Аугсбургский религиозный мир 1555 года узаконил, наконец, существование немецкого лютеранства, но прочного мира он все-таки не принес, став, в свою очередь, источником почти стольких же новых несогласий, сколько уладил старых. В это время в Германии все важнейшие политические вопросы отошли на задний план: споры о смысле Аугсбургского религиозного мира заполняли все время ее государственных деятелей.
Мир 1555 года не мог быть окончательным миром. Он заключал много неясных сомнительных пунктов, но будь их даже гораздо меньше, все равно с обеих сторон недоставало того миролюбия, без которого не может восторжествовать ни одно дело. Как уже говорилось, по смыслу мирного договора терпимость распространялась только на последователей Аугсбургского исповедания, а не на всех последователей реформации, которых к тому времени было уже значительное количество. При этом свобода выбора дарована была князьям, а не подданным, что повлекло за собой различные столкновения.
Наконец, в то самое время, когда обе партии, католическая и протестантская, должны были свыкнуться с этим неполным миром, наступили реставрация Католической Церкви, Тридентский собор, основание ордена иезуитов, учреждение инквизиции и книжной полиции. Ни одна из партий не отрешилась от мысли перешагнуть за пределы мирного договора. Протестанты все еще надеялись на замкнутость Церкви (reservatioecclesiastica), а католики — разорвать весь договор и произвести полную реставрацию.
Протестанты, разделившиеся на отдельные государственные Церкви и секты, конечно, не могли действовать так дружно, как реставрированная в Триденте Римско-Католическая Церковь. В 60-х и 70-х годах Германия становится ареной борьбы реформации и реставрации, Аугсбургского исповедания и законодательства Тридентского собора. До сих пор перевес был на стороне протестантизма, благодаря тому, что он с поразительным успехом овладел всей духовной жизнью народа и захватил в свои руки литературу, новое гуманистическое образование, воспитание, школу и т. п. Известнейшие представители всех отраслей науки и литературы по большей части были протестанты. Начиная с 60-х годов, Католическая Церковь стала также обращать внимание на эту сторону в своей деятельности. Среди иезуитов было немало талантливых людей. Начинается конкуренция протестантов и католиков и в этой сфере.
В это время протестантизм начинает распространяться в Австрии. В 1564–1676 гг. новое учение распространилось почти по всей стране. Не только в больших городах, но и в деревнях католицизм был оставлен и все обратились в протестантизм.
Среди многочисленных нарушений Аугсбургского религиозного мира самое злонамеренное было совершено в 1606–1607 гг. в имперском городе Донаувёрте, где с конца XVI столетия ни один католик не принимался в число граждан. В этом городе находился католический монастырь, который был терпим на основании особого договора, с той знаменательной оговоркой, что внутри города не должна происходить ни одна процессия с распущенными хоругвями. Монахи находили это запрещение неудобным и часто нарушали его, несмотря на строгие предупреждения, покамест в 1606 году во время одной из таких процессий народ не напал на монахов с дубинками и не прогнал их в монастырь. В 1607 г. в ответ на это последовал имперский указ об экзекуции, исполнение которой было поручено герцогу Максимилиану Баварскому. Он захватил город и стал насильно обращать его жителей в католицизм.
В ответ на это некоторые протестантские князья в 1608 году образовали унию для взаимной помощи против могущих впредь произойти нарушений государственных постановлений. Католические князья в 1609 году также образовали лигу для охраны имперских законов и католического исповедания.
В 1618 году началась Тридцатилетняя война между католиками и протестантами.
В 1619 году император Фердинанд II и герцог Максимилиан Баварский заключили союз против еретиков Австрии и Богемии. В 1620 году началась война датская, в которой участвовали и католическая лига и протестантская уния. Католики победили и в этих странах укоренилась реставрация. Этот удар отразился на всех немецких протестантских князьях. Фердинанд II начал неумеренную контрреформацию. Протестантская уния распалась.
В 1621 году в Богемии казнью 27 знатнейших еретиков начался страшный религиозный террор, который длился многие годы и целью которого было искоренение протестантизма. Лютеранская проповедь была запрещена, протестантские сочинения отбирались и уничтожались, иезуиты получили полную свободу действий.
