У руках старшини, що обиралася переважно з заможних козаків, зосереджувалась не лише влада, а й значні багатства. Вищою владою на Січі вважалася військова рада, в якій формально мали право брати участь усі козаки. У Січі існувало дві ради, два кола: велике, загальне – з участю всіх козаків, і мале – з участю тільки старшини. Вона, часом удаючись до обману, підступу, демагогії, проводила вигідні для себе рішення і зберігала владу в своїх руках, керувала Кошем.
Більшість запорожців становили українці, але в товариство приймалися без обмежень і росіяни, білоруси, поляки, литовці, молдавани, вірмени, татари тощо. Жінок у Запорозьку Січ не допускали, як це було узаконено в більшості рицарських орденів середньовіччя. За порушення звичаїв Запорозької Січі козаків судили й суворо карали. У Січі додержували виробленого ритуалу прийому до козацької общини. Однією з вимог для новачків було прийняття православної віри.
Організація козацької общини в Запорозькій Січі будувалася на засадах широкого демократизму. Тут визнавалося право козаків на особисту волю, вибори старшини, участь в управлінні Кошем через повноважні ряди, засновувати власні господарства й займатися уходництвом, воювати з ворогами. Волосне й низове козацтво поділялося на заможних і бідних козаків (дуків і голоту). Заможні запорожці мали човни, запаси зброї, солі, грошей, захоплювали за межами Січі землі, рибні й звірині промисли, де працювали бідні козаки і наймити.Старшина не мала беззаперечної влади над козаками й підкорялася звичаєвому праву та рішенням загальних ряд товариства. За порушення вимог козацької общини-товариства старшину усували з посад або й карали смертю. Широка демократія дала підставу назвати Запорозьку Січ християнською козацькою республікою.
Українське козацтво створило самобутнє військове мистецтво, у численних походах і боях виявляло високий вишкіл як на суходолі, так і на воді. Запорожці були озброєні самопалами або рушницями, пістолями, шаблями, списами, використовували луки й стріли, добре стріляли з гармат. Козаків називали рушничним військом. Крім того, у них були келепи, якірці та рогульки, які застосовувалися проти ворожої кінноти. Відомо, що вже на початку 16 ст. вони застосовували запалювальні ракети. Дніпром і Чорним морем запорожці плавали на човнах, які вміщували 50-70 осіб кожний.
Зброю та бойові припаси козаки виробляли самі або захоплювали в бою. Окрім зброї та належної амуніції, кожен вояк повинен був мати сокиру, косу, лопату, шнури тощо, щоб насипати вали та будувати укріплення, зв`язувати вози в табір. Артилерія Запорзького Війська формувалася з важких гармат для облоги, а також легких фальконетів – невеликих чавунних гармат. Деякі вояки мали вертлюги, які прикріплювали до бортів човна.
Кіш, як адміністративний орган Запорозької Січі, поширював свою владу на значну територію півдня України й використовував свої збройні сили для її оборони. У складі Литви і Польщі Запорозька Січ користувалася фактично державно-політичною автономією, справляла значний вплив на всі українські землі. Згаданий австрійський посол Еріх Лясота підкреслював, що Запорозька січ – це „община, яка не лише користується величезним впливом на Україні, а й на яку оглядається ціла Польща”.
В історії України Запорозька Січ, як один з етапів формування державності, відіграла визначну прогресивну роль й поклала початок республіці.
Уряд Речі Посполитої намагався поширити свою владу на Запорозьку Січ і приборкати непокірне козацтво, яке весь час підтримувало народний рух, прагнуло визволити Україну і створити свою державу. Для цього було вирішено розколоти козацтво і цим ослабити його сили. У 1524 р. король Сигізмунд 1 доручив київському наміснику Сенькові Пользовичу й чорнобильському державцю Криштофові Кмитичу створити в Середньому Подніпров`ї наймане з місцевих жителів військо чисельністю до 2 тис. осіб. Вони мали служити переважно на перевезеннях і охороняти литовські володіння. Але з різних причин це розпорядження не було виконано. І тільки в 1572 р. король Сигізмунд 2 Август видав універсал про прийняття на державну військову службу 300 козаків, яких поіменно записували в спеціальний список – реєстр. Таких козаків назвали реєстровими. До реєстру записували переважно заможних козаків, здатних нести військову службу зі своїм спорядженням. Старшим над реєстровцями польський королівський уряд призначив вихідців з шляхетського стану. Реєстрових козаків використовували для охорони фортець і південних кордонів Речі Посполитої. Їх намагалися протиставити запорожцям, які не мали ніяких привілеїв.
