Підготовчою роботою для здійснення колонізації Кримського півострова займалося спеціальне "кримське командування військ СС". Нацистський відділ расової політики вивчав питання про можливі негативні впливі кліматичних та інших життєвих умов Криму на "спадкові риси німецького народу ,представники якого повинні були оселитися на півострові. Нацистський референт, доктор І. Гайгер у своєму "Зауваженні стосовно розселення німців в Криму" від 18 березня 1942 р., виступив проти переселення кримських фольксдойчів (місцевих німців) до "Остланду" (Прибалтики). Він зазначив, що результати досліджень 3000 причорноморських німців виявили у них „більш чисту расову картину”, ніж у німців на їх історичній батьківщині [1,арк..89-91]. Таким чином, І.Гайгер підтримав гітлерівську ідею колонізації Криму німцями.
З практичної точки зору, висновки І.Гайгера зацікавили начальника відділу колонізації 1-го головного управління „східного міністерства” Е.Ветцеля. Останній 27 квітня 1942 р. у цілком таємному на той час документі під назвою „Зауваження і пропозиції щодо генерального плану „Ост” рейхсфюрера військ СС” запропонував переселити до Таврії, Криму та Наддніпрянщини південноамериканських німців, зокрема з Південної Бразилії [4,с.94]. Гімлер схвалив план заселення Півдня Криму німцями з Палестини[7,с.248].Однак, реалізувати цей та інші колонізаційні проекти, що передбачали депортацію ненімецького населення Криму, фашисти не встигли. Наступ частин Червоної армії змусив спеціальне командування військ СС, яке займалося питаннями колонізації, у квітні 1944р. залишити територію Кримського півострова.
Повернення у Крим радянської влади ознаменувалося розгортанням масштабних депортацій частини місцевих етносів, яких сталінська влада звинуватила у пособництві гітлерівцям. Насамперед, подібні звинувачення були висунуті проти кримських татар .Так, ще у 1942 р у доповіді керівників радянським партизанським рухом у Криму А.Мокроусова і С.Мартинова зазначалося: „У переважній своїй масі татарське населення у передгір’ях, гірських селищах налаштоване профашистські”[3,с.56]. А командир Бахчисарайського партизанського загону Чорний у 1942 р. у доповідній записці повідомляв:"...у боротьбі з партизанами, яку організувало німецьке командування, татарське населення виявилося найбільш активним"[3,с.59]. І хоча звинувачувальний тон подальших повідомлень було дещо пом’якшено, а принцип ототожнення усього кримськотатарського населення з „ворогами і зрадниками” було відкинуто, це жодним чином не вплинуло на остаточне рішення сталінського керівництва депортувати кримських татар .
Перші спроби вислання кримських татар були здійснені сталінською владою у травні 1942 року. 29 травня 1942 р. Державний Комітет Оборони таємною постановою № -1828сс наказав виселити з Краснодарського краю, крім осіб визнаних соціально-небезпечними, також громадян німецької і румунської національності, кримських татар та іноземно-підданих (греків)[5,c.41]. Таким чином, подальша доля татарського населення Криму була фактично вирішена сталінським керівництвом наперед, а здійснення масштабних депортацій кримських татар з півострова стало лише питанням часу.
Підготовка до депортації кримськотатарського населення півострова розпочалася у квітні 1944 р. Так, 1З квітня 1944 р. було видано наказ Народного комісара Внутрішніх справ Союзу РСР і Народного комісара державної безпеки № 00419/00137 „Про заходи з очищення території Кримської АРСР від антирадянських елементів”. Виконуючи цей наказ, радянські каральні органи до 27 квітня 1944 р. заарештували 497 "агентів Мусульманського комітету"[3,с.84].Одночасно з проведенням арештів, поспіхом збиралась та узагальнювалася компрометуюча кримських татар інформація, яка мала на меті викрити їх „антирадянську” і „зрадницьку” сутність. При цьому не враховувалися факти участі кримських татар у партизанському русі опору гітлерівцям.
11 травня 1944р. ДКО СРСР постановою №5859сс наказав НКВС СРСР виселити з території Криму усіх татар в Узбецьку РСР. У постанові усіх без виключення кримських татар було звинувачено у різних формах співробітництва з фашистами, в утисках нетатарського населення Криму та у прагненні відторгнути Кримський півострів від СРСР. В результаті операції 18 – 20 травня 1944р. з Криму було депортовано 194111 осіб, з яких 151064 чоловік виселили до Узбекистану, а решту кримських татар переселили до РРФСР та Казахської РСР [10,с.8].
Після виселення кримських татар практика сталінських депортацій була поширена і на інші етноси Криму. У своєму повідомленні Й. Сталіну Л. Берія 29 травня 1944 р. зарахував до „антирадянських елементів” кримських болгар, вірмен і греків. Болгар і вірмен Л.Берія звинуватив у пособництві фашистам та антирадянській діяльності .Щодо греків, то їм висувалося звинувачення у тому, що вони в роки гітлерівської окупації Криму за сприяння німецької влади „займалися торгівлею і дрібною промисловістю”. Завершуючи повідомлення Л.Берія, зазначив: „НКВС вважає за доцільне здійснити виселення з території Криму усіх болгар, греків, вірмен” [3,с.89-90]. Протягом червня-липня 1944 р. з Криму депортували 12422 болгар, 15040 греків, 9621 вірмен, а також 3652 іноземнопідданих (турків, греків, іранців, італійців, румун, австрійців та ін.) .Разом з ними були виселені і місцеві жителі Криму – цигани [8,с. 202].
Політика етноциду щодо депортованих етносів Криму не обмежувалася лише їх виселенням за межі етнічної території. Було здійснено комплекс антиправових заходів, спрямованих на знищення історичної пам’яті, мови, культури і самосвідомості депортованих народів. Зокрема, відбулась майже цілковита, зміна топоніміки півострова. Перейменувань зазнали 16 районів, сільради Криму, а також 1115 населених пунктів, назви яких були пов’язані із депортованими етносами. Натомість, запроваджувались нові русифіковані та радянізовані назви, які мали створити комфортні психологічні умови для доприселенців з РРФСР та УРСР. У той же час представники депортованих з Криму народів були позбавлені перспектив подальшого етнокультурного розвитку у місцях примусового розселення.
Чи не найбільшою трагедією депортованих народів у післявоєнний період була неможливість їх повернення до місць традиційного розселення. Так, згідно Указу Президії Верховної Ради СРСР від 26 листопада 1948 року "Про кримінальну відповідальність за утечі з місць обов’язкового і постійного поселення осіб, виселених у віддалені райони Радянського Союзу у період Вітчизняної війни" депортовані німці, кримські татари та ін. були виселені навічно, без права повернення їх до попередніх місць проживання. За самовільний виїзд (утечу) з місць обов'язкового поселення було передбачене покарання у вигляді 20 років каторжних робіт [3,с.158-159].
Таким чином, сталінський тоталітарний режим здійснив в Криму широкомасштабні етнічні чистки, які поєднували у собі депортації етносів, етнічний топонімоцид, лінгвіцид, нівеляцію культури, історичної пам’яті та самосвідомості репресованих народів. Це було типовим проявом злочинної політики етноциду, яка застосовувалася сталінською владою ще з 30-х років. Пошук "ворогів народу" серед представників етнічного населення у поєднанні з легалізацією злочинного принципу колективної відповідальності усього народу, перетворив на об’єкти сталінського етноциду більшість етносів Кримського півострова. І якщо гітлерівський режим тільки планував масштабний етноцид народів Криму шляхом депортації, то сталінська влада реалізувала його на практиці, використавши обставини військового часу.