Правительственный указ 1827 г. запретил принимать в базилианские монастыри католиков, разрешал быть базилианским монахом только тому, кто знал старославянский язык и православное богослужение, поддерживал проводившиеся в церкви реформы в обрядах и т.п. В 1828 г. была открыта Жировичская семинария. Началось постепенное закрытие униатских монастырей, и к 1835 г. было ликвидировано 36 униатских монастырей, многие из-за участия базилиан в восстании 1830 - 1831 гг. В феврале 1834 г. руководство униатской церкви вынесло постановление о введении в обращение в церкви Служебника и других церковных книг, издаваемых Русской православной церковью, восстановлении прежних обрядов православной церкви. Началось переоборудование униатских церквей на восточный лад, в них восстанавливались иконостасы, выносились органы и скульптуры, менялись иконы, изменялся внешний облик духовенства.
После смерти И. Булгака Семашко возглавил униатскую церковь, что сняло последние препятствия для ликвидации унии. Соратниками Иосифа Семашко стали епископы Антоний Зубко и Антоний Лужинский. Эта идея завоевывала все больше сторонников среди духовенства. Тем не менее, среди части униатских священников, прежде всего на севере Белоруссии, где особенно далеко зашел процесс окатоличивания, было сильным враждебное отношение к идее присоединения, и там часть самых упорных униатов перешла в католичество. Накануне Полоцкого собора в Минской губернии дали согласие на переход в православие 834 униатских священника, 116 отказались это сделать. В Дриссенском уезде собрались 111 священников Витебской, Могилевской и Минской губерний и выступили против присоединения. Большинство священников - искренне, с безразличием, под нажимом или из корыстных побуждений - дали согласие на присоединение.
12 февраля 1839г. в Полоцке три униатских епископа - Семашко, Лужинский, Зубко - вместе с представителями высшего духовенства подписали Соборный акт об отмене Брестской унии и об объединении униатской церкви с православной. В Соборном акте подчеркивалась исконно-русская роль православной церкви в религиозной жизни присоединенных земель: "Церковь наша составляла нераздельную часть Грекороссийския Церкви, подобно, как и предки наши, по языку и происхождению, всегда составляли нераздельную часть Русскаго народа, …но хитрая политика бывшей Польской Республики и согласное с нею направление местного Латинского Духовенства, не терпевшия духа Русской народности и древних обрядов Православнаго Востока, устремили все силы свои к изглаждению, если бы можно было, и самых следов первобытного происхождения нашего народа и нашей Церкви. От сего сугубого усилия предки наши, по принятии Унии, подвергались самой бедственной доле". В итоге было постановлено: "Посему, в теплых сердечных молениях, призвав на помощь благодать Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа (который един есть истинный Глава единыя истинныя Церкви) и Святаго и всесовершающего Духа, мы положили и неизменно:
1) Признать вновь единство нашея Церкви с Православно-Католическою Восточною Церковию, и посему пребывать отныне, купно со вверенными нам паствами, в единомыслии со Святейшими Восточными Православными Патриархами и в послушании Святейшего Правительствующего Всероссийского Синода.2) Всеподданнейше просить Благочестивейшего Государя Императора настоящее намерение наше в Свое Августейшее покровительство принять и исполнению оного, к миру и спасению душ…".
26 февраля 1839 г. Иосиф Семашко передал обер-прокурору Священного Синода Протасову Соборный акт. Постановление Священного Синода "О принятии Греко-униатской церкви в нераздельный состав церкви Всероссийской" было подтверждено Николаем I.1,5 млн. униатов стали считаться православными. У них была взята подписка, что присоединяются они к православию "по добровольно высказанному ими желанию". На мемориальной медали, выбитой в ознаменование ликвидации Брестской унии, была сделана надпись: "Отторгнутые насилием (1596) возсоединены любовию (1839)".
Склоненные к отречению от унии уговорами, обманом и принуждением, новые православные причинили много хлопот местным и верховным властям. Социальную базу движения против воссоединения церквей составляло духовенство, базилиане, шляхта - люди образованные, социально активные, наиболее оппозиционно в то время настроенные. Отпор деунизации проявлялся в разных формах - от бойкота культовых новаций до применения силы в защиту своих сокральных ценностей, в изгнании миссионеров и комиссий по переводу новоправославного духовенства, в неприятии новых служебников, подаче коллективных протестов, апелляций на имя царя. В 1834-38 гг. поветовые суды были завалены делами об отделении их от униатской веры. Несогласие с решением Полоцкого собора выражалось и в форме перехода униатов в католичество. В связи с этим в 1842 г. Священный Синод предписал духовенству Литовской, Минской, Полоцкой и Могилевской епархий начать возвращение бывших униатов из католичества в православие.
