У той-жа час сьвятары віленскага траецкага брацтва, і асабліва дзідаскал брацкай школы, Сьцяпан Зызані, распаўсюджвалі ў народзе як пэўнае, што мітрапаліт і ўладыкі прадалі сваю веру. Мітрапаліт Рагоза праз сваіх пасланцоў стараўся пераканаць віленчукоў у адваротным, але ня меў посьпеху.
У Наваградку першым супраціўнікам вуніі выступіў сам ваявода Скумін. Ён увайшоў у зносіны з князем Астроскім і прасіў яго зрабіць захады перад каралём аб скліканьні гдзе-небудзь зьезду, ці сабору, на якім праваслаўныя вернікі маглі-б разважыць гэту справу са сваімі мыляючыміся пастырамі. Пасьля гэтага, наведаўшы Вільню, Скумін гутарыў аб намеры япіскапаў з бурмістрамі і з усей віленскай радай, а даведаўшыся, што яны шлюць свайго пасланца да князя Астроскага прасіць яго рады і дапамогі ў такой ад веку ня-чуванай і сумнай справе, далучыў і сваю прозьбу аб тым самым, ды ізноў напісаў князю, каб ён выстараўся ў караля дазвол на скліканьне зьезду або сабору праваслаўных духоўных і сьвецкіх, калі не ў Наваградку, то ў Горадні, ці Берасьці.
Кароль Жыгімонт III у сваей грамаце да кн. Астроскага адмовіў у скліканьні праваслаўнага сабору па справе вуніі і схіляў яго самога да падтрымліваньня вуніі. Кароль пісаў, што самі япіскапы па-вінны вясьці гэту справу. У грамаце да мітрапаліта Рагозы кароль пераконваў яго не праймацца ніякімі цяжкасьцямі і пагрозамі, але вясьці справу вуніі да канца. У грамаце да прыгранічных старастаў кароль загадаў, каб яны не прапушчалі ў Літву і Полыпчу ніякіх пасланцоў ад патрыярхаў ні з лістамі, ні бяз лістоў, ні да ўладыкаў, ні да каго іншага. Самых пасланцоў было загадана затрымліваць, а лісты адбіраць і адсылаць каралю.
Праз два дні пасьля гэтага кароль выдаў грамату скіраваную ня толькі да мітрапаліта і япіскапаў, але і да ўсяго праваслаўнага духавенства, у якой заклікаў да злучэньня з рымскай царквой і пагражаў супроцьдзеіць праваслаўным патрыярхам.
У тым часе мітрапаліт Рагоза прыслаў у Вільню загад з 12 жніўня 1595 г., якім зажадаў свайго намесьніка пратапопа Івана Парфенавіча і ўсіх віленскіх сьвятароў да сябе ў Наваградак на суд праз паўтара месяца, а да таго часу забараніў усіх у сьвяшчэннаслужэньні за бунтаваньне народу і пратэсты супроць яго, іх архіпастыра. Запраўды ў Вільні на шэсьць тыдняў спынілася багаслужэньне ўва ўсіх праваслаўных цэрквах. 3 гэтага відаць, што ўсё віленскае духавенства паўставала супроць Рагозы за яго здраду праваслаўю.
У гэтым часе кароль раздаў япіскапскія кафэдры і манастыры асобам, якія згаджаліся на вунію. Вызначаючы Іону на ўладыку пінскага, а Грыгора – на ўладыку полацкага, кароль пісаў, што робіць гэта па заяве мітрапаліта Рагозы і па залецаньнях уладыкаў Пацея і Тэрлецкага. На дадатак, кароль проста забавязваў новых архірэяў прызнаць уладу рымскага папы і слухацца яго так, як да гэтага часу слухаліся канстантынопальскіх патрыярхаў.
Па загаду караля 24 верасьня 1595 г. Пацей і Тэрлецкі паехалі ў Рым. У той-жа дзень кароль выдаў папольску маніфэст да ўсіх падданых, у якім абвяшчаў аб найболыпым шчасьці ўсім сваім падданым знаходзіцца ў ваднэй каталіцкай царкве пад уладай рымскага папы, прызнаючы такое злучэньне ў веры вельмі карысным і неабходным для цэласьці самой Рэчы Паспалітай.