В 1624 году всем протестантским священникам и учителям под страхом смерти было приказано в течение восьми дней оставить страну. Вскоре было сделано постановление, что все, не принявшие католицизм до Пасхи 1626 года, должны выселиться. Государство отказало протестантам в самых простых человеческих правах, но действительных обращений было все-таки мало. Тысячи людей остались верны своему исповеданию, другие тысячи ушли в изгнание.
В протестантские поселения отправляли солдат и оставляли их там до тех пор, пока под давлением их еретики не делались католиками. Однако даже и им не удавалось убить протестантизм и искоренить гуситские традиции.
Однако католическая реакция показала, что означала победа лиги. Это поняли даже не немецкие князья. Поэтому в 1625 году был заключен протестантский союз Англии, Голландии и Дании, который с переменным успехом вел войну с католической лигой в 1626–1628 гг.
В 1629 году император Фердинанд II издает реституционный эдикт, которым постановлялось, что все конфискованные у католиков земли и имущество возвращаются им, перешедшие к протестантам церкви возвращаются католическим прелатам; католическим императорским чинам предоставляется право принуждать своих подданных к переходу в католицизм или удалять их из страны, взимая с каждого известную сумму денег. Религиозный мир впредь имел силу только для католиков и последователей Аугсбургского исповедания, все же другие секты — кальвинисты, цвинглиане — недозволены в Империи.
Хотя эдикт этот отчасти основывался на формальном праве, но приведение его в исполнение во всяком случае значило произвести громадную революцию, гибельную как для установившихся отношений территориальных владений протестантских имперских чинов и их земельных Церквей, так и вообще для немецкого протестантизма.
В 1631 году собрался Лейпцигский конвент, представлявший блестящее собрание протестантских государственных чинов для выработки общей программы борьбы как с католической реставрацией, так и с вторжением в Германию шведского короля Густава Адольфа. Переговоры не дали больших положительных результатов. Однако здесь произошла договоренность между лютеранами и другими реформатами (кальвинистами и цвинглианами) обращаться друг с другом уважительнее.
В 1635 году в Праге был подписан мир между Саксонией и императором. Пассауский мирный договор и Аугсбургский религиозный мир в общих чертах были подтверждены в Праге, но при этом все реформаты не-Аугсбургского исповедания были исключены. Зато император Фердинанд II отменил для Саксонии и Бранденбурга реституционный эдикт во всех существенных пунктах за немногими исключениями. Хотя мир и не был осуществлен во всей полноте, но этот эдикт сам по себе явился доказательством того, что и само имперское правительство больше не надеялось осуществить свой эдикт. Однако прошло еще 13 кровопролитных лет войны, прежде чем оно убедилось в необходимости отказаться от этой мысли и по отношению к другим немецким государствам.
С 1640 г. между воюющими сторонами беспрерывно происходят переговоры о мире. Так продолжалось до Вестфальского мира 1648 года, которым закончилась Тридцатилетняя война. Ему предшествовали Оснобрюкский и Мюнстерский мирные договоры, в которых значительное место отводилось церковно-религиозным вопросам.
Основные религиозные положения Вестфальского мира были выражены гораздо определеннее, чем это было в 1552 и 1555 годах. Тогдашние договоры были подтверждены, и к ним прибавили разъяснение, которое должно было иметь неопровержимое значение и против которого не должно было иметь никакой силы какое бы то ни было возражение или ограничение ни с церковной, ни со светской стороны, ни вне, ни внутри Империи. Это было направлено против протестов, которых следовало ожидать со стороны Рима и Испании, т. к. эти державы обычно протестовали против всего, что имело какую-нибудь связь с религиозной терпимостью.
Во всем, что относится к религии, между курфюрстами, князьями и всеми частными лицами обоих исповеданий должно существовать полное взаимное равенство, и насилие всякого рода как во всем прочем, так и здесь обеим сторонам было запрещено. Это положение, честно исполняемое, требовало большого самоотвержения и имело более обширное значение, чем прежде,— оно распространялось теперь не только на католиков и лютеран, но и на реформатов, которым была предоставлена свобода и равенство со всеми исповеданиями. Также была обещана с обеих сторон терпимость и в отношении к тем, которые в будущем могут переменить свое вероисповедание.
Относительно церковных владений и прав исходным моментом было взято 1 января 1624 года: что тогда было протестантским или католическим владением, то должно было оставаться таковым и на будущие времена. Духовные лица, переменяющие свое исповедание, должны оставлять свои места.