Следует отметить, что о роковом влиянии событий 1 мая в районе Сарай-Гир, как одной из первопричин поражений Западной, а затем и других армий, говорили многие видные генералы белых. В произведениях же командования Восточного фронта красных, командующего Южной группой М. В. Фрунзе об этом умалчивается. Очевидно, приятнее было писать о "чистой" победе: прорыве фронта белых, выходе им во фланги и в тыл благодаря собственному военному искусству. Затронутый вопрос требует дальнейшего и специального изучения и анализа. Сказывалась несогласованность действий между Западной и Сибирской армиями. Начатое позднее новое наступление армии Р. Гайды запоздало и вскоре захлебнулось. И она тоже была вынуждена отступать. Причем спешно, ибо оказалась под угрозой изоляции от Западной армии, удалившейся далеко на восток.
В июле начальник штаба генерал Д. А. Лебедев и сменивший М. В. Ханжина на посту командующего Западной армией генерал К. В. Сахаров запланировали Челябинскую операцию с тем расчетом, чтобы завлечь войска 5-й армии красных далеко на восток, сдать им Челябинск, а затем сильными ударами с севера, юга и востока окружить их и разгромить. План оказался чистейшей авантюрой. Части 5-й армии М. Н. Тухачевского продвинулись вперед, утром 24 июля заняли Челябинск. Сама сдача города белыми не была подготовлена, сопровождалась боями, которые привели их к большим потерям, к дезорганизации в собственных рядах.
Положение на фронте усугублялось распрями в среде высшего командования, главным образом между Р. Гайдой и начальником штаба Верховного, по существу руководителем военных операций — Д. А. Лебедевым. В чем-то Гайда был прав, а в чем-то его выступление против Ставки было проявлением его давних максималистских амбиций (в мечтах авантюриста были и пост главнокомандующего, и даже диктатора) и взваливание неудач своей армии, себя самого на других. Колчак в начале намеревался было сместить Гайду, но после того, как созданная им генеральская комиссия порекомендовала оставить того на своем посту, Верховный несколько смягчился. Он решил встретиться с Гайдой, лично побеседовать и в начале июня выехал в Екатеринбург. Любопытно описание этой встречи А. В. Колчака с бунтующим генералом, всей обстановки при том, данное В. В. Князевым: "...поезд Верховного правителя вышел в Екатеринбург. Я сообщил по телеграфу в Екатеринбург генералу Гайде приказание Верховного правителя: быть во главе войск на платформе вокзала Екатеринбурга к моменту подхода поезда Верховного правителя. К прибытию поезда Верховного правителя вокзал был наводнен народом, окружившим поезд Верховного правителя криками: "Спаситель наш! Александр Васильевич. Спасибо тебе, отец наш родной!" Адмирал приказал мне пригласить Гайду в салон-вагон Верховного правителя. Были поползновения убить Гайду. Когда я вышел из вагона адмирала, вокруг поезда уже был порядок, на вокзале какой-то оркестр играл марш. На платформе были выстроены войска, и на правом фланге стоял Гайда. Настроение чувствовалось не в пользу Гайды. Я подошел к нему и передал приказ Верховного правителя явиться к адмиралу в его вагон. Гайда был очень бледен, нервничал и дрожал. Предположен был арест Гайды, и около нашего поезда, против места, где остановился вагон с паровозом для отправки арестованного Гайды в Омск. Конечно, об этом распоряжении Гайда не мог не знать. Адмирал после длительного разговора простил Гайду. Это была роковая ошибка!" Действительно, в конечном итоге выяснилось, что Гайда продолжал интриговать. На фронте, в том числе и в его армии, положение ухудшалось и его все же пришлось сместить. Но в тот момент можно было надеяться на боевое сотрудничество. Все зависело от результата встречи, разговора, поведения Гайды. И он оставался командующим Сибирской армией и в оперативном отношении в подчинении имел и Западную. Смещен был 7 июля.
Войска красных уступали по количеству белым и оказались действительно в сложном положении. Но Лебедев и Сахаров не учли, что в Челябинске и его районе, на железной дороге и промышленных предприятиях существовало многочисленное большевистское подполье, рабочие в массе своей были настроены просоветски. Это обстоятельство и предрешило исход сражения. Под ружье встало и влилось в дивизии 5-1 армии (не менее 6 тыс. рабочих). Челябинск красным удалось удержать. Попытки белых разгромить их и вернуть город оказались тщетными. В итоге новое тяжелейшее поражение потерпели части Западной армии. Они, разбитые и деморализованные, стали откатываться в Зауралье, к Ишиму и Тоболу. Части 5-й и3-й армий красных преследовали их. Израсходованными оказались последние стратегические резервы белых.
