В связи с присоединением униатской церкви к православной, царские власти тревожились по поводу обострения отношений между конфессиями. Это было вызвано тем, что часть бывших униатов не желая переходить в православие, самовольно переходили в католицизм.10 сентября 1839 г. были подтверждены указы Екатерины II о недопустимости перевода православных в другие вероисповедания и склонения к ним под угрозой строгого наказания. Ответственность за переходы возлагалась на настоятелей монастырей и приходских ксендзов. Помещикам и экономам имений, католикам по вероисповеданию, ставилось в наказ, чтобы крестьяне-православные по праздничным дням и в выходные ходили в православную церковь. Указом от 11 июля 1836 г. монастырям и католическому духовенству запрещалось держать православных в своем услужении.
В царствование Николая I и Александра II целью конфессиональной политики в еще большей степени была интеграция так называемых возвращенных территорий с основной частью империи. Одно из главных препятствий в проведении такого курса Петербург видел в сохранении сильного польского элемента, опиравшегося на авторитет католической церкви. Отсюда стремление ослабить католицизм и вытеснить поляков - землевладельцев и чиновников, одновременно укрепляя православие и замещая влияние польское русским. "Россия может успешно для себя разрешить польский вопрос не иначе как двойным совместным путем нормализации своего быта и беспощадного искоренения из себя всего того, что враждебно или противно ее безграничной государственной целостности, как единственному залогу ее безмятежной будущности", - писал Н.П. Данилов.
В связи с этим основная задача политики царизма в Беларуси во второй половине XIX - начале XX вв. заключалась в уничтожении всех местных национально-культурных, религиозных особенностей и полной русификации края. Под нею понималось, прежде всего, вытеснение польского элемента с ключевых экономических и административных позиций.
Русификации способствовала централизация управления, унификация законодательства, административно-территориального деления и других сфер социально-экономической, политической и культурной жизни. Она предусматривала распространение русского языка как государственного с учетом местных языковых особенностей. Русификация, как процесс, была неотвратима и предопределена самим включением Белоруссии в состав многонациональной Российской империи.
Формы, содержание и направления русификаторской политики как средства борьбы против полонизации и польского влияния с течением времени изменялись. С конца XVIII в. и до 1830-31 гг., когда российские власти искали поддержки у полонизированной шляхты, интеграция в российскую государственную систему новоприсоединенных белорусских территорий проходила в мягких формах и сопровождалась продолжением полонизации. Ситуация начала меняться во второй четверти XIX в. в условиях роста оппозиционных общественно-политических настроений и движений. Власти Российской империи начали предпринимать меры, направленные на распространение русского влияния, образования, просвещения, культуры. Сам термин "русский" рассматривался как исходный от народностей великорусской, белорусской и малороссийской. При этом католиков относили к полякам, а православных к русским. В 1829 г. после реорганизации Виленского учебного округа была создана Белорусская с центром в Витебске. Предусматривалось включение в курс приходских училищ обучения местного, то есть, белорусского языка.
Направленная против полонизации русификация в определенной степени содействовала этническому самоопределению белорусов и активизации белорусского движения, предопределила появления в Белоруссии такого течения общественно-политической мысли как "западноруссизм". Рельефно обозначился он во времена правления Николая I при министре Уварове, во время борьбы с европейскими буржуазно-демократическими идеями. На протяжении XIX и начала XX вв. "западноруссизм" собрал вокруг себя значительное количество приверженцев, выработал свою собственную идеологию. Определенный импульс политике "западноруссизма" придало восстание 1830-31 гг. Все те в краю, кто считал себя не поляками, не принадлежал к польской шляхте, все, кто вел борьбу с польским влиянием, - служилый люд, мещане - все они были экономически заинтересованы в успешном проведении этой борьбы. Запрещение польского языка и образования, запрещение полякам поступать на государственную службу и занимать высокие должности, конфискация имений польских помещиков и др. мероприятия, которые были направлены на послабление польского влияния на Беларуси, открывали заманчивые перспективы перед всеми этими людьми. Идеология "западноруссизма" в основном была распространена среди городского населения (интеллигенции, государственных служащих, православного духовенства и др.). Представители консервативного направления (К. Говорский) считали этнические особенности белорусов итогом польско-католического влияния, которое препятствовало возрождению "истинно-русского характера края". Приверженцы либерально-умеренного направления (М. Коялович, А. Пщолка) признавали историко-этническое отличие белорусов, но вместе с тем отрицали возможность их национально-культурного и государственного самоопределения. Белорусы считались славянским племенем, которое органически входило в состав русского народа.
Главным критерием этнического разделения являлся конфессиональный фактор (и не только в то время: по мнению современного польского исследователя Р. Радика, основной чертой, которая четко выделяла белорусов среди славянских соседей (русских и поляков) была униатская церковь). В католической церкви власти видели основной источник ополячивания белорусских крестьян. А.И. Миловидов писал в своей работе, что вместо "здравствуйте" они говорили "нех бендзе похваленый Йезус Христус", в церквях крестьяне пели католические песни, после православной обедни шли в костел слушать ксендза, а в праздничные дни вместе с католиками участвовали в костельных процессиях, носили хоругвы и кресты. Личный секретарь Муравьева П. Червин писал: "…я ничего не могу сказать в пользу православного крестьянства в Западном крае. Как оно было по-настоящему католическим во время унии, таким и осталось после перехода в 1839 г. в православие". В таких условиях для полного обрусения белорусов Муравьев считал необходимым обеспечить между великороссами и белорусами единство религиозно-моральных убеждений и церковно-литургических обычаев, которые особенно сильно влияли на простой народ. Православие рассматривалось как важнейший инструмент русификации края. В 60-е гг. XIX - начале XX в. позиции православной церкви в белорусских губерниях значительно укрепились.
В 1859 г. появляется Записка Александра II Комитету при Синоде, которая содержала анализ сложившегося в епархиях западных губерний бедственного положения православного духовенства и проект первоочередных преобразований. Главнейшая, по выражению автора Записки, причина упадка духовенства "в его кастовой организации и замкнутости этого сословия в отношении его прав и образования". Автор записки считал, что нравственность духовенства можно повысить, предоставив ему больше гражданских прав, уничтожив сословную замкнутость. Учебу необходимо приблизить к жизни, поэтому преподавать в семинариях должно по преимуществу белое духовенство. Записка предлагала восстановить каноническое право, отменив условие обязательного вступления в брак тех, кто избирает миссионерскую деятельность. В предложенных им мерах автор Записки видел высшую, "более нравственную и политически важную в настоящее время цель: развитие в народе соревнования к изучению церковности и надежда быть на ближайшем служении церкви возвысит дух его, укрепит его в вере и положит в самом народе преграду соблазнам и проискам иноверных пропаганд и либеральных стремлений".
Таким образом, правительство вполне осознало необходимость предпринять в западных епархиях срочные меры по укреплению православия. Желание Александра II и его окружения решить эту проблему безотлагательно особенно подстегивали начавшаяся отмена крепостного права и заметное усиление активности польских пропагандистов.20 сентября 1862 г. Александр II образовал совещательный орган - Западный комитет (второй по счету в русской истории), ведавший русификацией западных губерний и подавлением польского сепаратизма. Одной из важнейших проблем, обсуждавшихся данным органом, стало положение православного духовенства.