После отъезда Керенского положение в Севастополе не только не улучшилось, но продолжало стремительно ухудшаться.
Тяжело переживал А. В. Колчак эти события на флоте, тот шквал беззастенчивой клеветы, который обрушился на него. Началась спекуляция на якобы имеющихся у него крупных помещичьих владениях, на том, что из-за них он лично заинтересован в продолжении войны и т. д. Честнейшему человеку, бессребренику, подвижнику, ничего не нажившему за все годы своей службы и никогда не стремившемуся к обогащению, ему было крайне оскорбительно слышать все это. Человеческое достоинство его попиралось. Во дворе Черноморского экипажа состоялся митинг, на который собралось около 15 тысяч человек. И Колчак решил поехать на митинг. "Там какие-то неизвестные мне посторонние люди, — рассказывал он, — подняли вопрос относительно прекращения войны, представляя его в том виде, в каком велась пропаганда у нас на фронте, — что эта война выгодна только известному классу. В конце же концов перешли на тему относительно меня, причем я был выставлен в виде прусского агрария.
В ответ на это я потребовал слова и сказал, что мое материальное положение определяется следующим. С самого начала войны, с 1914 г., кроме чемоданов, которые я имею и которые моя жена успела захватить с собой из Либавы, не имею даже движимого имущества, которое все погибло в Либаве. Я жил там на казенной квартире вместе со своей семьей. В первые дни был обстрел Либавы, и моя жена, с некоторыми другими женами офицеров, бежала из Либавского порта, бросивши все. Впоследствии это все было разграблено в виду хаоса, который произошел в порту. И с1914 г. я жил только тем, что у меня было в чемоданах в каюте. Моя семья была в таком же положении. Я сказал, что если кто-нибудь укажет или найдет у меня какое-нибудь имение или недвижимое имущество, или какие-нибудь капиталы обнаружит, то я могу охотно передать, потому что их не существует в природе. Это произвело впечатление, и вопрос больше не поднимался".
Обстановка в Севастополе к началу июня накалилась. 6 июня делегатское собрание постановило: "Колчака и Смирнова от должности отстранить, вопрос же об аресте передать на рассмотрение судовых комитетов. Командующим избрать Лукина и для работы с ним избрать комиссию из 10 человек". Резолюция была предложена большевиками, которых среди делегатов было уже много, влияние эсеров и меньшевиков среди матросов и солдат быстро шло на убыль. Колчак "большевизироваться" никак не мог. Оставаться далее командующим он тоже не мог, тем более, что существовало постановление делегатского собрания о его снятии, начались обыски и разоружение офицеров. Колчак большую часть времени проводил на корабле, в семье бывал изредка, чтобы жена и малолетний сын не были свидетелями его унижения. 6 июня он приказал вступить в командование флотом упомянутому контр-адмиралу В. К. Лукину и отправился на флагманский корабль линкор "Свободная Россия" (прежде — "Георгий Победоносец"). Там он собрал команду, еще раз выступил перед моряками. Успеха его речь уже не имела. Судовой комитет разоружил офицеров, предложили сдать оружие и Колчаку. Он вынес из каюты свое почетное Георгиевское оружие — золотую саблю — и бросил ее в море. Легенда приписывает ему фразу, произнесенную при этом: "Море мне еедало, морю я ее и отдаю". Тут, видимо, сказалась минутная вспышка гнева. До этого момента Колчак намерен был почетное оружие отдать насильникам. Об этом можносудить по переданному им по телеграфу приказу. Текст его гласил: "Считаю постановление делегатского собрания об отобрании оружия у офицеров позорящим команду, офицеров, флот и меня. Считаю, что ни я один, ни офицеры ничем невызвали подозрений в своей искренности и существовании тех или иных интересов, помимо интересов русской военной силы. Призываю офицеров, во избежание возможных эксцессов, добровольно подчиниться требованиям команд и отдать им все оружие. Отдаю и я свою Георгиевскую саблю, заслуженную мною при обороне Порт-Артура. В нанесении мне и офицерам оскорбления не считаю возможным винить вверенный мне Черноморский флот, ибо знаю, что преступное поведение навеяно заезжими агитаторами. Оставаться на посту командующего флотом считаю вредным и с полным спокойствием ожидаю решения правительства". С полным ли спокойствием оставлял Колчак боевой командный пост? Нет, конечно, В те дни он записывал в черновике письма А. В. Тимиревой: "Я хотел вести свой флот по пути славы и чести, я хотел дать Родине вооруженную силу, как я ее понимаю, для решения тех задач, которые так или иначе, рано или поздно будут решены, но бессмысленное и глупое правительство и обезумевший, дикий (и лишенный подобия), неспособный выйти из психологии рабов народ этого не захотели".
