Советско-латвийские переговоры начались в Кремле 2 октября. В них активное участие принимал Сталин.
Ознакомившись с проектом пакта, подготовленным советской стороной, латвийская делегация высказала ряд возражений по вопросам стратегического и военного плана, заявила о неприемлемости для нее некоторых пунктов. При этом Мунтерс выдвинул главный аргумент: «У общественности должно сложиться впечатление, что это дружественный шаг, а не навязанное бремя, которое приведет к господству СССР». На переговорах шла активная дискуссия или, как выразился Мунтерс, «чисто азиатская торговля» по вопросам численности советских войск в Латвии и мест их дислокации. Расхождения в позициях оставались значительными.
3 октября переговоры были продолжены. Ознакомившись с обновленным проектом пакта, латвийская делегация заявила, что этот документ трудно рекомендовать правительству, а еще труднее объяснить его народу Латвии. Говоря о вводе советских войск, Мунтерс предложил пояснить в документе, что эта мера рассчитана только на время «происходящей ныне в Европе войны» и по ее окончании гарнизоны будут немедленно отозваны.
После продолжительных и жарких споров стороны пришли к согласию. Подписание советско-латвийского пакта о взаимопомощи состоялось 5 октября 1939 года. Стороны обязались оказывать друг другу всяческую помощь, в том числе и военную, в случае нападения или угрозы нападения любой великой европейской державы на морские границы Латвии или через территорию Эстонии и Литвы. СССР брал на себя обязательство оказывать латвийской армии на льготных условиях помощь вооружением и другими военными материалами. Латвийское правительство согласилось предоставить СССР право аренды военно-морских баз в Лиепае (Либаве) и Вентспилсе (Виндаве), базы береговой артиллерии для защиты входа в Рижский залив, а также нескольких аэродромов. Для охраны указанных объектов СССР получал право разместить там оговоренное количество советских наземных и воздушных вооруженных сил. Латвия и СССР обязались не заключать каких-либо союзов и не участвовать в коалициях, направленных против другой договаривающейся стороны. Проведение в жизнь пакта ни в коей мере не должно было затрагивать суверенные права обеих сторон, в частности, их государственное устройство, экономическую и социальную систему и военные мероприятия. Подписанный одновременно с пактом конфиденциальный протокол предусматривал, что общая численность советских вооруженных сил в Латвии на время войны не будет превышать 25 тыс. человек.
Хотя советское руководство вело переговоры с прибалтийскими соседями с позиции силы, московские пакты стали все же результатом именно переговоров, а не ультиматума. Об этом говорит, к примеру, эволюция советской позиции по вопросу о численности войск: начав с 35 тыс. для Эстонии и 50 тыс. для Латвии и Литвы, Сталин и Молотов согласились, в конце концов, на 25 тыс. для Эстонии и Латвии и на 20 тыс. для Литвы.
Зная историю заключения договоров о взаимопомощи, нетрудно догадаться, какова была реакция на них официальной Прибалтики. Доверия к сталинскому руководству у нее не было. Внутри своих стран, стремясь «спасти лицо», правительства Латвии, Литвы и Эстонии делали вид, что ничего особенного не произошло. О пактах старались говорить как можно меньше или вообще не говорить. Ульманис впервые упомянул о пакте спустя неделю после его подписания. Строго контролируемая режимами пресса также хранила молчание, нарушаемое изредка появлением полуофициальных и официальных комментариев по поводу пактов. При этом обычно акцентировалось внимание на двустороннем характере договоренностей и обязательствах СССР не вмешиваться во внутренние дела прибалтийских стран.
Судить о реакции на заключенные пакты населения весьма затруднительно, какого-либо выражения в общенациональном масштабе его взгляды на это событие ни в одной из трех стран не получили. В среде просоветски настроенной интеллигенции и рабочих активистов пакты вызвали прилив энтузиазма. Их также приветствовали проживавшие в прибалтийских странах национальные меньшинства - русские, белорусы, евреи.
В каждой из трех стран были и активные противники пактов, однако, основная масса населения восприняла пакты довольно сдержанно. Складывается впечатление, что главная причина этого состояла в том, что в октябре 1939 г. уже мало кто верил в возможность продолжения абсолютно независимого и нейтрального существования прибалтийских государств. Большинство населения понимало, что принятые решения были лишь уступкой обстоятельствам. Если же учесть антигерманские настроения, особенно в Латвии и Литве, то предложенный советским правительством «выход» рассматривался многими как наименьшее в тех условиях зло.