И все же ничего, хотя бы отдаленно напоминавшего сопротивление православной шляхты и горожан решениям Брестского собора 1596 г., в Белоруссии не было. Довольно быстрый переход из униатства в православие и связанные с этим особенности в области вероисповедания привели к тому, что белорусский крестьянин в большинстве случаев относился к официальной религии безразлично, хотя при проведении свадеб, крестин, похорон и т.п., следовал поверьям, обычаям и обрядам, в которых христианство сочеталось с древними верованиями восточных славян.
В результате решений Полоцкого собора положение православной церкви в Белоруссии укрепилось. После присоединения униатской церкви к православной в 1839 г. была создана новая Литовская православная епархия. С 6 апреля 1840 г. архиепископом Литовским и Виленским и архимандритом Троицкого Виленского монастыря стал Семашко. Все униатские приходы были преобразованы в православные, церкви и монастыри были поделены между прежними и новообразованной Литовской епархией. До конца века церковная структура не менялась, она включала Могилевскую, Минскую, Полоцкую и Литовскую епархии, в 1900 г. из Литовской епархии была выделена Гродненская. В Гомеле, Слуцке и Двинске были созданы кафедры викарных епископов. Число православных, особенно в Гродненской и Минской губерниях, росло и за счет католиков. Правда, часть их переходила в православие под нажимом властей, часть - стремясь избавиться от ограничений экономического и политического характера, и многие из них после царского указа 1905 г. вернулись в католическую церковь.
Православное духовенство после 1839 г. во многом состояло из бывших униатов. Семашко отрицательно высказывался в отношении принятия в епархию духовенства из других мест, особенно из великорусских губерний. Большинство бывшего униатского духовенства было малообразованным, знание церковнославянского языка находилось на низком уровне, либо вообще отсутствовало. Поэтому 6 марта 1855 г. Литовская консистория издала приказ о привлечении всех детей священнослужителей к обучению молитв на церковнославянском языке.
После секуляризации в 1841 г. церковных земельных владений православное духовенство было переведено на государственное жалованье, размер которого зависел от числа прихожан в приходе. Но только епархиальные владыки получали солидное жалованье, измеряемое тысячами рублей, имущественное положение основной массы приходского духовенства оставалось нелегким, хотя им были оставлены в пользование небольшие наделы.
20 июля 1842 г. было введено "Положение об обеспечении православного духовенства Западного края". Класс прихода определялся количеством прихожан. Это положение вызвало натянутые, а зачастую и негативные отношения между священниками и прихожанами, которые должны были обрабатывать их землю, строить дома и церкви, а так же делать много чего другого, чего не делали, когда находились в униатстве. В результате Священный Синод предписал епархиальным архиереям, чтобы они отменили некоторые повинности.
Процесс инкорпорации униатских приходов проходил нелегко. После ликвидации униатской церкви основную массу священников и во многих местах прихожан составляли присоединенные в 1839 г. униаты. В 1860 г. в Минской епархии было 535 православных приходов, из которых 322 были переведены из униатства в 1839 г. Это создавало сложную обстановку переходного периода. Непросто складывались отношения между прежнеправославным и вновь обращенным духовенством - вековая вражда не могла исчезнуть сразу. Недоброжелательность со стороны православных архиереев и некоторых государственных чиновников испытывал и Семашко - что говорить о простых священниках. Нелегким было положение их и в районах с преобладанием католиков.
Изменение облика бывших униатских церквей и приходов шло постепенно, на первых порах сотни священников служили по старым богослужебным книгам униатского происхождения. По просьбе руководства бывшей униатской церкви духовному ведомству позволялось унификацию проводить постепенно, не менять прежних обычаев, если они не противоречили догматам православной церкви, читать проповеди на простом языке - распространение старославянского языка шло с большими трудностями, униатские священники лучше знали польский язык. Тем не менее, руководство епархий добивалось, чтобы они не только богослужение вели на церковнославянском, но и проповеди читали не на польском, а на русском языке. После перевода униатов в православие Священный Синод предписал духовенству Западных губерний читать в церквях по выходным и праздникам молитвы на белорусском языке. Ревизия церквей Литовской епархии в 1850 г. показала, что многие церковнослужители не знали молитв на церковнославянском языке. Для униатского пополнения православного духовенства, плохо знавшего православную службу и молитвы на церковнославянском языке, были открыты семинарии и духовные училища, в которых к концу века прошли переподготовку почти все священники. Правление епархий боролось также за то, чтобы бывшие униатские священники окончательно порвали всякую связь с католичеством: не брили бороды, не имели жен, которые бы находились в католической вере. Сложные отношения были между исконно православным и присоединенным духовенством стимулировали отрицательное отношение прихожан - бывших униатов, которые больше склонялись к католическому костелу, чем к православной церкви.