные распри между религиозными группировками продолжалась и в период правления сына Фасилидэса Йоханныса I (1667—1681). Созывая церковные соборы, он пытался покончить с религиозными спорами. Однако рост оппозиции феодалов и церкви парализовал все его попытки установить внутренний мир в стране.
К концу XVII в. жизнь в государстве стала постепенно нормализироваться. После смерти Йоханныса Iимператорский трон занял его сын Иясу I (1681—1706). Этот император был последним эфиопским монархом вплоть до второй половины XIX в., при котором предпринимались реальные шаги по укреплению царской власти и централизации государства.
В начале 1690-х годов Иясу I сумел восстановить власть над всеми важнейшими провинциями страны. При нем империя стала постепенно возвращаться к былому процветанию. Во многом этому способствовала умелая внутренняя политика императора, старавшегося разрешить существовавшие в стране противоречия и смягчить острые конфликты. Он предпринял шаги по унификации административной системы и меры по экономическому развитию.
Административная реформа была направлена на упорядочение высших имперских и придворных должностей и постов в государственной администрации, экономическая — на упорядочение внутреннего торгового рынка. Сразу же после прихода к власти Иясу I провел смену на высоких придворных, церковных и провинциальных постах. Это мероприятие было принципиально отличным от ранее проводимой политики его отца Йоханныса I, который делил население по вероисповеданию и поддерживал религиозное направление кубат.
В области экономики Иясу I уделял особое внимание развитию и упорядочению торговли. Одной из основных трудностей ее развития был полный произвол при взимании таможенных пошлин. Иясу издал инструкции, четко регулировавшие размер таможенной платы и точно определявшие места сбора таможенных пошлин. Распоряжения были направлены на ликвидацию произвола феодалов и поддержку торговли в общеэфиопском масштабе. Иясу I попытался вмешаться и в церковные распри. Поддержав поборников «соединения» (тоу-ахдо), император лишился в итоге короны, а вскоре после отречения в 1706 г. — и жизни.