Король Речі Посполитої Стефан Баторій У 1578 р. удвічі збільшив чисельність реєстровців і надав їм ряд привілеїв. Зокрема, реєстровому козацькому війську передавався Трахтемирівський монастир, що знаходився неподалік Переяслава. Монастир перетворювався на шпиталь – притулок для хворих, поранених, скалічених і старих козаків. Шпиталем користувалися й запорожці. На його утримання Кіш Запорозької Січі виділяв кошти. Ігумен Трахтемирівського монастиря призначав священиків у січову Покровську церкву. Цей монастир зруйнувало польсько-шляхетське військо у 1664 -1655 рр. під час придушення народних повстань. У наступне століття притулком для козаків служив Межигірський монастир, який опікував і січову церкву.
Реєстровці дістали від уряду Речі Посполитої право на окремий суд, звільнялися від державних повинностей, отримували земельні володіння і платню грішми, мали дозвіл займатися промислами і торгівлею. Реєстрова старшина отримувала значні маєтності.
Офіційно реєстрове козацтво називалося Запорозьким Військом, якому формально підпорядковувалась і Запорозька Січ. Проте насправді взяти її під свій повний контроль Речі Посполитій так і не вдалося. У першій половині 17 ст. чисельність реєстровців у різний час коливалась від 1 тис. до 6 тис. козаків. Серед старших (гетьманів) реєстрового війська у цей час були відомі козацькі гетьмани Криштоф Косинський, Самійло Кішка, Петро Сагайдачний, Яків Бородавка, Марко Жмайло,Михайло Дорошенко, які відзначилися у боротьбі проти польсько-шляхетського панування, нападів турків і кримсько-татарських орд. За часів гетьманства Михайла Дорошенка реєстрове військо було поділене на 6 полків по одній тисячі чоловік у кожному і займало значну територію України. Полки ділились на сотні.
У 1637 р. писарем реєстрового війська обрано Богдана Хмельницького, який згодом очолив Визвольну війну на Україні. Діяльність реєстрового козацтва контролював урядовий комісар з польської шляхти.
Козаки брали участь у народних повстаннях і визвольному русі проти Речі Посполитої. Шляхті не вдалося посіяти ворожнечу між реєстровими і запорозькими козаками.
Чисельність запорожців зростала, наприкінці 16 ст. вони виокремилися у відрубний стан, ставши значною суспільно-політичною силою. Створивши чітку організацію і свій центр, Запорозьку Січ,козацтво вже на початку 90-х років 16 ст. виступило не тільки проти турецько-татарських завойовників, а й проти польсько-шляхетського і загалом феодально-кріпосницького гніту. Цю боротьбу воно вело спільно із селянством. Першими визначними подіями, в яких українське козацтво показало себе значною суспільно-політичною силою, стали селянсько-козацькі повстання 1591-1596 рр.
Становище реєстровців напередодні Визвольної війни погіршила так звана „Ординація Війська Запорозького реєстрового, що перебувало на службі Речі Посполитої” (1638р.), яка скасувала виборність старшини і козацький суд, віддавала їх під необмежену владу польському урядовому комісару. Позбавлені прав, реєстрові козаки піддавалися всіляким утискам, що викликало їх невдоволення і протест.
Справжніми захисниками українського народу від загарбників з півдня виступали запорозькі козаки і їхня головна фортеця Січ. Союзниками запорожців стали донські козаки. Разом вони не лише захищали землі від ворогів, а й влаштовували сухопутні походи в Кримське ханство і Чорним морем у Туреччину, визволяли полонених, захоплювали трофеї і здобич – зброю, гроші, цінні речім, коней, худобу.
