Он дважды – в 1984 и 1987 гг. – становится депутатом Народного собрания, а в 1987–1990 годы выступает в роли официального представителя группы депутатов – «Братьев-мусульман». Видимо, в выполнении этой функции аль-Ходейби проявил большие способности. Не случайно в начале 90-х годов он получает статус, который до него не имел ни один из деятелей «Братства» и который не был предусмотрен уставом этой организации: тогдашний «верховный наставник» Мухаммед Хамед Абу н-Наср делает его официальным представителем Ассоциации. Впрочем, сам аль-Ходейби вспоминает об этом назначении как о случайности.
По его словам, во время войны в Заливе мировые средства массовой информации заинтересовались точкой зрения «Братьев-мусульман» на происходящее. «Корреспонденты информационных агентств, газет и мировых радиостанций начали буквально осаждать офис Ассоциации, чтобы получить заявления и интервью, – рассказывает аль-Ходейби. – Это сильно утомляло верховного наставника. Как-то раз корреспондент одного из иностранных агентств добивался возможности непременно встретиться с наставником. Войдя в мой кабинет, он сразу же спросил: «Ведь это вы – человек номер один в Ассоциации, не так ли?» Я ответил: «Нет, я не номер один и даже не номер два». – «Но я хочу побеседовать с номером один». Тогда я поручил покойному Ибрахиму Шарафу, начальнику канцелярии верховного наставника, проводить его в кабинет к профессору Абу н-Насру. Через некоторое время корреспондент возвращается ко мне. Я спрашиваю его, что случилось. Оказалось, верховный наставник сказал ему: «Возьми интервью у аль-Ходейби, он – человек номер один». Когда беседа закончилась, профессор Абу н-Наср поручил мне говорить от его имени и от имени Ассоциации. Он сказал мне: «С сегодняшнего дня ты – официальный представитель Ассоциации».»
В 1996 г., после смерти Абу н-Насра, новый избранный «верховный наставник» Мустафа Машхур назначил аль-Ходейби своим заместителем. Эту функцию он выполнял до конца 2002 г., совмещая ее с исполнением обязанностей официального представителя «Братьев-мусульман».
В октябре 2002 г. в связи с кровоизлиянием в мозг престарелый Мустафа Машхур был госпитализирован и оказался не в состоянии руководить «Братством». Мамун аль-Ходейби был назначен исполняющим обязанности «верховного наставника», а после смерти Машхура именно он рассматривался как один из наиболее вероятных кандидатов на высший руководящий пост. Тем не менее задержка с выборами нового лидера вызвала спекуляции в египетской и арабской прессе по поводу раскола в руководстве «Братьев-мусульман», соперничества между группировками, конфликта между «старой гвардией» и молодым поколением активистов «Братства». И аль-Ходейби, и другие члены руководства «Братьев-мусульман» опровергали эти слухи, объясняя задержку с избранием нового «верховного наставника» необходимостью выполнения всех выборных процедур. Однако окончательно ситуация прояснилась лишь через две недели после смерти Машхура, когда аль-Ходейби был официально избран главой организации. Как позже выяснилось, избран он был не участниками Консультативного совещания Ассоциации (Маджлис аш-шура), как того требовал устав «Братства», а лишь несколькими десятками членов Руководящего бюро. Впоследствии в беседах с журналистами, обращавшими внимание на недостаточную «легитимность» результатов выборов, аль-Ходейби ссылался на невозможность созыва Консультативного совещания (последнее из них состоялось в 1995 г. в Каире) в условиях постоянных полицейских репрессий против «Братства». Что касается наличия среди членов Ассоциации различных мнений и идейных течений, то аль-Ходейби не только его не отрицал, но и признавал естественным. В то же время он категорически отвергал версии о «расколе» в Ассоциации или о конфликте между поколениями.
На протяжении десяти с лишним лет именно из уст Мамуна аль-Ходейби как официального представителя Ассоциации «Братьев-мусульман» египетские, арабские и другие иностранные журналисты узнавали о новостях из жизни «Братства» и очередных перипетиях его взаимоотношений с властями, о его реакции на те или иные события в Египте, в ближневосточном регионе и на международной арене. Поэтому политические взгляды Мамуна аль-Ходейби практически невозможно анализировать в отрыве от общей характеристики официального политического дискурса «Братьев-мусульман» в рассматриваемый период. Этот дискурс носил в целом умеренный характер и был подчинен одной из главных политических задач, которые «Братство» пыталось и пытается решить при правлении Хосни Мубарака: легализации в качестве партии, стремящейся к полноценному участию в Законодательной деятельности и политической жизни страны в целом. В этом плане «Братству» было важно показать себя силой, с одной стороны, востребованной «египетской улицей», а с другой, – открытой к диалогу с другими партиями и политическими течениями и не представляющей опасности ни для государства, ни для общества. В конце 2002 г., говоря об изменении принципиально негативного в прошлом отношения «Братьев-мусульман» к политическим партиям, аль-Ходейби заявил, что «Братство» теперь целиком принимает идею создания партий при условии, что эти партии будут придерживаться конституционных устоев.