Проигрыш столь бездарно проведенной Челябинской операции явился предвестником общего поражения армии Колчака. Только снятие большого числа полков и дивизий с Восточного фронта и переброска их советским руководством на Южный и Петроградский фронты и неимоверные срочные меры А. В. Колчака, вступившего в должность начальника штаба генерал-майора А. И. Андогского, генерал-лейтенанта М. К. Дитерихса, назначенного главнокомандующим фронтом, военного министерства позволили остановить красных.
На некоторых этапах Тобольского сражения войскам Колчака удавалось достигать и частичного временного успеха. В эти октябрьские дни 1919 г. он написал последние письма жене и сыну. Переписка с женой была редкой и, судя по всему, отношения между супругами в ходе нее становились натянутыми. Письмо жене составлялось в два приема — 15 и 20 октября 1919 г. Александр Васильевич написал для передачи с курьером, едущим во Францию, сдвоенное, написанное с паузой в пять дней письмо жене Софье Федоровне и сыну Ростиславу, которому в то время было 9 лет. Жене писал о своей жизни, положении на фронте, в Сибири, предупреждал ее о конфиденциальности переписки. И эти письма к жене, к сыну, очевидно, были действительно последними, во всяком случае из полученных ими. Они были им доставлены в Париж и хранились всю жизнь. Хочется привести полностью письмо к сыну, похожее в предчувствии гибели на завещание, тем более, что оно — краткое: "Дорогой милый мой Славушок, Давно я не имею от тебя писем, пиши мне, хотя бы открытки по нескольку слов.
Я очень скучаю по тебе, мой родной Славушок. Когда-то мы с тобой увидимся.Тяжело мне и трудно нести такую огромную работу перед Родиной, но я буду выносить ее до конца, до победы над большевиками. Я хотел, чтоб и ты пошел бы, когда вырастешь, по тому пути служения Родине, которым я шел всю свою жизнь. Читай военную историю и дела великих людей и учись по ним, как надо поступать, — это единственный путь, чтобы стать полезным слугой Родине. Нет ничего выше Родины и служения Ей. Господь Бог благословит Тебя и сохранит, мой бесконечно дорогой и милый Славушок. Целую крепко Тебя. Твой папа".
Однако в конце октября сопротивление войск белых было окончательно сломлено. Это время — конец октября — начало ноября — начало катастрофы и войск, и всего белого дела адмирала Колчака.
После крушения обороны на Тоболе серьёзных боев на Восточном фронте не было. Красная армия приближалась к столице Колчака- Омску. Понимая, каким моральным ударом станет потеря этого города Верховный правитель до последнего надеялся удержать его. 1 ноября он обращается к населению Омска с призывом к обороне города. Но численное соотношение красных и белых войск и подорванное моральное состояние белой армии вынуждают военачальников убедить Колчака, что в таких условиях Омск может стать ловушкой, в которой они будут окружены. Делать было нечего. 14 ноября 1919 года Омск был сдан без боя, не дожив четырёх дней до годовщины власти Колчака. Правительство переехало в Иркутск. За ним первыми ринулись чехи, захватившие лучшие железнодорожные эшелоны, тогда как русские части отступали пешком по глубокому снегу.
С падением Омска была окончательно утрачена вера в победу среди армии и всего населения. Резко обострились в этот период и отношения с чехами. Власть самого Колчака после эвакуации его столицы стала призрачной. Напрасно он грозил генералу М. Жанену "силой усмирить чехов, наших военнопленных" - после развала фронта он утратил реальное влияние на события. В декабре 1919 года был оставлен Томск. Трагическая развязка приближалась.
И здесь роковую роль в судьбе Колчака сыграли союзники. В условиях поражений армии Колчака и быстрого продвижения Красной армии перед ними было два выхода: либо остаться на стороне белых, либо пойти на компромисс с красными и повстанцами с цель самосохранения и последующей эвакуации на родину. Генерал М. Жанен и командование чехословацкого корпуса в конце концов избрали последнее.
Когда поезда Верховного правителя дошли до Новониколаевска, уперлись в эшелоны чехов и Колчак потребовал пропустить его вперед, то получил отказ. И ничего не смог поделать, так как уже не имел под рукой вооруженной силы – разрозненные русские части отступали вдоль магистрали по снегу.
В Нижнеудинске, за Красноярском, поезда Верховного правителя (уже только два — его собственный и с золотом) 27 декабря на две недели были задержаны чехами. Здесь Колчака догнал со своим вагоном председатель Совета министров В.Н. Пепеляев. Под видом охраны от нападения чехословаков фактически взяли поезда Верховного под контроль, а его под негласный арест. Колчаку была вручена телеграмма генерала М. Жанена с требованием оставаться на месте до выяснения обстановки. А обстановка оказалась более чем сложная и запутанная.