Князь Астроскі распаўсюдзіў ува ўсім ВКЛ свае друкаваныя лісты за сваім подпісам, у якіх мітрапаліт моцна крытыкаваўся і абвінавачваўся, а нават адчынена называўся Юдай-здраднікам.
Са свайго боку мітрапаліт склікаў невялікі сабор у Наваградку на 25 студзеня 1596 г., на якім адлучыў ад царквы Сьцяпана Зызанія, аднадумных з ім сьвятароў Васіля і Гэрасіма забараніў у сьвяшчэннаслужэньні, а сьвецкіх людзей аднадумных з Зызыніям аддадзека анафэме.
Зызані і два брацкія сьвятары, даведаўшыся аб гэтым, зараз-жа прыслалі ў Наваградак свой пратэст з запісам у гарадзкія кнігі. Яны асьведчылі, што: 1) гэты сабор скліканы ня згодна з правіламі сьв. бацькоў царквы; 2) абвінавачаным не прысылаліся позвы, а іх су-дзілі завочна; 3) мітрапаліт ня можа быць судзьдзёй, бо ён раней пакліканы на суд з абвінавачаньнем яго ў здрадзе праваслаўю.
У каралеўскіх маемасьцях і гарадох у 1596 г. распачалося адчыненае прасьледваньне праваслаўя. У некаторых месцах запячатвалі цэрквы, забіралі царкоўныя аблачэньні, сілай выганялі народ з цэркваў у сьвяты старога каляндара, нападалі на духавенства, забаранялі сьвятаром хадзіць у рызах із сьв. Дарамі праз плошчы і публічна праводзіць нябожчыкаў, забаранялі званіць у званы і выконываць абрады багаслужэньня. Хто не падпарадкаваўся гэтым забаронам і загадам, тых тэррорызавалі грашовымі карамі, вязьніцай, біцьцём і інш. Рабіліся напады на праваслаўныя школы, выганялі з іх дзяцей і жабракоў, цягнулі ў свае школы, білі, садзілі ў турмы і рабілі ўсякія зьдзекі. У некаторых каралеўскіх гарадох, наўсуперак даўным звычаям, праваслаўных звальнялі з пасадаў, выдалялі з цэхаў, па-збаўлялі права займацца рамествамі, стасавалі ўдіск у судох і інш. 3 боку праваслаўных было заяўлена шмат пратэстаў.
Тым часам Пацей і Тэрлецкі прынялі прысягу на вунію ў Рыме і вярнуліся назад. У гэту пару сабраўся ў Варшаве сойм. Земскія паслы, выбраныя на правінцыянальных сойміках у ваяводзтвах: менскім, наваградзкім, полацкім, валынскім, кіеўскім і інш., прыбыўшы на гэнэральны сойм, ад імя ўсіх сваіх выбаршчыкаў падалі прозьбы каралю, каб Пацей і Тэрлецкі былі пазбаўлены духоўнага стану за тое, што яны самавольна, бяз ведама праваслаўных і сваіх духоўных кіраўнікоў патрыярхаў, езьдзілі ў Рым і аддаліся пад уладу папы і прывязьлі адтуль вялікія перамены ў веры, і каб кароль, на аснове варшаўскай канфэдэрацыі з 28 студзеня 1573 г., якую і яго прадмесьнікі і ён сам пацьвердзілі прысягай пры сваей каранацыі, захацеў даць праваслаўным япіскапаў праваслаўнай веры, а ня іншай, заместа гэтых адступнікаў. Такую самую прозьбу падаў на сойме ад сябе асабіста і князь К. Астроскі. Аднак сойм ужо падходзіў да заканчэньня, а кароль не рабіў ніякага распарадженьня па лададзеным заявам. Тады кн. Астроскі і праваслаўныя паслы ў апошні дзень сойму ўрачыста заявілі кралю, сэнату і сойму, што яны, і ўвесь праваслаўны народ, ня будуць прызнаваць Пацея і Тэрлецкага сваімі япіскапамі і ня будуць дапушчаць іх да духоўнай улады ў сваіх маемасьцях. Кн. Астроскі ад свайго імя запісаў гэты пратэст у актавыя кнігі варшаўскага сойму дня 5 траўня 1596 г., а паслы на наступны дзень запісалі ў радніцкія гарадзкія кнігі два такія самыя пратэсты: адзін за агульным іх подпісам, а другі – за подпісам упаўнаважанага імі кн. Юрага Друцкага-Горскага, пасла кіеўскага ваяводзтва. Адпісы гэтых пратэстаў, пацьверджаныя згодна закону, былі разасланыя па ваяводзтвах. Падобныя пратэсты ўспісваліся тады ў актавыя кнігі і ў іншых гарадох, а асаблівай грунтоўнасьцяй выражняўся пратэст, запісаны ў красавіку ад імя праваслаўных гораду Вільні.