Возражая представителям властей, говоривших о неразумности создания в Египте религиозных партий и об угрозе для национального единства страны, которая могла бы возникнуть в случае возникновения подобных партий, Мамун аль-Ходейби в 1998 г. заявил: «Братья-мусульмане» добиваются создания не религиозной, а «гражданской политической партии, авторитетом для которой являлся бы ислам». «Братья-мусульмане», добавил он, не собираются монополизировать деятельность в исламской сфере и «открыты для всех, кто хочет послужить исламу».
Имидж «Братства» как умеренной исламистской силы были призваны подкрепить заявления о лояльности «Братьев» к христианскому меньшинству – коптам, о положительном отношении к участию женщин в общественной и политической жизни. Официальные «демократические» декларации по этим вопросам были опубликованы Ассоциацией (в виде «посланий») в 1994–1995 гг. Еще раньше были сделаны конкретные жесты, демонстрирующие отсутствие у «Братства» предубеждений против коптов. Так, на парламентских выборах 1987 г. список «Исламского альянса» возглавлял копт Гамаль Асаад Абдель Малляк (член руководства СПТ), который победил на выборах. На выборах 1995 г. «Братья-мусульмане» поддержали кандидатуру видного коптского бизнесмена Мунира Фахри Абдель Нура.
Правда, в 1997 г. в западной прессе было опубликовано (на английском языке) заявление Мустафы Машхура о том, что копты не должны служить в египетской армии и что, согласно шариату, они как «люди Писания» обязаны платить мусульманскому государству особую подушную подать – джизью. Общественностью Запада это заявление было воспринято как скандальное, тем более, что оно прозвучало на фоне сообщений о критическом положении египетских коптов, притесняемых мусульманскими экстремистами. Официальному представителю «Братьев-мусульман» пришлось выступить с «разъяснениями» по поводу инцидента: как утверждал аль-Ходейби, слова «верховного наставника» были неточно переведены на английский язык.
В августе 2000 г. сенсацией стало беспрецедентное решение «Братьев-мусульман» выдвинуть кандидатом в депутаты Народного собрания женщину – Гихан Абдель Латыф аль-Хальфави, жену одного из активистов «Братства». Комментируя это решение, вызвавшее неодобрение более консервативного крыла египетских исламистов, Мамун аль-Ходейби заявил, что, по убеждению Ассоциации «Братья-мусульмане», женщина имеет право избирать и выдвигать свою кандидатуру. Эта позиция, сказал он, опирается на мусульманское право и была выработана в ходе дискуссий среди мусульманских юристов (факихов) «Братства». При этом аль-Ходейби сослался на послание «Мусульманская женщина в мусульманском обществе», опубликованное в 1994 г. Возражая оппонентам, он отметил, что в шариате нет текстов, которые препятствовали бы участию женщин в общественно-политических делах, и добавил, что запрещение мусульманской женщине участвовать в выборах ослабляет шанс кандидатов-исламистов на прохождение в парламент.
В ходе той же избирательной кампании «Братья-мусульмане» в очередной раз поддержали кандидата-христианина – адвоката Самира Мансура, одного из видных деятелей коптской общины.
Вскоре после своего избрания «верховным наставником» Мамун аль-Ходейби в одном из своих «программных» интервью заявил: Ассоциация «Братья-мусульмане» выступает «за то, чтобы копты были представлены в парламенте пропорционально их численности и чтобы этот вопрос был решен одобренным всеми способом к благу страны». Говорил он и о том, что «Братство» не возражает против создания коптами христианской партии.
В интервью арабской и иностранной прессе, в официальных заявлениях от имени Ассоциации, Мамун аль-Ходейби уделял много места опровержению «клеветнических» утверждений об экстремизме и религиозной нетерпимости «Братьев-мусульман», об их стремлении к свержению существующей власти, неготовности к диалогу с оппонентами и др. В 90-е годы ему приходилось неоднократно излагать точку зрения «Братства» на деятельность исламистских организаций экстремистского толка – египетской группы «Гамаа исламийя», алжирской «Вооруженной исламской группы» и др. При этом он неизменно заявлял, что «Братья-мусульмане» осуждают терроризм в любых его формах. В 1998 г., давая оценку трагическим событиям гражданской войны в Алжире, он обвинял в насилии как экстремистские группировки, так и власти: «Ни те, ни другие не являются настоящими мусульманами, так как они убивают ни в чем не повинных людей». Довольно резко отзывался аль-Ходейби и об исламистском суданском режиме, который назвал коррумпированной военной диктатурой, угнетающей народ. Говоря о переменах в Иране после прихода к власти президента Хатами, он приветствовал постепенную либерализацию иранского режима и выражал надежду на утверждение в этой стране настоящего плюрализма, который дал бы возможность всем партиям действовать свободно.