Появакозацтваі, особливо, йогокількіснезростання за рахунокмасовихвтеч залежного населеннязпанськихмаєтківвикликатиактивнупротидіюмагнатів та шляхти. Вони не могли змиритися з формуванням окремого незалежного від них соціального стану та прагнули заволодіти освоєними козаками землями. Тому випрошували в королів грамоти на ці новоколонізовані простори, захоплювали їх, намагалися встановити владу над тутешнім вільним людом. Окремі добивалися посад старост королівських маєтностей чи намісників великих магнатів і за їх розпорядженням будували тут замки для наступу на козаків та захисту володінь від татарських вторгнень. Натиск панства змусив частину козацтва піти на компроміс, зокрема погодитися виконувати сторожову службу у прикордонних замках, поповнити загони панських „ служебників ” тощо. Ті козаки, що не хотіли миритися з таким становищем, спочатку відповідали повстаннями, як це трапилось у 1536 р. у Канівському та Черкаському староствах, а потім почали відходити на „ Низ ”. Тут, за дніпровськими порогами, вони будували так звані городці та засіки чи „ січі ” з повалених дерев для захисту від ворожих нападів. Згодом на місці дрібних звели одну головну – Запорізьку Січ, яку М. Грушевський назвав „ огнищем козацької сили, солідарності, організованості ”.
Нижню течію Дніпра між його лівими притоками Самарою і Конкою з давніх-давен перетинали дев`ять кам`яних скель-порогів: Кодацький, Сурський, Лоханський, Дзвонецький, Ненаситець, Вовницький, Будило, Лишній, Вольний. Далі на південь у Дніпро впадали численні річки, у гирлах і долинах яких розкидалися багаті на дичину і трави луки й плавні. Від порогів починався славнозвісний Великий Луг – безмежні дніпровські плавні, що тягнулися понад 100 км. на південь вздовж низького лівого берега Дніпра. Ця місцевість була тоді густо вкрита різнотрав`ям, очеретом, верболозом, чагарниками і лісами, мала численні болота, протоки й озера, кишіла різноманітною дичиною і рибою. Великий Луг прилягав до козацьких володінь й служив козакам не тільки місцем для полювання й рибальства, а й природною фортецею, неприступною для татарських орд. Козаки нерідко весь Запорозький край називали Великим Лугом. Ця назва часто зустрічається в українських народних піснях і думах. На жаль, тепер ця унікальна місцевість залита водами Каховського водосховища, На дніпровських великих і малих кам`яних островах козаки і споруджували невеликі укріплення – городки або січі. Такі ж укріплення вони ставили вздовж притоків Дніпра – в місцях, де займалися промислами, землеробством і скотарством.
Та розпорошені козацькі городки-січі не могли стримувати ворожі навали – натиски литовських і польських військ з півночі, а турецьких і татарських орд з півдня. Черкаський староста Євстафій Дашкевич у 1533 р. подав до польсько-литовського сейму пропозицію: поблизу кордону з Кримським ханством на одному з важкодоступних островів Дніпра спорудити замок-фортецю і утримувати там сторожу з 2 тис. українських козаків, які могли б плавати на човнах-чайках по Дніпру і перешкоджати переправам татарських орд для вторгнення в Україну. Але цей проект, що був першою спробою об`єднати козацькі сили, не здійснився.
Створення Запорізької Січі стало потужним імпульсом для консолідації українського козацтва, формування його самосвідомості та утвердження організаційної структури. Територія, яку займали запорожці – „Вольності Війська Запорізького” – охоплювала значну частину Півдня України, але до кінця 17 ст. не була чітко окреслена і змінювалася залежно від політичних обставин. Столицею запорізької вольниці була Січ – своєрідне місто-фортеця. Назва „Січ” походить від слова „сікти”, тобто „рубати”, і первісно означала укріплення з дерева та хмизу. Нерідко поряд із цією вживалася й інша назва – „Кіш”, яка у татар означала військову ставку, місцезнаходження вождя. Одже, ці слова вживалися для означення столиці запорізького козацтва та його уряду. У різні часи вона розташовувалася у різних, але завжди добре захищених природою місцях. Після погрому у 1557 р. на Хортиці Січ по черзі знаходилася на о. Томаківці (1560-1593), р. Базавлук (1593-1638), Микитиному Розі (1638-1652), р. Чортомлик (1652-1709), р. Кам`янці (1709-1711), в Олешках (1711-1734), на р. Підпільній (1734-1775).
Першу велику Січ на початку 50-х років 16 ст. заснував на о. Мала Хортиця Дмитро Вишневецький („Байда”) – український князь зі старовинного волинського роду Гедиміновичів, власник земельних маєтків у Кременецькому повіті, обіймав високу посаду черкаського і канівського старости. Все свідоме життя присвятив боротьбі проти татарських загарбників, просив підтримки у литовського. Польського уряду, але допомоги не отримав. Тому зв`язав свою долю безпосередньо з козацтвом і першим з української знаті перейшов на прожиття за Дніпровські пороги. Його організаторська діяльність, за словами історика в. Сергійчука, дозволила згуртувати дніпровську вольницю навколо Січі, зробити її авторитетним ядром, свого роду притягальною силою для всіх, хто не хотів визнавати над собою влади магнатів, ладен був стати на боротьбу з гнобителями українського народу. Саме Д. Вишневецький, заклавши на Хортиці перший укріплений замок, поводячи себе незалежно від намагань польського уряду тримати Січ у повному підпорядкуванні, почав відособлювати запорізьке козацтво в автономну, а згодом і в самостійну від польсько-литовської держави організацію. Невдалий похід князя у Молдавію 1563 р. на чолі козацького війська, полон і трагічна загибель у Царгороді, де був скинений з вежі на залізні гаки, вмуровані у стіну, не дали йому можливості до кінця реалізувати свої задуми.