При внешнем спокойствии в те дни у Колчака в душе бушевала буря, вызванная прежде всего тем, что рушился флот, то дело, которому он служил и в котором добивался успеха14. С гибели Черноморского флота началась гибель всего Русского флота!3
Колчак приказал спустить свой флаг командующего и отправил Временному правительству телеграмму об отказе от командования флотом и передаче его Лукину.
Итак, 6 июня 1917 г. оказалось тем днем, когда А. В. Колчак раз и навсегда был отставлен от Российского флота, а флот потерял одного из виднейших адмиралов за всю его историю! О том, что значил уход Колчака, красноречиво свидетельствует тот факт, что, узнав о нем, командование турецкого флота решило незамедлительно его использовать. Вице-адмирал В. Сушон бросил мощный быстроходный крейсер "Бреслау" через протраленный участок в минном заграждении к российским берегам и практически беспрепятственно учинил разгром укреплений у устья Дуная, высадил десант, захватил пленных и вернулся на свою базу, пользуясь бестолковщиной, неуправляемостью действий русских кораблей. Новый командующий Черноморским флотом В. К. Лукин уклонился от личного руководства операцией и выхода в море. На кораблях, в основном среди офицеров, предпринимались усилия по возвращению Колчака на флот, велась агитация за это.
По окончании первой мировой войны немцы оценивали деятельность своего противника — адмирала Колчака — очень высоко.
А. В. Колчак же очень тяжело переживал случившееся. Человек талантливый, энергичный и в то же время впечатлительный, нервный, он как личную трагедию воспринял разрушение флота14.
Из Севастополя в северную столицу Колчак ехал в одном поезде с американским вице-адмиралом Дж. Г. Гленноном, который прибыл в Россию с правительственной делегацией США для координации совместных союзнических действий.
Американского адмирала Гленнона интересовало состояние дел Черноморского флота, оперативные планы, минное дело и отношение ко всему этому командующего флотом. Но это было лишь прикрытие.
В день отъезда вице-адмирал Гленнон стал говорить русскому вице-адмиралу, что просит подтвердить его, что он якобы только что прибыл сюда, хотя Колчак сним встречался лично не менее трёх раз в течение минувших двух недель! Но Гленнон в присутствии посторонних повел себя так, словно впервые видел Колчака… Александр Васильевич хотел возмутиться, но американец напомнил Колчаку об отчёте в РГО, предъявив при этом копию, снятую с того отчёта. После знакомства с бумагами Александр Васильевич заявил, что не может вести разговорна научные темы, касающиеся богатств его страны, с американским вице-адмиралом. Но Гленнон, словно не замечая раздражительности собеседника, продолжил шантаж: - Господин адмирал, имейте в виду, что материалы ваших исследований на Севере стали достоянием Америки, и любая попытка отказаться от этого усугубит ваше положение, - в глазах русской общественности вы станете предателем. Поэтому с вашей стороны будет благороднее принять предложение США о сотрудничестве.
Колчак в одночасье отчётливо осознал, что находится в ловушке, из которой ему вряд ли удастся выбраться.
Немного подумав, он принимает решение о сотрудничестве с США, даже конкретно не зная, с какими структурами и с кем лично станет сотрудничать!
Гленнон, предупреждая вопросы, сказал, что по прибытию в Санкт-Петербург будет заявлено о том, что американская сторона видит в лице адмирала Колчака человека, способного провести переговоры об оказании России помощи со стороны американского флота. И Колчак отправится в США в качестве руководителя этой миссии.3
10 июня, прибыв в Петроград и устроив семью на частной квартире, Колчак явился в министерство. Информацию о том, что в Севастополь направляется особая комиссия по расследованию всего случившегося, надежды начальства на то, что вскоре все должно наладиться, он воспринял скептически и сказал, что во всяком случае назад не вернется.
На заседании правительства А. В. Колчак выступил с докладом. Он охарактеризовал положение флота, тенденции к его развалу. К изменившемуся в начале мая 1917 г. составу правительства его критическое отношение усилилось. Он не счел необходимым это скрывать и выступал с прямыми и резкими осуждениями. Особое внимание обратил на неспособность правительства спасти флот как боевую силу. Он, в сущности, обвинял правительство в беспомощности, в непринятии должных мер к сохранению флота и армии.
Доклад, по отзывам, произвел сильное впечатление. И хотя министры в большинстве своем не могли согласиться со многими оценками Колчака, отношение к нему, герою войны, было почтительным. По возвращении комиссии из Севастополя, пришедшей к выводу, что все действия его там были правомерными, Колчаку предложили вернуться к командованию флотом. Это предложение он отверг категорически. Шли дни, недели, а боевой адмирал во время грандиозной войны, в то время, когда Родина терпела поражения, оставался не у дел.