Дзеля масавасьці пратэстаў аб непрызнаваньні Пацея і Тэрлецкага япіскапамі, кароль даў ім новыя пацьвярджаючыя граматы на іх япіскапствы, Кароль загадаў мітрапаліту аддаць пад духоўны суд, а пасьля перадаць у сьвецкі суд сьвятароў і прапаведнікаў віленскага траецкага брацтва, як бунтаўнікоў і падбухторшчыкаў за тое, што яны, разам з некаторымі віленскімі грамадзянамі, сябрамі таго-ж брацтва, сваімі пропаведзямі і друкам на польскай і беларускай мовах робяць у народзе непарадкі, а не садзейнічаюць злучэньню паміж хрысьціянамі, і каб выдаліў брацтва з манастыра і адсунуў ад царквы сьв. Тройцы.
Пасьля паведамленьня мітрапалітам аб папярэдняй анафэме прапаведніка віленскага траецкага брацтва Зызанія і брацкіх сьвятароў Васіля і Гэрасіма, але ўпорыста працягваючых сваю працу, – кароль прысудзіў іх на выгнаньне з дзяржавы і абежнай граматай забараніў прымаць іх, памагаць ім і мець з імі зносіны, а спаткаўшы іх – аддаць стражнікам, паведамляючы аб гэтым караля.
Па заканчэньні варшаўскага сойму кароль выдаў унівэрсал да ўсіх сваіх падданых грэцкага закону аб скліканьні сабору, у якім гаварылася аб карысьці ад злучэньня праваслаўнай і каталіцкай цэркваў, якое ўводзіць і павялічвае паміж народамі згоду і ўзаемную любоў, ахоўвае цэласьць дзяржаўнага саюзу ды іншае дабро зямное і нябеснае.
Праз некалькі месяцаў пасьля гэтага мітрапаліт выдаў сваю абежную грамату аб скліканьні сабору, запрашаючы на яго кожнага добравернага хрысьціяніна грэцкага абраду – для прыслуханьня і абмышленьня, а калі хто не захоча прыбыць сам, то каб прыслаў сваіх упаўнаважаных.
Праваслаўныя ня спынялі змаганьня супроць вуніі. У чэрвені сабраліся на чарговы трыбунальскі суд у Вільню паслы з усяго ВКЛ. Дзідаскал Сьцяпан Зызані падаў паслом зажаленьне на мітрапаліта. Зажаленьне прынялі і выклікалі мітрапаліта на суд. Мітрапаліт адказаў, што ён не падлягае трыбунальскаму суду, аднак паслы не прынялі гэтага да ведама, разгледзілі зажаленьне Зызанія і прызналі мітрапаліта вінаватым. Мітрапаліт паскардзіўся каралю, а кароль загадаў не выконваць прысуду супроць мітрапаліта, матывуючы тым, што нават сам кароль ня мог-бы судзіць мітрапаліта.
Каралю данесьлі з Вільні, што некаторыя грамадзяне, складаючыя віленскае брацтва, хочуць будаваць сабе царкву і то ня столькі для Божае славы, сколькі для супроцьдзеяньня вуніі, і схіляюць іншых грамадзян. Кароль загадаў віленскім бурмістрам, радцам і лаўнікам забараніць гэту справу, а вінаватых пакараць.