Деякі документи свідчать, що в 60-ті роки 16 ст. Січ була на острові Томаківці біля села Городище Нікопольського району Дніпрпетровської області. Польський історик Мартин Бельський у книзі „Всесвітня хроніка” писав, що південніше Великої Хортиці На Дніпрі розташований кам`янистий острів, „названий Томаківкою, на якому … живуть козаки і який служить їм, по суті, найсильнішою фортецею”. Там знаходилися укріплений табір, що називався „кошем”, човни і гармати. Острів, площею майже 380 га., був вкритий лісом, мав високі береги й стояв ближче до правого берега Дніпра. У 1593 році на Томаківку вдерлися великі сили татарської орди і зруйнували укріплення, перебили козаків, які вчинили ворогам героїчний опір.
Того ж 1593 р. запорожці заснували другу Січ на Дніпровому острові Базавлук, трохи південніше Томаківки, що, як і Томаківка, нині затоплені Каховським водосховищем. Австрійський посол Еріх Лясота в щоденнику 9 червня 1594 р. записав: „Прибули на острів, званий Базавлук, що лежить при одному з дніпровських рукавів – Чортомлику… Тут була тоді козацька Січ”. Про доблесть війська запорозьких козаків і саму Січ тоді вже знали далеко за межами України. То ж не дивно, що саме в Січ прибув посол від імператора Австрії просити козаків спільно воювати з Туреччиною.
Козацька січ була справжньою фортецею: навколо неї козаки викопали глибокі рови, насипали високі земляні вали, на яких спорудили оборонні вежі з бійницями; на валах стояли гармати. Там постійно чатували озброєні козаки. Посередині Січі містився просторий майдан, де відбувалися козацькі військові ради, на яких вирішувалися усі питання їх повсякденного життя. На майдані стояли військові литаври, котрі служили для скликання на козацькі ради, і „ганебний стовп”, біля якого карали винних. У передмісті Січі жили тисячі ремісників, торговців, спеціальне приміщення призначалося для проживання іноземних послів.Майдан оточували козацькі житла – курені, збудовані з дерев`яних колод або плетені з лози і вкриті очеретом, канцелярія, пушкарня, церква, будинки старшини. Усі ці споруди були пристосовані до оборони на випадок вторгнення в Січі ворожого війська.
Чисельність січового товариства не була сталою, як правило, залежала від пори року: взимку на Січі перебував лише невеликий гарнізон,який охороня майно, військові припаси, артилерію, виконував сторожову службу, а з настанням весни вона, образно кажучи, перетворювалася на людський мурашник. У мирний час козаки насамперед займалися промислами й скотарством, а в паланках – землеробством, що базувалося на фермерських засадах. Але головним їхнім обов`язком був захист рідної землі від турецько-татарських загарбників. Водночас Січ завжди виступала проти соціального та національно-релігійного гноблення, була притулком втікачів від панського гніту,підтримувала в українському народі дух протесту.
Запорозька Січ мала своєрідну державну, громадську і військово-адміністративну організацію, що увібрала традиції минулих часів. Австрійський посол Еріх Лясота застав у Січі близько 3-х тис. козаків. „Правда, - зазначав посол, - вони можуть при бажанні зібрати ще кілька тисяч війська, якщо закличуть до зброї усіх тих козаків, приписаних до запорозької общини, які проживають в різних містах і селах”. Самі козаки вважали, що можуть виставити на допомогу Австрії 6 тис. чоловік „старих, відбірних козаків”. Козацьке військо поділялося на військові частини – курені, очолювані курінними отаманами, що обиралися на сходах. Кожен курінь мав свої місця для рибної ловлі, які щороку розподілялися на загальних радах січового товариства жеребкуванням. Кількість козаків на Січі змінювалася залежно від ходу воєнних дій, пори року, загрози епідемій та інших причин, але ніколи не перевищувала 17-20 тис. Основна частина козаків проживала за межами Січі на зимівках і з`являлася там для виконання господарських справ, під час обрання старшини чи підготовки до воєнного походу. Очолював військо козацьке виборний гетьман, який називався старшим. Безпосередньо Січчю відав кошовий отаман. Канцелярію вів писар. Роль помічників гетьмана у військових справах виконували осавули. Обозний відав артилерією, суддя – судовими справами. Військовими клейнодами у козаків були корогви та бунчуки – довге древко, на кінець якого насаджували мідну або позолочену кулю із жмутом волосся, подібним до кінського хвоста. Владу старшого (гетьмана) символізувала булава.