У цій героїчній боротьбі прославилися легендарні козацькі ватажки. Так, Самійло Кішка, учасник героїчних морських походів у Туреччину, потрапив у полон і пробув там близько 25 років. У 1599 р. на Чорному морі біля міста Газлева він підняв повстання невільників-гребців на галері. Повстанці знищили турецький екіпаж і повернулися в Україну. Це повстання оспіване в народній думі „Самійло Кішка”. Запорозькі козаки обрали мужнього Самійла Кішку гетьманом. Він загинув в одному з походів. На легких човнах-чайках запорожці досягли берегів Туреччини, щоб визволяти з неволі своїх людей, Вони загрожували навіть столиці султана – Стамбулу. У 1616р. українські козаки під проводом гетьмана Петра Сагайдачного влаштували похід на Кримське ханство й зруйнували турецьку фортецю Кафу, де знаходився невільницький ринок, і визволили з неволі багато полонених українців, росіян і поляків. Звичайною подією в історії спільної боротьби донських і запорозьких козаків проти Туреччини і Кримського ханства було взяття Азова – турецької фортеці в гирлі Дону. Протягом кількох років козаки обороняли її від значних сил ворогів, не допускали їх спустошувати російські й українські землі. Цей історичний епізод дістав назву „Азовське сидіння”.
Запорозька Січ залишалася могутньою твердиною над Дніпром, вільною республікою, славне козацтво якої стояло стіною проти ворожих навал і вело постійну боротьбу за визволення України від іноземного панування, здобуття нею державної незалежності.
Запорізька Січ стала тим місцем, де козацтво продовжило державницькі традиції України, що брали свій початок у Київській Русі, Галицько-Волинському, Литовсько-Руській державі. Воно витворило власну військово-політичну і господарську організацію, поступово перетворюючи її у своєрідну державу зі значними підконтрольними територіями, багатотисячною армією, адміністративним апаратом, скарбницею, звичаєвим правом та символікою. За формою правління це була демократична республіка, яка найбільше відповідала національному характеру українців. Тут діяв самобутній устрій, що виключав узурпацію влади козацькою старшиною, передбачаючи щорічні звіти та перевибори всіх посадових осіб.
Вищою законодавчою владою на Січі виступала Козацька рада, в якій мали право брати всі без винятку козаки й котра вирішувала найголовніші питання внутрішнього життя й зовнішніх відносин. Постанови на раді приймалися голосними вигуками присутніх, інколи доходило й до бійок. Коли пропозиція схвалювалося, козаки підкидали вгору шапки. Козацька рада, як правило, збиралася тричі на рік: 1 січня, на 2-3-й день після Великодня та 1 (14) жовтня, а в разі потреби і в інший час. Вона укладала мир чи оголошувала війну, у виняткових випадках здійснювала судові функції, приймала й надсилала посольства, обирала козацький уряд – Кіш. На чолі Коша стояв кошовий отаман, який, об`єднаючи у своїх руках військові, адміністративні, судові й духовні справи, уособлював вищу виконавчу владу на Січі. Він відкривав Козацьку раду, командував військом, здійснював дипломатичні стосунки з іноземними державами, розподіляв військову здобич, затверджував обраних радою урядовців та судові вироки, призначав духовних осіб у січову й планкові церкви тощо. У мирний час кошовий отаман не міг приймати важливих рішень без згоди Козацької ради, зате під час воєнних походів його влада була обмеженою.
Крім кошового отамана, до складу найвищих урядовців також входили суддя, писар та осавул. Військовий суддячинив суд над порушниками козацьких законів, відав кошторисом і артилерією, при потребі виконував обов`язки кошового отамана. Військовий писар очолював військову канцелярію і письмово оформляв найголовніші січові справи. Військовий осавул стежив за порядком серед козаків та виконанням судових вироків, проводив дізнання з приводу різних суперечок і злочинів серед сімейних козаків, відав забезпеченням війська, розвідкою, організацією прикордонної служби тощо. Особливе місце відводилося курінним отаманам, які були посередниками між вищою старшиною і простим товариством, здійснювали керівництво куренями, члени яких їх і обирали. Після військової старшини й курінних отаманів за рангом ішли т. зв. Батьки або „сивоусі діди” – колишні запорізькі військові старшини, досвід і авторитет яких давав їм моральне право слідкувати за дотриманням „одвічних порядків запорізької громади”. Якщо у діях когось зі старшини, в тому числі й кошового, козаки вбачали якесь порушення своїх прав і вольностей, безвідповідальність чи шкоду для загалу, то на Козацькій раді їх у будь-який час могли позбавити посади, або й навіть скарати на смерть.