После подписания пактов о взаимопомощи Советский Союз проводил в отношении прибалтийских республик политику полного невмешательства в их внутренние дела. Дело, конечно, не в сталинском или молотовском высоком уважении к нормам международного права. Советское руководство не хотело предпринимать никаких действий до тех пор, пока не прояснится ситуация в войне на Западе. Победят Англия и Франция - и нужда в прибалтийском плацдарме, возможно, отпадет, как места дислокации воинских частей; порядок их перемещения через границы, а также связи с советским командованием; освобождение воинских грузов от таможенного досмотра и обложения; и другим. Состоялись договоренности или приближались к завершению переговоры о строительстве и аренде мест расположения советских войск и других объектов, по хозяйственно-правовым вопросам. Однако такие вопросы, как снабжение советских гарнизонов, поставки вооружений прибалтийским странам, и некоторые др. разрешить в договорном порядке уже не удалось. В ходе неоднократных обсуждений в рамках смешанных комиссий, создававшихся на паритетных началах, а также по дипломатическим каналам достигались компромиссы, сближение позиций, позволявшие принять окончательные решения. По отдельным вопросам, например, о порядке определения численности советских войск в Литве, Латвии и Эстонии, возникали разногласия принципиального характера, вызванные различным толкованием сторонами пактов о взаимопомощи. В целом, несмотря на некоторые сложности, пакты о взаимопомощи осуществлялись каждой из сторон в полном соответствии с достигнутыми договоренностями.
Анализируя ситуацию, швейцарская газета писала 21 марта 1940 г., что созданные Советским Союзом после заключения договоров в Прибалтике «опорные пункты» должны были, по ее мнению, «привести к советизации Балтики», однако этого не произошло. Сходные оценки обстановки, сложившейся в Латвии к весне 1940 г., дал 18 марта английский еженедельник «Тribunе»: «Изменения в политической обстановке Латвии весьма интересны, и направление их оказалось совершенно противоположным прогнозам многих». Первоначально правящие круги Латвии враждебно относились к заключению пакта с Советской Россией, сообщалось в статье, «однако очень скоро их опасения исчезли, когда они убедились, что пакт обеспечил им реальные экономические выгоды и вместе с тем за этим не последовало никакой попытки вмешаться во внутренние дела страны».
Почти одновременно с подписанием пактов о взаимопомощи Советский Союз возобновил торговые соглашения с прибалтийскими странами. В соответствии с введенной ранее практикой они строились на принципах обоюдного торгового нетто-баланса, установления размеров товарооборота и определения товарного состава экспорта и импорта. СССР шел навстречу многим пожеланиям своих партнеров. В условиях нарушенных войной международных торговых отношений советские поставки приносили им бесспорные экономические выгоды. Стороны предоставили друг другу режим наибольшего благоприятствования в торговле. Важное значение в обстановке военных действий на Балтике приобрел вопрос о транзите экспортной продукции прибалтийских стран через Мурманск, а также порты Черного и Каспийского морей. Комментируя заключение торгового соглашения между Латвией и СССР, «Тribunе» отмечала 18 марта 1940 г., что подписание этого документа «немедленно облегчило экономическое положение страны. Латвия получила возможность обменивать свою сельскохозяйственную продукцию на русское сырье и машины. Таким образом, Россия стала сейчас наиболее крупным покупателем латвийских товаров. Для Латвии весьма выгодно было предложение советского правительства, сделанное также Эстонии и Литве, о том, что они могут использовать Беломорский канал для своего экспорта».
Гром среди ясного неба грянул 25 мая 1940 г. В начале июня в военные советы и начальникам политических управлений Ленинградского и Белорусского военных округов была разослана директива начальника политуправления РККА Л. 3. Мехлиса, требующая «всей партийно-политической работой создать в частях боевой подъем, наступательный порыв, обеспечивающий быстрый разгром врага... Наша задача ясна. Мы хотим обеспечить безопасность СССР... и заодно поможем трудовому народу этих стран освободиться от эксплуататорской шайки капиталистов и помещиков... Литва, Эстония и Латвия станут советским форпостом на наших морских и сухопутных границах».
16 июня Молотов вручил латвийскому и эстонскому посланникам заявления советского правительства, аналогичные представлению, сделанному ранее Литве. В качестве главного и практически единственного пункта обвинения в обоих случаях вновь фигурировал тезис о Балтийской Антанте. Выдвигались требования сформировать новые правительства в Латвии и Эстонии, а также согласиться на ввод в эти страны дополнительных контингентов советских войск. В назначенное время - поздно вечером 16 июня - правительства Латвии и Эстонии согласились с предложенными советской стороной условиями; старые правительства ушли в отставку.